吴三桂、多尼、赵布泰三路大军，从北至南，横行云贵，以破竹之势，扫荡南明永历政权，击败其十万之众，把它撵得东奔西逃，以至无立足之地，最终逐出中国境内。吴三桂在云贵的胜利，对清朝具有重大意义。永历政权在云贵割据十余年，有孙可望、李定国、白文选、刘文秀等一大批猛将和久经战阵的农民军余部的扶持，实力相当雄厚。他们以云贵为基地，联络四川、湖南，威胁山陕。李定国曾试图打破两广的阻隔，欲与沿海的郑成功联成一气，如此举成功，就会造成相当时期内的东南、西南与南方等地区跟清朝的对峙，清朝也就难以实现它一统天下的政治目标。局势的变化，并没有使南明如愿以偿。尽管李定国对两广的多次努力归于失败，却保住了对云贵的牢牢控制。而在四川，也保有川东与川南的地盘。在三桂进川的前后，清军曾与农民军余部、南明展开了激烈争夺，付出了很大代价。朝廷对此不能不有所忧虑。它忧在永历政权的存在，不仅阻碍它的统一，从长远看来，势必会危及它已得到的胜利。因此，世祖和他的诸臣在决定对云贵用兵时，不惜厚集兵力，投入一切财力、物力，务收一劳永逸之效。三桂等人没有辜负朝廷的期望，仅以整整一年的艰苦作战，以完全的胜利实现了朝廷的衷心之愿，最终把云贵置于它的统治之下，从而彻底解除了它的“南顾之忧”，使它刚刚建立的统治得到了进一步的巩固。这时，除了东南沿海厦门、漳州等地区尚控制在郑成功之手，整个大陆基本实现了新的一统局面。因此，“滇黔底定，率士同欢”。朝廷视此为国家一大喜事，群臣要求，“所有祭宣示典礼，应如仪举行”。世祖也忍不住内心的喜悦，对此批示道：“祭告典礼著察例具奏。大兵开服滇黔，业成一统，皆赖上天眷命，太祖太宗功得贻庥，非朕德威所能自致，何敢居功！”他不敢居功，便取消“宣捷表贺”等典礼《清世祖实录》，卷123，11页。，指示可祭告天地、太庙、社稷。此典礼在九月举行。《清世祖实录》，卷127，3页。清朝的这番举动，足以说明它对云贵何等重视！
此次用兵云贵，虽说三路进军，三桂亲自指挥的一路军却发挥了重要作用，尤其向云南推进时，三桂一路领先，承受了主要战场的作战任务，同李定国的精锐展开激战，冲锋陷阵，独得头功。朝廷给赏，自然不在话下。但朝廷首先考虑的是，如何巩固对云贵的占领，加强对这两省的管理。所以，云贵一经克捷，立即选任大吏任职。
顺治十六年正月，世祖指示吏部：“云贵地方初辟，节制弹压，亟需总督重臣。贵州巡抚赵廷臣，久历疆，堪胜此任，著升云贵总督，其贵州巡抚员缺，著以山西按察使卞三元升补。应加职衔，尔部酌议具奏。”《清世祖实录》，卷128，4页。
世祖亲自点了名，吏部只能“遵旨”照办。过了几天，吏部回奏：赵廷臣原系都察院右佥都御史职衔，现应升兵部右侍郎兼都察院右副都御史，总督云贵等处地方军务兼理粮饷。卞三元应升都察院右副都御史，巡抚贵州，兼理湖北、川东等处地方，提督军务。吏部完全是照皇帝的旨意拟的决定，当即得到世祖批准。《清世祖实录》，卷123，12页。
二月间，提升广西浔州府同知曹士奇为贵州布政史司参议，分守贵宁道；提升分巡苍梧道佥事李本晟为云南按察使司副使，管按察使事。《清世祖实录》，卷123，21页。
新的任命，很快轮到了吴三桂。此事是由经略洪承畴提出来的。在吴三桂三路大军夺取云南已成定局时，他亲自从贵阳赴昆明，察看形势，立即向朝廷请示：云南山川险峻，幅员辽阔，非内地可比。请命议政王贝勒大臣密议：三路大兵作何分留驻守？贵州中路汉兵、广西汉兵，作何分布安设？在另份奏疏中，又说：云南同贵州相比，“尤为险远，土司种类甚多，治之非易”，所以，元朝用亲王坐镇，明朝以黔国公沐英世守。他要求议政王贝勒大臣“为久长计，苗（吴）兵驻镇，俾边疆永赖辑宁”《贰臣传·洪承畴传》。。兵部讨论了此事，议决：应留拨大帅官兵镇守云南。事关重大，请世祖作出裁决。世祖命议政王大臣会议讨论。他们提出，平西王吴三桂、平南王尚可喜、已故靖南王耿仲明之子联继茂三藩，应移一王驻镇云南。在云贵收复后，汉中已属内地，兼有四川阻隔，不必派藩王驻防。应移一王分镇粤东（广东）、一王分镇蜀中（四川）。三位藩王驻何地，“恭候上裁”。
议政王大臣会议没有明确提出三王各应驻何地，但倾向性意见已属明显。尚可喜与耿继茂已驻广东，家口随带。以两王能力而论，显然尚氏为高。广东地处南疆，临海，与郑氏势力相近，必有一能力强的藩王驻守，无须考虑，应推尚可喜镇守广东为宜。三桂与耿继茂，无论从能力、资望，两者都不能相提并论。洪承畴和廷臣都强调云南地方辽阔，情况复杂，而且永历还在边界外，李定国尚隐蔽在云南山林之中，仍是一大隐患。显然，镇守云南，非三桂莫属。三桂南征云贵时，已将家口随军搬迁，这预示着他不再回汉中。至于四川，有云贵为保障，已属内地，朝廷不以为扰，由耿继茂镇守也成自然之事。
顺治十六年三月二十三日，这天恰好是三桂率师回到昆明，而世祖在北京作出决定：命三桂驻镇云南、尚可喜驻镇广东、耿继茂镇守四川。《清世祖实录》，卷124，14~15页。关于继茂的驻镇地又有几次改变。到十二月，改命移镇广西。《清世祖实录》，卷130，16页。次年（顺治十七年）七月，世祖突然下令：耿继茂“停赴广西，率领全标官兵并家口，移驻福建”。《清世祖实录》，卷138，14页。吴、尚、耿三藩驻镇地就这样确定下来。
吴三桂是否愿意留镇在遥远的天涯之地——云南，无法揣度。但有一点可以肯定，他离开辽东家乡时还是一个刚满三十岁的青年人，到此时已在外奔波十五年，论年龄，也已四十五岁，大概不愿再回到那经战争残破而荒凉的关东，他已过惯了南方的生活。还有一点也可以肯定，三桂明白，朝廷把一个新辟的大省交他镇守，是对他的器重与信任。跟尚可喜相比，他们的地位是平等的，但在很多方面得到更多的优待；跟继茂相比，虽同是王爵，更占有明显的优势。何况论年龄与资望更在三桂之下，不过驻四川罢了。所以，比较之下，三桂驻云南，从心里不该有异议吧！
以三桂守云南，实在是朝廷的最佳选择。一次，世祖对吏、兵二部发出指示，说出了他的想法，他说：“云南远徼重地，久遭寇乱”，而今刚平定，“必文武各官，同心料理，始能休养残黎，辑宁疆圉。至统辖文武军民，尤不可乏人”。惟三桂是最合适的人选，“今思该藩忠勤素著，练达有为，足胜此任”。表明世祖及廷臣对三桂的绝对信任。《清世祖实录》，卷129，9页。三桂追随清朝这么多年，未犯有大的过失，凡所到之处，总是旗开得胜，或反败为胜。汉中“为三秦门户，四面皆冲”，特命三桂镇守，对付四川、陕西、湖北诸地的农民军余部和南明的军事威胁，阻止他们向北发展。他自顺治五年直到十四年出征贵州，镇守汉中近十年，稳定了局势，强有力地阻止了反清力量的进攻，并且不断地消灭他们。连陕西巡抚张自德也赞三桂镇汉中，“三方安堵”。他担心三桂“一旦移镇于滇，秦省（陕西）虽有三标、四旗六镇之兵，然屡经抽调，在在空虚”，而反清的残余部众还在“蠢动”，他深感忧虑。《清世祖实录》，卷18，8页。看得出来，三桂镇汉中，地方军政官员皆以他为保障，现在他一调走，失去一威望人物，兵力大为减少，他们不能不提心吊胆。显见三桂无论在军队，或是在地方，已形成很高的威望，产生了广泛的影响，即使他的敌人，一听三桂的名字，也有几分胆寒！世祖和廷臣们完全了解三桂的情况，正是利用他的威望和实力来镇御更为难守的云南！
为了加强云南的防御力量，世祖又选择了一批干练将吏同三桂共守云南，特给他们晋级升职。他们是：总兵官右都督张勇，加职为左都督；辰常总兵官、左都督杨明遇为太子太保；总兵官左都督南一魁为太子太保；剿抚四川右路总兵官、都督同知马宁与湖广左路总兵官、都督同知张国柱为右都督；署剿抚四川左路总兵官沈应时为署都督佥事；广西全州总兵官刘应志为都督佥事；湖广祁阳总兵官、益阳总兵官“马鹞子”（王辅臣？）为署都督同知；管经略前营火器副将王永祚为团练火器总兵官。《清世祖实录》，卷128，9页。这些人后来大都成了三桂的骨干将领。
五六月间，世祖向三桂等出征将领颁赏，向云贵两省百姓拨银赈济。世祖在给户兵二部的指示中说：大兵三路进征云贵，跋涉险阻，长驱直入，经历寒暑，朝廷深表关切，“特加恩赉，用示慰劳。”他规定，赏给三桂与多尼蟒袍、蟒褂、帽、腰带、玲珑刀、小刀、手巾、荷包、靴袜等各一套，另有玲珑撒袋各一副、弓箭俱全、玲珑鞍辔马各一匹，各赐世祖穿用的“御用衣一领”。给他们两人的赏格最高，以下罗托、多罗贝勒尚善、赵布泰等主要将官依次减等。其余诸将应赏马匹、袍服、弓、刀等物，不分品级大小，责成多尼按功劳多少“酌量给与”。《清世祖实录》，卷126，17~18页。
云贵两省经此次战乱，百姓流离，田园荒废，粮食奇缺，加之大军驻此，生活必需品无不短缺，引起物价腾贵，每斗米价格高达白银三两！《清世祖实录》，卷126，11~12页。朝廷已了解到，“两省地方，生理未服，室庐残毁，田亩荒芜，俯养天资，衣食艰窘。”于是，采取应急措施，特发“内帑银”三十万两。其中，以十五万两“赈济两省真正穷民”，另十五万两由经略洪承畴收贮，接济三路大军的饷需。世祖指令户兵二部立即派可靠的人员将这三十万两白银送到洪承畴军前。《明季南略》，卷15，481页。
朝廷命三桂守云南，又迅速采取上述各项措施，很快安抚了人心，局势也日趋稳定起来。南明残部进退失据，走投无路，络绎不绝地前来昆明向三桂投诚归降。
三桂刚回到昆明，四川乌撒军民府土知府安重圣、云南景东土知府陶斗、蒙化土知府左星海、丽江土知府木懿等及各土州县降清。《清世祖实录》，卷126，22页。参见《庭闻录》，卷3。
闰三月十八日，南明延长伯朱养恩、总兵龙海阳、副将吴宗秀原受李定国之命，守四川，而今南明大势已去，他们带领三千人，从四川嘉定，出建昌，千里迢迢来云南归降。《清世祖实录》，卷125，30页。
白文选部将王安等从建昌来降，献出白文选的“荡平大将军”金印。
据三桂给朝廷的报告，清军攻克昆明后，南明庆阳王冯双礼与德安侯狄三品等逃到四川建昌卫。三桂再三招抚，双礼拒绝，而狄三品暗中接受，并按他的密计，将双礼逮住，连同他的“庆阳王”金印、“大将军”金印、金册、敕书一张、一并献给三桂。《清世祖实录》，卷125，30页。随同狄三品投降的，还有将军艾承业、张明志、丁有才、总兵冯万保等人及所率两千人马。朝廷得报，少不了大加夸赞三桂“筹划周详”，还表彰狄三品投诚“可嘉”；同时，赦免双礼死罪，解京另行安置。不久，朝廷以擒冯双礼之功，赐封狄三品为“抒诚侯”，原总兵冯万保为都督同知。《清世祖实录》，卷127，9页。冯万保，如《庭闻录》写“冯”为“陈”。
四月十一日，原明副将孙崇雅、游击陈报国、郭之芳、张玉、叶世先、张应虎等，携部队两千余人，自南甸来降。
五月十六日，原明叙国公马惟兴、淮国公马宝与将军塔新策、李贵、焦宏曹、贺天云、曹福德、单泰征等人携众4337人、马1471匹，从澜沧江以外前来投降。已故汉阳王马进忠之子马自德也降了三桂。
二十八日，原明公安伯李如碧、宜川伯高启龙，总兵刘镇国、都督佥事王朝钦，各率2000余人、马3000匹，从丽江边外来降。继他们之后，怀仁侯吴子圣、孟津伯魏勇袭、永昌侯张应井、岐山侯王会、总兵杨成、赵武、邓望功、万致元、王敬、韩天福、王朝兴、旷世宰、胡九鼎等率众4115人降。
还有，南明永历政权东阁大学士张佐宸、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、侍郎万年策、大理少卿刘泌、兵科都给事胡显降清。以上参见《庭闻录》，卷3。
在四川南部，尚残存部分南明军事力量。清兵乘云贵之胜，进取川南。据三桂奏报：总兵杜子香及属下一批官员等都缴印扎投降，叙州、马湖二府平定。《庭闻录》，卷3；参见《清世祖实录》，卷132，2页。
八月初，将军都督杨国明率众千余人降。下旬，扬武伯廖鱼率兵600、马150匹降。
九月末，将军杨武、刘启明率官吏90人、兵3896人、马2200匹、象4头从腾越边外来降。还有陈建、郝承裔等也来投降。
南明永历政权维持了14年，终于垮台了，在永历与部分臣属逃亡缅甸后，它留在云贵或四川的余部如水之归海，纷纷投向清政权，表明永历这个小朝廷已经土崩瓦解，极少有再生之可能。
“滇黔虽入版图，而伏莽未靖，征调犹繁。”《清世祖实录》，卷131，13页。李定国等还留境内，继续从事抗清活动，他的影响还在，仍有极少数人忠于南明，坚持不降，甚至降而复叛亦有之。这给三桂带来点小麻烦。不久，便发生了沅江叛清事件。
沅江土司那嵩、那焘父子接受李定国的指令《清世祖实录》，卷130，11页，将那嵩写作“那松”。，暗中联络已降清的高应凤、朱养恩和石屏总兵许名臣、土司官龙赞扬，及其以东的各土司，他们“歃血钻刀”准备起事。据三桂得到的情报：李定国已将妻子送往沅江府作人质，将金银财物抬送沅江，并令沅江、普洱诸土官由临安（云南建水）出兵，等清兵出边进剿永历时，乘其空虚，就来“抢云南”。那嵩等认为，云南粮食到九月就吃尽，清兵“马匹粮草俱无”，是支持不下去的，便决定九月起事。三桂得此情报急速上奏朝廷。世祖下令：由三桂与都督卓罗等必于九月内“行兵进剿”。《明清史料》丙编第2本，93页，“户部题本”。果然，顺治十六年九月，高应凤、许名臣杀了石屏知州官，奔元州，那嵩便趁机举兵反清。
三桂得到消息，没有轻敌，决定亲自率部平叛。九月二十一日，他从昆明出发，直奔石屏（云南石屏）。那嵩遣朱养恩屯兵老武山，为其外援，又设伏大竹箐，以待吴兵。石屏土官龙世荣知道那嵩之计，便引导吴三桂绕行别道，至伏兵之后。十月九日，三桂至沅江，兵锋甚盛，朱养恩不敢救援。那嵩乘夜，出兵劫吴营，被击退，三桂下令掘壕，立木城围困沅江，又造浮桥，遏其水路。直至十一月初四日，沅江仍没有攻下。三桂向城内射去一封信，劝诱兵民活抓那嵩投降，否则，城破之日，将全城人都杀死。那嵩也向城外射来一封信，罗列三桂入关以来罪状，而且还署其旧职衔，称“山海关总兵吴三桂开拆”，三桂读后，大怒，挥军急攻，十一月六日，将城攻破。吴兵争先进城，那嵩从北门驰回家中，与妻妾登楼举火自焚，其子那焘、女婿等至亲都各回自己的住室自焚，许名臣、许世勋等自杀，高应凤、孙应斗、周长统、马秉忠四人被俘。《庭闻录》，卷3。《清世祖实录》，卷130，11页载：高应凤等被歼于阵中。吴兵进城，大肆屠杀，不少百姓死于非命，据载：“屠其众十余万”。《明季南略》，卷15，481页。
三桂平定了沅州之乱，局势很快安定下来，率部于十二月二十三日还军，回到昆明。
顺治十六年十月二十二日，当三桂正激战于沅江时，世祖下达命令，授三桂全权治理云南。他指示吏、兵二部说：当云南“初定之时，凡该省文武官贤否，甄别举劾，民间利病，因革兴除，及兵马钱粮一切事务，俱暂该藩（指三桂）总管奏请施行。内外各衙门不得掣肘，庶责任既专，事权归一，文武同心，共图励策，事无遗误，地方早享升平，称朕戡乱柔远至意。俟数年后，该省大定，仍照旧令各官管理。其应行事宜，尔等即行议奏。”《清世祖实录》，卷129，9~10页。
吏兵两部举行会议，根据世祖指示，做出如下决定：“云南省凡应行事宜，听该藩遵奉上谕举行，各衙门应遵旨，不得掣肘。至于云南通省文武大小官员，悉听该藩酌举人地相宜者补授候题，请到该部之日，议复实授。如无应补之人，该藩题明前来，臣二部即行另补可也。理合会复，恭候命下，臣等遵奉施行。”
十一月初一日，世祖批准了吏兵两部的决定。《明季南略》，卷15，482页。
世祖和吏兵两部把云南的人事权、民政、军事、钱粮及一切事务，包括对地方的兴利除弊，实施各项措施等所有权利都授给三桂掌管，由他直接请示世祖批准。地方官员，从总督、巡抚到各政府部门都不得干预。吏兵部甚至把任免官吏权也交给三桂，凡他提名的，吏兵部不过履行任免手续罢了。这样，三桂集军民政财文大权于一身，成了凌驾于地方官之上的“太上皇”，实为世祖钦定的代理人。
世祖对云南和对三桂实行了特殊的政策，除此，在任何他省都无此规定。世祖说得很清楚，这是由于云南的特殊情况而采取的特殊政策。因为云南为“远徼重地”，又是“初定”，局势还不稳定，不得不由军事上一强有力的人物掌管一切，“事权归一”，以便应付紧急情况的出现。责成三桂掌管一切，实则是对云南实行军事管制。同时世祖也明确说明，此系暂行办法，不是永久不变，等数年后，云南形势“大定”，各职权仍归各官负责。然而，世祖和其廷臣的这一良好愿望，随着时间的推移和形势的变化竟走向了反面，为三桂培植个人势力和威望创造了条件，给国家酿成了一大隐患。
世祖把云南的一切大权授给了三桂，其他统帅也陆续调离云南。多尼于十二月奉命回京，预定十七年五月到京。《清世祖实录》，卷135，16页。征南将军赵布泰于次年二月率部班师《清世祖实录》，卷132，3页。，线国安也在此之前调回广西。《清世祖实录》，卷130，4页。经略云贵的总督洪承畴也在云贵基本平定后，因目疾发作，不能正常理事。他的右眼久已失明，左眼已“昏聩”，行路须人扶持，“文字不能看见”。他自感身体衰朽，“精力已竭”，不能经理粮饷各事，上奏再三恳请解除职务，休养治病。《明清史料》丙编第2本，9页“经略洪承畴揭帖”。世祖予以批准，要他回北京“调理”。《清世祖实录》，卷129，10页。承畴与三桂早在关外降清前，已结成世交，三桂以晚辈待承畴，十分敬重，关系很深。降清后，他们继续保持密切关系，而此次又同征云贵，承畴总经略其事，无处不关照他，自无疑问。及战后，承畴又提出以一王镇守云南，仿元、明两朝成例，世守此地。他明里暗里举荐三桂，为他谋得永固的地盘。所以，三桂得以留镇云南、与承畴的支持确有一定关系。承畴行前，三桂同他密商今后大计，问以“自固之策”。承畴神秘而坚定地说：“不可使滇一日无事也。”三桂顿时领悟，立即“顿首受教”《庭闻录》，卷3。。承畴的谋略，就是要让云南不安定，始终处于紧张的状态，朝廷就不会收回给予三桂的一切权力，使三桂的地位日益巩固。承畴于顺治十七年正月二十日自贵阳动身，于三月初三日抵长沙，《明清史料》丙编第2本，99~100页，“经略洪承畴揭帖”。从此，他们天各一方，三桂也独立经营云贵了。
三桂留镇云南，是他生活的又一个转折点，也是他的政治生涯的新起点。直到他去世前，他在云南近二十年，终于酿成了清史上也是中国历史上的一幕壮观的活剧！