公元405年（安帝义熙元年），益州将侯晖等人趁东晋内乱之际，拥当地大族谯纵为主，称成都王，割据一方。谯纵称王后，又向后秦姚兴称臣，联合桓玄堂兄桓谦，不停进袭东晋，给荆楚之地造成很大威胁。
刘裕在击灭刘毅之后，立刻就破格提拔大将朱龄石，发大军自外水取成都，又发疑兵佯攻内水，使谯纵分兵弱势。公元413年（安帝义熙九年）6月，晋军攻破成都，谯纵走投无路，自缢而死。至此巴蜀皆平，重归东晋所有。
大胜连连之际，刘裕做事更加无所顾忌。宗室司马休之在荆州上流之地，“颇得江汉人心”，其子谯王司马文思在都城建康又“性凶暴，好通轻侠”，引起刘裕的忌心，派廷尉审验，杀掉司马文思的手下，并把司马文思执送给司马休之，意思是想让司马休之在江陵治所杀掉司马文思。毕竟是自己亲生骨肉，司马休之只是上表要求废掉司马文思谯王的封号，向刘裕写亲笔信道歉而已。刘裕“不悦”，于公元415年初在建康杀掉司马休之次子司马文宝、侄子司马文祖，发兵进攻江陵。
司马休之毕竟是宗室，立刻起兵抵拒，雍州刺史鲁宗之等人也起兵响应。刘裕初战不利，女婿徐逵之以及数位亲信大将战死，迫使他自己不得不亲自出面，于四月率大军渡江，一战大败司马休之四万军队，攻克江陵。无奈之余，司马休之父子以及鲁宗之等人逃往后秦依附姚兴。
至此，东晋国内再无与刘裕抗衡之人。朝廷下诏，授刘裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，并封刘裕第三子刘义隆为公爵，以刘裕之弟刘道怜为荆州刺史。
安帝义熙十二年（416）三月，后秦皇帝姚兴病死，太子姚泓继位，主懦国疑，终于让刘裕盼来了北伐平秦的最佳历史时机。
后秦皇帝姚兴，字子略，羌人，自太元十九年（394）即位起，共为帝二十二年。姚兴之父姚苌，是中国历史上人品最差的帝王之一。当年苻健开国不久，其大将苻黄眉杀姚襄后，俘姚苌，准备立时斩杀，幸亏当时同为大将的苻坚解劝，留姚苌一命，并以公侯之礼下葬了姚弋仲、姚襄父子，待姚苌可谓仁至义尽。淝水大败后，姚苌以怨报德，雪上加霜，不仅趁乱起兵反叛，最终还把苻坚大帝缢死于新平佛寺，十足缺德带冒烟。
姚苌晚年，常于宫中梦见苻坚率鬼兵来抓他，大半夜满宫殿乱跑，被卫士当成妖人，挺矛刺中阴部，流血不止。虽经包扎稍有好转，阴部感染，阴囊肿得像个大西瓜。死前，姚苌一直跪伏于床，不停向半空叩首，连连称：“臣苌，杀陛下者兄（姚）襄，非臣之罪，愿陛下饶臣一命。”
姚苌虽缺德，其子姚兴却是中国历史上少有的仁德帝王（当然，史臣以其非正朔）。
姚兴即位后，平灭苻登，大定关中，彻底清除了前秦残余势力。姚兴以儒兴国，劝课农桑，收用贤士，广纳善言。公元399年夏，由于当时国内天灾频频，姚兴做出自降帝号之举，这也是中国历史上少有的事情。同时，他礼敬宗室，惩治腐败，交好邻国，也曾作出一次割十二郡给东晋的友好举动。作为帝王，姚兴“车马无金玉之饰，后宫无纨绣之服”，十分勤俭廉平。而且，姚兴时代，也是佛教传入中国的一个高峰期，佛经翻译大师鸠摩罗什深为姚兴礼敬，“由是州郡化之，求佛者十室之九”。同时，姚兴的儒学教养已臻至境，是十六国帝王中具有极高修养和个人品德的佼佼者。
可喜而又可悲的是，帝王只要一有书生气，就缺乏大政治家的残忍和果于诛杀的气度，宽容过了头，有时就是给自己培养掘墓人。南凉的秃发傉檀、北凉的沮渠蒙逊、大夏的赫连勃勃、西秦的乞伏乾归等人，都因姚兴的宽宏捡得一命，狼子野心，脱逃即叛，纷纷反目成仇，竟也能从姚兴手下变出四个国家来。
姚兴晚年，也犯了那种柔仁帝王最易犯的致命错误，容忍阴谋夺嫡的儿子姚弼，差点酿成宫廷大祸。虽然最终姚泓嫡子继位，但所托非人，柔懦寡断，诚非乱世拨乱之主。
姚泓，字元子，“孝友宽和，而无经世之用”，这样一个柔懦的老好人，不幸生于十六国大伪乱世，他的出生就是个错误，坐帝王之位更是个天大的不幸。姚泓身上孝服还没有脱，后秦国内一片乱起，先有哥哥姚愔想夺皇位，后有弟弟姚懿、姚恢想杀他自代。赫连勃勃刚刚抄掠数郡满载而归，南面的刘裕又统大军气汹汹地杀来。“屋漏偏遭连夜雨”，姚泓日日紧锁愁眉，没享受过一天称王为帝的快感，只感“茫茫来日愁如海”。
刘裕伐秦大军，共有四路人马。目的地为许昌、洛阳的一路由王镇恶、檀道济所统领。目的地为武关的一路，由沈田子、傅弘之两人统领；水路两军，一路由沈田子、刘遵考由汴水经荥阳石门入河，为王、檀辅军；另一路由王仲德率领，由桓公渎自泗水入清、济，然后自清入河。刘裕本人后来也是经由王仲德军队的路线往前方推进的。
王镇恶、檀道济皆是能将，手下兵精粮足，一气攻拔项城、许昌等地，“诸屯守皆望风款附”。洛阳姚洸不听人劝，没有固守金墉，直搏晋军兵锋，几路大败，最终不敌，献城出降。
克复洛阳，刘裕更觉自己功高盖国，便派其左长史王弘还建康，“讽朝廷求九锡”。留守京师的刘穆之本是刘裕心腹，见到主公此种赤祼祼的篡位前举动，也“愧惧发病”，卧床不起。晋廷当然只能照办。安帝义熙十三年（417）年初，晋廷下诏，以刘裕为相国、总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，位在诸侯王之上。“（刘）裕辞不受”。权臣就是会演政治戏，只是伸出一只触角，看看朝廷内外上下的反应而已。
当初，刘裕闻知卢循进逼建康，他从广固得胜归来途中，即有向朝廷索取太尉黄钺的举动，其属下大将朱龄石提兵伐蜀，形势未明朗之前，刘裕也曾向朝廷要加自己为太傅并总镇扬州。现在，伐秦未见其果，刘裕又试探朝廷加自己“九锡”，足见这个市井出身的大赌徒狡诈雄豪的一面。刘裕种种举动，如在正常朝代，朝臣们早就喧哗怒骂，以其为不忠不义，挟威自重，谋逆不道。但在当时，晋室已失人心，傻子皇帝木偶人一个，大家知道忠于晋室没有任何好结果，“人好逸而不惮劳，人好生而不畏死”，文武将士之所以不知疲倦地随刘裕东征西杀，都是想攀龙附凤，贪图立功于新朝，因此，刘裕权位愈重，他们的希望就越大。有此依恃，刘裕本人也就日益“胆大妄为”。
王仲德方面，东晋水军由清河入黄河，北魏滑台守将尉建竟然吓得连箭也不发一枝，弃城狂逃。晋将得便宜还卖乖，占领滑台后对外宣称：“我们本来想给魏国七万匹布帛借道伐秦，谁想到滑台守将弃城跑掉啊！”魏主拓跋嗣闻讯大怒，派兵济河，把尉建斩于军前，投尸河中，并质问晋军为何侵占魏国城池。
晋军当时不想与魏国为敌，多添仇家，便说等平秦后马上归还。太尉刘裕也假装卑词下意，表示：“洛阳，晋之旧都，一直为羌人所据，我们晋军来此只想进据洛阳修复陵庙。而且，秦人一直收留晋朝叛将，与晋为患，现在我们是借道伐秦，实不愿与魏国为敌。”
外交辞令虽然漂亮，晋、魏两国仍剑拔弩张，各怀鬼胎，密切关注对方的一举一动。
安帝义熙十三年（417）二月，刘裕从彭城出发，自引水军亲自参加北伐战争。
王镇恶、檀道济等人已合兵于潼关，对姚绍守军展开猛攻。姚绍是姚泓叔父，有谋善战，采取固守坚城的方法，希望孤军深入的晋兵兵老城下。同时，他又派大将姚鸾出兵切断晋军粮道，不料，姚鸾偷鸡不成失了脑袋，自己反被晋军偷营，数千秦兵连同主将一起被杀。
刘裕水军入清河后，将溯黄河西上，为避免与魏军摩擦，就假装客气，遣使魏国，表示要借路，姚泓窘急，后秦与北魏又有姻亲关系，忙遣使求魏国发救兵。
魏国君臣议事，大臣崔浩表示说：“姚兴已死，姚泓懦弱，刘裕乘危伐人，其志必取。如果我们遏止其军，刘裕心生愤恨，上岸北侵，我们魏国就是代秦受敌。现在，柔然在北侵扰，民又乏食，如果与刘裕开战，南北顾此失彼，不如听任刘裕西上，然后屯兵以塞其东。如果刘裕取胜，会因我们借道给他心存感激；如果刘裕战败，我们又有救秦之名，趁其撤退时还可攻击取利。”
拓跋嗣不听，以司徒长孙嵩督山东诸军事，遣振武将军娥清和冀州刺史阿薄干率步骑十万屯黄河北岸，以待晋军。
刘裕水军入河后，见魏军沿河活动，也深感忧虑。王镇恶等人告急的使人来，他打开船窗，指着河边的魏军说：“我告诉你们攻克洛阳后等大军齐至才进攻，现在轻易进兵，又多出魏国敌军，我又该怎么分兵布将！”
气恼归气恼，岸边鬼魂一样的魏军不搭理还不行。他们一路随行，在北岸一直跟着刘裕的船队走。晋兵凡有小船因大风漂浮到北岸的，尽被魏兵箭射枪捅，一个不剩。刘裕派军去追，晋军刚上岸，北魏骑兵马快，登时跑个没影。晋军撤回到船上，魏军就又冒了出来，继续跟着船走。
五月间，刘裕想出一招，他派白直队主（民兵大队长）丁旿率七百兵士，给以兵车百乘，渡北岸，在离河百余步的水边列开“却月阵”，“两端抱河，车置七仗士，事毕，使竖一白毦”。
魏军看不明白，不知晋军演什么戏，都立于原地不动。突然，一直待命未发的晋朝宁朔将军朱超石见白毦摇动，便率两千晋军疾趋上岸，共带一百张床弩，每车站列二十甲士，左右前后列大盾掩护，组成一种看上去非常奇怪的兵阵。
魏军见晋军列阵完毕，便也列阵迎前。魏军统帅长孙嵩亲率三万骑兵在步兵后面作后援，四面八方冲杀过来，晋军强弩齐发，魏军不顾生死，虽然一排排被射死，后面的士兵仍喊杀声阵阵，冲势不减。
关键时刻，朱超石使出早就准备好的秘密武器——几百把大锤以及一千多长矟。晋军先把长矟从中间的木杆折成两断，只长三四尺，然后，一名兵士持矟前立，后面兵士用大锤猛击柄端，魏兵蜂拥冲至，弩机猛力，一矟就穿死三四个人，像串糖葫芦一样。“魏兵不能当，一时奔溃，死者相积”。魏军大将阿薄干也临阵被斩，余众退至畔城。晋军得势不饶人，一路追杀，又斩魏国兵将数千。
魏主拓跋嗣闻言，才知晋兵勇猛，后悔不用崔浩之言。但是，对于刘裕是否可以击灭后秦，拓跋嗣仍有疑心，便就此问崔浩：“刘裕伐姚泓，果能克乎？”
崔浩说：“肯定能。”
拓跋嗣问：“为什么？”
崔浩说：“昔姚兴好事虚名而少实用，其子姚泓懦弱多病，兄弟乖争，刘裕乘危而进，兵精将勇，必能战胜！”
拓跋嗣又问：“刘裕与慕容垂相比又如何？”
崔浩答：“刘裕才能，当然在慕容垂之上。慕容垂借父兄之资，修复旧业，其国人归之，如夜虫就火，稍加依仗，易以立功。刘裕奋起寒微，无尺土之地，讨灭桓玄，兴复晋室，北擒慕容超，南枭卢循，所向无前，可谓才超常人！”
由此，魏军再也不敢轻撄晋军兵锋，刘太尉顺利抵达洛阳。
如此危急时刻，秦军屡败不说，最重要的御敌统帅鲁公姚绍又因忧急愤懑，发病吐血而死。
八月，刘裕至陕地。沈田子、傅弘之入武关，进踞春泥（今陕西蓝田）。
沈田子等人将攻峣柳。秦主姚泓也横下一条心，御驾亲征。他率马步数万大军，想与刘裕主力正面决战，但又怕沈田子晋军从后掩袭，便想先以大吃小，击灭沈田子后，再倾国东出与刘裕交手。
人要是走背运，真是喝凉水都塞牙。沈田子一部，本来就是迷惑秦军的“疑兵”，总共才千把号人。忽闻探报，姚泓自率数万大军马上就到，沈田子就要提兵前去相斗。傅弘之持重，劝说兵力寡殊太大，想要退兵。
“兵贵奇用，不必在众。而且敌我双方人数相差太远，等敌军固列阵形，我们想逃也来不及。不如乘其始至，营阵未立，先发制人，可以立功！”言毕，沈田子转身对士兵们讲：“诸军冒险远来，正求今日之战，生死一决，可以一战封侯！”
晋兵闻言，皆踊跃鼓噪，手执短兵，高呼奋击秦军。
秦军一丁点儿思想准备都没有，忽然从树林中冲出一帮不要命的晋兵，惊慌失措，转身而逃，大败之下，被晋兵斩杀一万多。姚泓奔还灞上，其御用乘舆仪仗皆为晋军所缴获。
王镇恶攻潼关坚城不下，便向刘裕请示，要转率水军自黄河入渭水，直袭长安。
王镇恶所领的晋朝水军，都乘艨冲小舰，兵士皆藏于船内向下划浆。秦人没见过此种船只，只看见船走而不见有人外露摇桨划船，“皆惊以为神”。
王镇恶一军至渭桥后，立刻下令兵士在船上进餐。然后，持仗登岸，严令“后登者斩”！士兵上岸后，小船无缆无锚，渭水迅急，呼啦啦全部顺水飘走，一只船也没剩下。
王镇恶作战前动员：“我们大家的家属都在江南，这里是长安北门，离家万里之遥。船舰衣粮，皆已随流飘没。今进战而胜，则功名俱显。不胜，尸骨无存！大家努力！”
言毕，王镇恶身先士卒，第一个向前冲杀，身后晋兵立于绝境，勇气倍增，无不以一当十，冒死直前。秦将姚丕前来抵拒，马上被杀得大败。秦主姚泓闻讯，又自领兵卒前往，正赶上姚丕败军溃还，自己人践踏拥推，死伤无数。“（姚）泓单马还宫”。
王镇恶军攻入长安平朔门。
姚泓惶恐无计，与宫内的家人商量，想出宫投降。其子姚佛念时年十一，对父亲说：“晋人将逞其欲，肯定不会让我们活命，还不如我们先行阖家自尽！”
姚泓怃然不答。圣贤书读得不少，临到“国君死社稷”，还真下不了决心。
姚佛念人小有志气。自己登上宫墙，投地而死。
姚泓无奈，只得率妻子数人步行至城门的刘裕大营中投降。姚泓之弟姚赞也带着宗室一百多人来降。此时，刘裕显现出街市流氓地痞本性中残忍横暴的一面，立刻把除姚泓以外的所有后秦宗室、妇女全部就地处决，血满营盘。接着，他又用槛车押送姚泓于建康，斩于闹市之中，以彰功名。
姚泓死年三十，在位两年。从姚苌算起，后秦共历三世，三十二年。
史载，姚泓被杀后，“建康百里之内，草木皆燋死焉”。其实，草木枯死之事，肯定是因为天旱或植物害虫所至，史臣书录其事，也是委婉地表示出对这位仁弱帝王的同情。清朝时，康熙亲自向孔圣人塑像下拜，汉儒们就感动得不行，觉得异族帝王竟肯向先圣屈膝。早在姚泓当太子时，他的老师淳于歧生病，姚泓亲至家中问病，拜于床下，“自是公侯见师傅皆拜焉”。以储君之重，亲拜师父，姚泓比康熙早了一千多年。
而且，姚兴、姚泓虽是羌族，其统治形式完全是采用汉人制度，没搞什么“胡汉分治”，更无民族压迫政策，仁义频施，礼教兴盛，推恩四及，基本上就是苻坚大帝精神的继承人。遗憾的是，处于十六国血腥乱世，又萧墙祸起，内乱频频，姚泓之败，也在情理之中。
不过，我们今人有所好奇的是，当刘裕望着兵士在营内砍瓜切菜一样处斩后秦宗室时，流血盈前，哀嚎满耳，他是否忆起姚兴昔日使他不动一刀一兵就收回十二郡的旧情？当时，他平定桓玄不久，立足未稳，如此天大一个人情，难道就这样以杀人子孙相报还吗？