在南明的弘光政权、农民军的大顺政权相继垮台后，初步形成了清朝的一统局面。但是，全国的形势还很不稳定，在已占领的许多地区，又出现了反复，已归顺清朝的原明将吏，屡屡发生复叛事件。如顺治三年（1646年）正月十二日，南京城内百姓与城外反清力量合谋起事，消息泄露，为首者30人被擒斩。至十八日夜，以亡明潞安王、瑞昌王为首，率兵2万余人，分三路进攻南京，被清军击败。《清世祖实录》，卷24，3页。参见蒋良骐《东华录》，卷5，83页，中华书局版。类似的事件，大量地反映在清官方记录之中。参见《清世祖实录》及《东华录》顺治二至六年间纪事。这些意料不到的“反叛”活动，已使清政权感到惶惧不安。在弘光政权覆亡之后，明朝宗室又成立了隆武政权、鲁王监国政权，稍后又有永历政权，继续与清朝相对抗。分散在各地的明朝遗忠孤臣，因为不甘心归入清政权，也在从事反清活动，不断地给清地方政权制造麻烦。对清威胁更大的仍然是农民起义军。首先是张献忠已在四川建大西政权，正在发展自己的力量。李自成虽然牺牲，他的余部还保有强大的军事力量，占据地方，继续从事抗清的军事活动。清虽然攻灭了弘光政权，占领了南京，仍有广大的地区尚未攻取，如四川、广东、广西、福建、云南、贵州、湖南、湖北部分地区等，不是被农民军占有，就是为南明所掌握。
所有这些抗清活动，集中发生在顺治二年到七年、八年之间。总的看，他们的活动还是很分散的，没有形成集中统一的力量。然而，从他们所控制的广大地区和掌握的强大的军事力量来看，清统治集团已深深地感到严重威胁，这关系到清能否长久立足中原。形势还是相当复杂而严峻的。特别是长江以南，东南沿海，以及西到四川，这一广大地区仍然控制在南明或农民起义军手中，直接影响到全国的形势动荡不定。面对这一危险的局势，摄政的多尔衮是无法乐观的。如何稳定形势，尽快夺取未占领的地区，歼灭各个抗清的武装力量，是摆在首要地位的头等大事。多尔衮没有别的选择，只能靠军事手段，才能最终实现一统天下的宏伟的政治目标。从顺治二年下半年开始，多尔衮不断选将命帅，派出一支支部队，攻取未占领的地区，并到各出事地区，扫荡一切敢于反抗清政权的军事与政治势力：
顺治二年十一月，以驻西安的内大臣何洛会为“定西大将军”，会同右翼固山额真墨尔根侍卫李国翰等进军四川，征剿张献忠的农民军。《清世祖实录》，卷21，8页。
年底，以贝勒勒克德深为“平南大将军”率师向湖广进兵。
三年正月，以和硕肃亲王豪格为“靖远大将军”率师进川，合剿张献忠。《清世祖实录》，卷23，9页。
二月，任命多罗贝勒博洛为“征南大将军”率师征福建、浙江。《清世祖实录》，卷24，16页。
四月，多尔衮以皇帝的名义，通知兵部：命令恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥各统所部骑兵，于五月初一日先赶到北京，其步兵可派委官率领，也同时启程，随后至京。《清世祖实录》，卷25，14页。没有说明调动意图，但孔有德等人也明白，把兵马调进京，必有出征之举。
五月，得到蒙古苏尼特部落腾机思等王公贵族叛乱，率部叛逃喀尔喀（外蒙），即命和硕德豫亲王多铎为“扬威大将军”，同多罗承泽郡王硕塞等，统率大军征讨。《清世祖实录》，卷26，2页。
八月，正式下达命令委任孔有德为“平南大将军”，会同耿仲明、沈志祥等率满蒙汉八旗兵往征湖广（湖南）、两广（广东、广西）。《清世祖实录》，卷27，21页。数日后，又令尚可喜率部赴孔有德军，协征湖广等地。《清世祖实录》，卷27，22页。
顺治五年（1648年）二月，原明降将江西总兵金声桓据南昌叛清。三月，命固山额真谭泰为“征南大将军”，统兵赴江西平叛。《清世祖实录》，卷37，18~19页。
满洲、蒙古、汉军八旗将士相继出征，投入新的战斗。孔、耿、尚“三顺王”与续顺公沈志祥已经率部进关，奉命南征。只有吴三桂尚未得到应征的命令。不过，他从朝廷一系列的调兵特别是孔、耿、尚也被调走来判断，他已感到自己在锦州的日子不会很长了。果如所料，顺治五年初，朝廷向他下达了携家西征的命令。他立即回报启程赴京的日期。接着，二月十五日，他又向朝廷写了一份奏折，请示他走后家事如何处理。他写道：
本藩（吴自称）奉命西迁，已将起行日期奏报外，但本藩生于辽，长于辽，有祖父坟园葬立中后（所），叨蒙皇恩特赐葬祭。今本藩领全家及官兵全家往西剿抚，本藩思源之念虽殷，不敢私自留人看守。中后原有本藩安设庄田拾处，今留人丁百余，并本藩兄吴三凤、部劄游击张羽高督率看守，以备祭扫。恳祈皇上、皇叔父摄政王洪慈，俯勅户部，准给原设庄田留人看守坟园，即本藩之祖父得沾圣恩于九泉，本藩矢忠之心得图报于万一矣。《明清史料》丙编第7本，658页。
从这份奏折，我们知道，不仅他死去的父母、弟弟已受到优恤，而且他的祖父也给予“特赐葬祭”。以往凡有所请，朝廷无不恩准。这次要求留下哥哥吴三凤和一名游击将官督率百余人看守庄田，祭扫祖坟，朝廷不会有异议。为了免除他的后顾之忧，安心西征，主持朝政的多尔衮自然是满口应承的。三桂的要求得到了满足，便迅速料理好家事，整治行装，携带家眷，率骑兵先行进京，步兵随后进发。
四月二十二日，顺治皇帝召见吴三桂，当面慰劳，赐宴一次。《清世祖实录》，卷38，8页。三桂在京整整滞留一个月，一方面做各种准备，一方面等待后续部队。至闰四月二十一日，三桂即将离京西行，顺治帝在他新建成的居所位育宫（此宫建成于顺治三年十一月，见《清世祖实录》，卷29，10页），赐吴三桂宴，为他饯行。宴后，又赐他蟒袍一袭、凉帽一顶、金黄带一围、玲珑撒袋一副、一套弓矢、鞍马一匹。《清世祖实录》，卷38，12页。
吴三桂此次不是临时奉命征伐，而是戍守已得疆土，朝廷要求他携带家眷西迁。他镇守的地方是陕西汉中，驻地南郑，即与四川北部相毗邻的地区。因为三桂即将赴陕西镇守，朝廷采取一项措施，决定在陕西设“辽学教官”一员，每科中举人两名、岁贡两名。同时，考虑到永平府还有一大批辽人定居，特将永平府寓学改为“辽学”，裁教官一人，留一人，每科取举人三名，岁贡三名。《清世祖实录》，卷38，10页。这都为的是照顾三桂携带一大批辽人赴陕西，在那里安家落户，使他们主要是他们的子弟能得到就学和应试的机会，让他们安心地在陕西待下去。
多尔衮把汉中地区交给吴三桂镇守，是经过慎重考虑的。陕西地处西北边塞，北邻内蒙古，南界四川，西接甘肃，东靠山西。汉、回、蒙古等族广布黄土高原，过着十分贫穷的生活。这里民情、政情复杂，一向多事。远的不说，明末农民大起义就从这里开始，向全国发展。与它邻近的四川、甘肃、山西等省，也都是农民军活动的主要基地。虽然李自成失败了，但他的余部还在这一广大地区活动。当地群众的反抗情绪尚未熄灭，与周边各省互通声气，酝酿着新的斗争。清军平定陕西后，以为太平无事，班师回京，留下守御地方的军队很少。岂料清军刚走，陕西、山西等地很快出现了较大的反复。已降清的原明将吏趁机反清复明，农民军余部重新举行起义；还有一些毫无政治目的、专图钱财的地方武装团伙，趁乱占山头，打家劫舍。大约从顺治二年底，到次年初，山、陕警报频传，如邠州（陕西彬县）、庆阳、延安等地，都被“叛军”占领。他们的首领贺珍在汉中府，“二只虎”，孙守法据兴安州（陕西安康）；武大定、高如砺、蒋登需、石国玺、王可臣等头目据徽州（甘肃徽县）、阶州（甘肃武都）……《清世祖实录》，卷28，3~6页。这使多尔衮感到震惊，不得不加派军队进陕。及至大军撤出后，残敌继续活动，以贺珍为首的“叛军”仍盘踞兴安。《清世祖实录》，卷29，12页。顺治四年二月，据陕西总督孟乔芳奏报：“贺珍等残孽，出没汉中；孙守法盘踞兴安，胡向负固不服。”《清世祖实录》，卷30，14页。五年三月，又报：叛军头目武大定纠合残部，“窥犯宁羌界（陕西汉中宁强）”《清世祖实录》，卷37，24页。。
四月，就在吴三桂进京陛见，接受西征的任命时，又从陕西传来惊人的消息：凉州（甘肃武威）回民举行暴动，与甘肃兰州的回民相联合，向巩昌（甘肃陇西）进攻。《清世祖实录》，卷38，9页。回民起义，使陕甘震动。四月底，吴三桂刚离京就道，多尔衮急忙任命固山贝子吞齐为“平西大将军”，统领八旗兵及外调蒙古兵开赴陕西。《清世祖实录》，卷38，13页。
顺治五年十二月初，山西大同总兵、原明朝降将姜瓖又叛清，“其附近十一城皆叛”《清世祖实录》，卷41，18页、20页。。姜瓖是一个很有影响的人物，他带头反清，山西各地响应，陕西也直接受到影响，明遗臣宿将，多起兵配合。例如，原明参将王永强据延安，清将刘登楼据榆林，甘肃回民领袖丁国栋连陷河西洮泯诸州县，降清的明臣李建泰也据太平（山西襄汾西）叛变。山、陕反清斗争与东南地区出现的大反复遥相配合、呼应。
以上官方记录表明，自吴三桂、阿济格第一次进陕征剿李自成，迄后始终未见宁静，清兵已几进几出，不但没能从根本上解决问题，而且有愈演愈烈之势，山西、陕西、甘肃三省，一处有事，各处呼应。这一地区多少个世纪以来就是用武之地，青壮年都很能战斗，更有蒙古、回民等少数民族剽悍、善骑射，连精锐的清骑兵也很难对付它。像阿济格、吴三桂、豪格等许多名将都曾来陕西征剿，都给予重创。可是，清军主力一撤，复聚兵众反清。
汉中地当甘肃、四川与陕西之冲要，守此可控扼三省，具有重要的战略地位。因此，反清的武装力量都企图占领它，同清军展开了多次争夺。陕西及汉中地区叛复无常，严重地困扰着清统治集团。于是多尔衮便从两个方面来巩固以往的战果。一是不断派出强有力的部队扫清现有的叛乱势力；二是派出有威望的、善战的将领率部驻扎战略要地汉中地区，以起到威慑作用。多尔衮想到了吴三桂，还想到了善战的墨尔根侍卫李国翰。重用这二员骁将镇守汉中，守可稳定山西、陕西形势，进可抵川，阻止农民军东进。多尔衮一经想好的主意，少年皇帝顺治和参与朝政大计的诸臣都会毫不犹豫地表示赞成。
在吴三桂到京的前夕，多尔衮已任命固山额真墨尔根侍卫李国翰为“定西将军”，率右翼汉军官兵启程，先赴汉中。《清世祖实录》，卷38，7页。李国翰是辽东人，早在天命六年（1621年），其父归顺后金。父年老时，他承袭了世职，太宗授予侍卫之职，赐号“墨尔根”。他作战一向勇敢，有谋略，深得信任。他与三桂同军，第一次进剿陕西，彼此有过很好的合作关系。这次多尔衮责令二人同守战略要地汉中，表示了对他们两人的充分信任。《清史稿·李国翰传》，卷236，9451~9452页。
一个月后，三桂准备妥当，把他的长子吴应熊留在京师《清世祖实录》，卷39，9页。，携带家眷离京启程了。
吴三桂凭他多年的实战经验和正值盛年的一股锐气，毅然踏上征程。他的部属也都拉家带口，跟随他离开故土，走向陌生的远方。
三桂最宠爱的美人陈圆圆随侍军中，朝夕相伴，虽说头顶烈日，又兼鞍马劳顿，长途跋涉之苦，却也自得其乐。有诗为证：
你看，手握皇帝赐予征战之权的吴三桂，盛排仪仗，放炮起行。只见军旗飞舞，剑戟如林，铁骑杂踏，荡起阵阵烟尘。又有箫鼓吹吹打打，伴着浩浩荡荡的人马向着秦川（泛指陕西）进发。在从陕西至四川的金牛道上金牛道，亦称石牛道，指汉中通向巴蜀的交通要道。“金牛道上车千乘”句，是指吴三桂后来入川。此诗句是写陈圆圆随吴三桂迁移，至四川，故以此句描写。，车轮滚滚，千百乘车子，一字排开，鱼贯而行。数千里的途程，跋山涉水，历重重险关，越道道隘口。褒斜谷陕西省眉县西南，谷口有关，名曰斜谷关，又称褒斜谷。山高云深处，为美人搭起了如画一般的楼阁；大散关陕西宝鸡市西南，有岭名叫大散岭，岭上有关，称大散关。上空的月亮已经落了，还要为美人摆上能照人打扮的明镜呢！……
吴三桂及其所部将士并家属，不下数万人，自华北平原向西行，穿越太行山，稳渡黄河，攀援秦岭，晓行夜住，行军非以日计，坚定地向着既定目标前进！
吴三桂率部携家，西迁汉中，任重而道远，在他前进的路上布满了艰险。然而，这正是给他提供了建功立业的大好机会，更辉煌的战果正等待他去摘取！