孝武帝死后，王国宝又马上重新谄附司马道子，“（司马）道子更惑之，倚为心腹”。王国宝的族弟琅琊内史王绪也与族兄双双参管朝政，权倾内外。古今中外，凡是小人都有这样的本事，能令公喜，能令公怒，以利益为最终目的，不惜折节屈膝，不惜甜言蜜语，不惜臭不要脸。何况，会稽王司马道子又是一个庸识暗劣之人。
前将军王恭（本来朝廷授王恭为“平北将军”，但晋朝有“北”字军号的人下场均不好，大家都忌讳“北”字，故而王恭“以超受为辞”，朝廷改为“前将军”）是孝武帝元配王皇后之兄，安帝之舅，“少有美誉，清操过人”，加上世为高门，其为人清正不阿。入朝拜孝武帝坟陵之余，王恭常向司马道子“正色直言”，劝他不要昵近小人。
王国宝、王绪兄弟对王恭又惧又怕。王绪劝王国宝，趁王恭入朝安帝时伏兵杀掉他。王国宝本性怯懦，没敢答应。
会稽王司马道子以为自己是安帝之叔，王恭是安帝之舅，起先还对王恭客客气气，常与这位帝舅拉家常讲心里话，但王恭“每言及时政，辄厉声色”，是个不大懂人情世故的老古板，慢慢也使司马道子心生愤恨，渐生相图之意。
王恭方面，手下有人也劝他趁入朝时带兵诛杀王国宝。由于害怕王国宝的好友豫州刺史庾楷兵马强盛，王恭犹豫不敢先发。还镇之日，大庭广众之下，王恭仍旧直脾气，大声规劝会稽王司马道子“纳直言，放郑声，远佞人”。
“佞人”王国宝、王绪兄弟等人都在送行宾客当中，听王恭之语，“心中愈惧”。
司马道子不仅没有远佞人，待王恭一走，他下命任王国宝为左仆射，领选，即掌管朝中的人事大权，并把东宫卫兵全划拨王国宝指挥。唯一让国人有一点心理安慰的是王导之孙右仆射王珣也被朝廷拜为尚书令。王珣年青时曾做桓温的幕僚，当时就很为桓大将军器重，预言他定为“黑头公”，即不必等到年老白头即可做三公的大官。王珣和兄弟王珉本来都是谢安女婿，后来王、谢两大家族因利益摩擦闹翻，兄弟俩被谢安逼着双双与谢家女儿离婚。孝武帝末年，为了抑制司马道子权势，把王珣调入中央办事。王珣在孝武帝临崩前曾梦有人“以大笔如椽与之”，醒来，他就对人说自己“将有大手笔事”。结果，张美人谋杀孝武帝，哀册谥议，皆是王珣起草。
王国宝、王绪兄弟掌权后，“纳贿穷奢，不知极纪”，又不断劝司马道子裁撤王恭和荆州刺史殷仲堪的兵权，致使内外扰动，都知道要有大事发生。王恭、殷仲堪二人闻信，也以“北伐”为名，缮甲勒兵，各做准备。
殷仲堪也是陈郡世家大族出身，清谈大家，年青时就与韩康伯齐名，号称“每三日不读《道德论》，便觉舌本间强”。此人又是大孝子，其父殷师病卧多年，殷仲堪自学医术，因长期“挥泪执药”，竟然瞎掉了一只眼睛。入朝为官后，孝武帝很信任殷仲堪。一天，孝武帝问：“我听见人说有个大臣的父亲神经衰弱，听见床下蚂蚁打架的声音，就觉得是恶牛相斗，那个人是谁呀？”殷仲堪马上下跪流泪，答称“臣进退维谷”——因为孝武帝讲的那个人正是殷师。古人讲究纯孝，又多忌讳，为臣子的殷仲堪着实尴尬了一回。
殷仲堪虽有美誉，确实并非将帅之才。到任之后，政事紊乱，只是好施小恩小惠来安抚民心。
王恭深觉危日近，便主动派人联络殷仲堪，准备共同起兵讨伐王国宝等人。一直郁郁不得志的桓玄，也想混水摸鱼，便也撺掇殷仲堪起兵：“王国宝兄弟擅权，生杀任意，但王恭是国舅，他们不一定敢先拿他下手。明公您是先帝旧人，破格升任荆州刺史，舆论大多以为您非方伯之才，王国宝等人很可能下诏调您入京，夺去军权，那时候您可怎么办呢？”
殷仲堪被桓玄一语道破心事，忙问：“我忧此已久，又该如何呢？”
“与王孝伯（王恭字）东西齐举，我桓玄举众相随，可建大业。”
殷仲堪深以为然。他召集雍州刺史郗恢和堂兄南蛮校尉殷觊商议大事，二人均不同意，认为起兵事大，有谋反之嫌。
建康方面，会稽王司马道子听说王恭、殷仲堪有异动，马上宣布内外戒严。同时，他召来尚书令王珣，问：“二藩作逆，卿知之乎？”王珣一直在朝中受王国宝兄弟排斥，只是个花架子，便回答：“我一直不得参与朝政，此事一概不知。”王国宝闻言，心中更是惶惧，愈发明白王恭等人是专门冲自己一人而来。
王绪狠毒，他劝堂兄王国宝假借司马道子之命，先杀掉王珣、车胤等人，以除时望，再乘机裹胁安帝和司马道子，挟天子以令诸侯，发兵讨伐王恭和殷仲堪。如此计得行，成功的机率估计还小不了。但王国宝贪污的胃口大，果于诛杀的胆子却很小。
王珣、车胤得召进殿后，王国宝不仅没下令杀掉对方，反而问计于王珣：“王恭、殷仲堪两人起兵，我该怎么办？”
“二藩起兵，不过是与您争权罢了，彼此之间没有深仇大恨，不必忧虑。”王珣说。
“会不会他们得势后把我当曹爽一样处理呢（即司马懿诛曹爽三族故事）？”王国宝这一问，更暴露了他政治方面的“天真无邪”。
“怎么可能那样？即使您有曹爽的罪过，难道王恭等人有宣帝（司马懿）那样的魄力吗？”王珣“安慰”王国宝。
王国宝闻言稍安，又扭头问车胤的看法。
车胤表示：“如果朝廷发兵讨伐王恭，他一定凭城坚守。相对之时，殷仲堪乘上流之势，一鼓而下，直奔建康，到那时候，您又该怎么办呢？”
经这一席话，王国宝吓得面如土色。杀人的事情早已忘得一干二净，他赶忙“上书解职，诣阙待罪”。
本来手握朝廷大权、禁卫军权、人事调动权，王国宝竟被车胤几句话吓破胆，主动提出辞职，连稍作反抗的表示都没有，确实是庸劣之极。“既而悔之，诈称诏复其本官”。辞职也就辞了。或许还能保得一命。估计回府后被王绪一激，他又后悔，想再要有所动作。
一番折腾，本来就怯懦庸下的司马道子也知道这位“左右手”根本不可倚恃。为了平息二藩起兵，他“乃委罪（王）国宝”，派人把王国宝、王绪逮捕入狱，很快，又称诏赐死王国宝于狱，杀王绪于闹市之中。
二王兄弟的人头还真管用。王恭罢兵，退还京口。殷仲堪虽声附王恭，一直犹豫未敢真正发兵。听见王国宝被赐死的消息，他才“抗表举兵”，遣部将杨佺期进屯巴陵。司马道子亲自写信劝止，殷仲堪也顺坡下驴，率兵还镇。
事情暂告一段落。
树欲静而风不止。司马道子的世子司马元显才十六岁，当时以宗室得为侍中，此少年“有俊才”，早熟老到，认为王恭、殷仲堪肯定会再次起兵，劝其父早做准备。司马道子见儿子所见不俗，大喜，拜司马元显为征虏将军，配了大批兵将归他指挥调度。同时，司马道子又用宗室谯王司马尚之、司马休之兄弟为心腹，派司马尚之的参谋王愉（王国宝异母兄，先前并未因王国宝而获罪）出任江州刺史，用为形援，以备王、殷两人的再次起事。
桓玄方面，见王恭、殷仲堪初次起兵无功而返，自己也没捞到便宜，便上书请求朝廷调任广州。会稽王司马道子正好心忌桓玄在荆州殷仲堪治内二人相互呼应，马上照准，调任桓玄为广州刺史。桓玄虽受命，仍旧在原地不赴任，拖延行期，以观时变。
豫州刺史庾楷对朝廷割其属下四郡由王愉掌管表示不满，上疏劝阻，朝廷不许。怀恨之下，庾楷派儿子庾鸿劝说王恭：“谯王司马尚之兄弟现在掌握实权，比王国宝还坏，目的是要借朝廷名义削弱方镇，要篡夺帝位。现在他们谋议未成，应先下手为强。”
王恭早就怀疑司马尚之兄弟对自己的外甥安帝不利，听从庾楷之议，通使殷仲堪、桓玄，联合再次起兵。
司马道子闻变，派人去拉拢庾楷，说：“昔日我与您欢饮帐中，恩同骨肉。如果王恭得志，肯定认为您是反复小人，到时就怕您身首家族不保！”
庾楷很生气，提笔为书道：“当初王恭赴京拜陵，正是因为畏忌我才没敢起事。去年之事（指杀王国宝前的王恭起兵），我一直俟朝命而动。我待王爷，从未相负。但王爷不敢并力抵拒王恭，反而杀掉王国宝以自保。自那时起，天下人还有谁敢为王爷尽力呢？我庾楷可不敢以身家百口人命开玩笑。”
庾楷、王国宝两人是好友，因此，他不仅仅是为王愉分割他属下辖郡而恼，也是因老友王国宝被司马道子当替罪羊杀掉而恨恨不平。
闻知庾楷已答应王恭共同起兵，广征士马，朝廷上下惶扰不已。
年方十七岁的会稽王世子司马元显初生牛犊，丝毫不畏，劝其父说：“先前不讨王恭，故有今日之难。如果再放纵他，大祸可就会降临您头上了。”
司马道子忧惧，不知所为。于是，他悉以朝政托付给这个儿子，天天饮酒消愁。
“（司马）元显脱警，颇涉文义，志气果锐，以安危为己任”。一些附会奉承之人，均誉赞说司马元显神武不凡，有东晋明帝之风采。
由于王恭第一次起兵时徘徊观望，殷仲堪一直很觉自己没面子。此次兴兵，殷仲堪急不可耐，但自己又不会将兵，便把军事指挥权统统交给时为南郡相的杨佺期。杨佺期为先锋，率水军五千先行。桓玄领兵继之。殷仲堪自带二万军，殿后而行。
桓玄心怀鬼胎自不待表，这杨佺期也非善茬。按理讲，杨佺期九世祖杨震是汉朝太尉，世为弘农大族。西晋永嘉大乱后，杨氏渡江稍晚，其后又没能及时与江东名族缔结婚姻，故而一直受到排抑。杨佺期为此“慷慨切齿”，很想因乱举事，一泄怒气，并趁机使杨家重新进入名族之列。
安帝隆安二年（398）九月，杨佺期、桓玄兵船刚至温口，王愉连一箭也未敢发，仓皇逃往临川。
晋廷上下硬着头皮，会稽王司马道子以其世子司马元显为征讨都督，派卫将军王珣、右将军谢琰（谢安之子）带兵讨王恭，遣谯王司马尚之将兵讨庾楷。
庾楷慷慨义气了半天，一战即溃，单骑奔归桓玄。桓玄有智谋勇力，在白石大破官军，与杨佺期连兵直逼横江。司马尚之、司马休之兄弟大败。晋军各路皆退，只得回兵固守石头城。
闻听盟军得胜之际，王恭更是洋洋得意。王恭“素以才地陵物”，杀掉王国宝后，感觉更是好奇，马不停蹄地想立兵威以自肆。原本，这位皇上大舅本无任何野心，可权力场中滋味诱人，总会使人欲罢不能，流连不已。
王恭之所以有恃无恐，两次起兵，全赖其属下南彭城内史刘牢之。
刘牢之这个名字，在淝水之战中给人大有横空出世之感。正是他率五千“北府兵”一举击溃苻坚手下名将梁成两万之众，临阵斩杀梁成及数名前秦大将，极大鼓舞了东晋将士的必胜信心，奠定了东晋在淝水大战最终大胜的坚厚基础。淝水之战后，刘牢之又率兵北伐，进屯鄄城，“河南城堡承风归顺者甚众”。后来，后燕慕容垂与苻坚在北方开战，东晋又派刘牢之驰援苻丕（政治就是这样，没有永远的朋友，也没有永远的敌人。东晋、前秦双方相互击刺矛头的鲜血未干，现在又变成盟友共同对付鲜卑人）。王桥泽一役，晋军因争抢辎重，军伍散乱，为慕容垂所击败，“（刘）牢之策马跳五丈涧，得脱”，完全是刘玄德小说演义的翻版。此败之后，刘牢之冲天煞气似乎一下子消失殆尽，后来，竟因为不救廪丘被围的友军，坐畏懦免官。
王恭出镇一方后，为讨王国宝，又重新任用刘牢之。但王恭自以累世高门，又是今上亲舅，待刘牢之没什么礼数，只以爪牙武将遇之。“（刘）牢之负其才能，深怀耻恨”。
司马道子世子司马元显知悉此事后，这个少年阴谋家大喜，忙派人劝说刘牢之抛弃王恭，并答应事成后以王恭的职位转授予刘牢之。同时，司马道子也卑辞下意写亲笔信给刘牢之，“为陈祸福”。
刘牢之在得到会稽王父子的利诱之初，还有些犹豫，就与自己的儿子刘敬宣商量：“王恭受先帝大恩，又为今上亲舅，不仅不奉戴王室，却数次举兵向京师。克捷之日，他难道会屈于天子和会稽王之下吗？现在，我想奉顺讨逆，反击王恭，你以为如何？”
刘敬宣明白老爸心思，忙说：“朝廷虽非尽善，也无大恶。王恭自恃兵威，暴蔑王室，诚为逆子贼臣。大人您与王恭亲非骨肉，义非君臣，虽然有一段时间共事，关系并不融洽。反戈讨之，有何不可！”刘敬宣一席话不无道理，但也有亏心之处。假设王恭不起用刘牢之，恐怕这位英雄就一直荒废蹉跎了。
父子帐中密议，岂料窗外有耳。王恭的参军何澹之手下探知此事。何参军马上密报王恭。
恰巧，“何澹之素与（刘）牢之有隙”，王恭也一直知道这两位手下常有磨擦，就认为是何参军诬告刘将军。不仅不信何澹之，王恭还摆酒宴请刘牢之，并于众中“拜（刘）牢之为兄，精兵坚甲，悉以配之”。此举确是死催。王恭平时对刘牢之大大咧咧，只以部曲手下态度轻待。听了何澹之的报告，王恭竟一反常态，又拜刘牢之为兄，天上地下，倒会使刘将军更加疑惧，反而促成他的速反。
王恭派刘牢之与帐下督颜延一起出征。没走几里，刘牢之就斩杀颜延，向朝廷（其实就是会稽王一方）投降。同时，他又派其子刘敬宣和女婿高雅之率劲兵驰还，直捣王恭大营。
王恭没有任何心理准备和军事准备，当时正在城外检阅军队，忽然就见穿着本军军服的兵骑杀到面前，登时军溃，他只得单人独骑向曲阿方向奔逃。这位大名士不会骑马，颠了数里就把大腿两侧磨得鲜血淋漓。幸亏曲阿有个从前的老部下殷确，不忘旧情，划着小船载上王恭，准备送他去桓玄处“避难”。半路，遇见殷确的仇人钱强。钱强曾被殷确因偷税“处理”过，心怀怨恨。今见殷确船中有人，就估计到是王恭，马上向政府军告发，王、殷二人均为晋廷抓获，押送都城建康。
王恭未及入城，便被会稽王司马道子下令在建康东北郊的倪塘斩首。
王恭此人，本性抗直，美姿仪，善清谈，以天下为己任，但志大才疏，不恤下情，崇信佛道，疲劳百姓。北府任上，他调役民夫，大修佛寺，士庶嗟怨。《世说新语》中，“濯濯如春月抑”的美誉，称赞的正是这位王大人。年青时，王恭身被鹤氅裘，涉雪而行，当时的名士望见，皆大叹“此真神仙中人也”。不过，王恭毕竟中看不中用，选人不当，误用刘牢之，最终自取灭亡。
无论如何，这位东晋名士也算条汉子，临刑之时，犹诵佛经，自理须鬓，神无惧容，并对监刑者说：“我暗于信人，所以至此。原我本心，确实忠于社稷。百代之下，希望有人知我王恭真心！”
王恭五个儿子、王恭弟王珣以及王恭一个侄子皆同日被杀，唯独一个庶子当时年幼，寄养在乳母家。王恭从前的下属把小孩子偷送至桓玄处，得以抚养，唯留此一脉。直至桓玄执政，王恭才被平反。告发王恭和殷确的钱强以及抓捕二人的捕吏也被腰斩。
再说回晋廷会稽王方面。司马道子父子确实没有食言，封刘牢之为都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事，完全取代王恭的职位。
王恭虽死，殷仲堪、桓玄、杨佺期等人并无摧折，已经分路逼近芜湖和石头城，纷纷上表为王恭诉冤，要晋廷诛杀刘牢之。
刘牢之理直气壮，卒北府劲率驰赴京师，于新亭扎下大营。桓玄、杨佺期见“北府兵”来，皆惊惧失色，忙退至蔡洲（距建康数十里）。殷仲堪数万大军倒没怎么为刘牢之吓倒，仍向京师不慌不忙逼近。
京城内纷扰之时，左卫将军桓修出来，替司马道子出主意。桓修是桓冲之子，桓温之侄，桓玄的堂兄。中国古代政治就是如此纷杂，同宗同族甚至亲兄弟也站在不同的营垒，互相琢磨算计。
桓修认为：“桓玄、殷仲堪等人，一直以王恭为主。现在王恭死了，军中夺气。如果朝廷予以桓玄、杨佺期二人高官厚爵，二人心内必喜，与殷仲堪离意，到时，我们可先除掉殷仲堪。”
司马道子依计行之，以朝廷名义，援桓玄江州刺史，召郗恢回朝任尚书，以杨佺期代郗恢为雍州刺史，以桓修为荆州刺史，黜殷仲堪为广州刺史。如此阴险的离间计还真成功。殷仲堪得诏大怒，下命桓玄、杨佺期进兵。桓玄二人都“喜于朝命，欲受之，犹豫未决”。
殷仲堪惭怒，知道此行已无成功的可能，马上拔军自芜湖南归。但老殷也来招毒辣之计，他派人向屯于蔡州的桓玄、杨佺期手下兵士们散布言论：“你们这些人不归顺随我，我回江陵后，把你们的家属全部杀掉！”这一招极灵，杨佺期部下立马就有两千人开逃，桓玄也惧兵变，立即引兵西还，追及殷仲堪，陈说自己没有二心。
既然大家又聚在一起，就又称兄道弟，饮血酒为盟。同时，殷仲堪、桓玄、杨佺期三人又再共同上书，为王恭诉冤，替殷仲堪的降职抱打不平，并指斥桓修。
司马道子确实是个瞬息万变的庸下之才。惮惧之下，他又把为他出主意的桓修罢官，恢复殷仲堪的荆州刺史职务，“优诏慰谕，以求和解”。桓修枉作小人，被朝廷指斥“专为身计，疑误朝廷”。
殷、桓、杨三人看似铁板一块，但经过此次战事，心中各怀疑虑，皆起相图之心。杨佺期为人骄悍，桓玄自恃才地，对这个寒人出身的武将总有不屑之意。于是，杨佺期就暗劝殷仲堪杀掉桓玄。殷仲堪不是不想杀桓玄，只是暗忌杨佺期兄弟勇健，怕杀了桓玄就没人牵制杨氏兄弟，所以一直没下手。最终，三个人“各还所镇”。内心深处，三人各自都想除掉对方以后快。
虽又化解了一次重大政治危机，但会稽王司马道子数日惊悸，染上重病，但仍以酒当药，狂饮不止。司马元显深知其父“朝望去之，乃讽朝廷解（司马）道子司徒、扬州刺史”，并自代扬州刺史一职。大醉数日之后，司马道子酒醒，才知自己已丧失实权，“大怒，无如之何”。
司马元显时年十八，深谋老到，又有庐江太守张法顺这个官场老油条为他出主意，常常有出人意料之举。不久，司马元显又任录尚书事。时人称司马道子为东录，称司马元显为西录。父子分府，西录车骑盈门，东录门可罗雀。政治场中的趋炎附势，于此可见一斑。
司马元显年纪虽轻，也就今天刚上大学的年纪（十八岁），但本性苛刻，残暴好杀，征发诸郡刚刚免除奴隶身份的大族附荫民户，把这些人全都强迫迁至京城附近充兵役，号为“乐属”（意思是自己愿意为兵被政府统辖）。这批“乐属”，元显想用来自己直接控制，因为北府军和荆州军皆不是他自己的嫡系。但是，元显强迫征发的这些青壮劳力，本来祖父为奴，自己刚刚获得自由农身份，新近有田耕有家室，在浙东一带夫耕妻织刚过上小日子，忽然又变成了“兵籍”（而旦东晋那种世世相袭的“兵户”，社会地位低下），心中怨恨，可想而知。同时，大地主大世族对此也极为不满，因为晋廷的命令使他们丧失了许多荫附的佃客，经济利益受到极大打击，由此，也对司马元显恨之入骨。正是这一极不得民心的举动，使得江东诸郡人民痛心疾首，纷纷思叛。