吴三桂等三路大军克取贵州时，世祖特遣专使传达他的谕旨：“克取贵州，如云南机有可乘，大兵马匹行得，即乘势进取，不必候旨。如大兵马匹疲弱，候安远（靖寇）大将军（信郡王多尼）到日，三路进取云南。宁南靖寇大将军（罗托）驻贵州，俟开服云南，回荆州。”《爝火录》，卷28，925页。
世祖的指示非常明确，克取贵州后，是否马上进军云南，可视具体情况而定，不必等待他的命令，并特别强调，进军云南，要看马匹是否疲弱。因为长途行军、作战，转运粮饷，全赖马匹，马匹不足或疲弱不堪，大军寸步难行。按规定：出征的“披甲人”即兵士，每人配给4匹马。如护军校、骁骑校马各12匹，小拨什库、护军马各6匹。最多的是亲王，给马400匹，其下依次递减。可见，用于作战和运输的马匹远远超过士兵的数目。《清世祖实录》，卷114，11~12页。据洪承畴报告：大军“万里长途，涉历险远，马力已疲，兼之一入黔省，水土异宜，瘤病易发，遂致陆续倒毙数多”。洪承畴为此“不胜惶惧”。马匹疲弱，大批倒毙，贻误军机，他不能推卸责任。朝廷虑及实情，没有责难他，于顺治十六年初，批准调拨马2016匹，解到贵阳时，壮马剩1200匹，分到各旗骑用，其余816匹多“疲乏”，不能交付使用。还有沅州、镇远等陆续退回贵阳的疲马25匹，两项合计，共841匹，需要喂养一段时间，恢复和医治后才能用于作战。据洪承畴统计，陆续倒毙的马有310匹，还有沅州、镇远的“疲乏”战马共738匹，不能解到贵阳，只能就地喂养。其他各旗“沿途倒毙马”234匹……洪承畴与当地将吏“惶悚负罪，不敢自安”。《明清史料》丙编第2本，139页。马匹关系重大，难怪洪承畴提心吊胆！
世祖还指出，如果马匹疲弱，暂停进军，要等待安远靖寇大将军信郡王多尼到达后，再开始三路进攻。原来，世祖为增强进攻云南的兵力，已派多尼为将，自北京率部赴贵州，与三桂的四川兵、赵布泰的广西兵“会期取云南”《贰臣传·洪承畴传》甲中。，并指令他为三路大军的统帅。在他到达贵州前，吴三桂与其他两路军可以得到充分休整。与此同时，他调整部分将领，命令驻守贵阳的宁南靖寇大将军罗托在信郡王多尼抵达贵州、向云南展开进攻时，可立即返回荆州，以加强这一要地的防守。
三路大军统帅接到世祖谕旨，就地待命、休养，等信郡王多尼到来再作进兵的筹划。
清兵云集贵阳，粮食严重不足。洪承畴报告说：到贵阳后，各府州县都是空城，只有贵阳存米七千余石，稻谷四千余石，只够一月食用。他决定采取分散驻兵，就地取粮。他的部队驻于镇远、偏桥、兴隆、清平、平越等处，“各自买米，并寻野菜和米充饥”。三桂兵除驻遵义，还分驻乌江、息烽等有遗粮的地方；广西赵布泰兵驻独山州，就近购粮。另外，又动员当地军民、土司、苗人预纳本年秋粮的一半，接济清兵。《贰臣传·洪承畴传》甲中。
顺治十五年九月，多尼率军自荆州进至贵州平越。召吴三桂、洪承畴等驰赴平越府（贵州福泉）附近的杨老堡（平越州东南的杨老驿），举行军事会议。吴三桂闻命，自遵义南驰六百里，及时赶到这里。信郡王多尼、征南将军赵布泰、经略洪承畴、贝勒尚书杜监、固山额真宜尔德、巴沙漠、卓罗虎沙等各路统帅和主要将领差不多都同时到达。
会议于十月五日举行。由多尼主持，经共同讨论，很快就制定出进攻云南的作战方略：大军仍分三路进攻，以吴三桂为北路，自遵义出兵，取道水西（黔西），攻取七星关，至昆明，计行军一千五百余里；以赵布泰为南路，自都匀（贵州都匀市）出师，沿广西，贵州边界，经平浪、永顺（广面板岭东），出安隆所（贵州安龙），直趋黄草坝、罗平州，至昆明，计行程一千八百余里；多尼自为中路，由贵阳出兵，经关岭（贵州关岭布依族苗族自治县），铁索桥，进入云南，至昆明，计行程一千余里。三路大军约定：十二月会师昆明。会议还议定：贝子罗托同洪承畴留守贵阳，督理粮饷。承畴特派遣他的右标提督张勇等随信郡王出征。《清世祖实录》，卷123，2~3页，参见《小腆纪年附考》，卷19，《贰臣传·洪承畴传》。
军事会议一结束，三桂兼程赶回遵义，立即着手准备进军云南。
清军统帅在杨老堡部署军事进攻的情报，很快被南明永历朝廷所侦知，慌忙命晋王李定国部署迎战。定国受永历重托，特命大将冯双礼扼守鸡公背，距贵阳仅数十里。鸡公背以鸡公河而得名，该河出广顺州（贵州长顺北），流经清镇（贵州清镇）、修文（贵州修文）注入乌江。定国以此路军阻击清多尼中路军，又以大将张先璧据守南盘江的黄草坝。盘江又叫牂牁河，分南北两支流：北流为滇黔交界，称北盘江；南流为滇粤（广西）交界，称南盘江。黄草坝（贵州兴义）在南盘江北岸，正处云贵交界附近贵州一侧。定国在此设重兵，阻击清南路（或称东路）的赵布泰军。李定国亲自守北盘江的铁索桥（贵州晴隆与永宁之间的盘江之上），欲以三路军恢复贵州。同时，另遣巩昌王白文选出西路，率部四万人马守七星关（贵州西部六冲河之畔，约当杨家湾附近，又名七星关河），并进至生界立营，摆出进攻遵义的态势，实则是牵制三桂之师，以保证其他三路军的顺利阻击。《小腆纪年附考》，卷19，18~19页。
可惜，李定国的这番部署为时已晚。本来，在清统帅多尼未到贵州前，吴三桂、赵布泰、罗托等部各驻一地，互不统属，所谓“大众未集，其势可乘”《小腆纪传·永历下》，卷6，71页。。如果李定国抓住这一时机，集中优势兵力，攻其一处，很可能奏效。还在七月间，李定国率师至关岭（贵州关岭），在一座汉朝某将军祠前，杀牲畜祭祀誓师，他倒下一杯酒，发誓说：“定国奉命出师，不以身殉社稷佐中兴者，神威当截其头！”说完，命诸将都发誓，表示誓死报国，誓毕而饮。《爝火录》，卷28，925页。誓师后，定国并没有发动进攻，却观望、徘徊、丧失了战机。等到清军三路集结，向云南大举进攻时，才全力迎击，事机已不可为！他先由中路出关岭，张先璧路已告急，便移师黄草坝。过了一段时间，越过石关，驻营于遮炎河，而驻守鸡公背的冯双礼军，因地处峻岭，粮少，运输十分困难，兵士吃不饱。白文选部驻守的生界，孤悬滇、蜀交界之处，声援无法达到。很明显，李定国已把他的部队部署在孤危之地，彼此很难联络，如遇意外，无法救援。当时，凡懂得点军事常识的人都深感忧虑。《明季南略》，卷15，477页；《小腆纪传·永历下》，卷6，71页。
十一月初十日，吴三桂统率本藩四旗兵及援剿左路镇总兵沈应时、右路镇总兵马宁等，自遵义出师。三桂自遵义出师时间，《清世祖实录》不载，《小腆纪年附考》、《小腆纪传》皆载于“十二月甲子”条下；《爝火录》与《明季南略》分载于十一月十二日或十日条下。《贰臣传·洪承畴传》载三桂于十月出师。考诸各书，《小腆纪年附考》与《纪传》所载“十二月甲子”，系指三桂已师至天生桥，故出师当在十二月之前，即十一月间。《爝火录》明载十一月十二日白文选闻三桂出师，退守七星关，《南略》载十一月十日三桂出师，当为准确。白文选得报，于十二日天刚亮，率部由生界退回七星关守险。此关四周环山，犹如石壁矗立，山下关前有一河，名叫七星关河，水势汹涌；山上林木参天，中有一线天相连，形如桥梁，故称为“天生桥”，其实并没有桥。三桂早做了准备，在遵义时已物色到入云南的向导，给予特别优待，早晚询问去云南的路程，默默地记在心里。
十二月二日，三桂率部经水西趋天生桥，在苗族等少数民族居住的以烈安营，丝毫不露下步的去向。第二天一大早，忽由天生桥抄袭乌撒军民府，扼住七星关大道，截住白文选的逃路，但白文选侦知三桂从别路越过险要进兵，慌忙放弃七星关，向西南方向逃至可渡桥（位云贵边界可渡河）。守桥将马宾已率部逃走。白文选即放火烧桥，逃入云南，驻守霑盖州（曲靖北，今仍名），无心御敌，担心家属安危，打算奔回昆明。三桂便进抵乌撒军民府。
信郡王多尼挥军进至安庄卫，斩杀一位刘姓明将。渡过盘江，至松岭卫，击败白文选部两万兵马的抵抗，迅速向昆明推进。这时，赵布泰部从贵州都匀进军，直取安隆，攻势甚猛。进至盘江的罗颜渡口，明兵据险防守，将船沉没，不得前进。清军得到泗城土司岭继禄（有的写作“鲁”，音同异字）为向导，取出沉船，乘夜渡河，攻陷安隆。总兵张骐战死，前来援救的李定国副将张成亦战死，参将吴子圣败逃。李定国得报，率三万将士前来增援，在安隆附近的罗炎河、凉水井（兴义东）与清军展开激战。明兵发枪炮，清军出弓矢，胜负不分。激战将近半天，明兵不支，定国惊慌，弃营败走，退保北盘江。各镇将士见定国败，也都一哄而散。《小腆纪传·永历下》，卷6，71~72页。参见《清世祖实录》，卷123，3页。此次战斗，定国部将三十余人都战死，其妻子家属被赵布泰俘获，处死。《滇粹·李定国传》，56页。赵布泰部由普安州进入云南。
多尼中路军击败冯双礼于鸡公背，追至北盘江，明各将争相逃奔，定国孤军难支，下令焚毁铁索桥，退至昆明。白文选也间道逃回。几次大战，南明损失惨重，“僵尸遍野，腥血成渠”。兵民死难的不下三四十万（？），都是过去十一年来湘桂川滇黔之精锐，百战所养成的精华而死于一旦！《滇粹·李定国传》。
清军制作浮桥渡过盘江，直抵曲靖，明知府盖世禄投降。十二月中旬，三路大军在此会师。
清军推进至曲靖（今仍名），距离昆明不过数百里，南明永历政权眼看面临着灭顶之灾！
李定国败退，回到昆明，请求永历帝撤离。事关重大，军情紧急，永历召集诸臣举行会议。已去世的刘文秀部将陈建把文秀去世前留下的遗疏呈上，请永历赴四川，另辟根据地。刘文秀在遗疏中说：“臣精兵三万人，在黎（平）、雅（州）、建（昌）、越（州）之间，窖金二十万，臣将郝承裔知之。臣死之后，若有苍粹，请驾幸蜀，臣妻操盘匜，臣子御羁靮，以十三家（指郝摇旗等农民军余部）之兵出营陕、洛，庶也转败为功也。”《小腆纪传·刘文秀传》，卷30，370~371页。太仆寺正卿辜延泰支持刘文秀遗疏的意见，主张退至四川，“开荒屯练”，作恢复之计。中书金公趾极力反对，坚持说入川不利。
定国也持不同意见，说：“蕞尔建昌，何当十万人之至？不加入湖南之峒，乌车里，里角诸蛮不相统摄，我今临之，必无所拒。安跸峒内，诸将设御于峒口，胜则六诏复为我有，不胜则入交阯，召针罗诸船，航海至厦门，与延平王（指郑成功）合师进讨。”
有人对此提出异议，说：“清兵乘胜踰黄草坝，则临沅、广南道路中断；且丧败之余，焉能整兵以迎方张之敌乎？”
原明黔国公沐天波又提出新的建议：“自迤西达缅甸，其地粮糗可资，出边则荒远无际，万一（清）追势稍缓，拒大理两关之险，犹不失为蒙段也。”
大臣马吉翔、李国泰都赞成沐天波的意见。
李定国不敢再争论，哭着请留下太子督师，以牵制缅甸。永历犹豫，不忍心把他的儿子留在危险之地。议论结果，基本听从了沐天波的意见，不愿离开云南，只想离昆明暂避。以上见《小腆纪传·永历下》，卷6，72页。李定国只好安慰永历：“前途尚宽，今暂移跸，卷土重来，再图恢复未晚。”《爝火录》，卷28，926页。
在撤离昆明前，李定国发出布吉，通知城内外百姓躲避兵祸：“本藩在滇多年，与尔人民情均父子。今国事颠危，朝廷移跸，势难同尔等偕行，恐清兵一至，杀掠淫污，猝难逃避。尔等宜乘本藩未行之时，各速远避，毋致自误贻戚。”
百姓从布告中才知道局势危急，清兵不久即将入城，无不惊慌失措，“城内外哭声鼎沸”，都在收拾东西逃命。
十二月十五日，百官扈从，诸将护卫，永历与大军全部撤离昆明，奔永昌。庆阳王冯双礼决定留下，对定国说：“某与公俱生于滇，公辅帝西行，图后再举为其难者，某愿死守会城（昆明），与城存亡！”定国涕泣，跟他诀别。《滇粹》，“李定国传”，57页。
随同永历撤走的还有城内外成千上万的百姓。李定国在布告中已清楚地说明，他们不能伴驾同行，让他们自行逃往安全之处。可是，当永历撤离时，男女老少百姓都跟随永历一起撤走，定国只好同意。加上马步军队，达数十万人，孩子哭，妇女喊，还有老人不时地发出痛苦的呻吟声，令人揪心难以忍受。永历君臣与兵民出城，向西撤去。李定国亲自率军殿后，以防不测。“国势既摇，人心思叛。”定国部将艾能奇之子艾承业纠集狄等人，在一座大寺中埋伏精兵，企图劫持定国北逃，送清军献功投降。但他们看到定国严队殿后而行，似乎早有准备，不敢下手，才免去一场流血之变。
数十万百姓、兵马西撤，拥塞道路，日行不过三十余里。兵士乏食，取之民间，所到之处，百姓都已逃避。连永历吃饭也成了问题，不能顿顿饱餐。行路艰难，没有足够的食品，不少人因饥饿与疾病倒在路上……才出昆明，不过几十里左右，刚到碧鸡关（昆明西，今仍名），路窄，人马更加拥挤，“哭声震地”。永历忍不住命令停车，站起身来，手扶沐天波，回头眺望昆明宫阙，一行热泪滚涌而出，带着凄苦的哽咽声说：“朕行未远，已见军民如此涂炭，以朕一人而苦万姓，诚不若还宫死社稷，以免生灵惨毒！”说完，放声大哭。天波极力劝说宽慰，正巧定国也飞骑赶到，请永历继续前进，安慰兵民之心。永历这才止住了哭声，重新坐下，驾车御夫一声吆喝，数匹健马昂首嘶鸣，拉着车子小跑起来……《爝火录》，卷28，927页。
对于永历政权来说，充满灾难而不幸的一年过去了，在颠沛逃亡中迎来了新的一年——顺治十六年（永历十三年，1659年）。正月初一，正值元旦之日，永历和他的文武将吏逃到云南的西部永平（今仍名）。不言而喻，元旦佳节给这些逃亡的人们能带来什么欢乐呢？
正月初三日，吴三桂与其他两路军浩浩荡荡开进昆明城。杨陆荣；《三藩纪事本末》，卷3，69页。中华书局，1985年版。南明卫国公胡一青、提学道徐心箴、光禄寺卿黄复生、提督刘之扶、土司总兵龙世荣等一批将吏向清军投降。清兵云集，大肆抄掠降众和明逃亡士兵，“无所不至，滇民水深火热”。《明季南略》，卷15，478页。
清三路军统帅会师昆明，不想给永历以喘息之机，很快会商下步军事行动。商定出兵日期，决定信郡王多尼驻守省城昆明，以征南将军赵布泰领中路人马，继续追剿。正月初八日，三桂移师罗次县（昆明西北的金水河，今称绿汁江之东侧），准备出击。但为加强军事进攻的实力，多尼也遣自己所部参加追剿，而他也很快地投入了军事行动。
永历君臣在崎岖的山间小路上继续西逃。初四日，至永昌（云南保山），不见清兵追击，就在这里安顿下来。王夫之：《永历实录·李定国传》，卷14，135页。李定国请求允许他坚守永昌东北的重镇大理，作为永昌的后备。永历批准了他的请求。定国到达大理不久，白文选率溃兵自霑盖撤到这里，列阵大理城外的下关，余众尚有万余人。定国率数百骑兵迎接。文选一见定国，不胜愤激，一边流泪，一边斥责他：“人主（指永历）以全国全师恢复宗社之重任，付托于公，一旦至此，谁执其咎？公于罗（遮）炎河因先走矣，其见无数万人民抢天呼地，悉锋刃之惨戮乎？”定国忍不住大哭：“事既如此，夫复何言！惟本此孤忠，死而后已，以报君父，以结此残局。”定国如此悲痛，文选不忍心再斥责，便收住了眼泪，说：“帝行矣，请公先行，文选留后。”于是，定国又回到永昌。大理北有一玉龙关，正当通永昌的要道，文选率残部驻守这里断后。《滇粹·李定国传》，57页。
永历在永昌暂时得到喘息，便下了一道“罪己诏”，自责其过失。定国自知指挥失误，致有此惨败，主动上缴永历赐予他的统帅之权的“黄钺”，请求给予削秩降级的处分。永历不同意，说：“是国之祸，王何罪焉！”《小腆纪传·永历下》，卷6，72页。
二月初二日，多尼令三桂自罗次出师，贝勒尚善领兵随征，征南将军赵布泰于同日从昆明出师。九日，三桂与赵布泰会兵于镇南州（云南南华），在镇南州西北的普淜（洱），与明总兵王国勋部激战，王国勋战死，楚雄全郡被清兵攻陷。十五日，三桂与赵布泰挥军进至玉龙关，击败白文选、张先璧、陈胜所部，斩杀明兵4000余人。获“巩昌王”金印1颗，生擒总兵吕三贵，获象3只、马140匹。《清世祖实录》，卷125，28页；参见《三藩纪事本末》，卷3，69页。文选败退，由河木和（澜沧江东岸，永平南），经右甸（昌宁），又退至镇康州（镇康北），进入缅甸境内的木邦。三桂部占领了大理。
李定国闻玉龙关失守，急派总兵靳统武率四千兵马保护永历迅速撤离永昌，十八日，逃至腾越（今腾冲），沐天波、马吉翔等随行，文武官员尚有400余人。《小腆纪传·永历下》，卷6，73页。《爝火录》，卷29，称：“时从官文武约千余员”。参见《三藩纪事本末》，卷4，70页。
三桂率部紧追不舍，追至澜沧江，明溃兵烧毁铁索桥，吴军与赵布泰等部扎筏过江。十八日，进入永昌，永历已逃走三天，也于这一天到达腾越城。三桂在永昌城安抚未逃民众，未加抢掠，就严师出城，尾随永历君臣之后，继续向西追击。但贝勒尚善予撤永昌守门兵丁，致使军士入城伤残百姓，副都统傅喀俘掠良民，纵兵扰害永昌百姓。事后，尚善、傅喀，及有关的都统巴思汉、胡沙等都分别受到降职、罚俸等处分。《清世祖实录》，卷138，12~13页。
李定国派兵保护永历先撤，然后自率精兵后撤，于二十日渡潞江（怒江）。江不甚宽，但水势汹涌，每年清明至霜降期间有“青草瘴”，连当地土人也畏惧。好在这个季节还没到来，不会危及人身健康。过江二十里，有一磨盘山（腾冲与龙陵之间），是高黎贡山的南段，位于怒江西岸，是此地的一座穹岭。定国举目四望，但见“鸟道窔箐屈曲，仅通一骑”。不由计上心来。他被清兵穷追，已到了无立足之地，回想短短一两个月，累遭失败，痛恨不已。他正确估计到吴三桂等累胜，已不存戒备之心，正好利用这里的地形用计。磨盘山距腾越很近，为防备万一，他请永历及大本营不要停留，继续后撤到边界之外，而他决心在此阻击清军，一洗耻辱。《小腆纪年附考》，卷19，23页。
二月二十一日晨，也就是李定国渡怒江的第二天，吴三桂率大队人马也渡过了怒江，进至磨盘山下。他环视四周，群峰丛峙，林木茂密，惟见磨盘山高矗其间，除了一条屈曲小路，别无路径可寻，经察看，不见明一兵一卒，只有鸟雀飞来，偶尔发出几声欢噪，打破一片寂静。地形如此险要，兵家遇到这种情况，总是要格外留心，谨防伏兵。但三桂却不在意。他自昆明出师，一路追剿，把白文选撵过澜沧江，率部编筏而渡，再渡怒江，军行数百里，无一人抗拒。他自以为李定国已逃窜，近处不会有明兵，因此，不再存有戒心，队伍也散乱不整，他也不以为然，便放心大胆进兵，下令军队继续前进，欲越过磨盘山西追。他做梦也没有想到，等待他的将是一条死亡之路！
李定国设伏既巧妙，又严如铁桶。他充分利用地形特点，设栅数重，埋伏三道伏兵；命泰安伯窦民（名）望为“初伏”；广昌侯高文贵为“二伏”；总兵王玺为“三伏”。《庭闻录》，卷3，《小腆纪传》，卷6，写作“玉玺”，今从之。刘彬：《李定国传》写作“王国栋”。每一道埋伏，设伏兵2000，定国已集兵万人，总设伏兵6000。这6000伏兵称得上都是以一当十的精兵健卒！约定在清军过了山顶，进入三伏后，发号炮为令，三伏并发，首尾横击，必无一骑逃脱。三道伏兵设于前，大营则屯于山后四十里橄榄坡，“炊事伏，令毋见烟火”。邵廷采：《西南纪事》，卷10。
李定国磨盘山巧设伏兵，又一次显露了他用兵的才能。他不仅正确地选择了有利地形，而且估计到了吴三桂累胜而产生的骄傲不备的心理，他把主客观两方面的情况综合在一起分析，才大胆地设此埋伏，将吴三桂置于死地！
三桂的部队已进入山间小道，摆成一字长蛇，鱼贯而行。行过一段路，开始登山，持续不断，上山的已有12000余人，仍看不出有伏兵的任何迹象。三桂和他的将士毫无顾忌，在明兵不设防之地，难得这样轻松，或许边登山边悠闲地观赏满山明媚春光呢！不知不觉，前头部队已进入定国的第二道埋伏……
突然，有一明将装束的人，不知从何处跑出来，慌慌张张地赶到三桂军前投降。此人叫卢桂生，任南明永历政权大理寺卿。《小腆纪传》，卷6，73页；《爝火录》，卷29，930页；《庭闻录》，卷3。而《明季南略》，卷15称：“时有正黄旗下逃人从伏中逃出”泄其谋；《南疆逸史》，卷52则称：“有俘卒泄定国谋。”他当即向三桂泄露了定国的伏兵之计，指出清兵已误入埋伏圈。三桂闻听，大惊失色，急传令停止前进，部队速撤，并令骑兵下马，舍骑步行，搜索伏兵。同时，命炮兵对准沟莽树丛中发炮，弓箭手用箭矢猛射，一时之间，两旁丛莽中“矢炮雨下”。伏兵不得号令不敢出战，听凭枪炮与箭矢袭击，倒毙在林沟中。隐蔽在第一道埋伏线的窦民望，知道埋伏已被识破，不得已，发炮出战，第二伏的明兵也发炮，冲出救援。于是，双方在山上接战，短刀肉搏，血肉横飞，霎时，尸“如堵墙”。窦民望拼死血战。他每临阵就饮酒数升，除去坐骑上的兜鍪而冲阵。在战斗开始前，对人说：“我姓窦，而山名‘磨盘’。天下有豆（窦）入磨而不腐者乎？今日是我死之日也！”双方激战时，他挥刀奋击，手刃百余人。《庭闻录》，卷3。忽一枪弹飞来，从他的胁下穿过，血流如注，仍然挥刀死战。实在支持不住，突围而出，行数里，因流血过多，一头栽倒地上，再也没有起来……
战斗打响时，定国正坐在山顶，一听号炮失序，十分惊异，还没等弄清情况，一炮弹落在他面前，爆炸激起的尘土，飞溅了一脸。由于卢桂生投降告密，打乱了李定国的部署，他也无法统一指挥，明伏兵被迫出阵，人自为战。但李定国仍据险督战。激战从卯时（相当早晨5－7时之间）一直持续到中午，双方伤亡都很惨重，山上山下，到处都布满了尸体，“僵尸堵垒”邓凯：《求野录》。，“尸委山谷皆满”《吴逆始末记》。。不久，征南将军赵布泰部、多尼部及时赶到《云南备征志》，“故实”，卷21。参见《八旗通志初集》，“信郡王多尼传”，3623页。《爝火录》，卷29，930页。，增援了三桂，而明军损失殆尽，孤立无援，力不能支。定国悲愤已极，于当天夜，率残部撤退，去追寻永历。
综合各方面记载，这次战斗酷烈空前，伤亡最大。未出战前，明伏兵被枪炮与箭击死在沟的有1/3，激战死在战场上的也有1/3，这就是说，伏兵6000已失去2/3。《庭闻录》，卷3。将领窦民望、王玺等战死。
清军方面，损失也相当惨重。三桂部属，自都统下，固山额真沙里布、祖泽润等18名将官及辅国公干图、扎喀纳等战死，凡已上山的清军无一生还，损失精锐近万人。《小腆纪年附考》，卷19，24页；参见《清世祖实录》，卷132，2页。清官方实录载三桂的报捷书中，对清军的损失只字不提。《清世祖实录》，卷125，28页。
李定国设伏，重创清军，有诗赞道：
吴三桂以重大的代价破伏取胜，如果没有人预先告密，其结果将使他遭到厄运。然而，一个偶然的因素，使他逃脱死亡，侥幸取胜，岂不是一次幸运！
但是，朝廷却把磨盘山战役以“败绩”论处。顺治十七年（1660年）六月，议出征诸王与诸大臣罪：多尼罚银五千两。多罗平郡王罗可铎罚银四千两、多罗贝勒杜兰罚银两千两、都统济席哈革去一拜他喇布勒哈番并所加级、副都统傅喀、莽吉图、克里格各革去一拖沙喇哈番。所罚银两，一部分给被诬“战败”而受一百鞭之罚的前锋护军等人，其余交户部收存。征南将军赵布泰罪行更重，他以庇护其侄穆成格，反诬别将战败、两军对阵而不在阵前决战等罪判成死刑，世祖予以赦免，革去一切职务为民。穆成格则处以革参领职、鞭一百、籍没家产的处罚。实际上，清兵陷入埋伏，损失重大，三桂负有主要责任。在审理此案中，以三桂“供答明悉免议”，没给任何处分。显见从廷臣到世祖都对三桂给予了特殊保护，不触及他的丝毫利益。此例又说明朝廷对他优待、宠幸无与伦比！这不是三桂的又一次幸运吗！《清世祖实录》，卷137，12~14页；卷141，13页。
三桂与赵布泰等乘胜进军，占领腾越，又往西追击120里，一直追过了南甸（今梁河），至孟村，已到了中缅边界，还是不见永历君臣的踪影！《八旗通志初集》，“信郡王多尼传”，卷135，3622页。
原来，当李定国大战磨盘山时，即二十一日夜，永历与随从离腾越继续南行，经南甸，又行两日，还不知磨盘山之败，李定国等下落不明。二十四日，正行至路上，准备安营炊饮，总兵杨武赶到，向永历报告：定国已远逃。事情是这样的：李定国在磨盘山败后，与永历失去了联系，曾打听永历的去向。有知情人说：永历已西行，将到茶山与缅甸之间。定国考虑了一下，说：“君臣皆死无益也。姑他往，以图再举。”当即决定奔孟艮。
永历与随从知定国已逃往他处，又被吴兵紧追，不敢停留，连夜赶路。人心更加涣散，各营兵士不少逃散。昏夜中，迷路于山谷，群臣妻子不相顾，乱兵乘机劫掠，火光烛天，惊扰奔窜。等到天亮，才发现还在原地，而永历的贵人、宫女已失去多半。永历看到将吏士兵纷纷离叛，已无路可走，决意投向缅甸，暂时安身。二十八日，永历赶到中缅边境的铜壁关，护从将领孙崇雅叛变，大肆劫掠永历的辎重而去。在将要出关进入缅甸时，护从大将靳统武也放弃了对永历的保护，率其部属出走。永历无法约束他们，任其去留、离叛，率余众进入缅甸。《爝火录》，卷29，931页；参见《三藩纪事本末》，卷4，70页。
三桂追击永历，已到了边界尽头，鉴于磨盘山的教训，不敢穷追。二月三十日，吴三桂与诸将帅自云南西部中缅边界经由永昌、大理、姚安等地胜利班师。
在三桂返回昆明途中，溃散在云南的永历旧部纷纷投降。三月十一日，行经姚安时，永历东阁大学主张佐辰、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、侍郎万年策、都察院钱邦芑等一批官员159人，先后降清。《庭闻录》，卷3；参见《爝火录》，卷29，933~934页。同时，他选用了部分降官任职，命王在极为金仓守道、卢桂生为大理府知府、倪巽生为姚安知府、米聪为顺宁知府。
二十三日，三桂与各将帅及其所部回到昆明，从而结束了这次为时一年的军事行动，以南明的彻底失败而告终。
云南是南明永历政权的根据地，苦心经营了十余年，实力较为雄厚，对三桂的征剿做了比较顽强的抵抗。这个政权同已灭亡的弘光、隆武政权一样腐败，内部的不断党争和相互倾轧，严重地削弱了自身的力量，而在三桂等强兵猛将的进攻面前，总是惊慌失措，没有作拼死的抵抗，加之指挥失误，招致军事上一败涂地。在短短的两个多月时间里，竟把云南全盘丢掉，最后连安身之地也化为乌有，被迫投到缅甸避难。
吴三桂自1644年降清，从东北一直打到云南边陲，驰骋中国南北大地，历15年之久。他立下的不世之功，已填满了清朝为他准备记功的功劳簿。清朝廷肯定不会亏待他，将用更高的赏格来酬谢他！