多尔衮入据北京不久，即决策迁都。顺治元年九月十九日，福临世祖皇帝正式迁入北京。在多尔衮为首的满汉百官的请求下，于十月初一日，告祭天地，即皇帝位。清迁都与顺治即位之举，开辟了清史的新纪元。《清世祖实录》，卷9，1页。
十月十三日，顺治封赏满汉诸王，开盛宴庆贺。吴三桂以功勋特大，位列恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜等异姓诸王之首，封赏优厚，为孔、耿、尚所不及。特赐平西王册印、白金万两、鞍马一匹、不带鞍之马两匹。其册文曰：
朕闻有一代应运之君，必有一代翊运之臣，结以复心，共襄大业。是以尊贤用能，崇功尚德，乃国家之大典。乘机构会，达变通权，乃明哲之芳踪。朕登大宝，特仿古制，视诸臣功德差等授以册印，俾荣及前人，福流后嗣。
咨尔平西伯吴三桂，洞识天时，当叔父摄政王（多尔衮）统兵西征之际，尔即擒流贼说士，遣官归命军前。迨王师式临，开关迎入，又随叔父摄政王破贼兵二十万，底定中原。大功茂著，宜膺延世之赏，永坚带砺之盟。特授以册印，封为平西王，尔其益励忠勤，屏藩王室。钦哉无！《清世祖实录》，卷10，7页。
山海关战役一结束，多尔衮履行诺言，口头封吴三桂为平西王，到这时，由顺治钦命，授以册印，才算正式封王。
此时，清朝已在京畿站稳了脚跟，但面临的形势仍然是严峻的。它在山海关的一场决战决胜，为它统一全国迈出了关键性的一步。可是，李自成并没有被彻底击败，他退入山西，还保有强大的军事力量；张献忠已夺占了四川，眼前尚构不成威胁，从长远来说，也是清的一个劲敌。清已拒绝了南明的议和，正如史可法指出的：“今日之计，和不成；惟有战。”《国榷》，卷104，6175页。这已成为不可避免。论地盘，物力与军力，南明都不容忽视。与李自成农民军和南明进行较量、争夺，乃是多尔衮所考虑的战略目标。他没有陶醉于山海关决战的胜利声中，也不以轻易取得北京而心满意足。他曾派人向随军进京的朝鲜凤林大君传达他的志向：“既得中原，势将混一，自此事无可疑。”他要得到的是整个中国！朝鲜《仁祖实录》七，仁祖二十三年正月庚戌。
早在六月下旬，顺天巡抚柳寅东曾建议西征李自成农民军。他说：“今日事势，莫急于西贼（指李自成）。欲图西贼，必须调蒙古以入三边（延绥、宁夏、甘肃），举大兵以收晋豫，使贼腹背受敌，又须先计扼蜀（四川）、汉（中）之路，次第定东南之局。”多尔衮“是其言”，赞赏他的见解。《清世祖实录》，卷5，19页。八月初一日，招抚山西、应袭恭顺侯吴惟华又“陈征西五策”，把柳寅东的意见进一步具体化。主要有：第一，“发重兵出关，全力驱剿”，山西“指日可平”；第二，应派吴三桂、洪承畴率兵出征。吴“与贼有不共戴天之仇”，洪“素为三秦将吏所服”。朝廷专命二臣，统旅西征，则三秦军民，畏威怀德，扑灭贼焰，可计时而待。第三，在战略战术上，应兵分两路渡河，一路趋蒲、津（蒲州、河津，均在山西），与农民军相持；一路从保德（山西保德），即由延安、澄城、郃阳（均在陕西，今仍名）等处，直捣腹心。当农民军内溃时，清兵可飞渡蒲、津，长驱大进。第四，当两路军渡黄河时，同时发精兵数万，并调长城口北卜套各属蒙古兵，先期由边外渡河套，自延、宁接界入口，从长安（即西安）西路截击，会兵关中，则“三秦”望风震动，并可断农民军西奔之路。《清世祖实录》，卷7，2~3页。多尔衮对此表示赞成。
他们的建议，为多尔衮征剿农民军提供了重要参考。不久，他决策西征的战略大体是在他们的建议基础之上制定的。就在吴惟华建议时，多尔衮已于上月末派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱从山东移师，会同固山额真叶臣部出征山西。《清世祖实录》，卷6，2页。李自成在山西，没有组织抵抗，很快放弃了山西，使清军一到，即奏克捷。截至八月，清已领有河北、山东、山西等省及河南部分地盘。
多尔衮及时把握形势，牢牢掌握主动权，他不想给农民军和南明以喘息的时间，迅速作出新的决策：分兵两路，南北出击，对李自成农民军与南明政权发起了战略总攻击。
十月十九日，多尔衮以顺治帝的名义，发布命令，任命和硕英亲王阿济格为“靖远大将军”，统领将士出征陕西，追剿李自成农民军。目标直指李自成建都的西安。命平西王吴三桂、智顺王尚可喜率所部从征。《清世祖实录》，卷10，10页；《清史稿》，卷474，“吴三桂传”，卷234，“尚可喜传”。多尔衮让吴三桂参加此次军事行动，正是吴惟华所建议的，利用他与李自成的杀亲灭族的不共戴天之仇，会更加用力征剿。
同时，多尔衮决定二十五日出兵江南，命和硕豫亲王多铎为“定国大将军”，恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明随征。
但是，多铎等还没有出发，河南巡抚罗绣锦发来告急军情：李自成的骑兵1万、步兵2万余人正向怀庆、卫辉两城发动进攻。并已攻下济源、孟县等地，离怀庆30里扎营。怀庆总兵官金玉和出战，在柏香镇以西被农民军击毙。《清世祖实录》，卷12，2页。从后来抚恤战死将士名单看，知道此役阵亡各级将官22名，兵丁1755名，可见此役清军遭受到重大损失。《清世祖实录》，卷17，2~3页。形势非常危急。据报，农民军此次行动，不仅要夺取怀庆城，而且要占据黄河渡口，万一与黄河南农民军连成一片，“势所难图”。怀庆守将已把兵撤回城内坚守，吁请朝廷“亟敕兵部，速催大兵星夜兼程前来”《明清史料》首本第1本，90页。！河南出现这一意外情况，使多尔衮感到事态严重，如不彻底击败农民军，就无法顺利进军江南。于是，他改变进征江南的计划，迅速通知已出征的阿济格、吴三桂，并令多铎所部停止南下，先救怀庆，转攻陕西，取潼关，两军突击，会师西安，“务期合力进剿”，将农民军彻底打垮。《清世祖实录》，卷10，12页。
原来，农民军以相当的规模进攻河南怀庆地区，是李自成组织的一次反攻尝试。从时间上说，李自成此举为时稍晚。还在他撤到山西时，河南、山东原明降官和地方士绅纷纷举兵反正，截杀农民军。李岩曾主动请兵两万赴河南，重新组织力量，镇压原明降官和地方士绅的叛乱。河南是李岩的家乡，他在这里颇有影响，如果他真能成行，很有可能稳定那里的局势。这在当时未尝不是一个值得重视的建议。李自成不但没予理睬，反而对他的动机产生了怀疑。他听信了牛金星的谗言，竟设谋在布下伏兵的宴会上把李岩给杀了。《平寇志》，卷13，203页。目前，学术界关于李岩是否实有其人尚存争论。笔者以为，否认李岩一说，证据尚嫌不足，难以信服。李岩一死，刘宗敏、宋献策等人愤愤不平，引起起义军内部文武不和，士气更加低落。李自成退到山西，未作停留，也没有进行必要的防御，就匆匆奔陕西，返回到西安驻扎下来。
李自成自山海关败退，直至固关为止，虽然遭到了一连串的失败，其实力还相当雄厚，占地广阔，管辖山西、陕西、甘肃、宁夏、湖北、河南部分地区，还有数十万军队。凭借这些实力，是可以同清军抗衡下去的。李自成回西安后，重新进行军事部署，准备反攻。现今保存的少量档案，留下了这方面的记载。据清大同总兵姜瓖获得大顺永昌元年七月初七日发出的行牌“晓谕事”，内称：“今报长安（西安）二府田（即田见秀）、绥德、汉中高（一功）、赵（光远）从西河驿过（黄）河，统领夷汉番回马步兵丁30万；权将军刘（宗敏）统兵10万过河，从平阳（山西平阳）北上。”又报“皇上（指李自成）统领大兵350万，七月十二日从长安起马，三路行兵，指日前来。先恢复剿宁武（山西宁武）、代州（山西代县）、大同、宣府等处，后赴北京、山海（关），剿除辽左（即辽东、今辽宁省境），至叛逆官兵尽行平洗，顺我百姓无得惊遁。”清将从这个行牌所载内容，已看出李自成“妄图复逞”。
上述这份档案，的确反映了李自成已做了反攻的部署。为先声夺人，在兵力数字上尽量夸大。清朝也认为是“虚声恐喝”，却不敢掉以轻心，疾呼：“严加防守，力为进剿，固不可一日缓也。”以上见《明清史料》首本第1本，73页。
李自成虽然做了新的部署，并没有实现。在失去了山西后，他仅在怀庆地区展开了局部反攻。一度得势，但当多铎率大军抵怀庆后，农民军不足抵御，就撤退了。多铎率清军从孟津（河南孟津）渡黄河，经陕州（河南陕县），直驱潼关二十里外驻扎。
当李自成得知清军南北两路夹击的消息时，已感到自己腹背受敌，陷入被动局面。原先的部署被打乱，他便与刘宗敏率部出西安，北行至洛川县，稍事停留，他在对清军的两路进攻作出估计。这时，吴三桂与阿济格军进展缓慢，短时间还不能来此，而潼关方面的形势却异常危急，这才决定赶往潼关增援。
潼关战斗于十二月二十九日打响，刘宗敏首战失利，延至次年即顺治二年（1645年）正月，李自成几次进战，都被多铎部击败。这时，李自成得到北路清军已向西安推进的消息，被迫撤回主力，回师西安。守潼关的农民军将领马世耀被迫投降。清军于正月十三日，一举占领了潼关。《清世祖实录》，卷14，1~2页。这次战役是一次战略性的决战，经过十余天的激战，农民军再次遭到了失败。潼关一失守，西安失去屏障，已岌岌可危。
多铎率部于十六日离潼关，仅两天，便于十八日抵达西安。而李自成自料西安不能守，已于十三日焚宫室撤出西安，出兰田口，奔商州而去。西安遂为清军占领。《清世祖实录》，卷14，3页。当多铎占领西安时，还没见吴三桂、阿济格部一个人影呢！连多铎也不知他们已到了什么地方。吴三桂同阿济格、尚可喜军的战略目标是，出大同，渡黄河，会同蒙古兵，取陕北的榆林、延安，击陕西农民军之背。在途经宣府、大同时，把这两城镇的降兵尽数随征，“搜刮无遗”，兵力已达八万顺治元年十二月十三日宣大总督吴孳昌启本，原件藏北京第一历史档案馆。转引自顾诚：《明末农民战争史》，284页。。但是，他贻误了进军时间。本来，他先奉命出征，却落在了后出征的多铎后边。因为他擅自出边，“至土默特、鄂尔多斯地方，枉道索取驼马，复转入边，以致逗留”。在多铎先取西安时，阿济格与吴三桂部“未知尚在何处”。为此他受到多尔衮的严厉斥责。《清世祖实录》，卷14，8页。阿济格略定宣府（宣化）和大同，招降唐通后，本应传令边外蒙古兵前来会师，他率所部则挥师南下，迅速渡黄河，当不误进军时间。可他擅自出边，进入内蒙古的土默特、鄂尔多斯游牧地，随意索取当地驼马，然后转而入边，这一往一返，把时间都浪费在路上了。
迟至年底，他才率师由山西保德州（今保德）结筏渡黄河，进入陕北地区，大顺军正迅速瓦解。新任命的保德州总兵官、降将唐通招抚了河堡营、唐家会下营、黄甫川、清水营、木瓜园、孤山镇、永兴、神木、大柏油堡、柏油堡、葭州（佳县）等处农民军余部，皆归服清朝；《明清史料》丙编第5册，497页。新任命的榆林总兵官、降将王大业，差人招抚了自响水至宁塞等十一营堡，“俱倾心迎降”。惟有榆林守将高一功，是李自成的心腹大将，“坚拒相抗”，拒不投降。《明清史料》丙编第5册，469页。榆林是陕西重镇，李自成令高一功镇守，企图阻止清军南下。这时，阿济格、吴三桂一时攻不下，眼看又误行期。“因西安事大”，他不敢滞留。十二月三十日，委派随同出征的大同总兵姜瓖为总督，率领唐通、王大业等降将继续围攻榆林，他自统大军南下。
唐通等自绥德赴榆林附近的双山堡，给高一功写了一封信，向他约战。顺治二年正月十二日，派人送去。十四日，高一功被迫撤出榆林。当天晚上十时左右，唐通率部直抵城下，天亮时，进入榆林城。十六日，姜瓖、王大业也来到这里，安抚百姓。数日间，返回城的男女不下一两万人《明清史料》丙编第5册，497页。。安抚妥当，唐通奉命赴西安。
阿济格、吴三桂离米脂，南下绥德，直趋延安。李自成侄儿李锦率部坚决抵御，与清军相持不下。正在这时，高一功率部撤到延安，同李锦汇合，坚守延安。清军采取分道进逼，农民军无法支撑。坚守了20天后，被迫突围而走。延安为清军占领。由于在榆林、延安受阻，也是阿济格延缓进军的一个客观原因。
多尔衮斥责阿济格“逗留”缓进，对吴三桂却无损伤。因为阿济格是主帅，掌握一切战守之权。多尔衮也明白，他任命自己的长兄为帅，那些随征的汉官将自然听命于主帅。所以，朝廷只能批评阿济格，而不能涉及吴三桂等人。
尽管阿济格所部误了进军时间，毕竟给西安的农民军造成了腹背之患，由于该路的清军日益临近，李自成感受到了两路夹击的沉重压力，在西安已无法立足，他被迫决定撤离西安。这就给多铎部迅速占领西安创造了条件。
到二月间，多尔衮才接到阿济格发来的战报，据称：自入边，“八战皆捷”，攻下陕西州县4城、投降的38城，共获白银千两，马3290匹、460余只骆驼。《清世祖实录》，卷14，14页。
攻下西安后，清朝统治集团欢呼“大业已成”，即令多铎迅速整装，照原定计划，向江南进军，对南明弘光政权展开总攻击。征剿农民军残部的任务交由阿济格完成，指令他“务期剿除，以赎从前逗留之咎”《清世祖实录》，卷14，8页。。
阿济格自知已犯军律，奉诏后，不敢怠慢，会同吴三桂等，尾随李自成，紧紧追赶。三月追入河南，李自成拔营南下，奔向湖北，抵襄阳，进驻武昌。《绥寇纪略》，卷9，45~46页。此城本为新封不久的明将宁南侯左良玉的藩地，李自成来攻取时，他恰好率领本部人马离城，顺江东下，赴南京“清君侧”，讨伐福王的心腹大臣马士英。这场乱子是由辨识真伪太子引起来的。当自成入北京时，确实把太子俘获，后带往山海关，及至被吴、清联军击败后，太子的下落就无人知道了。一年后，这位大明的最后一个太子突然出现在浙江金华，很快被弘光政权得知，护送至南京。经明朝老臣和太监辨识，有说是真太子，有说是假冒。福王惟恐是真太子，害怕夺了他的皇位，也支持假冒的说法。而持“真太子”说的大臣就不敢再坚持了。福王下令严刑拷问，必使这个青年人承认假冒，以便斩草除根。消息很快传到各镇将耳中，议论纷纷。宁南侯左良玉确信此人系真太子，上疏请求“保全太子，以安臣民之心”《爝火录》，卷9，420~422页。。福王批答，予以驳斥。左良玉不服，心中不平，而马士英又裁他的兵饷，进而激怒了他。他的部属都气愤不过，极力鼓动左良玉兴师问罪。于是，左良玉发布讨马士英的檄文，并率本部人马赴南京“清君侧”。武昌成了一座空城，自成毫不费事地进占了全城，改称“瑞符县”，驻留长达五十余天。
阿济格、吴三桂等随后尾追到武昌，把城包围起来。自成命刘宗敏、田见秀指挥五千步骑兵出战，结果又被清军击败了！在强大的清军的进逼之下，大顺军无心作战，大量逃亡，不少人投降了清朝。自成眼看武昌守不住，被迫弃城，继续向东撤退。四月初，清军与吴三桂部分水陆两路尾追至兴国州（湖北阳新县）附近的富池口，与大顺军遭遇，乘其不备，再次给予重创。大顺军沿江奔向江西九江。同月下旬，进至距九江四十里的地方，安营扎寨。清军随后追到，双方展开大战。清军攻破大顺军老营，李自成部众被彻底击垮，全军覆灭，他的大批将领或被歼或被俘，还有的投降了清军。和硕英亲王阿济格、吴三桂把自西安至九江追剿农民军的情况作了如下奏报：
流贼李自成亲率西安府马步贼兵十三万，并湖广襄阳、承天（湖北钟祥）、荆州、德安（安陆）四府所属各州县原设守御贼兵七万，共计二十万，声言欲取南京，水陆竝（并）进。我兵亦分水陆两路蹑其后，追及于邓州、承天、德安、武昌、富池口（湖北阳新县富水附近）、桑家口、九江等七处，降者抚之，拒者诛之，穷追至贼老营，大败贼兵八次，兵尽力穷，窜于九公山……
阿济格在这份奏报中，具体地开列了在九江一战中所获得的战果：“俘自成两叔伪赵侯、伪襄南侯并自成妻妾两口；获金印一颗，又获伪汝侯刘宗闵（敏）并一妻两媳、自成养子伪义侯姜耐、伪齐侯顾英妻、伪总兵（原明降将）左光先并一妻三子，及术士伪军师宋矮子（即宋献策）。”清军追剿李自成总计，“凡十有三战，获驼三十一、马嬴六千四百五十、船三千一百八艘；又有故明宁南侯左良玉子（左）梦庚。总督袁继咸、守道李犹龙、巡按黄澍率总兵十二员、马步兵十万并家口，泊舟于九江之东流县界扬子江中，俱投降，共带大小船艘四万。合计河南属城十二、湖广属城三十九、江西属城六、南京属城六，共六十三城，已尽设官抚定矣。”以上见《清世祖实录》，卷18，4~5页。
阿济格、吴三桂率部自陕西而南，转而沿江东下，一路势如破竹，剿抚并用，拓地开疆，全歼李自成主力，收降南明左光先之子左梦庚及其大批将士达十万余众，缴获数以万计的军需和其他大量物资，取得了重大战果。特别是歼灭了李自成主力和俘获刘宗敏、宋献策等重要人物，是对农民军的致命打击，因而从根本上解除了清政权的一个心腹之患，也解了三桂的心头大恨。他为父报仇，向阿济格提出，把刘宗敏交给他，欲施千刀万剐，来祭祀其父的亡灵。阿济格不敢迁就这一要求，说：“国法规定，不得任意行刑。”他按照刑法规定，把自成的两位叔父和刘宗敏“斩于军前”。《清世祖实录》，卷18，5页；参见《流寇志》，卷14，226页。其他重要人物如何处理，阿济格、吴三桂的奏报中没有涉及。据信宋献策和左光先等都投降了清朝。谈迁《北游录·纪闻下》，“宋献策”，另见《清世祖实录》，卷40，5页。丞相牛金星父子也已逃跑，投了清军，其子牛佺（或铨）后被委任为黄州知府，又升任湖广粮储道，牛金星得到清政府的保护，安度晚年至死。《清世祖实录》，卷45，12页。据载：户科给事中常若柱劾奏“闯贼伪丞相牛金星从闯为贼，弑君残民，抗拒王师，力尽始逃，是王法所不宥者”。他还指责其子牛铨“同父为贼，今冒滥为官……”，要求将他们父子“立正国法，以快人心”。世祖认为，此奏“殊不合理”，指示给常若柱处分。
关于李自成的下落和最后结局，阿济格、吴三桂作了这样的报告：
在江西九江击败大顺军后，其余众“窜入九公（宫）山，随（遂）于山中遍索自成不得，又四方搜缉。有降卒及被擒贼兵俱言自成窜走时，携随身步卒仅二十人，为村民所困，不能脱，遂自缢死。因遣素识自成者往认其尸。尸朽莫辨，或存或亡，俟就彼再行察访。”《清世祖实录》，卷18，4页。
阿济格、吴三桂的报告是不准确的。他们从降卒的传闻中得知自成自缢而死，当找出认识自成的人去辨认其尸时，因尸体已经腐烂，无法辨识，便又不敢肯定自成或死或逃，所以才表示再作进一步察访。
其时，李自成确系已死。究竟死于何处、何时、因何而死，史书记载最为分歧，今人对此亦论断不一。以死地而言，有通城、通山、辰州、新昌等说法；以死的时间而言，有顺治二年四月、五月、六月、九月《明史·李自成传》，卷309。等说法，有的甚至定为顺治三年，乃至康熙年间。除此，还有未死之说，认定李自成出家当了和尚，则有五台山、武当山、湖南石门夹山寺、野寺（湘黔交界的清水江之畔）诸寺庙为僧的种种奇说轶闻。所有这些说法，都不符合事实。考史书各说及今人的深入考证，可以确认李自成战死于湖北通山县九宫山下。
李自成之死的经过是这样的：
李自成在兴国州（湖北阳新县）附近的富池口被清军击溃后，他自率约3万人的部队向西南方转移，中途将此部队交由“他贼统之”，奔向江西。而他自己只率18骑（有写20骑，有写28骑等），直插通山县，计划翻越九宫山到江西，与大部队汇合。九江大战，大顺军溃败，刘宗敏等重要骨干被俘，显然战斗时，李自成没有在场。因为他与少数亲随自走一条路，目的也是为了迷惑清军对他的追击，因此暂时躲过了九江之战的劫难。可是，当他来到通山县九宫山下，路经李家铺河滩时，厄运突然而迅速地降临在他的面前！
自成在李家铺饮马时，不曾料到清军突至，慌忙迎战，边战边逃。他的随从瞬息间败亡已尽，他只剩下孤身一人，单骑逃脱，他沿着九宫山迤西一线羊肠山路向江西宁州方向逃去。他慌不择路，经小源口，误入葫芦造。从九宫山口的李家铺到小源口，约35里，再前行七八里，便是长约两里许、两边山势峭壁、中有一线之通的葫芦造。自成从这条无人迹的沟中走出，面前有一岭，叫牛迹岭。他必须翻过此岭。正赶上大雨滂沱，他只好下马，用手牵着，步履艰难地一步步登岭。他从岭上下来，已疲惫不堪，还要翻越小月山。山下就是山里朱寨，是程姓的聚居地。自成突然出现在山里朱寨墙外，惊动了山下程姓族人。就在这时，源口寨乡勇头目程九百领着一群乡勇，翻过小月山，前来追击李自成。因为到处是崎岖的山路，无法骑马，程九百就与李自成以手搏斗，两人厮打在一起，滚到泥潭之中。自成已占上风，坐到了程九百的臀下，想抽出腰刀杀死他。刀原有血渍，鞘又灌进了泥水，抽不出来。程九百拼命呼救，他的一个外甥姓金，适巧赶来，便举起铲，照定自成头部，狠狠一击，自成当即遇难身死。这正是顺治二年（1645年）五月二日。关于李自成牺牲的经过，详见《荒书》、《弋闯志》、《通山县志》等书。转引自童恩翼：《李自成通山之死实地考察记》，载《武汉师范学院学报》，1983年第3期。该文对自成死地和死时等均作了令人信服的考察。
一代英雄，农民战争的杰出领袖李自成，就在阿济格、吴三桂的穷追之下，终于牺牲了生命！尽管吴三桂没有直接杀害李自成，但他对李自成的死负有不可推卸的责任。
吴三桂自顺治元年十月下旬出征，到下令班师之日即二年六月，已达八个月。以八个月的时间，剿除李自成农民军二十余万，并导致李自成之死。他奉献给清朝的功绩是非常之大的。而且他们行军路途最长；也最艰苦，除了前段延缓进军速度，其后可谓进展神速，不容农民军喘息和休整，直至把他们彻底打垮而后快！消息传到北京，举朝兴高采烈。多尔衮在给阿济格、吴三桂及众将的贺信中，给予高度赞扬，其中说：“念王及行间将士驱驰跋涉，悬崖峻岭，深江大河，万有余里，可谓劳苦而功高矣！”这大概不是客套话，倒是反映了此次出征的实况。鉴于李自成主力被打垮，多尔衮准许阿济格、吴三桂率部从九江班师，得胜还朝。《清世祖实录》，卷18，8~9页。
八月四日，吴三桂自战场返回北京。照理阿济格获此大胜，需举行隆重仪式迎接。但他屡次违犯军令，多尔衮取消一切仪式，派人通知他们，“至午门会集，俱各归家”《清世祖实录》，卷20，3~4页。。真是冷冷清清，无一点欢迎的气氛。这与此后不久多铎班师回京，顺治亲出迎南苑、设旗奏乐、隆重欢迎成了鲜明的对比。《清世祖实录》，卷21，5页。十日这天，吴三桂同阿济格及其他出征将领进宫朝见顺治皇帝，特于午门内赐宴。然后，赏给吴三桂、尚可喜绣朝衣各一袭，马各两匹，以下将领包括蒙古各部随征的将领，都赏赐了数量不等的金银衣物。《清世祖实录》，卷20，4~5页。特别是对吴三桂，更是另眼看待，进封为亲王！这是吴三桂所想不到的。与吴三桂形成鲜明对照的是，作为这路军的主帅阿济格，不但没有受到赏赐，反而受到申斥，被议罪，削去王爵，降为郡王，剥夺王爵所属仆众，“量给人役”，还罚银五千两。《清世祖实录》，卷20，11~12页。因为他擅自出边，夺取驼马，误了行军时间。还有个别生活小事，也被揭出，都作为他的错误而加重了处罚。多尔衮处罚了阿济格，却对吴三桂、尚可喜不予追究，仍给予赏赐，跟随多铎出征江南的孔有德、耿仲明与之相比，却又少得多。《清世祖实录》，卷21，9页载：孔、耿各得金一百两，银各一万两，马各两匹，还有貂裘、蟒缎、朝衣各一袭。没处罚他们，多少还赏赐一点，这已经很宽大，甚至很优厚了。从这件事，可看出多尔衮等对汉官的尊重，对他们实行了一种特殊的政策。
阿济格出征万里，所至克捷，主要是靠了吴三桂、尚可喜的汉军的力量。官方虽没有披露这方面的材料，可以想像到，吴三桂及其部队实力相当雄厚，很有战斗力。而他跟李自成有杀父之仇，更促使他以加倍的力量来打击农民军。
征剿山陕，穷追农民军，置李自成、刘宗敏于死地，是继山海关大战之后，吴三桂为清朝建树的又一功勋。