圣祖采取一系列应变措施，还不可能马上奏效。而吴三桂发动的叛乱正在迅速扩大，自南向北蔓延。
三桂进军的第一个目标是贵州，当地军政官员几乎全部投向了吴军。吴三桂把胡国柱留镇云南，自率诸将取贵州，于康熙十二年十二月二十八日驰至贵阳。马宝已前驱入城，贵州提督李本琛迎降。李本是甘肃西宁人，原明总兵官高杰的外甥。他最初是总督洪承畴的部下，官至游击。明亡后，弘光政权大学士史可法推荐他为总兵，隶属高杰。后来，高杰被李定国杀害，任命他为提督，统其部属。顺治二年，豫亲王多铎南征，本琛率所部十余万降清，以原官随大军渡江。平定江南后，他回到北京，隶汉军正黄旗。顺治十年，他随同洪承畴再次南下，协助承畴经略五省。十二年，加右都督，充任左标提督总兵官。十四年，随承畴取贵州。十六年，经承畴推崇，授贵州提督，特加太子太保衔，以表彰和奖励他立下的军功。吴三桂任云贵总管后，两人关系密切起来。当三桂辞总管时，他上疏陈述三桂功绩，请求朝廷继续留任他。由此可见他们的关系非同一般。《逆臣传·李本琛传》，卷1，38~40页。
李本琛是贵州的军事长官，他投向三桂，清朝在贵州的军事即告瓦解。三桂一到贵阳，就授他为“贵州总管大将军”之职。本琛欣然受命。
在李本琛之后，投降三桂的还有贵州巡抚曹申吉。这里，需略作交代。他是山东省安丘人。他既不是靠降清得仕，也不是以军功升职。他是在顺治十二年考中进士后，始步入仕宦之途。先授庶吉士，再改授内翰林院国史院编修，充任日讲官。此后，又历外任多职，至康熙六年提升为礼部侍郎，九月调任吏部右侍郎，次年，授以显职贵州巡抚。他的简历表明，他在仕途上一帆风顺，而且进展很快。他与明朝并无政治关系，跟农民起义军也无丝毫瓜葛，他所得到的一切荣誉和地位，都是清朝给的。谁料三桂到了贵阳后，他也乖乖投靠了三桂！仍以原官出任贵州巡抚。《逆臣传·曹申吉传》，卷2，6~7页。
辽东人王永清，以黔西镇总兵官叛清“从逆”。圣祖说他“身膺重任，甘心从贼”。《逆臣传·王永清传》，卷2，5页。
吴三桂兵进贵阳，兵不血刃，传檄而得贵州全境。该省曾由三桂总管，心腹遍布各处，后来三桂辞总管任，该省在实际上仍是三桂的势力范围，处于他的控制之下，他的讨清檄文最先到达这里，他的心腹即起兵响应。
康熙十三年（1674年）伊始，三桂正式称“周王”，废弃康熙年号，称周王元年，改元“利用”，同时废康熙制钱，自铸货币，名曰“利用通宝”蒋良骐：《东华录》，卷10，158页，中华书局，1980年版，《云南备征志》，卷17，18页。关于三桂年号，《华夷变态》，卷2，81页，内载其檄文，书“年号周启”，而蒋氏则记“昭武”。除此，他书皆不见载。考诸书所记，其年号“昭武”，实为三桂称帝衡州时所改，疑蒋氏误将此年号认作三桂起兵自号周王时所立。历代筹钱多以皇帝年号而名之，如“洪武通宝”，“康熙通宝”之类。三桂称帝改年号“昭武”即铸钱“昭武通宝”，其孙即位，改元洪化，即铸“洪化通宝”，此二枚钱已传世至今。依此而论，“通宝”与年号相一致，故知三桂初称周王，其年号当为“利用”。。
有一儒生，曾上书三桂，对他改年号提出不同意见。他说，应奉明朝为宜，仍称前朝所封“平西伯”，有鉴于以往的教训，宜应“缟素待罪，以告天下”，那么，忠臣义士谁不倾心于复明的事业！而今义旗一举，便自视为“开国”，建立新朝，岂不是瓦解天下人之心！自此，人们看清王的志向不在复明，有谁还能随从你呢？《庭闻录》，卷5，4页。
从1644年清军入关，夺占北京，明朝亡国，至三桂叛清，刚好30年；如从永历帝被擒，南明覆亡，也只有10余年。明朝的遗老大都健在，明亡时20岁前后的人，到这时，也不过三四十岁。他们对前朝的事记忆犹新，仍抱有怀恋之情，特别是那些曾同明朝共命运的人，其怀恋的感情怕是更深沉、更强烈，复明的愿望尚未泯灭。一旦有机会，这些人毫不迟疑地参加反清复明的斗争。就大多数百姓而言，他们出于汉民族的自尊心，不愿意接受一个异民族的统治。因此，打出复明的旗号可能更有号召力，也符合人们的普遍愿望。但是，三桂集团的大多数人的想法并非如此，他们自恃武力，急欲夺取全国政权，建立一代新王朝，一跃而成为开国勋臣，宁肯拥戴三桂为新君，却不愿再立明朝的旧名号。三桂则惧于以往效忠清朝、绞杀明朝无法向天下人交代，不如创立新朝。这位儒生建言，让他公开坦诚地表示悔罪，求得天下人的谅解，大事可成。三桂做不到这一点，因而对其建言置之不理。
康熙十三年（1674年）下半年，吴三桂聘请原明朝少卿李长祥，待之宾礼，向他询问方略。长祥说：“赶快改定为大明名号，以收拢人心，立怀宗（明崇祯帝）后裔，以鼓舞忠义。”三桂把长祥的话拿来向方光琛和胡国柱征求意见。他们坚决反对，说：“当初项羽立义帝后，又把他给杀了，反而动了天下之兵；而今天下在王（三桂）掌握之中，他日又置怀宗后裔于何地呢！”说来说去，他们就是要建自己的一代王朝，与其后来把所立明朝后裔杀掉篡位，倒不如现在干脆就不打明朝的旗号，立自己的名号，才名正言顺。他们也自恃天下已在掌握之中，用不着再打已故明朝的名号为自己壮声势。三桂在这个问题上，确无自己的肯定性意见，不过是大家怎么说就怎么办。方、胡是三桂的重要谋士和智囊人物，他们一言既出，就马上影响到三桂，他也就无意更改名号。长祥一看，三桂不为他的话所动，自感心冷，一揖而别，离开了三桂。
三桂抛弃明朝旗号，自立周王，这在原明朝的部分士大夫中引起了消极反响，甚至把他看成是一个野心勃勃的篡逆者。三桂很希望得到这部分人的支持，可是他们纷纷远走，不愿跟他合作。三桂曾派人秘密到徽州，聘请谢四新出山相助。四新辞不赴命，答诗一首，转给三桂。诗写道：
三桂读了诗，不禁怒骂：“真是薄福小人！”以上见《平吴录》，7页。
三桂自立年号，已引起了争议，这首诗就反映了原明朝的士大夫阶层为之切齿。就是在响应他叛乱的一些高级军政官员中，也产生了不满情绪。朝鲜李氏王朝对此也十分关注。据出使北京的朝鲜副护军俞场说：“三桂之拥立朱氏子孙，虽未见文报，人多言之，而亦未能详也。”吴晗：《朝鲜李朝实录中的中国史料》下编卷2，3993~3994页。人们都在议论这件事，反映当时人们颇希望立明后裔的心理。但三桂并不在乎这些，他以为夺天下的，不是靠一个空头名号，而是要靠自己的实力。他坚持走自己的路！
三桂轻而易举地夺得了云贵两省，是进献给他称“周王”的一份厚礼。云贵是他巩固的根据地，他没有必要久留于此，便毫不迟疑地率主力北上。先遣马宝、吴国柱等由贵州进逼湖南；令王屏藩进川，再逼陕西。马宝所部经镇远，由此进入湖南境内，抵清浪卫，逼近沅州（湖南芷江）。此处是贵州进入湖南的要地。在此之前，湖广总督蔡毓荣曾派彝陵总兵官徐治都、永州总兵李芝兰等率兵应援，但两部兵迟迟未到。沅州只有总兵崔世录一人防守，圣祖紧急指示，要桑峨领兵疾赴沅州，协同固守。吴军进展迅速，没等桑峨援兵到，已于康熙十二年十二月二十九日攻陷沅州，该城总兵官崔世录被俘，澧州（澧县）与辰州（沅陵）之间的交通已被切断。《清圣祖实录》，卷45，7页。
吴军的迅猛攻势，吓得清官兵胆战心惊，闻风而逃。驻防长沙的偏沅巡抚卢震为保性命，擅自放弃守土之责，当吴军还远在沅州一带，他竟丢弃长沙于不顾，逃往岳州去了。圣祖闻讯大怒，下令逮拿卢震治罪。同时，他马上想到“武昌重地，不可不予为防守”，特命都统觉罗朱满领兵速往武昌，“保固地方”，倘吴兵众多，不得轻战；如吴兵不来，可于岳州（岳阳市）以北，选“水路要地驻防”。《清圣祖实录》，卷45，11~12页。在圣祖的严督下，清兵向荆州集结，前锋统领硕岱部于康熙十三年正月二十四日抵达荆州，护军统领伊尔度齐兵、护军统领额司泰兵分别于二月初一日、初二日前后到达荆州。《清圣祖实录》，卷46，3~4页。二月初六日，又有都统觉罗巴尔布兵抵达荆州。《清圣祖实录》，卷46，7页。接着，圣祖命令他们拨出部分兵力，加强常德（今仍名）的防御。卢震虽然潜逃，长沙尚在清兵之手。圣祖很重视长沙，他认为长沙是“武昌咽喉之地，又为武冈（今仍名）、宝庆（邵阳）州郡水陆要途，且壤连粤西”，要他们速进驻长沙。《清圣祖实录》，卷46，4~5页。
吴三桂于正月十二日离贵阳，二十日至镇远，督令将士继续北进，指示总兵官杨宝应进攻常德。他的父亲杨遇明正住在城内。杨氏是锦州人，与三桂是故交。他官至明守备而降清，先授予山东莱州游击，以军功升至副将。顺治十二年，升任湖广常德镇总兵官。康熙元年，调到广东新安镇，很快又提升为广东提督。九年五月，以年老退休，在常德安家。杨宝应在三桂藩下，曾任云南知府，三桂起兵，授予总兵官，奉命率部直取常德。《逆臣传·杨遇明传》，卷2，3页。其父杨遇明为内应，将常德攻陷，知府翁应兆投降，清兵逃窜。《清圣祖实录》，卷46，6页。
二月初八日，三桂命夏国相率部夺取了常德以北的澧州。没有经过战斗，吴兵到时，城内清兵献城易帜，变成吴军之一部。清将提督桑峨、总兵官周邦宁率部从常德还至澧州城外，见吴军容甚盛，自感一旅“孤军不能迎敌”，“不得不退回荆州”，向朝廷告急，请求“大兵星驰”赴援。《清圣祖实录》，卷46，7页。
继澧州失守，吴将张国柱率部攻陷衡州（衡阳市），然后进据长沙。原来，偏沅巡抚卢震逃走后，长沙副将黄正卿、参将陈武衡留下守城，吴军已近在咫尺，全城人心惶惶，官兵已无心守城。圣祖命吏兵两部传达他对长沙地区文武各官的指示：“逆贼吴三桂虚声恫吓，以致巡抚卢震弃地潜逃，已行拏究。湖南文武各官仍能保百姓，固守地方，允称尽职，事平之日，从优加典。”《平定三逆方略》，卷3，1页。但是，援军迟迟没来，当地军民无心固守。守城将黄正卿、陈武衡不想为清朝效力，连同部属和城池都献给了吴军。《清圣祖实录》，卷46，8页。长沙之失，失在清援军行动迟缓，畏缩不前。当圣祖遣派都统觉罗巴尔布、护军统领伊尔度齐等率部至荆州时，常德、澧州尚未失陷，如按圣祖指令，兵马稍事休息，即迅速渡江，赶赴常、澧，当不致很快失陷。但他们到达荆州后，却“迟迟不前”，给吴军造成了有利时机，长沙空虚，无须进攻，守将就献城投降了，所属兵船皆归吴军所有。三桂的大将张国柱与夏国相进驻长沙。常德、长沙“扼湖湘之险，当水陆之冲”，两城一失，“全楚之势”都转到了吴军方面。《平定三逆方略》，卷3，3~4页。参见《逆臣传·张国柱传》，卷2，2~3页。
吴三桂于二月间，“日夜兼程，突逼（辰州）城下”，守城的清“士卒解体，孤城无援”，辰州一鼓而下。中国第一历史档案馆：《三藩档案》案字1385号。至二三月之交，亲至常德、澧州等处督战，“兵锋甚锐”。《云南备征志》，卷20，20页。
三月初，大将吴应期与张国柱以水陆大军齐进，谋取洞庭湖之滨的重镇岳州。他们密遣人入城策反，该城参将李国栋“私行纳款”，把岳州献给了吴军。《平定三逆方略》，卷4，6页。
从康照十二年底，吴军首陷沅州，至次年即康熙十三年三月，在三个月的时间里，三桂挥军长驱直进，连陷沅州、常德、辰州、长沙、岳州、衡州等战略重镇，而清兵未集，“处处无备”，“五千里无只骑拦截”，所经之地，诸府州县将吏非逃即降。清朝兵部惊呼：“吴三桂反叛以来，湖南绿旗官兵多附贼。”中国第一历史档案馆：《三藩档案》案字549号。湖南全境皆属三桂。《平滇始末》，3页。
吴军在湖南迅速进展，清军一触即溃，甚至闻风而逃，与清军初入关时那种所向克捷，锐不可当恰成鲜明对照！朝廷异常震恐，挡不住吴军的攻势，便追究地方军政大员失土的责任。兵部与吏部向圣祖参劾蔡毓荣：“闻吴三桂反叛，不能安民心，固疆域，又不令提督桑峨往守常德，致常（德）、澧（州）、长（沙）、岳（州）相继陷贼，应革职。”两部同时还题参新任命的云贵总督鄂善，他奉有与蔡“公议军机”的命令，地方失守，也难逃其责任，应给予降五级的处分。圣祖批准了吏兵两部的意见，考虑到正在用人之际，特许他们继续留任，“戴罪图功”。《清圣祖实录》，卷47，3页。
吴军在湖南的全胜，就像一道冲击波，引起了连锁反应，那些不满清朝统治的人们，乘时而起……
与湖南仅一江之隔的湖北一些地方，已经或正酝酿反清斗争。当吴军胜利进入湖南省的时候，康熙十三年三月十五日，襄阳总兵官杨来嘉在谷城（今仍名）宣布起兵，响应三桂。他是福建福州人，初为郑经的都督，于康熙元年降清。三年，授予湖广襄阳（湖北襄樊市）总兵官。当吴军陷常德、澧州时，圣祖就开始注意杨来嘉，密令大将军顺承郡王勒尔锦密切注视他的动静。圣祖指出，杨氏才能平庸，所部官兵大都“藐玩”，恐有变故，要勒尔锦加强襄阳的防御，时刻提防杨氏。《平定三逆方略》，卷3，9页。果不出所料，在吴军拿下长沙时，他与郧阳（今郧县）副将洪福串通，在谷城密谋起兵。《逆臣传·杨来嘉传》，卷2，4页；参见《平定三逆方略》，卷4，9页。幸亏襄阳有备，他的计谋没能全部得逞。
三月十九日，继杨来嘉公开叛清后，与他合谋的郧阳副将洪福也以所部清兵叛于郧阳。在此之前，圣祖曾提醒兵部：郧阳“地介三省（陕西、河南、湖北），中多旷土，山谷拒塞，奸民易于啸聚”，可能有与吴军相呼应的，或可能吴军乘间进犯，特提升佟国瑶为提督，驻于郧阳城内“弹压”。《平定三逆方略》，卷2，14页。圣祖不幸而言中，洪福一起兵，就率部千余名士兵围攻郧阳提督佟国瑶的衙门。佟国瑶同游击杜英仅以三百余名标下亲兵同多倍的叛兵激战。战斗持续到二十日，还没有攻下。洪福怕清军来援，不敢恋战，引兵撤退，投往吴军去了。《清圣祖实录》，卷47，2页；参见《平定三逆方略》，卷5，2页。
湖北杨来嘉、洪福的叛变，被清军击退，没有引起更大的骚乱。严重的问题是发生在四川。吴三桂一起兵，圣祖就十分关注四川，他认为，四川与云南接壤，估计到“贼兵必犯巴蜀”，先调驻守西安的西安将军瓦尔喀火速进川，指示他凡自云南入川的险要之地，“俱行坚守”。《平定三逆方略》，卷1，18页。原令副都统科尔崑驻防太原，他还未及起身，又改赴西安，接替瓦尔喀守西安的职务。圣祖仍放心不下，续增都统赫叶及瑚里布、穆占，副都统廷布率京城官兵同往四川。此路军由赫叶、瑚里布统辖，西安兵由瓦尔喀指挥，两路军应尽快会合，“同心协力”，守住四川。《平定三逆方略》，卷2，1~2页。赫叶与新任命赴荆州增援的勒尔锦同一天离京出征。行前，圣祖亲行告祭礼，出西长安门，目送两将军，又派内大臣，礼兵两部大臣在郊外设酒饯行。圣祖这一举动，是表明他把四川看成如同荆州一样重要。《平定三逆方略》，卷2，8页。
正当赫叶等自京动身之时，四川巡抚罗森派人至京，报告全川军心不稳，颇怀异志。圣祖惟恐情况有变，下令催促副将瑚里布等速进兵，选轻骑先行。
还没等援兵赶到四川，已传来四川提督郑蛟麟与川北总兵官谭弘合谋叛变的消息。谭弘是四川万县人，原为明朝总兵官，顺治三年，谭弘与其弟谭诣、谭文都投靠了南明永历，谭弘被封为“新津侯”，他的两个弟弟也晋封公爵。谭氏三兄弟长期割据四川一方，与南明诸将争衡，直到顺治十六年，谭弘、谭诣才降清，封谭弘为“慕义侯”，授予川北总兵官之职。郑蛟麟原明朝都司，还在清入关前，从松山来降清，官至四川提督。三桂反叛时，即于康熙十三年正月派王屏藩进兵四川，策动叛乱。谭、郑合谋响应，接受三桂的官职，封谭为“川北将军”，蛟麟为“总督将军”。《逆臣传·谭洪（弘）传》，卷2，18~19页。
几乎与谭、郑降吴的同时，四川巡抚罗森、总兵官吴之茂也叛清从三桂。罗森是直隶（河北）大兴人，于顺治四年中进士，累官至江西湖东道、陕西督粮道、浙江按察使，直升至陕西布政使等职。顺治十年，再由陕西布政使升至四川巡抚。吴之茂是锦州人，是三桂的同乡。他们降吴后，都受到重用。《逆臣传·罗森传·吴之茂传》，卷2，6~7页。罗森、郑蛟麟、谭弘、吴之茂都是四川的军政长官，他们率先叛清，属下官兵和各府州县官员也随之而叛，全川都纳入三桂的控制之下。他们声言：一出汉中，一下夔州。声势的确逼人！《平定三逆方略》，卷2，15页。
圣祖一面催令将军瓦尔喀继续向四川进兵；一面嘱他向郑蛟麟招抚，派人前去传达朝廷意旨：“你虽反叛，朝廷仍念及你从前效力，卓有成绩，一时出于被胁迫，也是情有可原。你在京的子孙家产并未按法没收和逮捕。可将朝廷派往四川的兵部郎中托必泰尽速遣还。否则，大兵压境，克复城池，后悔莫及。”《平定三逆方略》，卷2，18页。圣祖的这番好意，不用兵威，仅用语言是打动不了他的心的。直到兵败以后，他才又降清。
吴三桂发动的叛乱，以迅猛之势，继续向北中国蔓延、发展，一直深入到畿辅、清朝的心脏——京师！密谋暴动、叛变的事件不断发生，造成清朝的统治险象丛生。
康熙十二年十二月，吴三桂在云南起兵的消息一传入京师，立刻引起骚动，民情不安。一些怀有“复明”之志的人开始秘密串联活动，准备在京城内暴动。有一个叫杨起隆的人，据官方说，他是“市井无赖”，他自称是“朱三太子”，以此为号召，秘密组织起事。朱三太子，即明崇祯皇帝的第三子，自明亡迄至此时，一直是个谜案，死活不知，下落也无人知晓。凡反清复明的人，总爱打出朱三太子的名号，号召人们参加他们的反抗活动。清朝对“朱三太子”也很害怕，曾布下人马到处搜寻，一旦搜到所谓“朱三太子”，都以假冒之名处死。不辨真假，处死了事，企图斩草除根。
杨起隆诈称“朱三太子”很有效验，已吸引了很多人参与他的谋叛。他要呼应三桂起兵，乘清朝全力关注南方时，趁机在京中起事，夺取政权。杨和他的部众相约，以京城内外同时放火为号，聚众举事。参加者，大都是城内的下层百姓，主要是满族贵族各官的家奴，如镶黄旗监生郎廷枢的家人黄裁缝、正黄旗周全斌之子周公直的家人陈益等人都参与了其事。很快，他们发展到一千余人！据来自朝鲜方面的报道：他们“聚众万余”吴晗：《朝鲜李朝实录中的中国史料》下编，卷2，3986页。，这也不无可能。
十二月二十二日这天，郎廷枢察知他们的反叛活动，当即抓住他的家人黄裁缝等四人前去本旗旗主告变。与他同时，周公直也来告密，他提供的情况更为严重：有三十余名生人集聚在他家，正在密谋。事关重大，宜速不宜迟。正黄旗都统图海、祖永烈等迅速点起官兵，亲自率领前去捕拿。他们包围了周公直的宅院。镶黄旗副都统纪哈里等也率官兵前来助剿。
当密谋起事的陈益等人发觉被官兵包围时，已经无法逃出。陈益便放火拒捕，镶黄旗拜他喇布勒哈番鄂克孙首先冲入院内，大队官兵继进，经过短暂的战斗，将陈益等三十余人全部拿获，又进而广为搜捕，共捕获首要人员李株等及参与其事的达数百人之多，“首犯”杨起隆逃走。以上见《清圣祖实录》，卷44，15~16页。朝廷下令，立即关闭城门，严行搜查。城内百姓惊恐，流言四起，很多人准备搬到城外西山躲避。圣祖不得不下道谕旨，极力安抚百姓。以上见《清圣祖实录》，卷45，4页。
圣祖责成刑部等衙门进行审讯。据被捕者供称：他们的人很多，额前都裹白布，身扎红带为标记，约定康熙十三年元旦之日在内城举事：趁各官员入朝时，“各杀其主”，被杀官员的官职即由该官的家奴充任。不料郎廷枢的家奴黄裁缝于夜间喝醉了酒，胡言乱语，走漏了机密。由于郎廷枢告密《云南备征志》，“平定三逆述略”，卷20，20页。，使这项计划流了产，为首的杨起隆被捕获后处死。如果这一计划实现，给清朝造成的危害是相当严重的。圣祖感到后怕，他亲自过问和处理这一事件，必欲严惩首要分子。刑部领会圣祖意图，提出一份判决报告；拟将李株、黄裁缝等二百余人按“谋反律”凌迟处死（又称“寸磔”，即俗称“千刀万剐”），他们的亲属，自祖父以下，父、子、孙、兄弟及同居之人，不分异姓，还有叔伯兄弟之子，凡男的年十六岁以上者，都处以斩刑；男十五岁以下，及“本犯”的母女妻妾姊妹及财产都入官。《清圣祖实录》，卷45，9页。
圣祖审核，改定：李株、黄裁缝等九人凌迟处死，蔡文以下一百九十四人改为斩头。他“不忍”株连过多，将“各犯”的家属亲戚，一律从宽处理，免罪释放，其家产也免入官。此事件牵连千余人，圣祖一概不予追究。《清圣祖实录》，卷45：“黄裁缝等12人俱凌迟处死”，余犯改为“处斩”，并没有具体人数。《平定三逆方略》，卷1，20~21页：李株等9人凌迟处死，蔡文以下194人处斩。两书记载稍异，今从《平定三逆方略》。
破获杨起隆于京中举事的密谋四个月后，即康熙十三年四月初，圣祖又得到了河北总兵官蔡禄密谋叛乱的紧急奏报。这一惊人信息，是安塘笔帖式向侍卫关保透露的。据他报告，河北总兵官蔡禄交通襄阳总兵官杨来嘉，策划起兵，谋应吴三桂。蔡禄与杨来嘉原是郑成功的裨将，成功去世后，他们率部投降清朝，特赐给左都督，从优提拔，出任河北总兵官。（蒋氏）《东华录》，卷10，162页。三桂在云南一起兵，他便着手准备发难。他制造鸟枪，购买骡马，与杨来嘉往来同谋。他命兵丁以捕鱼为名，身披铠甲而行，实则是军事演习，连当地百姓也觉察出他将谋反，都很害怕。这一情况，正巧被奉命前来出差的侍卫关保侦知，回京立即向圣祖报告。圣祖马上派遣内大臣阿密达领护军速赴蔡禄驻防地怀庆（河南沁阳），“详问蔡禄捕鱼之由”。次日，阿密达即率兵起行。《平定三逆方略》，卷5，2~3页。
阿密达到达怀庆，蔡禄不出城迎接。入城后，阿密达直奔蔡禄衙署，他的部下施放箭矢、火炮抗拒。阿密达率部冲进衙署，将蔡禄父子及其侄儿蔡鼎席与同谋者一并擒获，于四月二十四日，押解北京。圣祖对此非常高兴，表扬阿密达说：“你此行不过十天，就办成了这件事，阻止了一场叛乱，朕深为欣慰。但人命至关，需审实罪由，方可正法，不要株连无辜。至于所获人口，可散给士卒，应重赏受伤人员，以示鼓励。”阿密达奉命审讯，获取了足够的证据。他们供认，曾几经派人与杨来嘉联络，谋划投靠三桂；还计划，如清兵来怀庆，关闭城门抗拒，突围往太行山据守。圣祖据此罪状，定成死罪，将蔡禄父子、侄儿和同谋者都处斩，其余“概不株连”。《东华录》，卷10，163页。河南怀庆地区紧靠畿辅，邻接秦、晋、齐、楚，属“四达”之地。蔡禄与杨来嘉相结，如“扑灭不早，则中州骚动，兵民为不宁矣”！圣祖夕发谕旨，即令速行，为内外所不知。阿密达突然至怀庆，又出蔡禄之不意，未等他部署抗拒，措手不及之际，就束手被擒，而“抚定其一军”，百姓无惶忧，“乱萌销遏”，从而“大江南北安堵如故”。《平定三逆方略》，卷5，14~16页。参见《清圣祖实录》，卷47，12~13页。捉获蔡禄父子，也消除了清朝的一次政治危机。的确，自此事件后，在北京地区再没有发生叛乱的事件，这就保证了后方的安定，以便顾全力平息三桂的叛乱。
京城内杨起隆与近畿辅地区蔡禄父子的两次谋叛事件，深深地震动了清朝统治集团，时时有一种危机感袭来，使它无法安枕。而这一切，都是吴三桂带来的灾难性后果，已经危及到它的生存。圣祖和大臣们对三桂的痛恨有增无减。这种切腑之恨很快就转到了他的儿子吴应熊身上。杨起隆等人的活动，却使圣祖和他的阁臣们警觉起来，十分害怕再次发生这类事件。由此又想到了吴应熊留在京城，终究是个隐患，倘若他与其父暗通消息，危险会更大。
此时，吴应熊已被拘禁。然而，鉴于杨起隆一伙敢在京城内起事，使朝廷很快意识到，应熊的存在，对它来说，是一个巨大的祸害。于是，便对他动了杀机，必欲除之而后安！三月九日，兵部尚书王熙上奏疏，“请诛逆子”，其奏文大略如下：
逆贼吴三桂负恩反叛，肆虐滇黔，毒流蜀楚，散布伪札，煽惑人心，今大兵已抵荆南，刻期进剿，元凶授首在指日间。独其逆子吴应熊，素凭势位，党羽众多，擅利散财，蓄养亡命，依附之辈，实繁有徒。今既被羁守，凡彼匪类，蔓引瓜连，但得一日偷生，岂肯甘心受死！即如种种流言，讹传不止，奸谋百出，未易固防。大寇在外，大恶在内，不早为果断，贻害非轻。为今之计，惟速将应熊正法，传旨湖南、四川诸处，老贼闻之，必且魂迷意乱，气阻神昏；群贼闻之，内失所援，自然解体；即兵士、百姓闻之，公义所激，勇气倍增。至应熊亲随人等，系累之中，益成死党，闻发刑部者不下五六百人。人众则难防，时久则易玩。速敕法司，讯别情罪，重者立决，次者分给各旗，消除内变之根源，扫荡逆贼之隐祸，洵今日第一要著也。《庭闻录》，卷5，5~6页。
吴应熊是圣祖的姑父，为皇室外戚的直系亲属。王熙请杀应熊，实为国家安全计，否则，谁有胆量敢索要皇帝至亲人的命！他提出奏请，绝不是他一人的主张，可以说，代表了朝廷大臣们的普遍要求。圣祖明白，吴应熊问题的严重性质，他深体王熙等的奏请，忠诚可嘉，一心为国家，此中并无任何私人成见。所以，他一点也不怪罪他们。但要他下令处死自己的姑父，却不是件容易的事。且不说如何对得住列祖列宗，就是对自己的还年轻的姑母如何交代？处死应熊，让姑母守寡一辈子，让她承受巨大的痛苦，他这个当皇帝的亲侄儿，于心何忍！但应熊事关国家根本利害，又不能等闲视之。他在矛盾的心情中没有做出决定，他要反复考虑，才能从感情的羁绊中解脱出来。但群臣的一再奏请，迫使他加快做出最后的裁决。继王熙之后，对朝政具有最高议决权的议政王大臣会议完全支持他的意见，累次要求速将吴应熊正法。圣祖无法再拖延下去，他在要大清江山还是要吴应熊二者之间做出了最后的选择，同意将应熊处死。圣祖为此特下一道谕旨，说：“吴三桂以枭獍之资，怀狙诈之计，阴图不轨，自启衅端，藉请搬移，则行叛逆，煽乱奸宄，荼毒生灵，极恶穷凶，神人共愤！”圣祖的愤恨之情，溢于言表。接着，他又说下去：“朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章具在，众论佥同，朕亦不得而典贷之也。”他本想照廷议，将吴应熊及其诸子吴世霖等人都凌迟处死，但又想到吴应熊久在京师入侍，不忍心加以残酷刑法，予以宽大处理，只将应熊与长子世霖绞死，其余诸幼子免死，没入官，其他有关重要人犯，分别正法。还有一些有牵连的，只要能宽大的，圣祖都尽量予以宽大不究。《清圣祖实录》，卷47，6~7页。在圣祖思想深处，不能不虑及应熊毕竟是他的姑父，处死他们父子，他的心情不会是平静的，他的姑母更不会无动于衷。但他仍为国家根本利益计，只能大义灭亲，承受感情的痛苦了。他这样做了，还要向全国公布，作为一个封建皇帝，也是可贵的。
吴三桂在起兵时，已经考虑到他的儿子吴应熊的安危，或存侥幸心理，误以为圣祖不敢加害他的儿子，必以应熊为人质，作为将来要挟他的一个筹码呢。三桂又一次错误地估计了圣祖。儿子与孙子被绞死了，他们都做了朝廷与三桂之间政治斗争的牺牲品。
吴应熊父子被处死的事，由朝廷发布公告，通告全国。三桂得到这个不幸的消息时，正在饮酒，霎时，脸色大变，不禁手发抖，杯子放了下来，泪水悄悄地涌出了眼眶，悲怆地说：“今日真是骑虎啊！”他的意思是说，骑虎难下。三桂这个人，一贯“善持两端”，左右逢源，进退有据。他造反后，颇有点后悔，有过“下虎背”的念头。而现在他的儿孙被诛，已表明朝廷同他势不两立，必欲消灭他而后罢兵。到了这步田地，他骑在“虎背”上还能下来吗？所以他才口吐真言，说出骑虎难下之意。《庭闻录》，卷5，6页。果如兵部尚书王熙所料，处死应熊，骨肉被残，这对一个年过六十岁的老人来说，三桂的精神受到了一次巨大而沉重的一击。他第一次意识到，他为保全自己的利益，已经开始付出血的代价。将士的鲜血，他并不吝惜，而自己的骨肉付出生命与鲜血，就是对他称周王的代价！在听到这个消息的一瞬间，他的精神几乎到了崩溃的边缘。他的内心充满了痛苦，由此而引起他对前途的惶惑，他似乎感受到了一种不祥，在此后的日子里，这种不祥时时在向他逼近。尽管如此，他还是不甘心向命运屈服，他没有别的选择，只能沿着自己的道路走下去，走下去……
吴三桂起兵仅三个多月，已领有滇、黔、楚、蜀四省，事情并没有到此结束。不久，福建、江西、浙江、广东、陕西等省或地区相继叛清，越过了河南、河北，直刺清朝的心脏北京，更远至长城以北，也燃起了叛乱的烽火。此次叛乱，发展之快，来势之猛，波及之广，规模之大。都是空前的。如何看待吴三桂发动的这场战争，确实是一个值得重视并需要回答的问题。事实表明，这场动乱，已远远超出三桂个人与朝廷的利益之争。从广泛的意义讲，它显示了汉民族同异民族统治者的再次大较量。因为参加和响应吴三桂起兵的，无一例外都是汉人，其主要成员或骨干，都是原明朝降将，李自成、张献忠、郑成功余部及南明残余部属。兵士也是汉军，并吸收了当地汉人百姓参加。他们跟三桂有联系，很多人却丝毫无联系。这无关紧要。他们不喜欢异民族建立的这个新政权。事变后，据清官方统计，“逆臣”共有26人，其中20人是明朝降清武将，其余6人并未做过明朝的官，有两人还是清初进士呢。据《逆臣传》统计。又据统计，各省布政使以下文职，“从贼官”523员。《康熙起居注》康熙二十一年三月乙亥。这就是说，原明官，汉人成了这次事变的主要参加者和组织者。清入关虽已30年，而人们对这个新主人仍存有疑忌，不愿接受这一无法改变的现实。当有人——一个有名望的人，敢于率先行动，他们就会随之而行动起来。吴三桂就扮演了人们所希望出现的角色，他凭借自己的地位和实力，振臂一呼，天下响应。三桂和他的谋士已正确地估计到了这一点，这是他敢于发动内战，向清朝夺权，并充满自信的一个重要原因。在历史的大事变面前，人们——各阶层的人，所抱有的目的并不尽相同。三桂起初不过是为维护他及其集团在云南的根本利益而奋起抗争，继而变更宗旨，以建立新朝为目的，向清朝展开了战略总攻击。但另外一些人，出于忠明之志，欲趁此转机灭清复明，重建大明江山；也有一些人，确有家恨难消，为报仇雪恨而参加了这场纷争，如此等等。他们各自的目的不同，但在灭清这个总目标上，却是不约而同地取得了一致。所以，单是吴三桂一人的利益不致引起全国范围的大乱，也非是他个人力量所能动员千千万万的人来参加他的叛变。他的行动，不过反映了清朝统治下汉人的普遍反抗心理和要求，亦是人们对清政权不满情绪的总爆发。但说到底，三桂起兵，代表了原明朝官僚士大夫们的根本利益，反映了他们的意志和要求，而且又是以吴三桂为首的这批人掌握着领导权，从这个意义上说，这场战争，是清统治阶级中两个集团，即以满族贵族为核心的主导派，与原明降官降将为非主导派的权力之争，也是中央集权与地方割据势力之争。事情很清楚，吴三桂这批人，已参与了清政权的缔造和建设，他们理所当然地成了清统治阶级和掌握政权的统治集团中的一员。斗争的双方，泾渭分明，营垒清楚。
值得重视的是，有广大的汉军及群众参加和支持了吴三桂的行动。这在当时清官方文件中都有明确的记述。据湖广总督蔡毓荣报告：“闻浦圻（湖北，今仍名）一带山中百姓，俱行蓄发，交通逆贼，今大兵进剿，前有贼营，后有逆民，殊为不便。”《文献丛编增刊》（一），48页。又据兵部侍郎温岱报告：“吴三桂贼兵未到，而江西等省人民，反叛于建昌、饶州等地，抗敌满洲官兵。”《康熙起居注》康熙十八年八月二十九日。从这以后，各省特别是叛军所到之处，都有大量的汉人百姓参加。连康熙也承认：吴三桂起兵以来，“各省兵民，相率背叛”这种情况，同当年清军入关时如同在敌国中没有什么两样！显见清政权统治三十年，并未深得人心。这是不容否认的事实。在吴三桂的浩大的反叛队伍中，不乏被胁从之人，但从民心而言，反对清朝异民族统治和痛恨地方官府的贪污腐败，是符合他们的愿望的。因此，这就给这场斗争蒙上了浓重的民族斗争的色彩，有其合理性。但我们称吴三桂的反叛为“叛乱”，是完全从当时的历史环境出发，从中国刚刚实现了统一这个大背景来考虑的。在历经明末苛捐虐政的破坏，农民大起义至清入关前后计四十多年的长期动乱，各阶层人民特别是广大农民遭受了无尽的苦难，社会生产遭受到严重的毁坏，极需要社会实现安定的局面，人民要休养生息，经济要恢复，社会要发展。不管人们是否喜欢，毕竟由清朝完成了统一，国家重新获得了生机。从根本上说，它符合和顺应了历史发展的要求。而明朝的遗老和孤忠孝子，一意要恢复大明江山，气节可嘉，在实践上毫无进步意义可言。而吴三桂和他所代表的政治军事集团，又与明朝的遗老孤忠截然不同。这个政治集团在政治上反复无常，他们所关注的和所做的一切，都是紧紧围绕他们的自身利益而进行的，到必要时，却为一己之私、少数人的利益，不惜发动战争，企图重新恢复他们失去的“天堂”，竟把千百万百姓重又打入战争的苦难之中，再踏着他们的尸骨，重登权力的宝座。吴三桂一伙人的“反清”，无论从动机和行为，都不可与明朝抗清志士和仁人同日而语！三桂的个人企图和政治目标，皆不足取，也不可能得到历史的肯定。所以，我们对吴三桂主动发动的这场内战所采取的立场，只能从根本上予以否定。这就是历史的结论。