吴三桂自受命镇守云贵，就有一个长远打算：他要世世代代以云贵为家，把这一广大的肥土沃野作为他及其子孙的世守藩地。他一心要仿效明朝的黔国公沐氏，做清朝的“黔国公”，与清朝相始终。
云贵原为明朝黔国公沐氏世守的故地。早在明洪武十五年（1382年），沐氏始祖沐英即受命镇守云南。沐英，定远（安徽宁远）人，十余岁时，被太祖朱元璋收养，一度改姓朱。长大后，随军出征，屡立功勋，深得太祖信任。洪武十年，封西平侯。洪武十四年（1381年），南征云南时，他已是一员重要的战将，智勇双全，从元朝手中夺取了云南。战争结束后，太祖就把他留镇云南。元朝余部和仍受元朝影响的少数民族不时策动反抗活动，都被沐英逐一平定。沐英威镇四方，云贵局势日愈稳定。太祖非常满意。洪武二十二年（1389年）冬，沐英入朝南京，太祖赐宴奉天殿，赏赐大量黄金、白银等贵重物品。临别时，太祖用手抚了抚沐英的肩背，亲切地说：“使我高枕无南顾之忧的，就是你沐英啊！”表示了对沐英的完全信赖和期待。洪武二十五年（1392年），沐英病故，追封黔宁王。自沐英死后，其子沐春袭爵，沐春死，无子，其弟沐晟袭爵，始封黔国公。从沐晟后，明朝的历代皇帝都准许他们的子孙继续世袭黔国公爵位，镇守云南。《明史·沐英传》，卷126，38页，上海古籍出版社影印版。云贵真正成了沐氏子孙世袭的领地。自朱元璋开始，重建同姓诸侯王，沐氏虽生前都不得封王，但其地位同朱氏诸王无别，而且世袭不变，这在明朝可算是一个例外。因为作为异姓的沐氏，享国最久，竟与朱氏诸王一样，跟明朝相终始。从朱元璋在世时的第一代沐英，到崇祯、南明永历两朝的沐天波，已历十二代。前文已交代，沐天波随永历避难于缅甸，又遇害于缅甸。永历被俘，南明亡国，沐氏爵位与世袭也随之而烟消云散。《小腆纪传·沐天波传》，卷20，214页。
明朝允许沐氏世守云贵，那么，清朝是否也允许吴氏世守云贵呢？这的确是个谜。朝廷在任命三桂镇守云南时，洪承畴就曾援引明朝沐氏世袭云贵例，建议命三桂世守云贵。这很符合三桂的愿望，因为给他这一块土地，已满足了他的利益要求，也符合清朝入关时许诺的裂土封赏的条件，他对此感到满意。他期待他的平西王爵可以世代传下去，让吴氏子子孙孙永享富贵。这是三桂镇守云贵的基本想法。因此，他开始苦心经营，积敛财富，广殖田产，大建宫室，他的亲属部将也都营建家室，以为永久之计。这时，还看不出三桂有阴怀异志的迹象。康熙曾说“三桂蓄异志久”《清史稿·吴三桂传》，卷474，12843页。；一些史书也说他“不轨之志，固不待知者而后知也”《四王合传·吴三桂传》。。这都是在吴三桂叛清事后对前因的一个推测，而清朝要撤藩，便不能不找个借口。现今某些论著也都这样认定，是不符合事实的。
三桂的愿望如此，然而，他对朝廷有朝一日改变政策不无担心。在洪承畴离云南时，三桂曾密求固守之法，已透露了他的心事。三桂并非是一介武夫，他对历史颇为熟悉，像“高鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹”一类的惨剧，他应该有所记忆。历代许多王朝，往往在取得了全国的统治权后，大肆屠戮功臣宿将。这就如打猎一样，鸟打尽了，再好的弓箭也没用了；抓到了兔子，猎狗就成了多余，不如与兔子一起杀掉吃肉。三桂一想到这一幕幕惨剧，不能不心有余悸。因此，他“怀‘藏弓烹狗’的虑深”《庭闻录》，卷4，11页。，极力保住兵权，掌握军队，以图自固，才不致被任意宰割。
三桂对朝廷的疑虑不是杞人忧天。从表面看，清在入关前，就实行“满汉一体”的政策，对满汉文臣武将一视同仁。其实不尽然。凡属征伐，满族贵族掌兵权，政府六部首脑，皆以满官为头。处于一般地位的汉官，朝廷还可放心，但身处显位又掌握军队的汉将就不同了。朝廷对他们是放心不下的。既要用他们，还给予必要的监视和控制，体现了朝廷对汉官汉将政策的两重性。采取留子（或亲属）于京师的办法，就是对他们最好的控制。汉官中权重位宠的，莫过于三桂及尚可喜、耿仲明、孔有德等人。当他们长驱南下后，三桂把长子吴应熊、尚可喜把三子尚之隆、耿继茂（其父耿仲明已去世）先后把二子昭忠、三子聚忠送京师，入侍世祖。康熙七年六月，尚可喜又主动把长子尚之信送来“入侍”圣祖，受到皇上的嘉许。《清圣祖实录》，卷26，14页。朝廷明里给这些入侍的子弟以优厚的地位，都招为额驸，极示笼络之意；实则暗里将他们当作人质。三桂等人的儿子掌握在朝廷手中，不敢心存叛逆之念，只能小心谨慎地尽忠于大清王朝。
朝廷与三桂等人各怀心事，是不言自明的。既然他们的儿子留在京师，他们正好利用这个条件，时刻探听朝廷的动向。三桂有此考虑，特把他的一个亲属胡心水安排在应熊身边，嘱咐他说：“吾子年少，不懂事，烦你代为照料一切事。”胡心水心领神会，悉心掌管应熊额驸府中日常庶务。他“挥金如土，上下左右无不相得”。凡有关吴三桂的事，都靠买通的朝臣替他说话。《平吴录》，3页。他专刺探“密事”，及时向三桂报告；《庭闻录》，卷6，5页。应熊也留心朝廷举动，“多聚奸人，散金钱，交通四方”，凡大小事，他都“飞骑报闻”。《庭闻录》，卷4，13页；《清史稿·王熙传》，卷250，9694页。三桂虽身在数千里之外，朝中一举一动，无不了如指掌。朝廷与三桂的相互疑心，彼此心照不宣。当然，朝廷尽量做得不让他们觉察出朝廷的疑心。可是，随着大规模战事的结束，大局稳定，朝廷便发现手握重兵的这几个异姓王对它是个潜在的危险。这种担心与日俱增。朝廷的疑虑，很快就被朝中个别大臣一语道破。早在顺治十八年，四川川北道杨素蕴最先发难，首次揭发三桂擅自用权，随便选任云南官吏，“有碍国体”，第一次给朝廷敲了警钟。继杨素蕴之后，康熙七年，又有甘肃庆阳府知府傅弘烈参劾三桂，直言三桂“必有异志，宜早为防备”。在逆迹未显，缺乏足够的证据的情况下，朝廷是不敢轻易触动三桂的，只能制裁傅弘烈。经部议，认定他“越职言事，劾奏亲王”，犯有诬告罪，将他逮捕，判处斩刑。康熙九年，圣祖予以减刑，发充广西梧州军中效力。《清史稿·傅弘烈传》，卷252，9727页。参见《平吴录》，4页。接着，中城御史李棠，也因参劾三桂受到革职的处分。《平吴录》，4页。
虽说朝廷处分了参劾三桂的官员，但从皇帝到朝中大臣们不会无动于衷。历代凡武将权重，威望超过了皇帝，制造叛乱夺权的事件，已不是个别事例，而眼前面对这几个强大的异姓藩王，不可能熟视无睹，只是时机未到。再说南疆还不安定，朝廷还非常需要利用他们的力量来巩固它在这一广大地区的统治。所以，杨素蕴等人受到严厉处分，不是说得不对，而是发之太早，惊动三桂等人，会把事情弄糟的。显然，朝廷处分杨素蕴等人，是在安抚三桂。同时，却不动声色地采取实际步骤，逐步削弱三桂的势力。执掌朝中大权的鳌拜开始调散三桂党羽，先后把云南、贵州总督赵廷臣调任浙江总督《清圣祖实录》，卷4，15页。、调张勇为宁夏提督《清圣祖实录》，卷23，29页。、王辅臣为固原提督、马宁为山东提督、李本琛为贵州提督、吴得功为湖广提督、严自明为广东提督、刘进忠为潮州总兵、王进功为福建提督。这些人原都是三桂的心腹将领，朝廷把他们逐一地调离云南。三桂曾精心建置“忠勇营”、“义勇营”，安插自己的亲信。康熙四年五月，朝廷重新调整两营将官的任命，改换驻地：命云南广罗总兵官赵良栋为贵州比喇总兵官、云南“忠勇”右营总兵官刘之复为贵州大方总兵官、云南“忠勇”前营总兵官李如碧为贵州水西总兵官、云南“义勇”中营总兵官王会为广罗总兵官、“忠勇”后营总兵官塔新策为贵州定广总兵官、贵州思南总兵官王平为安笼总兵官。《清圣祖实录》，卷15，15~16页。康熙五年九月，改乌撒土府为威宁府；六年二月，将塔新策调任为威宁总兵官。《清圣祖实录》，卷21，10页。康熙八年三月，又把贵州平远（比喇）总兵官赵良栋远调山西大同任总兵官。《清圣祖实录》，卷28，12~13页。
朝廷把三桂的两营部分将官调离云南，以便分散三桂的势力。
康熙五年二月，朝廷又进一步采取组织措施，再次削弱三桂的“忠勇”、“义勇”的军事实力。以增设云南开化镇总兵官为名，裁去“忠勇”中营总兵官缺，所属官兵，归并到开化镇统辖，其总兵官由原“忠勇”左营总兵官高启隆出任，并调“忠勇”中营总兵官马宝任曲寻、武霑总兵官。《清圣祖实录》，卷18，7~8页。
几经朝廷调动，三桂所建的“忠勇”与“义勇”两营已属有名无实。
在朝廷采取某些组织措施时，特别是傅弘烈等人直书三桂有“异志”时，已引起三桂的严重不安。
三桂手下有个浙江人，叫吕黍子，他献策说：“亲王权尊势重，致使傅（弘烈）、李（棠）敢于参劾。何不营造园亭，多买歌童舞女，日夜欢娱，使朝廷勿疑。”《平吴录》，4页。
吕黍子用的是古人的韬晦之计。就拿刘备来说吧，当年他寄篱曹操之下，惟恐志向被曹操识破，便装得整天无所事事，以莳弄园田自娱。吕黍子让三桂追欢逐乐，既符合他的愿望，又避去朝廷的怀疑，何乐而不为！三桂感到此策甚好，欣然接受。
三桂明白，光是追欢逐乐还不足以释去朝廷之疑，还必须采取实际步骤，拿出行动来。至关重要的莫过于军队，朝廷对此疑心最大，已屡次讨论要裁减他的部队。于是，他适时地提出裁减军队，力图变被动为主动。至康熙四年五月，在平定水西、乌蒙之后，三桂立即请求朝廷，将云南省的额兵进行裁汰。他计划裁去额兵7200名，其中将1800名兵士调到广罗、蒙景两镇和云州、马龙两营，实裁兵士5400名。应裁将官，除总兵官以下将领另行改任外，实裁将领副将1员、参将1员、游击1员、千总2员、把总4员。三桂还要求，把他的“忠勇”等五营全部裁去。他要求裁军，正符合朝廷的本意。兵部讨论了他的奏疏，立即表示同意，圣祖批复照准。《清圣祖实录》，卷15，12~13页。
三桂自请裁去了5000余名士兵，不过是做出了一个姿态，对他的实力还构不成根本损害。
正当朝廷不时以疑虑的目光注视云南时，又发生了有人给吴三桂“上血书”的事件。上书的人，名叫查如龙，他原是南明弘光政权某部的官员，后流落江湖，以反清复明为己志，到处活动。至康熙初年，他伪造全国各省总督、巡抚、提督的书信，其官封、印信、花押、图章，非常逼真，令人很难识破。他伪造的信中，都有“联络声气，共图举事，恢复中原”的内容。他把这些伪信汇为一册，携带身上，前往云南。他宿于离昆明不远的一座寺庙中，咬破食指，给三桂写了一封血书，大意是：
天下督抚提镇及朝中大臣，皆有同心，待王为盟津之会（武王伐纣，会八百诸侯于河南孟津渡口）。大王，您是华人，当年之事（指吴降清），出于不得已。今天下之机杼把握在王的手里，王如果出兵以临中原，天下响应，此千古一大时机啊！
查如龙写好血书，托付一个侍童送到三桂王府。他企图让人们都知道这封信，给三桂施加压力，造成迫使他不得不从之势。侍童到了昆明，却没有办法进王府，他徘徊了一阵。返回到寺庙，把信退给了查如龙。投书不成，他到了曲靖府，不慎犯了事，被知府李率祖拿获，所有伪造的信札和写给三桂的血书等都被查出。李率祖与三桂不和，得此物证甚是高兴。但见其书札稿中牵连各省官员，无一遗漏，就都给烧掉了，只留下血书，申报督抚，上达朝廷。李率祖不能不报告三桂，并把查如龙交给他处置。三桂命千总董三纲把查如龙押解进京。临行，查如龙大叫：“我死，你灭九族之日也不远了！”至京，朝廷以叛逆十恶不赦之罪判凌迟处死。刘献延：《广阳杂记》，卷4，178~179页。查如龙写血书，与三桂本无关系，但他使朝廷感到三桂的存在，总是一个祸根，因此疑忌更深。
尽管三桂让出了一部分权力，朝廷对他的防范却日益明显。过去，凡三桂题请，兵部、吏部直至皇帝无不应允，大约从康熙五、六年之交开始，三桂题补各官，多不批准。此时，三桂安插在京师的心腹胡心水刚刚死去，“内外不相炤应”，使三桂失去了一个耳目，与京师的关系也陷入停顿状态。三桂的女婿、胡心水的侄儿胡国柱和重要谋臣、参赞机务的方光琛向三桂进言：“朝廷已怀疑王，王应当想个自全之计。”《平吴录》，4页。三桂以退为进，于康熙六年（1667年）五月上疏朝廷，自感“两目昏瞀，精力日减”，请求辞去总管云贵两省事务。《清史稿·吴三桂传》，卷474，12842页。
圣祖毫无挽留之意，马上批示：“王久镇疆。总理两省，勋劳茂著，倚毗方殷。览奏，知两目昏瞀，精力日销，皆因事繁过瘁，深轸朕怀。云贵两省事务，应作何管理，著该部（指吏部）议奏。”《清圣祖实录》，卷22，10页。
刚亲政的康熙已作出明确的决断，原则上表示同意三桂的请求，他所要求吏部的，是三桂辞去云贵总管后，如何管理两省事务，要拿出具体方案。
圣祖批示十二天后，五月三十日，吏部很快议定：“应将该藩（指三桂）所管各项事务，照各省例，责令该（两省）督、抚管理，其大小官，亦照各省例，臣部（吏部）题授。”圣祖当即批准。《清圣祖实录》，卷22，11页。
到康熙六年，三桂已满55岁，论年龄还没到昏昏然的程度。数年后，他起兵叛乱，精神抖擞，满有劲头，与此时的他判若两人。显见，他说“两目昏瞀”，精力衰减不是心里话。圣祖和廷臣就来个顺水推舟，在对三桂的赞扬声中，批准了他的请求，趁机又把他的选任大小官员权收回吏部。三桂一看朝廷一意收他的权，干脆把选任武官的权也上缴。朝廷也不谦让，又一并收回。
三桂辞总管云贵事，交回用人权，所剩权力无几，仅剩个高贵的亲王名号。他失去了大权，就成了食君禄无所事事的“闲王”了。
一向热衷权力的吴三桂，一旦失去权力，心中怏怏不乐。他的部属却沉不住气了。方光琛等人着急地说：“王还不明白朝廷的意图吗？”久历朝事的三桂何尝不明白！可他能说什么呢？他只有沉默，闷闷不语罢了。《平吴录》，4页。
到九月底，云贵总督卞三元、云南提督张国柱、贵州提督李本琛忽然联合上奏，力陈三桂功劳，要求朝廷仍命三桂总管云贵事务。《清圣祖实录》，卷24，8页。
本来，朝廷把三桂所掌管的权力归还云贵总督、巡抚、提督等文武将官，照理，他们应高兴，可是，他们却一反常理，居然不肯接受应得的权利，宁愿给三桂。三桂对此如何想，没有材料予以证明。但从他们跟三桂的密切关系，可以肯定，卞三元等人的举动是得到三桂的默认和鼓励的。朝廷既然把三桂总管权收回，怎么可能又还给他！皇帝已做出的决定，一般来说，做臣子的是不敢再另有要求的。卞三元等人的疏言有忤皇帝意旨，按说轻则受申斥，重则要丢官！出乎意料的是，圣祖没有动怒，特作解释：“该藩以精力日为销减奏请，故照所请允行。今地方已平，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方，遇有军机，王自应料理。”《清圣祖实录》，卷24，8页。
圣祖的口气相当平和，丝毫也没有责备之意，解释也颇合情理，主要还是从爱护和关怀三桂出发，才批准了他的请求的。圣祖还采取灵活的变通办法，如遇有军事，仍由三桂“料理”，这等于授予三桂临时用兵的权力。圣祖很明智，因为他没有必要，至少在此刻无须激化和加剧矛盾，使三桂与朝廷离心离德，这不符合朝廷的根本利益。圣祖的一番温言细语，卞三元等人也就无话可说了。
三桂自请辞总管等权，朝廷迅速照准，实际是削去他在云贵的军政大权，圣祖和他的心腹大臣也担心引起三桂的怀疑，便马上进行安抚。康熙七年（1668年）正月，提升三桂的儿子和硕额驸吴应熊为少傅兼太子太傅。为显示皇恩浩荡，一视同仁，同时还提升已故靖南王耿仲明的孙子耿聚忠、耿昭忠及平南王尚可喜三子尚之隆为太子少师。《清圣祖实录》，卷25，10页。相比之下，吴应熊的爵位仍高于耿聚忠等三人，这向三桂明确暗示，朝廷对他们父子恩遇独厚。朝廷在提升应熊爵位后，约于康熙八、九年之交，命他赴云南探望父亲三桂，又一次表示出朝廷对他关怀备至。《清史稿·吴三桂传》，卷474，12842页。命应熊出京探病，足以安慰三桂。在这方面，朝廷既显出胸怀大度，符合人之常情，还不透露其怀疑，仍然信赖如常。三桂也知趣，于康熙九年八月初给朝廷奏报：八月二十六日，“仍遣吴应熊自滇赴京”。《清圣祖实录》，卷34，8页。应熊探病后，三桂不敢多留儿子，很痛快地打发他回北京，表示出他对朝廷的不变的忠心。
三桂辞去云贵总管后，已无多少事可干，仅据《清圣祖实录》，自康熙六年辞去云贵总管后，《实录》极少载三桂事，而直接记录几乎绝无。由此可见，三桂政事已大为减少，军事活动也基本停止。差不多每天跟自己的侄儿、女婿等至亲靠近的人在一起宴乐。闲来无事，就跟他们到“箭道”演武场较射比箭。远处悬一铁甲为目标，凡箭能射中、穿透铁甲的，“罪函人”；箭矢弯曲而不能穿透铁甲的，“罪矢人”。后又改为赏赐。此事被朝廷知道（显见朝廷密切注视三桂的一举一动），圣祖就派侍卫吴丹前去昆明，携带弓箭数千副，代表朝廷，赏赐给三桂的将士。三桂陈兵于校场，率左右梅勒、固山、章京等将领，接受赏赐，遥向圣祖谢恩。仪式举行完毕，三桂陪同吴丹检阅将士，比射箭法。多谋的吴三桂隐匿精壮将士，专派老的上场比射。吴丹回京复命，报告了他对三桂的考察，朝廷对三桂的疑虑稍为减轻。《平吴录》，5页。
康熙十一年（1672年），三桂满60岁，举行大寿庆典。应熊同他的爱妻及其子世璠一同来昆明祝寿。三桂非常高兴，悄悄对方光琛等人说：“可见朝廷不疑我，你们都要谨慎些。”《平吴录》，5页。
朝廷与三桂互相猜疑，也是难免之事。朝廷虑三桂势大，与它分庭抗礼，威胁皇权；三桂一心世守云南，疑朝廷不履行诺言，惟恐撤其藩地。自云南安定后，彼此猜忌日益加深，但双方都很谨慎，尽量消除对方对自己的怀疑。从朝廷方面说，鉴于历代教训，它不会贸然行动，挑起纷争，激化矛盾，这不符合以圣祖为首的统治集团的愿望。从三桂方面说，他也不愿意跟朝廷决裂，而决裂就意味着战争，这同样不符合三桂的根本利益。双方都想避免矛盾加深，也各自做出一定努力，企图缓和气氛。所以，双方的猜疑也时强时弱。但是，三桂以及尚可喜、耿精忠三藩的“独立王国”与清朝中央日益加强的专制体制之间有着无法克服的矛盾。从满汉关系来看，在广大汉人特别是在士大夫阶层，对满族贵族的统治还不是心甘情愿的，民族矛盾在一定程度上存在着。清朝统治者自知是一个少数民族统治有数千年文化积累的广大汉人，时时存有临渊履冰之虑，尤其是三个汉人异姓王占地如此广大，兵力如此厚实，资财如此雄厚，清朝统治者无论如何都不能高枕无忧，它已把三藩问题看成是一个隐患，因而高度警惕，密切注视他们的举动。它对“三王”种种优待，意在笼络，采取不断加恩，不断晋爵，乃至联姻，都是为了稳住他们，一旦时机成熟，它还是要撤藩，以求一劳永逸地从根本上消除隐患。这就是说，从主观上看，朝廷也不愿三藩永久地存在下去。因此，三桂等三藩跟朝廷的矛盾是不能消除的，双方的破裂，仅是时间问题！