正当刘裕在广固大阅兵士、校核户籍、统计战利品数目时，患生心腹，孙恩邪教逃亡至岭南的残余势力卢循、徐道覆忽然率大军分两路直杀建康，几乎端掉东晋的首都。
卢循，字于先，小字元龙，是西晋卢谌的曾孙（大英雄刘琨最有名的《重赠卢谌》一诗，就是赠给这位东晋“大贼头”的曾祖）。其五世祖卢志，也是晋朝忠臣，曾在成都王司马颖手下任幕僚长，做过不少利国利民之事。不知咋的，到了卢循这辈，他娶了妖贼孙恩之妹为妻。孙恩生性残酷，杀人无数，当时卢循还时常加以规劝，“人士多赖以济免”，可见，卢循仍是书生性情，不算大恶之人。史载，卢循“双眸冏彻，瞳子四转，善草隶弈棋之艺”，是个不折不扣的士大夫子弟。
孙恩死后，卢循被造反余众推为首领，从海路逃到番禺。占据广州后，他又“遣使贡献”，晋廷当时正值多事之秋，便封孙恩为征虏将军、广州刺史、平越中郞将，封卢循姐夫徐道覆为始兴相。
刘裕率大兵征伐南燕的消息一传出，徐道覆非常高兴，忙派人前往广州，劝卢循乘晋廷内虚时主动出击。卢循大概当时感觉正惬意，名为大州刺史，实为小国国君，天天诗酒茶棋书画小日子过得挺爽，根本不想找东晋麻烦。
徐道覆坐不住，从始兴（今广东韶关附近）亲自赶往番禺，面见卢循，说：“朝廷一直把您当腹心之患，刘公（刘裕）现正被牵制于坚城之下（广固），等到他擒灭慕容超回朝，肯定会亲自率军齐集豫章，派锐师越山过岭，到时候，您再英明神武，也只能束手投降。今日之机，万不可失。如果我们占领都城建康，刘裕即使率军赶回，也无可奈何。如果您不从我计，我自己率始光之军单独向寻阳挺进！”“（卢）循甚不乐此举”，但又无法辩驳姐夫，只得依从徐道覆，发兵相从。
于是，徐道覆从始兴出发，一路连克南康（今江西赣州）、卢陵（今江西吉水），直杀豫章（今江西南昌）。当时，东晋镇南将军何无忌在豫章驻守，这位爷在刘牢之、刘裕手下时远谋深见，待他自己独挡一面，却显得轻佻少谋。眼见徐道覆贼兵重楼巨舰顺流而下，长史邓潜之进谏：“此战系国家安危，贼人自上流而下，舟舰大盛。我们应该掘开南塘之水，坚守城中，与其相持，俟其兵老师疲，然后趁势出击。否则，弃此万全之策，决成败于一战，万一失利，悔之无及。”
何无忌不从，命军将登战舰迎击贼兵。双方交战，大风突起，何无忌所乘的指挥船被风吹至东岸，贼军数艘大舰直逼靠来。晋兵见主帅不免，顿时崩溃，加上贼军多是三吴“思归忘死之士”，杀兴正酣，如此危急之时，何无忌还大叫“取我苏武节来”，辞色不挠。贼兵刀枪齐下，把何大将军分尸数段。
卢循方面，也是所向皆捷，连克湘东（今湖南衡阳）、长沙诸郡，进至巴陵（今湖南岳阳）。
南方诸郡败讯继至之时，晋廷还没有接到刘裕平南燕的捷报，惊慌之下，只得连遣数道急使，征刘裕回军驰援建康。本来，刘裕最初的打算是在平燕之后，驻镇下邳，休养几年后再一举攻克关洛之地。听说都城告急，刘裕只得“即日班师”，星夜驰还。
大军行至下邳，刘裕命人以船只运送辎重，自己亲率精锐部队急行军从陆路奔还。刚到山阳，何无忌死讯传来，刘裕如雷轰顶，只带数十卫士，卷甲兼行，疾驰至淮上，向过往旅客打探消息。旅人纷纷告言：“贼军还没到，如果刘公回来，我们也就没什么可怕的了。”
刘裕闻言大喜，“单船过江，径至京口”。众人见到刘裕本人，都大松一口气。
驻镇姑孰的东晋抚军将军刘毅本来在卢循刚起兵时就“抗表南征”，但忽然患病，一下子到了病危的地步。延迟数日，病势减轻，他又马上要提兵灭卢循。桓玄称帝时，刘裕、刘毅联手起兵，声名不相伯仲。眼见刘裕平灭南燕，刘毅心中不服，也想立功显威。
刘裕闻讯，忙写信给刘毅，提醒他提防卢循、徐道覆等人奸谋多端，善打游击战，希望刘毅准备充分，与自己合军击灭贼众。为了说服刘毅，刘裕还派刘毅堂弟刘藩前往劝谕。
刘毅读毕刘裕亲笔信，大怒，投之于地，对堂弟刘藩说：“当初平桓玄，我是因为谦虚才把首功推让于刘裕，难道为此你们便以为我不如刘裕了吗？”于是，刘毅亲率二万水军自姑孰出发，直奔建康。
徐道覆听闻刘毅来逼，舍江陵而不攻，马上报卢循：“刘毅兵重，成功在此一战，宜并力攻杀。”于是，两个贼头连兵而下，约十多万兵将，乘千余艘战船，与刘毅晋军大战于桑落洲（今江西九江附近）。
本来就众寡不敌，徐、卢两人又是计谋之士，邪教教众斗志又比寻常军士勇锐，双方一交手，晋军大败，刘毅本人只与数百兵逃得性命，遣弃战船、辎重、器械无数。
晋廷知悉刘毅军败，惶惧异常。当时，刘裕北还将士不仅因长途行军疲乏不堪，而且又多伤病，战斗力极差。建康守军不过数千，皆有畏惧之心。刘毅败还的军士回城，都讲敌军势盛，惊恐成为传染病，一发不可收拾。确实，卢循、徐道覆“战士十余万，舟车百里不绝，楼船高十二丈”，浩浩荡荡，势不可当，着实吓人。
朝中大臣孟昶、诸葛长民眼见建康危急，便想拥安帝过江以避兵锋。孟昶可称是个乌鸦嘴，当初刘毅、何无忌出战，他均预言会战败，结果两人果然一出即败。至此，他又在朝议中表示刘裕出兵，也会重蹈覆辙，“众颇信之”。
刘裕坚决不同意皇帝出奔。“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自土崩瓦解，江北又岂可以逃得了呢！”
孟昶倒不是什么怯懦怀私的坏人，他就是坚信刘裕必败。见自己争不过刘裕，孟昶便在大殿上表示自己要自杀。
刘裕也气，说：“你先看我一战如何，再死也不晚！”
孟昶性急又固执，当晚回府，向皇帝休书一封，表奏：“当初刘裕北讨，意见不同，为臣我力赞其行，致使强贼乘间，社稷危逼，此乃为臣之罪也。”写完奏书，孟昶仰药自尽。未至山穷水尽，孟昶先自杀，可见这个人死得多不是时候。
徐道覆是个勇毅决断之人。听说刘裕已在石头城集兵设防，便苦劝卢循，从新亭疾趋白石，尽焚舟船，以示必死之志，然后数道进攻，毕全力于一战。
卢循一路大胜，更加有持重之心，回复徐道覆说：“我大军未至，孟昶就望风自裁。以此推之，敌军不久必自相溃乱。如果决胜于一战，万一有失，损兵折将，不如按兵待之。”由此，卢循指挥军队驻屯于石头城的西岸蔡洲。
徐道覆深知小舅子多疑少决，回营后左右叹息道：“我终为卢公所误，事必无成。倘我得为英雄驱驰，天下不足定也！”
刘裕得此喘息之机，派人广伐树木，在石头遍树丛栅，又在淮口筑查浦、药园、廷尉三垒，派重兵坚守。
呆了一段时间，见晋军内部没有任何溃乱现象，卢循又悔先前不从徐道覆之言，就指挥军队对晋军展开猛攻，皆不克而还。不久，又遇狂风暴雨，卢循许多舰只都倾覆翻掉，淹死许多兵士。卢循郁闷，列阵南岸，与晋兵相斗，已经缓过劲的晋军奋勇争先，贼兵又败。无奈之余，卢、徐两人就指挥军队转攻京口，仍一无所得。
相持之间，刘裕玩起“心理战”。他派宁朔将军索邈率一千多鲜卑人组成的精骑兵，身披虎皮坚甲，五彩斑斓，装束奇特，每人手持一旗，自淮北至新亭，蹄声阵阵，威风凛凛。“贼并聚观，咸畏惮之”。
师老兵疲之余，徐道覆建议卢循退据寻阳，伺机取荆州，再寻取机会掉头进攻建康。
自此，卢、徐两人转攻为退，厄运也就开始了。刘裕一面率军追赶，一面派沈田子等人率水军走水道绕海直袭番禺。
卢道覆集三万贼兵攻江陵，为荆州刺史刘道规打得大败，“单舸走还盆口”（九江附近）。不久，晋将孙处等人乘大雾突袭番禺，一天即攻克卢循老巢。沈田子等人也各率兵士，伺机攻灭岭南的邪教残余势力。
安帝义熙六年（410）底，刘裕集大军于大雷（今安徽望江），“卢循、徐道覆率众数万塞江而下，前后莫见舳舻之际”。面对敌人最后的疯狂，刘裕派出轻装小船，满载引火之物，同时，他下令晋军用劲弩猛射敌军，待敌船聚泊西岸时，晋军岸上、小船上的兵士齐投沾满油的火炬，致使贼军船舰着火，烟焰涨天，随即大溃，投水淹死者就有上万人之多。
卢、徐二人逃回寻阳后，欲奔豫章，便在左里（今江西都昌左蠡山）下栅，欲阻止晋军前进。左里之战，刘裕又大胜，晋军杀贼过万。至此，徐道覆逃返始兴，卢循往番禺方向奔返。
公元411年2月，晋将刘藩等人攻克始兴，斩徐道覆。4月，卢循率残军逃回番禺，又把孙处等数千晋军包围在内。带兵在岭南一带攻伐的晋将沈田子等人一合计，认为番禺是卢循老巢，怕城内人里应外合，便一齐回军，反包围了正在攻城的卢循。内外夹击之下，卢循大败，死数万余人，狼狈逃走，一路连连败绩，最后跑到交州附近（今越南北宁），与当地起兵反晋的俚、僚等蛮人合兵，进攻东晋交州刺史杜慧度。
杜慧度身处僻州，尽散家财以赏军士。晋军先在岸上向卢循舟船扔火把，然后又在两岸夹射浑身是火、四下奔逃的贼兵。
坐在华丽的指挥大船上，卢循自知此次难逃一死，便先用毒酒把自己的妻子、儿女十多人尽数毒死。然后，他把数十位貌美的姫妾召至座前，问：“我今将自杀，谁能和我一起死？”
眼见大势已去，诸位美女皆表示：“雀鼠尚且偷生苟活，从死实在太难！”只有两三个死心眼的，低声言道：“官人欲死，我们也不愿活着。”
“考试”完毕，卢循让那两三个愿死的美女出舱，放她们一条生路。接着，他抬出大酒一缸，尽数毒死了那些不愿与他一起同死的美女。怔忡片刻，望着满船的美女尸体，卢循攀上船头，赴水而死。
杜慧度得胜后，又杀掉卢循老父。找到卢循尸身，再把首级割下，用小箱子精致包装，送京师邀功。
至此，卢循、徐道覆折腾一年多，功败垂成，最终为刘裕所平灭。算上孙恩，“五斗米教”折腾了达十一年多，严重削弱了东晋的政权元气。虽然最终邪教被扑灭，东晋的国祚也差不多走到了尽头。同时，孙恩、卢循之乱，对王、谢这样的东晋世家大族也打击极大，子弟纷纷被杀不说，经济方面也遭受了巨大的损失，丧失田产家财无数。同时，随着他们力量的削弱，刘裕为代表的寒人阶级因军功不断窜上政权第一线，大族世家渐渐从主角变成了配角，混得好一点儿的，也只能给将军们当当师爷和谋士了。
殊勋如此，晋廷授刘裕太尉、中书监，军权、政权，齐集一人之手。面对当时豪强横行、广行兼并的现象，刘裕大行惩戒，严肃纲纪，诛杀藏匿亡命的豪族之士多人，致使“豪强肃然，远近知禁”。