苻坚死于新平佛寺后，留守长安的太子苻宏也守不住长安，率数骑突围而出，一路辗转，最后竟向东晋投降。
一直镇守邺城的苻坚庶长子苻丕受到鲜卑慕容垂二十多万兵马围攻，情急之下，也向晋将谢玄求救。谢玄派大将刘牢之将兵两万，带粮草来救。鲜卑个个能战，东晋政府又无意中原，刘牢之不久就受命率晋兵回撤江东，苻丕只得仓皇逃往晋阳（今山西太原）。闻知苻坚已死、苻宏已降晋的消息，苻丕索性在晋阳称帝。
苻丕，字永叔，“少而聪慧好学，博综经史”，曾就学于老将邓羌，研习兵法。此人文武全才，志在复兴，便留大将王腾守晋阳，自率大军四万进取平阳（今山西临汾）。当时，关中鲜卑族人由慕容永带领，要经河东回河北，起先他们不愿和苻丕开打，只求借路。苻丕不从，派属下大军进攻，反而被急困思归的鲜卑人打得大败。真是天不佑秦，运去金成铁，苻丕手下只剩三千人，南奔东垣（今河南新安），又想趁机袭击东晋的城池。东晋的扬威将军正想找个软柿子捏捏邀功，闻讯于半路邀击这些败亡的氐军，于战中斩杀苻丕，并俘其太子苻宁等人，执送建康。“朝廷赦而不诛，归之于苻宏”。
苻丕败死，众氐推苻坚族孙苻登为主，从枹罕起兵，与姚苌等人展开激烈的战争。
苻登为人善战，特别愤恨杀掉苻坚大帝的羌人。当时天下大乱，交战各方都缺军粮。苻登每次攻打羌军，都把羌人尸体称为“熟食”，激励手下战士说：“汝等朝战，暮便饱肉，何患于饥！”氐军听从，每战必大嚼羌军死人肉，“欢健能斗”。姚苌闻讯，忙招回与苻登相持的弟弟姚硕德，说：“你不走，必为苻登所食尽！”姚硕德吓得逃回姚苌大营。
苻登于晋孝武帝太元十一年（386）称帝后，便立苻坚神主于军中，车建黄旗，羽葆青盖，以精甲武士三百人护卫，每次战斗前都预先向苻坚神主致礼。苻登深念苻坚大帝之“酷冤”，次次在敬告神主时皆慷慨流涕，手下将士莫不感奋，都在铠甲上刻“死休”二字，示以必死之心。“每战以长槊钩刃为方圆大阵，知有厚薄，从中分配，故人自为战，所向无前”。
一路进战顺利，苻登至胡空堡时，已有十余万氐、汉等族人民归附。氐、羌相战，日久无食，苻登军食人肉不够，只能采桑椹为食。苻登求战心切，率铁骑万余在姚苌大营环驰，“四面大哭，哀声动人”。姚苌闻而恶之，就下令三军回哭。如此一幕，实是中国古代战争史上最有趣的一幕：氐军因激愤而万口同哭，羌军因恐惧而万口齐嚎。此情此景，世莫有二。
姚苌屡败，认定苻坚有神验，也在自己的军中刻木像以为苻坚大帝神主，并亲自祷告说：“往年新平之祸（指苻坚被缢杀），非我姚苌之罪。为臣我的兄长姚襄从前在陕北被陛下与苻黄眉击杀，是他谕示我杀陛下报仇，非臣之罪。苻登乃陛下疏宗，尚欲复仇，为臣我为亲兄雪耻，合情合理。陛下过世为神，怎能借苻登之手而报复为臣，现立陛下神像于此，愿您听臣至诚，勿计臣过。”絮絮叨叨，没有任何情理逻辑而言。
苻登挥师进攻，升木楼指向姚苌大喝：“自古及今，安有杀君而反立神像请福之人，你别再妄想了！”接着，苻登又放声高呼：“杀君贼姚苌出来，我与你单挑独斗！”
姚苌“惮而不应”。自立苻坚神像以来，羌军仍旧每战不利，军中夜夜惊恐，见无效验，姚苌命人击鼓数遍，砍掉苻坚神像之首，掷送于苻登军阵之中。
苻登连战连捷，俘斩数万羌军。但麻痹之下，忽遭姚苌夜袭，苻登妻子毛氏、二子以及大将数十人被杀，损失百姓五万余口。不久，苻登又数败于鸯泉堡、新罗堡等地。马头原、安定二战，苻登又败。
虽然数战数胜，一直迷信神怪的“杀君贼”姚苌却夜中数梦苻坚索命，神思恍惚，至于病危。苻登闻讯，拜礼苻坚神主，希望大帝亡灵保佑成功。知悉姚苌扎营安定，苻登率军疾趋。姚苌病势稍缓，又亲自安排进兵术略，派羌将夜间主动袭扰苻登营垒。苻登畏惧退兵。姚苌又亲率大军一直蹑追苻登军三十多里地。平明时分，军士向苻登报告：“贼诸营已空，不知所向。”
苻登大惊，感叹道：“何物老羌，去令我不知，来令我不觉，谓其将死，忽然复来！朕与此羌同世，何其不幸！”于是，苻登收兵众还退雍州。
不久，苻登委任的右丞相窦冲叛乱，自称秦王。苻登率兵进攻，窦冲向姚苌求援，苻登又损失一路兵马。
姚苌病死，其子姚兴袭位。苻登闻姚苌死讯，大喜，说：“姚兴小儿，吾将折杖以笞之。”于是，他率全部氐军，向关中挺进。苻登攻屠各姚奴堡、帛蒲堡后，后秦的新君姚兴率军逆击氐军。
苻登见后秦军势众，往废桥撤退。不料，姚兴手下大将尹纬已经踞桥而待。氐军后有追兵，前有堵截，奔跑行军一口水也喝不上，竟渴死三分之一人马。绝望之际，苻登挥军与尹纬交战，大败。夜间军溃，苻登单骑奔亡雍州。
留守胡空堡的苻登之子苻崇与苻登之弟苻雍，听闻苻登战败消息，竟然置最后的老巢于不顾，出奔而逃，致使余众迸散，不可复制。苻登还至胡空堡，无所投靠，只得逃往平凉，在马毛山中（今宁夏固原）收集余众，同时以儿子苻崇为人质，向陇西鲜卑头人乞伏乾归求救兵。乞伏乾归派二万军马来援。苻登拼死一搏，与前来追击的姚兴决战于山南。时兮命兮，不佑英雄，两军接战，苻登大败被杀，时年五十二。其诸子不久皆被杀。
至此，前秦自苻健于穆帝永和七年（351）称帝，至孝武帝太元十九年（394）苻登被杀，共五世，四十四年。
前秦淝水大败，败后，东晋诸将势如破竹，接连收复襄阳、益州、梁州等地。同时，谢玄也率大军北伐，连克彭城、鄄城、青州、邺城，迫使慕容垂逃往中山（今河北定县）以避晋军兵锋。但好景不长，东晋朝廷并无恢复中原的决心，不久就把刘牢之等人撤回江东。河北、关中地区不能恢复，河南之地也很快不保。淝水大战后，不到十年之间，黄河以南的战略要地接连失守，南燕（鲜卑慕容德）竟最后在青州（今山东东部）建起南燕王朝，可以说是对东晋一个绝大的讽刺。
于万死中逃出生天的北方汉族人民，在由北而南的逃亡途中，不仅没有受到朝廷“子弟兵”的欢迎，反而有不少被晋军当作“生口”抄掠，卖到江南各地的士家大族庄园中当奴仆。如此官军，又怎能真正博取中原汉族士庶的真心拥戴呢？
因此，淝水一战之后，北中国再堕分裂。后燕、西燕、南燕、北燕、大夏、西秦、南凉、后凉、西凉、北凉等等，你方唱罢我登场，长期混战，互相征伐不已，兵马多年，血雨不停，一直待到北魏王朝的崛起，才最终使混乱局面告一段落。