顺治十六年三月，朝廷命三桂留镇云南，总管云南军政一切事务。康熙元年十二月，在三桂已全权掌管云南后，圣祖和四辅臣又把贵州交由三桂全权管理。圣祖（实则是四辅臣）指示吏部、兵部说：“贵州接址云南，皆系疆要地，且苗蛮杂居，与云南无二，其一切文武官员、兵民各项事务，俱照云南例，著平西王管理。”《清圣祖实录》，卷7，25页。
由于朝廷的特许，吴三桂取得了对云贵两省的完全支配权。这样，便形成了三桂王云贵、尚可喜王广东、耿继茂王福建的“三藩”并立的局面。“三王”中，无疑三桂占地最多，兵力最强，势力也最为雄厚。
终清之世，异姓受封为王的，只有五人，最先受封的是，“恭顺王”孔有德、“怀顺王”耿仲明、“智顺王”尚可喜，合称“三顺王”。他们是在清入关前天聪七年、八年间先后降清，而受封为异姓王。顺治六年，“三顺王”改封号，尚可喜为平南王，平定两广，藩守广东。耿仲明为靖南王，在南下途中死于江南，其子耿继茂袭爵，后病死，其孙（继茂之子）耿精忠嗣继。孔有德为定南王，进军广西，于顺治九年兵败桂林，自焚死。因无子承袭，爵除。吴三桂归降稍晚，迟至顺治元年，清军入关，在山海关前率部投降，即封为平西王，再进封为亲王。原封爵四王，孔有德死后，剩吴、耿、尚三王，各据藩地，并称“三藩”。最后是孙可望，他于顺治十四年降清后，封为“义王”，驻京师，无辖地，亦无政治作用。
清朝入关前后，为何不吝封异姓异族为王？这里既有主观因素，也有客观形势的要求。这要追溯到皇太极时期，是他开其端，首先破例，一次就封了孔、耿、尚三个异姓的汉人为王。皇太极与其父努尔哈赤不同之处，他的目标不只是在关外东北地区立国，而是要进居关内，同明朝争天下。为实现这个目标，他打破民族的狭隘观念，大量起用汉官汉将，不惜封王封爵，借以笼络和招徕大批汉官汉将，有利于瓦解明朝而壮大清朝的自身力量。对他们中功高、有较特殊贡献的，非以仿古制封王而不足奖赏。孔、耿、尚归清（后金），既不是兵败被俘而降，也不是被清（后金）兵围困而乞降，更不是孑然一身前来投靠的亡命者。他们都是先叛明并同它进行了规模不等的战斗，然后携带万余名将吏兵丁、家口和大批军资，主动投向清朝（后金）的。这一点，皇太极看得很清楚。例如，在尚可喜率众航海来归时，他对满汉蒙古贝勒诸大臣说：“广鹿岛副将（尚可喜），招抚长山、石城二岛，携民来归，非以我国衣食有余而来也，承天眷佑，彼自求附。”他认为后金兵“不费一弓，不折一矢，而王（尚可喜）率甲众卷，倾心归命，首建大勋，为国家肃清海岛，此识时之俊杰，宜有以优礼之”王先谦：《华东录》天聪九，3~4页。。他在敕书中高度赞扬尚可喜“全携兵民，尽载盔甲器械，乘危涉险，航海来归，伟绩丰功，超群出类，诚可嘉尚”《清太宗实录》，卷8，16~17页；参见《尚氏宗谱》，“先王实迹”。。他对先尚可喜归诚的孔有德，耿仲明给予了几乎相同的赞扬。至世祖继位时，又有吴三桂投诚。他有雄兵猛将三万余人，接引清兵入关，联合击败李自成精锐，为清兵入主中原举行了一次悲壮的奠基礼！三桂为清朝建此大功，更非孔、耿、尚三人所能比拟。故“平西王册”文内载其“洞识天时”，于摄政王多尔衮率军西征之际，“遣官归命军前”，“开关迎入”，与清军“破贼兵数十万，底定中原，大功茂著，宜膺延世之赏，永坚带砺之盟”。其后，又以平定云贵、擒获永历的特大功劳，晋封亲王，地位又远远高出耿、尚（孔有德已死）之上。有功给赏，功高重赏，是清建国以来笼络汉官汉将的一贯政策。事实证明，这一政策鼓励了他们矢志为清朝效力。这就是说，当初封异姓汉人为王，实是当时实行的一项特殊政策，也是清朝的政治需要而必须采取的特殊做法。
但是，“三王”所领之地，不是封地。圣祖在给吴三桂晋封亲王的册印中说得很清楚：“朕登大宝，特仿古制，视诸臣功德差等，授以册印，俾荣及前人，福流后嗣。”《明清史料》丁编第8本，701页。这段话概括地表达了自皇太极以来，封王与历代的那种分封有着根本的不同。清朝的做法，仅在封王的名称上“特仿古制”，而在实质内容上却有别于历代的分封制。周代以后的分封诸王，多各有自己的领地，在这块领地上享有全权，实则是国中之国。清代所谓封王，是爵位之名，地位崇高，待遇优厚，不具有封藩的意义。即使皇室中封王的，也不给封地，都住京师，不具有政治权利，只有他们出任朝廷某种职务时，才握有该职务所规定的一种权力。当初皇太极所封孔、耿、尚三王分驻辽阳与海州（今辽宁海城），此为驻防地，并不是封地。顺治时，仍然沿袭这一体制，并无根本性的变化。当时，正处于千军万马纵横奔驰的征战状态，一无藩地，二无特殊权力的规定，不过待遇比关外更优厚些。当战事稍缓，大规模战争逐渐结束时，便把他们陆续调到关外各自的家乡驻防。尚可喜于顺治二年自江西班师，“还镇海州”《贰臣传·尚可喜传》。，孔有德与耿仲明“还镇辽阳”《贰臣传·耿仲明传》。。与此同时，吴三桂在追击李自成致其死后，也班师回京，“出镇锦州，所部屯宁（远）、锦（州）、中右、中后、中前、前屯”等清军入关后不设防的已弃城镇。《清史稿·吴三桂传》，卷474，12837页。
然而，形势的发展，再次把他们推上历史的舞台。在李自成牺牲后，其主力也被消灭，而余部仍活跃在西南地区，与张献忠部联合起来进攻清军；亡明的部分将领也在南方各地集合散兵溃卒，不时地攻城夺地，先后出现了弘光、隆武、永历等南明政权，构成了一股强大的抗清武装力量。这些武装抗击活动相当顽强，清军反复征剿，还是此伏彼起，闹得“疆圉弗宁”。清朝统治集团已经意识到，在完全陌生、政情与民情及气候条件复杂的南方，单靠满洲或蒙古八旗兵无法取胜。因此，世祖与多尔衮只得再次起用诸异姓王的部队，来对付难以力敌的农民军余部和南明的残余势力。顺治三年，回到关外才一年多的孔有德、耿仲明、尚可喜等奉命南征。同年，三桂奉命西征，“移镇汉中”。从此，他们一去不复返，为清朝守御鞭长莫及的南疆。这一切，从根本上说，完全是出于统一全国、巩固清政权的长远需要。
上述情况表明，清朝给予他们的只是驻防地，而不是封藩的领地。这就是，赐爵号而不“赐土”。
既然王爵不具有政治的与行政的权力，朝廷便临时授予他们某种特殊的权力。这样，王爵加上授予的特权，才使他们名高权重，得以发挥政治指导作用，换言之，可直接参加或干预国家的政治生活。世祖在世时，命三桂留镇云南，授予的权力包括：兵权，军队出征的指挥权；财权、钱粮、兵饷的支配权；民政权，民事庶务、地方兴除的管理权；人事权，当地官员考核、甄别荐举、弹劾、罢斥的任免权及赏罚权等等，地方一切事务，均授予裁决权，连本省的督抚大员也置于他的监督之下。朝廷在授予异姓王对当地的一切权力时，还特别规定：中央“内外各衙门不得掣肘”。三桂只对皇帝负责，“遵奉”皇帝的旨意行事。中央各有关部门对三桂所作所为只能是履行必要的手续，而不能干涉，更不许随便阻止。圣祖即位之初，又把贵州全盘交给了三桂，规定了享有同云南一样的权利。对尚可喜、耿继茂二王也作了同三桂相似的规定。恰恰是这些特权规定，使三王具有封藩、裂土分封的意义。
无论是世祖、圣祖，在授予上述特权时，都强调此系临时办法。主要考虑到云贵、两广、福建新近开辟，情况复杂，局势还不够稳定，不得已而行此暂时办法，希图借助他们的威望和兵力来尽快恢复和确保正常的社会秩序。实际上，“三王”的统治在某种程度上是一种军事管制。
朝廷却不曾料到，它给予的这些特权竟被三桂等“三王”所利用，为他们保持和发展个人的势力创造了条件。
三桂充分地利用了朝廷所给予的权力，极力扩充和发展自己的势力。他留镇云南伊始，就从军队入手，部署自己的力量。
吴三桂刚留镇云南不久，首先提出请设“云南援剿四镇”，在军事组织上安设重要将领为一个方面的统帅。顺治十七年十月，他的请求被批准，以朝廷的名义正式下达了任命。《清世祖实录》，卷141，11页。“援剿四镇”及其将帅是：
云南援剿前镇总兵官，以四川右路总兵官、右都督马宁充任；
云南援剿左镇总兵官，以四川左路总兵官、署都督佥事沈应时充任；
云南援剿右镇总兵官，以湖广益阳总兵官、署都督同知王辅臣充任；
云南援剿后镇总兵官、以都督同知杨武充任。
四镇并不驻扎在昆明，而是分驻云南四个重要地区：左镇驻武定府（武定）、右镇驻曲靖府（曲靖）、前镇驻楚雄府（楚雄）、后镇驻洱海卫，即云南县（祥云）。各镇的军事建制，在总兵官之下，设中、左、右游击3员、守备3员、千总6员、把总12员，计有骑兵600名、步兵1500名、守兵900名，此即为一镇之兵，共3000名，四镇为12000名。《云南通志》，卷13，“兵防”。这四镇，颇类后世的四大军区，其总兵为该地区的最高军事长官，均隶属三桂。至叛清时，这四镇兵是他的主力部队之一。
由于云南刚刚平定，极需要加强军事防守，这符合清朝的根本利益，故三桂一请设四镇即准。同一天，世祖又批准了一批武职人员充任云南各地区的军事长官。他们是：
原任经略洪承畴右标提督总兵官、左都督张勇，为镇守云南临安（建水）、元江（今仍名）、广西州（沪西）等处总兵官；
原任湖广左路总兵官、右都督张国柱，为镇守云南永昌（保山）、顺宁（凤庆）等处总兵官；
原任湖广中路总兵官、署都督佥事阎镇，为镇守云南大理、鹤庆（今仍名）、丽江（丽江纳西族自治县）、永北（永胜）等处总兵官；
云南团练火器总兵官王永祚，为镇守云南蒙化、景东、楚雄、姚安（今仍名）等处总兵官；
抒城侯狄三品为镇守云南广南，罗平（今仍名）等处总兵官；
祁阳总兵官、都督佥事刘文进，为云南曲靖、寻甸、武定、沾益等处总兵官。《清世祖实录》，卷141，11页。
以上，援剿四镇的将官和云南各地将官，多是由三桂提议、提名，朝廷例行手续批准的。
三桂所选用的四镇和云南各地区军事长官，多是原明朝和农民军的将领。四镇将领中，马宁原是明朝参将，于顺治二年降清，隶属汉军正白旗，官至四川右路总兵官，随三桂征讨永历。王辅臣曾参加明末农民起义，于顺治六年降清，隶属汉军正白旗，十年，任湖广总兵官，随征永历。沈应时降清后，以四川左路总兵官充任后镇总兵，这三人，在降清前都是武官，不属于李定国的部下，只有杨武是李定国的部将，率其所属残兵三千余人投降了清朝。此后，四镇总兵官又有所变动。前镇总兵于康熙十二年七月换成平西藩下护军参领陶继智充任，左镇总兵于八年七月改由王屏藩充任。右镇总兵于九年十一月改任云南副将王景，至十一年五月又撤换，以平西藩下参领张足法充任。后镇总兵在顺治十八年七月改任李定国部将祁三升，至康熙十二年正月再改任平西藩下长史、三桂的女婿卫朴。很清楚，三桂起初新任命的四镇总兵官，有的是李定国的部下，有的已经是绿旗兵的武官，有的是平西藩下的佐领。后来，三桂屡经撤换，选任了自己的心腹将领。显而易见，他的目的是巩固自己的势力，这是没有疑问的。［日］神田信夫：《平西王吴三桂の研究》，明治大学《东洋史》第2册，昭和二十七年。三桂所任命的云南各地区军事长官，同样是来自或农民军，或原明（包括南明）将领。他们大多是在三桂南下云贵征讨永历时，陆续被收降的。三桂对他们来者不拒，编入他的正规部队，并充分利用他们的力量来击败永历和李定国的抵抗。在战事基本结束时，他请命朝廷，授予正式的官衔，这些人摇身一变，成为大清王朝的命官，被三桂收为自己的心腹将领。
在设置“援剿四镇”的同时，吴三桂开始重新改编投诚的明朝与农民军的降卒。按照他设计的组建方案，拟设立两大系列营，分别命名为“忠勇营”、“义勇营”。在这两大营中，各分设中、前、后、左、右5营，总共计10营，每营设马步额兵1200名。因此，“忠勇”与“义勇”每大营马步兵6000名，合两营兵为12000人。两大营的将官，各有总兵官5员，游击5员、守备5员、千总10员，把总4员。以两大营的各小营共10营而言，每营有总兵官1员、守备1员、千总2员、把总4员。［康熙］《云南通志》，“兵防”，卷13，参见《清世祖实录》，卷133，3页。
吴三桂提名十员将领为各营总兵官，还开具姓名，增补中军、游击、守备等各军职。
三桂的上述报告，驰送北京，吏、兵二部立即进行讨论，没有提出任何疑义，“悉如所请”，一致通过，然后奏请世祖批准。世祖一看吏、兵二部已完全同意三桂的请求，而他自己也十分宠信三桂，便不假思索，挥笔批准。
三桂提名十员总兵官分领以下各营：
“忠勇营”所属五营和总兵官是：
“忠勇”中营右都督马宝
前营都督佥事李如碧
左营都督佥同知高启隆
右营参将刘之复
后营副将塔新策
“义勇营”所属五营和总兵官是：
“义勇”中营右都督王会
前营副将刘称
左营左都督马惟兴
右营都督佥事吴子圣
后营副将杨威
这支一万二千人的军队，是由投诚的降卒组成的，而各营的各级长官，也皆由“投诚将官”担任。总兵马宝、培新策、马惟兴、游击曹福德等人，是在顺治十二年五月率众四千余、马一千余匹，自澜沧江外降清。马宝、马惟兴都是孙可望信赖的战将，在永历政权中进封为公爵，他们在李定国、白文选与孙可望的斗争中，支持了定国，致使可望遭到失败。［明］金钟：《皇朝末造录》，卷上，151~152页。浙江古籍出版社，1986年版。。在永历政权接连被清军击败后，才投向了吴三桂。再有总兵李如碧，高启隆、吴子圣、王会、杨威，游击邓望功、韩天福、王朝兴等人，都是永庆政权的战将、武官，如吴子圣爵封“怀仁侯”《皇朝末造录》，卷上，154页。，居于重要地位。他们与马宝等几乎同时携众降了吴三桂。还有，总兵刘之复和塔新策原是永历赐封的巩昌王白文选的部下，在三桂南下云贵时投诚。以上参见《庭闻录》，卷3。十营总兵，除了刘称外，其余九名总兵官和上述提到的四名游击，原都是李定国和白文选的部属。因此，“忠勇”和“义勇”两大系列营从士卒到将官，都是原明与农民军的余部，经三桂的筹划，又重新组织起来，所不同的是，仅仅换了旗号罢了。难怪有人说：“盖云南之兵，皆系孙可望旧人，非随征员也。此辈在明朝为积贼，在逆藩为叛党……”刘昆：《南中杂谈》，转引自神田信夫：《平西王吴三桂の研究》，27页。这是说，后来这些投诚将卒都参加了三桂叛乱的军事行动。
援剿四镇与“忠勇”及“义勇”十营，连同从辽西带来的旧将卒，构成了三桂的嫡系部队，至康熙初年，虽然有所裁并，建置有所变更，其主要成分并没有改变。
吴三桂所属的军队，除了上述援剿四镇和“忠勇”与“义勇”两大营外，还有直属于他的军队，被称为“藩下”或“藩属”，也就是平西王属下之意。这部分部队与援剿四镇等兵不同，后者为国家即朝廷所有，三桂总管云贵兵政，自然隶属他管辖和指挥。而“藩属”的军队是属平西王府本身所直接掌握。这支军队，按佐领制组织：“计五丁出一甲，甲二百设一佐领”，共53佐领。《逆臣传·吴三桂传》，卷1、《圣武记》，“康熙戡定三藩纪上”，卷2，此记“三桂藩属五十三佐领”，下文又记“……甲二百设一佐领，积五十佐领”，似自相矛盾。魏氏所记53佐领，当源出《平定三逆方略》，卷1所记：“三桂及所部五十三佐领”。今从之。关于佐领数，《逆臣传·吴三桂传》没有记确数，只笼统地说“积数十佐领”，而康熙朝修《云南通志》卷13则记为佐领42，甲兵8400名。大概是最初为42佐领，而53佐领是后增加之数。神田信夫：《平西王吴三桂の研究》。按53佐领计算，其甲兵为10600名。顺治十七年六月，户部奏疏中曾提到，“云南平西王下官甲一万员名”《清世祖实录》，卷136，22页。，是举其大略，与53佐领的甲兵数基本吻合。《云南通志》所记42佐领，甲兵8400名，也是按每佐领甲200计算的。其藩下人口，按五丁出一甲，10600名甲兵应合53000口人。如把未成年的幼丁和老人、妇女计在内，三桂藩下所属人口，数目是相当大的。
吴三桂所属的53佐领甲兵，由左右两都统管辖。《云南通志》，“兵防”，卷13，“本朝开滇兵制”，参见《圣武记》，卷2，62页。就在三桂奏请设援剿四镇的时候，顺治十七年十二月，朝廷专给他属下增设副都统六员。《清世祖实录》，卷143，7页。官方实录未载六名副都统的姓氏。我们从目前已看到的诸种记载中，可以确定以下将领先后被任命为“平西藩下”的都统、副都统，左右都统。他们是：
都统白含真、杨珅《庭闻录》，卷2。、何进忠《清圣祖实录》，卷39，12页；《庭闻录》，卷4。、吴应期《清圣祖实录》，卷19；《庭闻录》，卷4。、吴国贵《清圣祖实录》，卷39，12页，《庭闻录》，卷4。；
左都统吴应麒（同期）《清圣祖实录》，卷21，6页。；
右都统吴国贵《清圣祖实录》，卷18，7页；《逆臣传·吴三桂传》，卷1。；
副都统高拱、高得捷《清圣祖实录》，卷39，12页；《逆臣传·吴三桂传》，卷1。、石国柱、王屏藩、何进忠、马宁、沈应时、吴应正、李可植、傅文元《清圣祖实录》，卷39，12页，《庭闻录》，卷3。。
在都统、副都统之下，还有参将、护军统领、护军参领。这些军职的人选，史书没有系统的记述，但从零星的记载，只知李良栋、线维明、张足法等任参领；巴克勇任护军参领，夏国相、陶继智等任护军参领。以上参见《清圣祖实录》，卷12、21、22、39、42；神田信夫：《平西王吴三桂の研究》。
毫无疑问，“平西藩下”的都统、副都统及其所属武官，都是他的亲信，是他的军队中最重要的将领。其中还有他的亲属，如吴应期是他的侄儿、夏国相是他的女婿。有一部分早在辽西时已成为心腹将领，如杨珅、吴国贵等都是，这些人，跟三桂有着密不可分的特殊关系。三桂就是通过他们，掌握着一支强大的正规部队，牢牢地控制着对云贵的一切权力。
不仅如此，三桂还选拔文职人员，出任云南从省到地方的各级官职。他们是：
湖广（湖北、湖南的合称）上湖南道副使胡允为云南布政使司参政，分守金沧道；
刑部郎中李煊为云南布政使司参议，分守洱海道；
四川重庆府知府何毓秀为云南按察使司副使管参事，分守临元道；
湖广辰州府知府苏弘谟，为云南按察使司副使、清军驿传道；
安陆府知府马逢皋，为云南按察使司副使，分巡临安兵备道；
永州府知府同知吉允，为云南按察使司佥事，分巡水利道；
四川保宁府同知纪尧典，为云南按察使司佥事，分巡金腾兵备道。
另外，调补四川川西道副使田萃祯，为云南按察使司副使，分巡洱海道；陕西关西道副使蔺一元，为云南按察使司副使，分巡曲靖道。《清圣祖实录》，卷143，7~8页。
以上新提升的九名官员，均系文职官员，兼管地方监察与军事。这些官员，都是从湖南、四川、北京、山东、江苏、安徽等省调来的。也是经吴三桂提名后，由朝廷提升任命的。他们跟三桂有无隶属关系，是否是三桂的亲信，尚缺乏史料证明。这里面，有两种可能，其一，确有部分人早与三桂有隶属关系，三桂提拔他们为己所用，便从外省罗致到自己门下；其二，虽无隶属关系，可通过他的部下的介绍和引荐，或三桂以个人所见，以为值得信赖的人，都招来云南，厚殖个人势力。
实际上，三桂已操纵了云南军政官员的任免权。这与中央集权制是相抵触的，朝廷却允许他自主其事，给予毫无保留的支持。然而，朝廷中部分大臣已看出三桂自主任免官吏，有违国家体制。就拿三桂提升胡允等九人的事来说吧。四川道御使杨素蕴首先提出异议，他上奏说：“臣阅邸报（即内部情况通报），见平西王恭请升补一疏，以副使胡允等十员，俱拟升云南各道，并奉差部曹，亦在其内”，他表示“不胜骇异”！并指出，“用人”是“国家之大权，惟朝廷得主之”，这一法规，从古至今，也不曾改变过。他举出在此之前任经略的洪承畴，虽“奉有吏兵二部不得掣肘之旨”，但在选用人时，也仅以军前效力显著，或经略五省中“人地相宜”，资历与俸禄相当的，酌量题奏。可是却从未听说从其他省中提取完全不相干涉的人，以及现任京官的到云南任职。三桂竟“公然坐缺定衔”！
三桂在疏请提升胡允等人的奏文中，曾写道：用人“求于滇省，既苦索骏之无良；求于远方，又恐此驭之不速”……三桂的意思是说，在云南选人，苦于选不出更优秀的人物；求诸远方，又担心不能尽快前来，恐有误地方事。对此，杨素蕴予以驳斥，他说，就按他的意见论，如湖南、四川等离云南近些，犹可“计日受事”，而山东、京师、江南等处，“距滇南万里”，如果这还不算“远”，不知何地为“远”？
杨素蕴指出，三桂“用人”权，是皇上临时给予“便宜”行事权，不过就近调补官员，不致误地方事。如果全国官员，不分内外，不论远近，都可随便择取，那么用人权怎能统归于吏部，名正言顺？云贵新经开辟，治理乏人，其部属才品为三桂所知，亦可先行具题，奉皇上圣旨后，令吏部照缺补授，犹不失“权宜之中计”。但三桂自行拟定人选提升，无异于吏部，这不是轻视国家制度而亵渎国体吗？
杨素蕴写到这里，进一步强调，三桂擅自用权将带来严重后果，说：“夫古来人臣忠邪之分，其初莫不起于一念之敬肆。在该藩（指三桂）历有年，应知大体，即从封疆起见，未必别有深心，然防微杜渐，当慎于机先。”他请求皇上以“天语”申饬，令该藩嗣后惟力图进取，加意绥辑，一切威福大权，俱宜禀命朝廷，则君恩臣谊两得之矣。杨素蕴的奏言，详见《清世祖实录》，卷142，18~20页。
杨素蕴的奏疏，不幸而言中，为后来的事变所证实，可谓有先见之明！可惜，他的警言并没有引起世祖与朝廷大臣的重视。此时三桂受到朝廷的宠幸，正依赖他保守南疆，对他并无明显疑心，杨素蕴的奏言岂能打动朝廷的心？仅将他的奏疏交有关部门存档而已。结果，三桂所拟用的胡允九人，都如数批准。杨素蕴奏疏中，提到三桂拟用胡允十人，而世祖批准的却是九人，显见删去一人，可能漏载。
三桂得知杨素蕴弹劾他，深为恼火，立即上疏反驳，摘录其中“防微杜渐”等词语，“请旨诘问”杨素蕴，作出解释。杨素蕴遵旨回奏：“臣官御使时，见平西王吴三桂题补方面官，不论内外远近，一例坐缺定衔，有碍国体，是以具疏驳正，至于防微杜渐等语，原属概论古今通义，未尝专指该藩。臣与该藩素不识面，有何嫌隙？不过据理而陈，非别有意见。”《清圣祖实录》，卷5，12页，参见《逆臣传·吴三桂传》，卷1，11页。虽然说得有理，朝廷不敢开罪吴三桂，就处罚杨素蕴，借口回奏“含糊巧饰”，欲给以降职，另调他用的处分。杨一气之下，掷官回了陕西的宜君故乡，“闭门不出”有十余年，直到三桂叛清后，才重新被起用。《清朝先正事略》，卷5，“郝雪海中丞事略·附杨素蕴传”。按：清官方实录在记载此事时，删去了把杨打发回家的史实，惟恐在这个问题上有失世祖的面子。
正处在上升阶段的吴三桂，连朝廷对他也得谦让三分，一般大臣岂能动他一根毫毛！
一方面，三桂将自己意中人从外省调来充实力量；一方面，又把自己的亲信派往其他各省任职。他直接给吏兵两部批文，令某为某地官，授某为某参将、游击，如吏兵两部选用云南、贵州文武官员，与三桂意见不合，必须撤回，只能任命他选用的人，包括选送到外省去，名曰“西选”，即平西王选用的官员。康熙五年十月，兵部不得不向圣祖提出，把选用云贵武职官员的权力交给三桂掌握。兵部抱怨说：当兵部推选出新任命的云贵武官，还未到任，而三桂另已推出人选，以致兵部推选的新官员只好中途返回，造成往返苦累。兵部明知管不了云贵的武职官员的事，干脆不管，便请求“照吏部例”，将此两省武职员缺，“悉听该藩题补”，如无可补之人，由三桂题明，然后兵部给予确认。执掌朝政的四辅臣表示同意，年幼的圣祖皇帝自无疑议。这样，兵部仿效吏部，把它对云南的用人权统统交给了三桂，他可以随心所欲地把自己的人安插到全国各地，所谓“西选之官几满天下”，大概并非是夸张之语。它足以反映三桂权势之大！
三桂还通过垄断地方科举权，把他的藩属子弟选入为官。仅举一例：康熙五年，云南乡试，他的属下中举的达163名。三桂深感满意，不禁自夸：“藩下子弟彬彬多文学之才。”主持考试的官员和地方大吏，皆迎合三桂之意，连那些乳臭未干的少年孩童，“未入棘院”，也把他们的名字列榜署名。《庭闻录》，卷4。这些藩属子弟，在三桂的庇荫下，得以飞黄腾达，无不感恩于三桂，抱以感激之情。在他叛清时，他们都成了他的积极追随者。
出任云贵的总督、巡抚等封疆大吏，一切指令出自朝廷，三桂本不敢过于专擅。但这些大员们都慑于三桂位高权重，无不“改容加礼，惟恐得罪藩府”《四王合传·吴三桂传》，见《荆驼逸史》。。三桂自觉受之无愧，发号施令，他们就惟命是从。他想名正言顺地控制两省的督抚大员，特请命朝廷下令督抚受他“节制”。朝廷毫不迟疑地立即应允。为便于控制，三桂分拨他们的驻地。原先分设贵州总督，驻安顺，云南总督驻曲靖，后合并为云贵总督。康熙五年正月，三桂建议应驻贵阳。《清圣祖实录》，卷18，8页。在此之前，还提出，云南提督移驻云南永昌府，贵州提督移驻安顺府。《清圣祖实录》，卷5，6页。参见《逆臣传·吴三桂传》，卷1。对这些要求，朝廷没加考虑就同意了。
三桂最看重兵权。他征云贵时，世祖授予“大将军印”，执掌征伐大权。按规定，事平后，即应上缴“大将军印”，而三桂迟迟不交。康熙二年（1668年），有一内大臣对留在京师的额驸、三桂的长子吴应熊说：“以前，永历在缅甸，边疆事多，所以才给你父亲将军印，为的是重事权，便于集中号令。如今天下大定，还据有不还，这是为什么？”很明显，内大臣是受辅政大臣的委托，授意应熊作他父亲的工作，赶快把“大将军印”交上来，无论对朝廷，对三桂都可相安无事。这等于给三桂一个面子，免得由皇帝亲自下诏索要“大将军印”，有失三桂的尊严。应熊明白朝廷的意图，及时向他父亲通报情况。三桂不得已，这才上疏，把“大将军印”交回朝廷，心里却闷闷不乐。《庭闻录》，卷4。
吴三桂上缴了“大将军印”，并不意味着他已失去兵权，云贵两省的兵权仍然牢牢地控制在他的手中，而且他还掌握着很有战斗力的数万军队，足以构成一威慑力量。他要巩固住自己的政治地位，惟一的办法是，不断加强自己的军事实力。自从他降清征讨李自成、张献忠农民军、剿灭永历政权，南征北战，已经过去了二十余年。当年跟随他出生入死的一大批将领，有的已经年老，有的战死、病死，有的中途散失，所剩无几。三桂也已是年过半百，接近六十的老人。可以想见，人事沧桑变化之大！三桂当年所依靠的人，转眼之间，都退出了政治与军事舞台。他不能坐视自己的力量的削弱。于是，他开始大量起用诸将的子弟和从四面八方招来的宾客中选择有用人才，加以训练。战争已经结束，不能通过战争来选拔人才，只能靠平时的训练。他以《黄石素书》、《武侯（诸葛亮）阵法》等兵书为教材，让他们学习，掌握军事知识，培养和提高他们的军事素质，“以备将帅之选”，也就是把他们当作将帅的预备军官。三桂的这一做法，对谋取前程的青少年有很大的诱惑力，刺激了他们的热情，他们纷纷报名，踊跃参加训练。“一时少年浮夸之士，人人自以为大将军材也。”《四王合传·吴三桂传》。
加强军事力量，离不开战马。在当时的物资与技术条件下，马是最重要的工具，是克敌制胜的强大手段。经过大规模的征战，马匹大量倒毙，从四川进来的马匹力弱，难以临阵，三桂密令其养子陕西总兵王屏藩、王辅臣等人，从西藏（西藩）地区选取适于征战的勇健之马，每年进马三千匹，从西藏地区绕道至云南。马匹同武器装备等军用物资一样，都受朝廷的严格控制，根据实际需要进行调拨。个人私运武器、战马，都是违法的。三桂瞒着朝廷，私自购进大批战马，是何用意？这里用得上这句俗话：“居心叵测”。他拥兵自重，不能不使人感到怀疑。