在给吴三桂颁发平西王金册金印的同一天，即顺治八年（1651年）九月八日，朝廷又向他发布了出征四川的命令，全文如下：
四川逆贼盘聚，斯民陷于水火，兹特命尔统领大军，入川征剿。凡事与墨尔根侍卫李国翰计议而行。投诚者抚之，抗拒者诛之。若武官有功核实题叙，有临阵退缩、迟误军机、不遵号令应处者，听王便宜从事；若罪大不便自处者，指名参奏。其应用粮饷，会陕西、四川总督、巡抚料理支给。地方既定之后，凡军机事务，悉听王调度，其一应民事钱粮，仍归地方文官照旧管理。文武各官有事见王，俱照王礼谒见。
王受兹重任，其益殚忠猷，礼以律己，廉以率下，务辑宁疆圉，宽朝廷西顾之忧。钦哉。《清世祖实录》，卷60，7~8页。
这份皇帝“敕谕”，指授三桂用兵四川前后的大政方针，对军队内部和对敌人的政策也做了具体规定。为了鼓励他早日取得成功，朝廷授给他比以往更多更大的权力，例如，奖惩、生杀皆由三桂自主决定，除特殊情况，不必请示朝廷。平定四川后，凡军事方面事务，都按三桂的命令办理。这就把地方的军事大权都交他掌管。敕谕中还特别规定，各文武官员谒见三桂时，必以王礼。这些都是以前不曾有过的，即使多尔衮在世时，也不曾授予他如此之多的权力！
世祖在颁给李国翰的敕谕中，处处都写明他这次入川“凡事协辅”三桂，“助王（三桂）”处理有关事宜。明确规定，三桂是主帅，李国翰处于辅助地位。《清世祖实录》，卷61，4~5页。在顺治五年颁给他们两人镇守四川的命令中，根本不提谁主谁辅，同时，还授予李国翰“平西大将军”的头衔，享有很大的军权，实际上还给予他与三桂同等的地位。所幸的是，两人到了汉中；特别是在剿抚过程中，尚能和衷共济，没有发生摩擦，行动配合默契，进展迅速。这也许是再次任命两人一体进川的一个原因。与前不同的是，明显地提高了三桂的地位，把李国翰降为“辅助”。因为是皇帝的任命，他们无须争高下，就俯首服从皇帝的调遣。
在三桂与李国翰此次经略四川前，清兵已多次进川剿抚。最早是在顺治二年十一月，刚刚剿灭李自成部农民军和南明政权之后不久，执政的多尔衮便腾出兵力取四川。当时，命驻防西安的内大臣何洛会与李国翰等“剿四川”，《清世祖实录》，卷21，18页。攻击对象是张献忠的大西政权。而大规模进兵征剿，是在顺治三年正月，命和硕肃亲王豪格为“靖远大将军”，统率精兵猛将，向四川发动了强大的进攻。《清世祖实录》，卷23，9~10页。当年十一月，就传送捷报：“献忠伏诛，四川平定。”《清世祖实录》，卷29，8~9页。朝廷自以为太平无事，岂料两年后，四川又动乱起来，张献忠余部在四川各地起义、暴动，明宗室也趁机起兵，欲夺回已失去的权力。顺治五年三月，幽禁亲征过四川的肃亲王豪格时，曾指斥他的罪状，首罪是征四川事，说他“出征四川，已及二载，地方全未安定，地方官亦未有以投诚平定入秦者”《清世祖实录》，卷37，14页。。
多尔衮出于对豪格的个人恩怨，所作上述指责是没有道理的。清朝接管四川，又出现新的动乱，是在豪格率大军撤离四川以后的事，地方已留给朝廷命官处理，但地方驻军不足，没能巩固已取得的胜利，当张献忠余部，以及明朝遗臣等又组织抗清时，就打乱了清朝在四川的统治。他们攻城略地，纷纷把清朝官员驱逐出境，或活捉处死。这种情况，在全国其他地区都有发生，已成为一个普遍性的问题。所以，多尔衮独责豪格是不公平的。
在这个问题上，多尔衮已看到四川形势的严重性。顺治五年四月，四川巡抚李国英报告的四川形势，令人不寒而栗！他于顺治三年正月随豪格征四川，被留下，委任为成都总兵。当时，成都残破不堪，到处是坵墟，“孑遗饿莩，百里无烟，寇党纵横”。所幸豪格大军尚在，地方还较安定，渐有起色。“不意王驾（指豪格）凯旋，寇党又复四起。”他领兵千人，已死亡过半，处境危迫。四川东南镇、道各官，有柏永馥、张勇、袁一相、董显忠等人，因为“无粮，贼众合营”，都来成都商量对策。正愁无兵无饷之际，李国英又被任命为四川巡抚，他“惊慌莫措”，不敢接任。他看到四川形势朝不保夕，岂能担此重任！正如他惊呼：“斯何时也！全川皆贼，已成燎原之势，兵寡饷无，何为恢剿之资？”当时四川惟一的希望，是盼“秦兵”（陕西兵）入川援救。可是秦兵“数不过千”，所赖秦饷，不过仅够千名秦兵之用！种种困境，不一而足。《明清史料》丙编第7本，666页。
这正是顺治五年后出现的形势。几乎同时，在山西大同，有姜瓖叛乱，引起山陕两省大乱。山陕为京师右臂，近在肘腋，多尔衮把大批兵力和能征惯战的将官都用于这两处，甚至他还两度亲征大同，把山陕的叛乱放在他处理问题的首要位置，远在四川的叛乱，一时顾及不到，只好先听任下去，等平定山陕之后再作打算。
从顺治五年到顺治八年，将近四年时间，清朝以很大的代价平定了山、陕，这才考虑并迅速做出决定再派大军进川，恢复它的统治。驻扎南郑的三桂与李国翰部，兵力既强，足以对付那里的抗清的武装力量；还有，从汉中入川最近。凡“大兵之剿逆下川，必取道于汉中”《明清史料》丙编第6本，568页。。由三桂与李国翰部入川最为便利。
吴三桂进川前，四川半是南明永历政权的天下。永历是继弘光、隆武等政权之后又一个南明政权。永历帝即朱由榔，是明神宗的孙子、桂王朱常瀛的第四子。他的封国在衡州，于崇祯十六年被张献忠攻破，他的长兄与二兄被处死，其父携宫眷逃到广西，最后在梧州定居。由榔与家人失散，历经波折，也到了梧州。不久，他的父亲与三兄也相继去世，他成了桂王的惟一继承人。至南明第二个政权隆武灭亡，一些重要大臣如瞿式耜、吕大器、丁魁楚、李永茂等相聚于广东肇庆，紧急磋商拥立新君，都以由榔为神宗嫡孙，入选最为合适。顺治三年（1646年）十月，他们去梧州迎接由榔即位。他的嫡母王太妃极力劝阻，说：“此大事，恐不胜任，愿先生更择可者。”群臣坚请，硬是把由榔接到肇庆，并在这里即帝位。见［明］鲁可藻：《岭表纪年》，卷1，5页；［明］瞿共美：《天南逸史》，264页。［明］钱澄之：《所知录》，卷2，180页。浙江古籍出版社，1985年版。朱由榔时年24岁，该年，仍称隆武二年，表示与隆武政权的统续关系，以明年为永历元年。王夫之：《永历实录·大行皇帝纪》，卷1，2~3页。上海古籍出版社，1987年版。参见《小腆纪传·永历上》，卷4，42页。在肃亲王豪格击杀张献忠后，自四川撤还京师，而张献忠部孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等率部退入贵州、云南。于是，永历政权便乘清军主力撤退，利用川中原明势力，始向四川发展，来重建它的统治。永历实行大封赏，慷慨地赠送各种爵位名号，分派四川各地据守：
原明兵部右侍郎，总督川、陕军务的樊一蘅入永历政权，晋为太子太傅、户兵二部尚书，驻四川，主持“全蜀收复计”；《小腆纪传·樊一蘅传》，卷34，345页。
提升原四川巡按钱邦芑为右佥都御史，巡按四川；《小腆纪传·永历上》，卷4，49页。
原川镇中军杨展以抗击张献忠、收复四川州县功，封为“华阳伯”，驻嘉定；《南疆逸史·杨展传》，卷51，399~400页。
四川綦江（今仍名）人王祥以守遵义功，封为“平寇伯”，驻遵义；《南疆逸史·王祥传》，卷51，397~398页。参见《小腆纪传·永历上》，卷4，49页；“补遗”卷2，775页，“王祥传”记为“綦江伯”。
原四川巡抚陈士奇营将赵荣贵，从保宁（阆中）来归，封“定随侯”，屯龙安（平武）；
以监军佥事詹天颜巡抚顺庆（四川南充）、潼川（四川三台）、棉州（今仍名）等地区；以总兵皮勋守平溪。《小腆纪传·永历上》，卷4，49页，该书“补遗”卷2，有“皮熊传”，疑“勋”与“熊”近音。
其他川中诸将，有副将袁韬守重庆，赐封“定川侯”的李占春守涪江，“靖南侯”于大海屯云阳（今仍名），曹勋据雅州，朱化龙屯茂州（茂汶羌族自治县），侯天锡屯永宁（叙永西侧），马应试屯卢卫等处，谭氏三兄弟谭诣屯巫山，谭宏、谭文据万县、夔州（奉节）。《鹿樵纪闻·川中诸将》，卷中，166页。参见《小腆纪传·樊一蘅传》，卷34；“补遗”卷2，“李占春传”，“李大海传”。这些明朝旧将吏“各守其地，残民少安”。顾山贞：《客滇述》，101页。
永历已任命的将吏，还有未任命的川中明将，各拥兵“分地自守”，互相攻击，争城夺地，兵连祸结，把四川搞得一塌糊涂。《鹿樵纪闻·川中诸将》，卷中，166页。明宗室楚王后裔朱容藩是个“无赖，不齿于王府”，先混入明将左良玉军，复投入李自成余部农民军中，招摇撞骗，无法安身，便混入永历政权，骗得一官，掌宗人府事，仍不甘心，乃谋入四川，假称“楚王世子”，自封“天下兵马副元帅”，骗取川中部分将官信任，向全川发号施令。接着，改称他所居的忠州（忠县）为“大定府”，号府门为“承运门”，称所居室为“行宫”，按朝廷规制，设祭酒、科道、鸿胪寺等官，凡依附于他的将领，都封以侯、伯。他俨然成了蜀中之王。四川巡抚钱邦芑上疏永历帝，戳穿了他的骗局，要求派兵讨伐。《小腆纪传·钱邦芑传》，卷32，320页。永历派督师堵胤锡入川，当面斥责朱容藩无耻，命令他撤去非法名号。“川东文武始知容藩名号之伪，多解散者。”这时，督师吕大器来到涪州，“荡寇将军”李占春前来拜见。正巧，朱容藩令牌到，吕大器看到牌上所写朱容藩头衔，不禁失笑，说道：“除非是亲王、太子，谁敢称副元帅！有天子（永历）在，他何国可监？此人明明是反叛，你们受他的官，必不能免反叛的罪名！”李占春说：“我们讨伐叛逆，赎罪如何？”吕大器同意。李占春调集兵马，赶到朱容藩所居“天字城”（夔州临长江附近），朱容藩不堪一击，只身逃跑，藏在一草舍中，被当地百姓捉住，送交军前，当即处死。以上见《小腆纪传·朱容藩传》，卷9，112~113页。
朱容藩制造的这场闹剧，自乱了永历朝政，引起四川混乱不堪。川中诸将互相攻杀，更使混乱的形势不可收拾。袁韬与李占春两将首先起衅。袁本是张献忠的部下，后降明王应熊部，授为副将，守顺庆。一次，他朝见朱容藩，因不懂礼节，朱大怒；永历朝兵部右侍郎、总督川北的李乾德，没有表示支持朱容藩，他记恨于心，就唆使投靠他的李占春袭击袁韬和李乾德。袁、李（乾德）合兵与李占春部屡次开战。川南总督杨乔然、巡按钱邦芑出面调解，双方矛盾暂时缓和。
接着，袁韬、武大定与李占春；袁、武又跟杨展发生火拼。杨展据嘉定，领有川西南各州县之地，粮饷充足，财用丰裕。这时，袁韬与武大定奉李乾德之令守重庆。朱容藩命李占春袭击袁、武，遭到失败，阴谋没有得逞。“于是，诸镇治兵相攻矣。”《小腆纪传补遗·李占春传·于大海传》，卷2，772页。袁、武开始暗算杨展。因重庆兵多粮少，士卒饥饿不堪。李乾德派人说服杨展与袁、武合兵，以便解决粮饷的困难。杨展非常高兴，与他们约为兄弟，慷慨供给粮饷。杨展一向与李占春交好，引起袁、武不满。李乾德屡次建议杨展经营西北，杨没有接受。李认为他有意怠慢自己，便鼓动袁、武除掉杨展。袁、武贪图杨展拥有的丰厚资财，便设计将杨展杀死，袭取了嘉定，据为己有。永历得到报告，严厉指责李乾德。袁、武两人瓜分杨展之财，李乾德毫无所得，十分悔恨。以上见《小腆纪传·李乾德传》，卷34。343~344页，《小腆纪传补遗·杨展传》，卷2，773~774页。参见《南疆逸史·杨展传》（下）卷51，399~400页。
其后，王祥又攻击袁韬，密计擒李占春，李得脱。贵阳镇守将皮熊（勋？）攻王祥，再约诸镇合攻，大小十余战，相持不下。永历派人说和而罢兵……《小腆纪传补遗·王祥传》，卷2，775页。
永历朝川中诸将拥兵自重，互相攻讨。“二三年来，操戈同室”《小腆纪传补遗·王祥传》，卷2，776页。，搞得四川“全省分崩离析，号令各擅”，连永历的命官，操巡抚四川之权的樊一蘅，所能号令的，仅叙州（宜宾地区）一府而已。《小腆纪传·樊一蘅传》，卷34，345页。
川中诸将自相为乱，招致孙可望挥师重回四川。顺治七年（永历四年）九月，孙可望自云南回到贵州，得知杨展被害死的消息，欲乘机取蜀。他上疏，声讨袁韬、武大定、李乾德三人的罪行，以此为借口，派遣刘文秀、王自奇率师自云南分道入川。首先破遵义，王祥战败，自刎乌江之畔；遣副将卢名臣取重庆，自率大军渡金沙江，遇城攻取，于顺治八年（永历五年，1651年）十月，进攻嘉定，刘文秀与王自奇前后夹击，袁、武大败，被擒投降。李乾德不愿受辱，领全家投河自尽。《小腆纪传·李乾德传》，343~344页。刘文秀等夺取嘉定后。顺流东下。卢名臣一部，入涪州。在群猪寺口激战，李占春大败而逃，后降清。《鹿樵纪闻·川中诸将》，参见《小腆纪传补遗·李占春传》，卷2，772页。两书皆载李占春单骑走华山当了道士，误。《清世祖实录》，卷100，4页载：“（顺治）八年十一月内，荆州镇臣郑四维疏报：自巫夔来归于大海，李占春等，已经尔部（兵部）议覆……”，此记甚确。于大海在忠州。闻风丧胆，乘船逃跑，入湖南，降了清朝；据清官方报道：“于大海（李占春）等倾心向化，带部下将领共百余员，兵丁共四千有奇，家口人民共一万三千有奇，马匹、船只共八百有奇。”世祖以于大海等投诚功大，指示兵部要“破格优擢，酬其效顺诚悃”。《清世祖实录》，卷100。4~5页。至此，川中“诸将尽散，无敢应敌者”，谭宏、谭诣、谭文兄弟都投诚刘文秀。他留下白文选守嘉定、刘镇国守雅州，便还师云南。《小腆纪传·刘文秀传》，卷37，369页。《小腆纪年附考》，卷18，3页。
自明末农民大起义、迄至刘文秀部取四川，各派政治军事势力对四川已是数进数出。开始是张献忠入川建国，接着是清兵第一次入川；大军撤出后，永历政权乘清兵单弱，复取四川，经过两年多的混战，刘文秀部第二次打回四川，然后才有吴三桂与李国翰大军再度略定四川，也是清兵的第二次入川。这期间，如加上清兵的小规模的入川战斗，就不止是两次入川了。吴三桂是在各派力量反复较量之后入川的，所以，他这次出征四川，对于清朝完成对四川的统一，进而实现向云贵胜利进军，确立它对全国的统一，都有重要意义。三桂在四川的胜败，不仅关系着西南广大地区的政治前途，也关系着清朝的统治能否稳定。
吴三桂在四川的对手，既不是一群乌合之众，也不是南明永历政权及明遗臣的腐败军队，而是一个特别能战斗的强手。他们本是张献忠的部属，跟随张转战多年，有着严格的军事组织和纪律，具有丰富的实战经验。他们的将领，如孙可望、刘文秀等，无不能征惯战，剽悍而有谋略。显然，三桂面对这一强手，要想取得预期的胜利，并不是一件容易的事。
吴三桂与李国翰的部队驻在汉中。当他接受任命返回汉中时，大约已在十与十一月之交。而为出征做准备，已近年底。正赶上顺治九年（1652年）元旦佳节，按传统习俗，家人团聚，欢度节日。二月，在春天刚刚来临之际，吴三桂与李国翰率部自汉中发兵，分东西两路入川。《庭闻录》，卷2。
汉中与四川仅一大山即大巴山相隔，山南即是四川，剑门乃入川咽喉之地，三桂部必经剑门而入。有一诗专记三桂自汉中出征四川的事：
这首诗，咏叹了吴三桂继续为清朝效力，恩隆日重，如高耸入云的巴山之巅，三桂正在向上攀登！
一进入四川，就是保宁府。南明川将赵荣贵据守此城。吴三桂挥军进攻，旗开得胜，将城攻陷，赵荣贵被杀。顾山贞；《客滇述》。吴军再取嘉定（乐山），守城总兵龙名扬领兵千余出战，被歼七百人，龙名扬被俘，处死。《明清史料》丁编第8本，701页。川南巡抚范文光听说嘉定失守，服毒自杀。《小腆纪传·范文光传》，卷34，346页。白文选、刘镇国力不能支，退到叙州去了。
在吴三桂入川、进逼云贵时，定南王孔有德已进兵广西，平南王尚可喜与靖南王耿仲明征广东，永历小朝廷惶恐不安，被撵得无立足之地，屡经迁徙，奔波不止。孙可望请永历帝移跸安隆（贵州关岭布依族苗族自治县西）。永历无计可施，只得在权势强大的孙可望的庇护下，迁至安隆，改名安龙，暂且栖身。《小腆纪传·永历中》，卷5，60页。孙可望已入永历政权，受封为秦王，李定国为安西王，白文选为巩昌王，刘文秀为抚南王，可望的部将也都受封王侯的爵位。当三桂入川的消息传来，可望请求派李定国与冯双礼取湖南，出步骑八万，由武岗出全广，攻桂林，迎战孔有德军；遣刘文秀、白文选、王复臣率步骑六万，取叙州、重庆，合兵攻成都，迎战吴三桂军。《小腆纪传·永历中》，卷5，61页。
四月间，三桂已由佛图关（重庆西）取重庆，击杀南明总兵李廷明等，俘获很多战利品，又分兵围成都，迫使南明兵投降。《清世祖实录》，卷66，13页。此处记：“伪抚南王刘文秀举城降”，不确。征之他书，刘未在此参战，无投降事。后来兵败回云南。见《小腆纪传·刘文秀传》，卷37，369~370页。再深入到叙州（今宜宾市）。刘文秀兵未到，白文选、王复臣部只得退守靠近贵州的永宁（叙永附近）。南明的提学道任佩弦，向三桂投降。至六月，三桂部北取石泉（茂州东北），川北巡抚詹天颜兵败被俘。他是永定人，以贡生起家，历任安绵道、右佥都御史，巡抚四川。此人颇有气节，拒绝投降，三桂将其处死。《小腆纪传·永历中》，卷5，61页，卷34，346页，“詹天颜传”，《小腆纪年附考》，卷18，6页。又遣兵招抚漳腊（今仍名）、松潘（位川北、今仍名）等地，其他地区的明将吏也纷纷接受招抚，向清军投诚、迎降。
吴三桂进川仅四个来月，进展很快，“蜀地渐次底定”，特向顺治提出四川“久安长治之策”。他说，四川东接三楚（指两湖），西连羌番（指西藏），南通滇黔（指云贵），北抵秦陇（指陕甘），幅员辽阔，“易乱难治”，自张献忠占四川后，又有南明及地方豪绅相继据守纷争；十数年间，西南土司亦参与争夺，四川倍遭涂炭。现在虽经征伐，消除祸乱，东南渐入版图，但以孙可望为首，“假借名号，鼓煽人心”，仍然集结在遵义、永宁等处，“抗拒王师，未常忘情于蜀”。因此，他建议朝廷早定建制与治理办法，并“择冲要地，设镇将官兵，责成战守”，才是“久治之安之策”。《清世祖实录》，卷66，13~14页。
世祖指示兵部讨论此事，拿出具体措施。同时，他给吴三桂一道敕谕，赞扬三桂的功绩：“王统兵入川，成都各府贼众惧窜，民人归附，朕心嘉悦。”《清世祖实录》，卷66，14页。世祖以为四川已平定，于六月二十八日向三桂和李国翰发出指示，命令他们自四川移师，“相机进取贵州”。前不久，孔有德在广西失利，被李定国围于桂林，城破之时，孔有德被迫自缢身死。南明军威大振，消息传到北京，世祖颇为震惊，迅速指派和硕敬谨亲王尼堪为“定远大将军”，统率大军于七月二十日离北京，拟由湖南进入贵州。世祖的意图是，令三桂由四川进军贵州，与尼堪部会合，夹击永历政权。《清世祖实录》，卷66，15页。此一命令刚发出几天，世祖又改变了计划，立即派人通知三桂停止向贵州进兵。因为李定国攻下了桂林，孔有德兵败而死，已使广西清军处于危机之中，世祖指示尼堪也停止进兵贵州，向广西方面增援。他也虑及四川刚刚安定，局势不稳，担心三桂大军离川，会引起新的混乱，所以他要三桂仍在四川，“相机安定四川地方”《清世祖实录》，卷67，16页。。
世祖和他的机要大臣的决策，果然不幸言中！就在世祖发出上述指令时，南明刘文秀率部大举进攻四川，几乎使三桂陷入绝境。
七月，刘文秀与王复臣率领步骑，其中纠集云贵土司“猓猡”部众，共计六万《小腆纪传》，卷37，369页，“刘文秀传”记其兵力为六万，《清世祖实录》，卷69，11页，载吴三桂疏报：刘文秀、王复臣等“率马步兵五万，入犯西南”。《逆臣传·吴三桂传》亦记为五万。两说近似，故知南明兵力在五万至六万间。，攻入四川。“文秀善抚士卒，蜀人闻其至，所在响应，诸郡邑为三桂所克者次第失陷。”守重庆的三桂部将都统白含贞、总兵白广生被擒，《小腆纪传》，卷37，369页。《附考》，卷18，9页。重庆失陷。文秀率主力，向三桂驻守的叙州发动了大规模进攻。三桂看到南明兵来势很猛，不敢迎战，但又不得不战。刘文秀“兵多而锐不可当”，把三桂围于阵中，进而围困数重，三桂左冲右突，处于极度危险之中。他的心腹大将都统杨珅力战，把他从重围中救出，率残部向川北败退，奔入绵州。刘文秀兵乘胜追击，经嘉定，直取成都。三桂在绵州站不住脚，继续退到保宁。
刘文秀部大捷，击败劲敌吴三桂，永历朝廷为之欢欣鼓舞，立即敕封刘文秀为南康王。《小腆纪传·刘文秀传》，卷37，369页。
刘文秀率部继续追击。“讨虏将军”王复臣劝道：“不要追了！三桂是一劲敌，我军连胜已成骄军，以骄军对劲敌，能没有失误吗？”文秀根本不听，挥师北上。十月，直抵保宁城下，王复臣又劝：“不要围城，围城将使兵力分散，围久必溃。”文秀不以为然地说：“三桂坐守孤城，计日可下，将军为何如此胆怯！”《四王合传·吴三桂传》，载《荆驼逸史》。他听不进王复臣的意见，命令骁将张先璧军围保宁城西南，他本人以其本部兵列阵于城东教场，用十三头大象领十三营，列阵四重：象列阵前，后边是使挨牌长枪的兵，再后是持匾刀的兵，最后是持鸟铳的兵。整个阵势，排成圆形如月，坚不可摧。《流寇志》，卷14，231页。据三桂报告：“贼党（指刘文秀兵）薄城下，连营十五里。”《清世祖实录》，卷69，12页。刘文秀兵势之盛，不禁令人胆寒！
三桂与李国翰退到保宁城《逆臣传·吴三桂传》载，三桂“就绵州久驻”。《清史稿·吴三桂传》虽没明说三桂退到绵州，却说四川巡按郝浴被围于保宁，“趣三桂等赴援”，显见三桂不在保宁城。此说不确。按《小腆纪传》及《附考》、《荆驼逸史》，“四王合传”诸书皆载三桂退保宁。三桂奏疏亦云：“臣等退师保宁，为决战固守之计。”（《清世祖实录》，卷69，11页。）此说是。，面对强兵压城，深感胆寒，如固守下去，将有覆亡的危险；如退出保宁，撤到陕西，无法向朝廷交代。李国翰决定撤退回陕。三桂反复思虑，一时计无所出。四川巡按御史郝浴上疏弹劾三桂不能取蜀，更引敌兵入秦境，三桂愈加烦躁，深深痛恨郝浴。
都统杨珅力持进兵之议，说：“王威名震天下，今退走，威名一旦扫地以尽。今日之计，有进无退！”李国翰以敌众我寡为难。杨珅说：“您若退兵，请自退，吾王独进，与敌誓不两立！”刘献廷：《广阳杂记》，卷1，41页，中华书局，1957年版。
杨珅的话深深打动了三桂的心，他权衡利害，感到除了拼力死战，别无出路，便决计与之决战。
三桂寻机出战。他在城上巡视，观察南明兵阵势。他们至城西南角，看到张先璧“军容耀日，然未经大敌”。张先璧十分骁勇，号“黑神”，但他“勇而轻敌”，被三桂看破《小腆纪传·刘文秀传》，卷37，370页。《附考》，卷18，12页。，很自信地说：“惟独此军可袭而破之。”便定计以张军为突破口。
十月十一日，三桂令部分将领统川兵出东路观音寺迎敌，他统满汉兵到北路土地关。另出精骑出城西门，攻击张先璧军营。张军果然不堪击，被吴精兵猛攻，顿时大乱，四处溃逃。吴精骑以迅雷不及掩耳之势，转攻王复臣所在的南营。王营为乱军所扰，已乱了阵势，又受江水阻隔，不能展开战斗，眼看就被击垮。……《四王合传·吴三桂传》。
刘文秀所率大队人马也受到吴、李兵的猛烈攻击。三桂亲自上阵，他的大将吴国贵也“血战而前”《广阳杂记》，卷1，41页。，双方呐喊，呼天动地！文秀兵以象阵压住阵脚，吴兵不能破营。于是，吴兵佯退，诱敌出阵。果然，文秀兵见吴兵后动，阵势错乱，以为败退，就出骑兵追击，圆阵开口丈余。吴骑兵数百返身奋冲，一齐杀入阵内，弓矢齐发。文秀部持盾牌的兵在前，阵内设有御矢的战具，一下子被吴兵射倒一片，阵内大乱，大股吴兵也随后冲了进去，文秀所布圆阵迅即崩溃，尽奔入河里，被吴兵砍杀不计其数，生者拼命奔逃。《流寇志》，卷14，231页。
吴三桂乘胜合击王复臣部，终于把他围了起来，他击斩数人，无法突围。吴兵越聚越多，他自知逃不出去，不禁长叹：“大丈夫不能生擒名王（指三桂），岂可为敌所辱！”挥刀自刎。吴兵眼见这一壮烈场面，无不惊叹！
刘文秀所幸未被生擒，率残军解围而退，向云南撤去。三桂不敢追赶，仍心有余悸地说：“我平生还未尝遇过如此劲敌恶战！假如照王复臣所说，我军休矣！”黄宗牺：《永历纪年》，卷258。
三桂反败为胜，而且还是大获全胜，使四川的战局顿时改观，这也算是一个奇迹吧！战斗一结束，三桂向朝廷报捷：“臣等亲往迎敌，我兵奋勇横冲，贼众大溃，擒斩复臣及伪将等二百余员、贼兵四万余级，获伪印、象、马、器械无算。”《清世祖实录》，卷69，12页。三桂屡被刘文秀兵挫败，几至危亡。当他得胜之时，大行报复。他自报斩四万级，其中不少是放下武器的士兵。入川后，三桂军队“残暴无纪律”［民国］《江津县志》，卷3。，他“骄恣部下，淫杀不法”《庭闻录》，卷2。。在川北时，劫掠保宁城；在永宁地区，吴军所过，“官民庐舍、仓库、典籍荡然一空，靡有孑遗矣”！《滟滪囊》，卷5。四川巡按御史郝浴已屡次向三桂提出这个问题。三桂尤为嫉恨。
三桂报捷后，乘机上疏，就郝浴对他的弹劾进行辩解：“臣之退走，所以引敌出险以歼之也。兵家之计，不可先传。按臣书生（指郝浴），不知兵事，妄言摇惑众人，几败大计。”《广阳杂记》，卷1，41页。三桂明明是自叙州败退，何尝是“为决战固守之计”？《清世祖实录》，卷69，11页。此时打了胜仗，满嘴是理，反咬一口，说郝浴“饰词冒功”，要求给予“削职为民”的处分，《清世祖实录》，卷83，15页。立陷郝浴于获罪之地。世祖正宠信三桂，岂能信郝浴之言！接到三桂的疏报，立即传旨谴责郝浴，严加审问。负责审讯的大臣秉承旨意，定为死罪。世祖帝开恩，免去死刑，改为流徙盛京（沈阳）。《清世祖实录》，卷83，25页，参见《广阳杂记》，卷1，41页。在三桂未弹劾郝浴前，大学士冯铨等极力推荐郝浴可用。在郝浴被处分后，冯铨也因荐举不实获罪，被世祖斥责，降三级。《清世祖实录》，卷83，19页。三桂一纸具文，便使这些重臣失势！
经吴三桂、李国翰大规模征剿，四川反清的武装力量基本被摧毁，形势又归于稳定。永历政权在四川的势力被肃清，四川复置于清朝的统治之下。