北魏开国皇帝道武帝拓跋珪末年，决定立当时为齐王的儿子拓跋嗣为太子。按照北魏旧例，“子贵母死”，只要立嗣子就先杀其生母。于是，道武帝赐死拓跋嗣的生母刘贵人。然后，他召儿子拓跋嗣入宫，当面训谕：“汉武帝杀钩弋夫人，就是提防母壮子弱，母后临朝乱政，搞出吕后那样的局面。现在准备立你为太子，我就效仿古人的作法，这样也是为了国家长久之计。”
拓跋嗣天性孝顺，闻言哀泣不已，伏地痛哭。被“寒食散”折磨得本来就烦躁不安的道武帝大怒，怒斥儿子出宫。拓跋嗣回到自己住处，日夜号泣，拓跋珪听此情形，又派人召他入宫训话。左右宫人见状，都劝他不要入宫。“皇上大怒，殿下您入宫说不定就被杀，不如先找个地方躲避起来，等皇上怒气消解后再入宫不迟。”拓跋嗣听劝，带着两个随从跑出都城藏了起来。
不久，清河王拓跋绍入宫弑父，道武帝死于逆子之手。第二天中午，拓跋绍召集百官于端门，隔着大门，从门缝问百官：“我有叔父，也有哥哥，公卿众人想拥立谁呢？”大家闻言都愕然失色，没有答腔的。过了好久，南平公长孙嵩回答：“我们拥戴王爷您。”
此时，大家才知道武帝驾崩，又都不知死因，所以没一个人敢出声。散朝后，传闻纷纷，大家才知道武帝死因可疑，朝野汹汹，人怀异志。拓跋绍毕竟是个少年，又无人辅佐，听说外面人情不安，只知道从府库里搬出大批布帛赏赐王公，施小恩以自全。
齐王拓跋嗣听说道武帝被弑，偷偷向都城奔返。拓跋绍派人寻找拓跋嗣想杀掉他，几次未果。百姓和众大臣得知拓跋嗣回城，奔走相告，欣然响应，争出奉迎。拓跋嗣在城西一露面，宫里的卫士就把一直混在皇宫的小坏蛋拓跋绍抓住送给拓跋嗣论处。拓跋嗣杀掉拓跋绍及其生母贺兰妃，同年登基为帝，时年十八岁。
明元帝拓跋嗣在位十五年，礼爱儒生，好学谦虚，采集经史，隆基固本，内和外缉，可以称得上是北魏开国以来较为仁厚的守成之主。
东晋权臣刘裕出身寒微，靠军功步步升高，他灭了邪教头子孙恩、卢循，又杀了自称皇帝的桓玄，进而灭亡南燕。刘裕本人也成为东晋南朝第一位平灭北方国家的大英雄。接着，刘裕又平蜀地，直逼曾经击灭前秦的后秦。此时的后秦国王是仁弱儒雅的姚泓，加之内讧连连，落得只好向拓跋嗣求援。北魏大臣纷纷劝拓跋嗣出兵助后秦，想从中捡便宜，唯有大臣崔浩劝谏：“刘裕必克姚泓。陛下您虽有精兵，但没有良将可使。不如安静等待，查观局势。刘裕灭秦后，一定返回南方篡位，到时关中可尽为我有。”
拓跋嗣虽对崔浩之议表示赞赏，赐崔浩御酒及水晶盐等奇物，但他毕竟想从交战双方中取利，仍派长孙嵩等将领沿河尾随晋军，随时准备攻击晋军。刘裕不堪骚扰，在黄河北岸摆个却月阵，以两千七百士兵加上一百张可发尖槊的大弩，大败魏军。魏军三万骑兵被杀一万多，狼狈而还。拓跋嗣又惭又悔，忙向崔浩道歉。
刘裕俘获姚泓后，果然急忙回建康篡位，关中不久就被赫连勃勃夺占，其时为公元418年。留守关中以及继援的数万晋军全部被赫连勃勃的夏军杀掉。
明元帝泰常五年（南朝宋武帝永初元年，公元420年），刘裕代晋称帝。为此，拓跋嗣连称大臣崔浩有先见之明。
明元帝同其父拓跋硅一样，嗜服寒石散。帝王为了长寿和壮阳，总是服用今天看来实际上是毒药的东西，其中有毒的矿物质，不数年就会使一个健壮的正常人濒于死亡。由于猛药吃得过多，拓跋嗣一直病魔缠身，加上当时天灾人祸不断，他就又问计于崔浩。
崔浩劝明元帝早立皇长子拓跋焘为太子，以定国本。泰常七年（422），拓跋焘以太子身份监国，时年仅十二岁。北魏的太子监国绝不是后来明清等朝皇帝出征时的摆设，而是一种实实在在的“代摄”皇统，有自己的一套大臣班子和办事机构。经过暗中观察，拓跋嗣发现拓跋焘聪明决断，见识深远，几个辅弼大臣又忠厚贤良，确实能支撑起魏国的大业，为此他心中十分高兴。
同年秋，南朝宋武帝刘裕病死，明元帝拓跋嗣就准备攻伐宋国。崔浩表示异议，认为魏、宋两国几年来一直礼尚往来，没有正面冲突，现在趁丧伐人，不仅理亏，而且不一定成功。
拓跋嗣不理会，说：“刘裕当年就是因姚兴刚死而灭其国家，现在趁刘裕死亡我攻伐宋国，也是理所当然。”
崔浩说：“姚兴死后，其诸子相争，刘裕才有机会灭秦。现在，刘裕虽死，其国内军心民心未变，必死力拒战。”
拓跋嗣不听，大举伐宋。他先派奚斤等将率二万人渡黄河，自己随后亲率五万多精骑随后而行。既然战事开始，崔浩建议先略地，后攻城。拓跋嗣又不听，不停派大军猛攻宋国各个坚城。魏军最终攻克滑台、虎牢等数座重镇，但也伤亡惨重，大伤元气，可谓得不偿失。
明元帝拓跋嗣身体本来就不好，又御驾亲征，一路颠簸，病情更转沉重。公元423年年底，拓跋嗣病死，时年三十二，庙号太宗。其子拓跋焘继位，是为北魏太武帝。
明元帝为帝十五年，可以说是北魏初期一个重要的过渡性的帝王。