圣祖批准尚可喜撤藩的决定，迅速向朝廷内外包括各省军政官员作了通报。吴三桂、耿精忠两藩得知这个消息，心中惶惶不安。他们根本就没有撤藩的思想准备，一次也不曾提过或表示有撤藩之意，如今朝廷同意尚可喜撤藩，实则也强烈地暗示他们，是考虑自己应否撤藩的时候了。朝廷的举动，又暗示他们，是自请撤好，还是等朝廷下令撤你们好，由你们做出选择。
在朝廷阁臣正讨论尚可喜撤藩时，吴应熊探得朝廷意图，迅速秘密派人驰往昆明，向三桂传话：“朝廷素来就怀疑王，尚藩、耿藩都已提出辞职疏奏（耿藩辞职，是指康熙十年春耿继茂以病辞职事。见《圣祖实录》，卷35，4页），而惟独王从没有提出辞职，朝廷对王的疑忌更深了。要赶快写奏疏，派遣使者送来，还来得及。”《广阳杂记》，卷4，179页。应熊要他父亲也效法尚、耿的做法，然后从中谋划，在“弥缝”中可以把自己留下来。
到这个时候，三桂还是无意撤藩。在这个问题上，他没有尚可喜那样明智、有远见卓识，还在力图保住自己的利禄名位，幻想世守云南。他也明知，朝廷对他不放心，这使他的思想陷入深深的矛盾之中，而尚可喜自请撤藩，又把他置于进退维谷的境地。撤吧，实非本愿；不撤吧，朝廷对自己的疑忌如此之深，如何是好？他徘徊不定，顾虑重重。倘走错一步，会导致无法预料的后果。他召来一班亲信，反复商酌，意见不尽一致。有一部分人主张，不妨先提出申请，看朝廷到底是什么态度再说。最后，他觉得这个主意可取，跟儿子的建议基本一致，决定提出撤藩的申请。
于是，三桂命幕僚刘玄初起草辞职疏。玄初是四川人，原先在蜀王刘文秀府中，充任幕客，颇善谋划。刘文秀失败，三桂将他收留，放在自己身边，不时顾问咨询，很得信任。三桂让他写奏疏，他却持与众不同的看法。他对三桂说：“皇上很久就想把王调离云南，但特难开口。王上疏，一定会朝上而夕调。尚、耿两王愿辞就让他们辞去，王可永镇云南，为什么非要效法他们呢？王不可上疏！”《平滇始末》，1页。
三桂一听此言，大伤他的尊严和自信心，很恼怒，气冲冲地说：“我马上就上疏，皇上一定不敢调我。我上疏，是消释朝廷对我的怀疑。”《广阳杂记》，卷1，179页。
康熙十二年七月三日，三桂给圣祖上了一道自请撤藩的奏疏，他写道：
臣驻镇滇省，臣下官兵家口于康熙元年迁移（指从汉中迁云南），至康熙三年迁完。虽家口到滇九载，而臣身在疆已十六年，念臣世受天恩，捐糜难报，惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩！今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩。仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插。《清圣祖实录》，卷42，19页。
比三桂的奏疏稍晚几天，七月九日，靖南王耿精忠也给朝廷写了一份撤藩的奏疏：
巨袭爵二载，心恋帝阙（他入侍北京多年，故有此说），祇以海氛叵测，未敢遽意罢兵。近见平南王尚可喜乞归一疏，已奉谕旨。伏念臣部下官兵，南征二十余年，仰恳皇仁，撤回安插。《清圣祖实录》，卷42，21~22页。
耿精忠撤藩，也是被迫的。他为消除朝廷疑虑，不得已表示了撤藩的态度。这从吴、耿的辞职疏中已看出，他们原不曾想到撤藩的问题。一个说，要报答世受“天恩”，只想竭尽心力镇守疆，不敢贸然请求“息肩”引退；一个说，东南沿海形势捉摸不定，不敢猝然罢兵而闲居。这些说法，是在向朝廷解释自己为什么没有先提出撤藩，都是为国为民而把个人利害置之度外。吴、耿都说，他们是在见到尚可喜撤藩的奏疏后，才敢提出撤藩的。圣祖和廷臣一看就明白，吴、耿撤藩不是出于自觉自愿，是被形势逼到这个地步的。
圣祖决意撤藩，而尚、吴、耿先后自请要撤，是他求之不得之事。他认为，撤藩由他们先提出来，总比朝廷先提为好。这样，朝廷可以光明正大地表态，问题就会顺利解决。所以，当廷臣分别送上三桂与精忠撤藩的报告时，他毫不迟疑地作了批示。他在三桂的报告上写了如下一段话：
王自归诚以来，克殚忠荩，戮力行间，功绩懋著，镇守疆，宣劳岁久。览奏，请撤安插，恭谨可嘉。今云南已经底定，王下官兵家口，作何搬迁安插，著议政王大臣等，会同户、兵二部，确议具奏。《清圣祖实录》，卷42，19页。
圣祖给精忠的批复是：
王祖父以来，世弹忠荩，戮力行间，功绩懋著，及王封镇守，劳著疆。览奏，请撤安插，恭谨可嘉。今福建已经底定，王下官兵家口作何搬移安插。著议政王大臣等，会同户、兵二部，确议具奏。《清圣祖实录》，卷42，22页。
圣祖做出了原则性的决定，批准吴、耿同撤。剩下具体问题，如何搬迁，安插何地等，交由议政王大臣同户部、兵部共同讨论落实。很快，他们就耿精忠搬迁的问题达成了一致意见：既然靖南王自请撤离福建，应将他本人并下属十五佐领官兵均行迁移。圣祖同意。《清圣祖实录》，卷42，26页。
但是，在讨论吴三桂撤藩时，出现了两种根本不同的意见：户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人主撤，兵部尚书明珠赞成。《清史稿·明珠传》，卷269，9992页。他们认为，应将吴三桂本人和所属官兵家口全部迁移，在山海关外“酌量安插”。云南方面，土司“苗蛮”等族杂处，不得稍微忽视防御，在三桂迁移时，应暂派满洲八旗兵戍守，等戍守官兵到云南时，该藩启程。满洲八旗兵如何派拨，四营绿旗兵如何归并，该藩沿途须用钱粮及人夫等项，应由户部详议。《清圣祖实录》，卷43，2页。多数廷臣持相反意见，其中内弘文院大学士图海、索额图等，主张最力。他们说，吴三桂镇守云南以来，地方安定，总无“乱萌”，现在如将他迁移，不得不遣兵镇守。兵丁往返，加上平西王及属下迁移，沿途地方百姓驿站兵丁苦累，而且戍守云南之兵，都要暂时派遣，骚扰地方，亦未可定。应令吴三桂继续镇守云南。《清圣祖实录》，卷43，2~3页。
圣祖为慎重起见，又指令议政王大臣会同户兵两部及九卿科道诸臣再进行讨论，希望取得一致意见再上奏。会议结果，还是两种意见对立，未能取得一致看法，只好上奏圣祖，请他裁决。《庭闻录》，卷4，14页。在这种情况下，圣祖独断，正式做出撤吴藩的决定：
吴三桂请撤安插，所奏情词恳切，著王率领所属官兵家口，俱行搬移前来。其满洲官兵，不必遣发。如有用满兵之处，该藩于起行时，另行奏请，然后遣发，俟官兵到后，王来亦不至迟误。余依议。《清圣祖实录》，卷43，3页。
根据圣祖的决定，兵部建议：三桂所属绿旗援剿左右前后四镇官兵共一万二千人应留下，分驻武定、曲靖、楚雄等地，令总督提督统辖。《平定三逆方略》，卷1，9~10页。圣祖同意。撤吴藩的大事就这样最后确定下来。
在撤藩这个问题上，尽管圣祖做出了全撤的决定，然而，事实上，却存在着严重的分歧。事情绝非如圣祖想的那么简单，以为一道圣旨就可以解决问题。面对三藩同时要求撤藩，圣祖和阁臣们也明知他们中有自愿有被迫的复杂情况，应当慎重地估量当时的客观形势和撤藩可能产生的后果，多设想几种方案以供选择，防患于未然，是完全必要的。归纳起来，可有五种方案选择：
其一，恪守清太宗以来，世祖、多尔衮和圣祖继位后多次许下的诺言，如“世世子孙，长享福贵，如山河之永也”。三藩“大功茂著，宜膺延世之赏，永坚带砺之盟”。“王其巩固封疆，殚抒筹策……功名永重山河。”《八旗通志·耿继茂传》（初集），卷175，4283页。要三藩镇守南疆，“屏藩王室”。这就是说，永不撤藩，子子孙孙世袭王爵，与清朝相始终。这些诺言和盟誓，都写入赐封的金册之中。这在实际中是很难办到的。因为事物的发展变化并不依人们的愿望为转移，当诺言与实际利益相冲突时，信誓旦旦的诺言，写进金册里的盟约，都会被撕得粉碎！
其二，将吴、耿、尚三王调到北京，以觐见为名，叙君臣之乐，借机把兵权收回。此法颇类“杯酒释兵权”。宋朝开国皇帝太祖赵匡胤，有鉴于前代（唐）藩镇之祸，采取释其兵权之法，于宴会上将握重兵的将帅之兵权收归己有，和平地解决了问题，逐除前代之祸，君臣相安无事。此即“杯酒释兵权”，成为千古美谈。诚然，历史不能照搬，但它所提供的历史经验足以作为借鉴；
其三，区别对待，分期撤藩，以分其势，逐个解决，如兵法上说的，各个击破；
其四，三藩同撤，一次性解决；
其五，不急于撤藩，即使尚可喜主动要求，亦可缓机图之，例如，等待尚可喜、吴三桂及其属下老一辈去世，留至第二代掌权时，可趁他们年轻，威望不重，再解决也不迟。
解决问题的途径是多种多样的，各有其可行性。圣祖采取了第四方案，即三藩同撤，一次性解决。而多数阁臣主张区别对待，即第三方案，分期撤藩。比较而言，实行这一方案较为得策。因为尚可喜主动提出撤藩，确是出于诚意，吴、耿要求撤藩实非己愿。针对这种情况，需要冷静、慎重地制定一项稳妥的政策。圣祖急于撤藩，欲毕其功于一役，根本没考虑到吴、耿在被迫的情况下撤藩将会产生什么后果，而大多数廷臣对撤吴藩已表示出顾虑重重。他们为什么坚持不同意撤吴藩？正如他们已向圣祖所表示的见解，他们考虑到云南虽然平定，但那里的情况复杂，潜伏着一定危险，如吴藩一撤，局势不稳，担心会出现反复。要说三桂图谋不轨，还没有抓到谋反的证据，朝廷无法说出口，以他对清朝的特殊功绩，贸然撤藩，未必令人心服。三桂早已交通朝中诸臣，关系密切，他们是同情他的。在他们心中还有一层隐忧：“三桂专制滇中十有四年，位尊权重”《庭闻录》，卷4，12页。，处理不当，后果不堪设想。
不管人们出于何种动机，提出吴藩留镇的意见是值得重视的。第一，它把吴藩同耿、尚相区别，分期撤藩，有利大局稳定。从三藩的情况看，尚、耿本身力量不足，威望都在三桂之下，可喜降清早，与朝廷的关系密切，一向恭谨，忠心耿耿。而耿精忠已属耿藩的第三代，他本人是皇室的额驸，年轻功少，没有号召力，即使他被迫撤藩，他也没有胆量敢首先发难。因此，先撤尚、耿二藩，不大可能引起骚动。第二，三藩中最主要的危险是吴三桂，他的实力、威望与权势并重，他的动向具有举足轻重的影响，要设法稳住他，使他不敢轻举妄动。第三，撤去尚、耿两藩，等于剪去吴藩羽翼，并及时向福建、广东速派满洲八旗精锐镇守，吴氏便被孤立，即使他发动叛乱，亦失两藩之助，平叛也易。恰恰在这个命运攸关的重要问题上，圣祖没有认真对待大多数人的意见，坚持说：“吴、尚等蓄彼凶谋已久，今若不早除之，使其养疤成患，何以善后？况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之可也。”昭梿：《啸亭杂录》，“论三逆”，卷1，3页；参见《清史稿·明珠传》，卷269，9992页。他不加区分地把吴、尚（当然也包括耿）都看成是敌人，都施之以“先发制人”，未免失于鲁莽。例如，说尚可喜也蓄“凶谋”，是毫无根据的。后来，当叛乱发生，尚可喜至死未叛，矢志忠于朝廷，这对圣祖的不实之词是一个有力的反驳。再说吴三桂，说他早有异志，也缺乏充分的根据。圣祖同阁臣们的秘密谈话，表明一个有见识的满族统治者对拥有实力的汉族异姓王的畏惧心理，已到了惶惶不安的程度！他用“撤亦反，不撤亦反”的三藩“必反论”来吓唬反对撤藩的廷臣，并为自己的撤藩主张制造根据。因此，他终于采取了三藩同撤的政策。
吴三桂估计朝廷一定会挽留他，同尚、耿两藩有所区别。这个估计没有大错，因为事实上正如三桂所预料的那样，多数廷臣是不同意撤吴藩的，他们的意见能够左右圣祖，不致做出违背他的愿望的事。但是，他却低估了年轻的圣祖判断问题的能力、不受任何人摆布的自行其是的特殊性格。他以假意求撤，而圣祖真撤，结果弄假成真，木已成舟，已经无法挽回！