东晋成帝咸和三年（328）六月，陶侃亲率大军抵至寻阳。当地的朝臣将士均议论纷纷，以为陶侃来后肯定会先“诛庾亮以谢天下”。
庾亮又惊又怕，急得差点跳河。幸亏老友温峤出主意，让他亲自前往陶侃营帐拜见、道歉。
陶侃没有心理准备。忽然看见权倾一时、玉树临风的皇帝大舅跪伏于自己面前，口中喃喃道歉不停，也大惊失色：“庾元规竟拜我陶士行啊！”
“（庾）亮引咎自责，风止可观，（陶）侃不觉释然”。晋人就是这样天真、大度，崇仰人物风采。面对这样一个祸乱天下、引狼入室又曾要加害自己的权臣对手，放在别的朝代别的人身上，早就举刀恶狠狠当头剁下。但“魏晋风度”的魅力不可小觑，言语举止之间，竟可以化干戈为玉帛，化仇恨为友谊。
陶侃大笑，说：“君侯您大修石头城就是防备我，今天倒来求我办事了！”言毕，两人“谈宴终日”。
陶侃出兵，局势陡然改观。“戎卒四万，旌旗七百余里，钲鼓之声，震于远近”。
苏峻没想到陶侃会和庾亮讲和，忙从姑孰回军，还据建康石头城，分遣众将以迎战陶侃。
陶侃，字士行，鄱阳人。他孤贫，喜读书，入洛阳后，为张华所叹异。陈敏作乱江南，陶侃在江夏太守任上，屡次破贼。元帝至江东，陶侃多所赞襄，并在进讨王冲、杜弢的战役中立功不少，深得王敦举荐。后来，王敦又忌陶侃功高，差点杀掉这位自己曾竭力推举的将军。王敦之乱，陶侃坚决站在明帝一面。事平后，得授荆州刺史，征西大将军。“（陶）侃在州无事，辄朝运百甓于斋外，暮运于斋内。人问其故，答曰：‘吾方致力中原，过于优逸，恐不堪事。’其励志勤力，皆此类也”。同时，陶侃本性聪敏，勤于吏职，恭而近礼，爱好人伦，终日敛膝危坐，日理万机。他还尤其憎恨属下赌钱、饮酒，斥之为“牧猪奴戏”，对犯者痛加鞭捶，无所宽怠。下属有“孝敬”他东西的，陶侃都问对方何由所得。“若力作所致，虽微心喜，慰赐参倍；若非理得之，则切厉诃辱，还其所馈。”在崇尚浮华清谈的晋朝士大夫中，像陶侃这样对政事身体力行的实干家非常少见，综理微密，非常人可比。尚书梅陶曾非常中肯地赞叹陶侃：“陶公机神明鉴似魏武（曹操），忠顺勤劳似孔明（诸葛亮）。”虽如此为世所重，陶侃“然媵妾数十，家僮千余，珍宝奇货富于天府”。老头子富贵荣华，七十六岁时善终，有子十七人。最值得一提的是，他有个曾孙最有名——陶渊明。可见，富不过三代，到陶潜之时，已经穷得天天思量着是否“为五斗米折腰”了。
话说回头。苏峻为保险起见，打好手中王牌，便强迫小皇帝移迁至石头城。王导固争，苏峻当然不听。“帝哀泣登车，宫中恸哭”。小孩子年仅七岁，忽然从他所熟悉的皇宫被逼搬家，其惊惧可想而知。
到了石头城，苏峻腾出一座空仓库作为孩皇帝的宫室，天天有事没事在小孩子面前放肆狂言，大骂庾亮等人。这苏将军也是丧心病狂，读书人出身，又曾有大功于东晋，得势之后，竟天天对着一个小孩发威作福，可见被皇帝大舅庾亮气成了失心疯。
幸亏钟雅、刘超、华恒等几位大臣忠心耿耿，“臣节愈恭”，轮流伺候这位被幽禁的孩皇帝，并天天教他读书写字学文化。
双方接战，互有胜负。晋军取得较大一点的胜利，温峤属下毛宝劫取苏峻送给祖约的万斛粮米，并斩杀贼兵近万，“（祖）约由是饥乏”，削弱了苏峻这支最重要同盟军的士气。
不久，陶侃率水军进至蔡洲，屯于石头城西岸的查浦，温峤屯军于沙门浦。苏峻登上烽火楼，远观晋军势盛，始有惧色。
庾亮立功心切，派手下督护王彰进攻苏峻，交战大败。惭愧之余，庾亮把自己的节符送交陶侃请求处分。陶侃倒幽默，派人转告说：“古人三败，君侯始二。当今事急，不宜数尔。”
诸军齐至石头城后，都想马上与苏峻决战，陶侃拿定主意，说：“贼众方盛，难与争锋，当以岁月，智计破之。”
众人不听，结果真的“屡战无功”。苏峻军队身经百战，早先在江北常和后赵的羯族军队拼杀，骁勇凶悍，一般的晋军还真干不过这支队伍。
祖约方面，其侄祖涣被毛宝打得大败，合肥戍也被晋军攻占。不久，祖约诸将又暗中与后赵通谋，石聪、石堪等人指挥后赵大军抢渡淮水，里应外合，使得长久以来不得人心的祖约丢弃寿春老巢，逃奔历阳。
祖约败讯传来，苏峻心腹路永等人害怕大事不济，劝苏峻尽诛王导等大臣，清空朝堂。苏峻一直敬重王导，不听。
眼见己计不用，路永等人对苏峻也起了二心。王导听闻消息后，反而派人诱使路永归顺自己，并在十月间由路永引路，带着两个儿子奔逃出石头城，跑到庾亮驻军的白石。
双方相持之中，数次交锋，晋军多败。从石头城逃出的朝臣都讲：“苏峻狡猾有胆略，其徒骁勇，所向无敌。”温峤气得大骂：“诸君真是怯懦，怎么反夸贼人英勇？”
“及累战不胜，（温）峤亦惮之。”
更要命的是，温峤军队的军粮很快食尽，不得不向陶侃借粮。陶侃愤恨温峤等人轻易出兵，不答应借粮，并想撤兵再作打算。最后，毛宝自告奋勇，前去激劝陶侃，并亲自率兵烧毁苏峻在句容等地的军储。陶侃定下心神，怒气渐消，重新布置兵力，并分粮米五万石给温峤军队。
苏峻的军队，确实是善打硬仗的士兵。这些叛军不仅不理亏势穷，反而连连掉转头主动进攻晋军在建康周围建立的城垒。白石垒攻不下，他们又猛攻大业垒（今丹阳附近）。陶侃本想派兵救援大业，他手下长史殷羡劝言：“我们的兵士不习步战，如果救大业而不胜，则大势去矣。不如急攻石头城，则大业之围自解。”陶侃从之。当时，吴县、嘉兴、海盐、宣城等地战场，官军连连败绩，形势一片大坏。
如果此时没有出现一件离奇的偶然事件，晋军不一定打胜，双方苦战，麻杆打狼，没准哪天苏峻一生气，杀了孩皇帝和诸大臣，东晋王朝就一下子玩完掉。这一离奇事情太不可思议，就像一个蹩脚的小说家，为了偏帮理想中的正义一方，凭空给“坏人”安排了一个离奇的死亡结局——苏峻阵亡！
事情的经过是这样：东晋将领温峤和赵胤得知同盟军陶侃逼近石头城，龟缩已久的憋气终于演化为蠢人之胆。他们从自己的垒中率步兵一万多人南上列阵，想居高临下进逼叛兵。苏峻丝毫不惧，只率八千人出战迎击。对阵之时，苏峻的儿子苏硕与叛军勇将匤孝两人只率数十骑人马，冲着赵胤的前军就奔杀过来，竟然把晋军打得大败。
几十骑打一万多，这也是战争史上的奇迹。苏峻立马阵中，看得高兴，连饮数盏美酒，忙派人重赏那几十个得胜还营的将士。估计是太过高估自己的身手，苏峻对左右说：“匤孝能破贼，难道我本事不如他吗？”言毕，他自己一人跃马冲入温峤那小部分要跑未跑正在犹豫的晋军军阵，身后只有数骑亲兵跟随，其属下大军都还未缓过神来。
酒劲发作，风吹加颠簸，苏峻摇摇晃晃，平时的英武只剩下空架子。他突阵未遂，被立阵的晋兵用长盾和长矛阻挡不得前进。见不能入阵，苏峻掉转马头，想就近趋上高坡，再掉转马头借坡势重新突阵。
晋军阵中几个牙门将抓住这千载难得的机会，把因醉在马背上摇摇晃晃的苏峻当成活靶子，就近嗖嗖甩出数枝投矛，一下子把苏峻洞穿数处，这位传奇将军摔下马来，糊里糊涂结束了他传奇的一生。几个晋将急忙赶上前，挥刀剁下苏峻首级，肢解尸体，并在阵前把剩下的中间一截尸体焚烧（头颅四肢用作领功邀赏）。“三军皆称万岁”。
一切发生得如此突然，叛军一方只得眼睁睁看着主帅被本来大败的晋军当成一只白切鸡“料理”了。
与一般的叛乱不同，这次即使首领苏峻被杀，叛军仍旧人心未散。苏峻的司马任让推戴苏峻之弟苏逸为主，继续与晋军抗衡。
苏硕悲惧之下，找到庾亮父母的坟墓，剖棺焚尸。一报还一报：“我爸爸尸体被肢解焚烧，你父母尸体我也点着当柴烧。”
苏逸一方，也只能闭城自守。苏峻派外攻掠的诸将，闻主帅死讯，也只好纷纷回撤。虽然仍能定住军心阵角，但苏峻的突然死亡，叛军锐气已泄，只能反攻为守了。
晋朝的冠威将军赵胤也恢复了精神，率军猛攻龟缩于历阳的祖约。眼见城守不住，祖约率家族及亲信数百人北逃，投降昔日他哥哥祖逖的死对手后赵“天王”石勒。
石头城内的晋朝侍中钟雅、右卫将军刘超等人听闻苏峻死讯，暗中积极活动，准备乘间带着小皇帝逃出石头城，投向四面集结的政府军。谋发事泄，苏逸派任让去捕杀钟、刘两人。看见叛军兵士手执明晃晃的兵刃，把正教自己习字的两个忠臣绑起，粗暴地往外推搡，孩皇帝上前抱住两人，悲哭不已，叫道：“还我侍中！还我右卫将军！”
任让倒干脆，当着小孩子的面，两刀结果了刘超和钟雅的性命。成帝小小孩童，还没见过这样血腥的场景，又悲又怕，昏死过去。
这一幕，实是叛军最后的疯狂。
公元329年（成帝咸和四年）3月，数路晋军发起总攻，进击石头城。苏峻死后，叛军肝胆已丧，完全不见从前勇悍威猛的战斗力，很快就溃不成军，石头城被攻破。小皇帝被晋将救出，送回温峤的指挥船上。“群臣见帝，顿首号泣请罪”。这场景现在想来很可笑，一大群老大不小的文臣武将，跪在一个八岁小孩子面前大哭请罪，真是又壮观又古怪。
兵败如山倒。苏峻之子苏硕及韩晃等人，均在逃跑途中被晋军斩杀，昔日的能军强将，均成为自己人的刀下之鬼。韩晃勇将，被官军包围在高山之上，众人不敢下山。“惟（韩）晃独出，带两囊箭，却据胡床，弯弓射之，杀伤甚众。箭尽，乃斩之。”着实英勇。可惜如此猛将，没有在中原同胡人力战而死，却死于东晋汉人的自己人的内讧。
又到了秋后算账的时刻。由于建康宫殿全在交战中被烧毁，群臣与皇帝都在原先的建平园（御花园之一）的小房子里处理政事。西阳王司马羕“附贼”，罪过不小，老头子和两个儿子一起被五花大绑，当众杀头，可惜司马皇族至今没剩下几个“宗室元老”，至此，如此德高望重的老王爷也被连根除掉。苏峻的司马任让，却与陶侃是多年的老朋友，陶侃“为其请死”。小皇帝虽然才八岁，又刚刚被众人救出，但两位忠臣被杀的情景仍历历在目。听见有人为任让求情，他对诸大臣说：“就是这个人杀掉了我的侍中和右卫将军，不可赦免。”孩皇帝虽是孩子，却也是皇帝。金口玉言，任让马上被拉出去砍了。
众人正在论功行赏，诛杀罪人之时，有军士气喘吁吁地跑进来，把王导逃跑时未及带走的象征身份官职的节杖送了回来。陶侃掀髯，笑着说：“苏武之节似乎与您老的东西不大一样。”
王丞相老脸一红，也不好回辩什么。
王导此人，虽当时被庾氏家族压抑了好一阵子，仍是开创东晋门阀政治的风云人物。东晋元帝即位时之所以要他同登御床，正是说明了当时的世家大族已一反西晋朝的政治装饰物，成为东晋司马政权的主要依附和统治基础。元帝死后，晋成帝给王导的亲笔信，其中一直用“顿首”、“惶恐言”诸类的字眼，为历代帝王对臣子书信中所未有。孩皇帝成帝到王导家，见王导老婆竟然下拜，行孙子见老奶奶的礼数。王导上殿，成帝也要起身示意。这完全不是皇帝对权臣的畏惧，而是出自内心的敬畏和尊宠。
士族和“仕族”本来同义，也称世家，门阀，高门，世族。魏晋南北朝时代，门阀士族的地位越来越高，皇权对他们的依赖也越来越强。但真正使世家大族成为政治统治中不可或缺的关键力量，非王导一人莫属。
想当初，王导初过江，想方设法团结吴人。身为丞相，没事见人也枉贵屈尊说几句“吴语”，被人讥讽也不在意，就是想拉近与当地人的距离。最令人称道的当属一次聚会：“王丞相至扬州，宾客数百人，并加沾接，人人有悦色，惟有临海一客姓任及数胡人（胡僧）未洽，公因便还到任（姓客人）边云：君出，临海便复无人。任（姓客人）大喜悦。因过胡人前，弹指云：兰奢！兰奢！群胡并笑，四座并欢。”由此可见，王大丞相简直就是一个高级交际花了。虽然无奈，也可见他对于团结当时诸类人等的努力和付出。
论平苏峻之功，陶侃为侍中、太尉，封长沙郡公，郗鉴为侍中、司空，南昌县公，温峤为骠骑将军，始安郡公，卞壶及死难诸臣皆加赠官谥号。激起兵变的庾亮上书诉罪，“欲阖门投窜山海”，又假模假式全家上船，准备外出京城当老百姓，结果，当然被“优诏”拦阻，仍封为豫州刺史，出镇芜湖。
最后，交待一下叛逃石勒处的祖约。
老哥们儿千辛万苦逃到后赵境内，“（石）勒薄其为人，不见者久之”。先前祖约之兄大英雄祖逖一直和石勒打仗，使这位大羯胡在河南寸步难行，势力萎缩得厉害，估计这也是他不愿见祖家人的原因。
不久，石勒的谋士程遐又进言：“天下粗定，当褒忠除奸，当初汉高祖斩丁公（以其不忠于项羽），即是此意。现在，忠于事君者莫不擢拔贵显，背叛不臣者尽加诛夷，这正是大王您广受拥戴的原因。祖约叛晋来投，主上您对他却不加处理，让臣等实为困惑。这样的叛臣来附，竟还不时大会宾客，与宗族宾客夺人土地，乡里为患，如此之人，留着也是祸害。”
石勒本来就自比汉高祖，又经程遐一撺掇，老羯胡杀心顿起。于是，他派人送书信给祖约，表示：“祖君远来，一直因公事繁忙未得欢会，可邀集全家宗族子弟，来京一见。”
祖约内心忐忑，临到觐见那天，假称自己患重病，躲在家里不出。发昏当不了死，石勒派程遐率大批军士把祖约全家“请”到邺城。
“（祖）约知祸及，大饮至醉”。到了邺城，祖家上下一百多男丁，全被直接押送东市开斩，无一得免。“（祖约）既至于市，抱其外孙而泣。”这么一个人，活得窝窝囊囊，死得也不清不楚。一奶同胞，兄是万古英雄，弟是一时鼠辈，真令人嗟叹不已。至于祖家的妇女，全被石勒下令赐给“诸胡”为妾婢。
被杀的一百多祖家男丁中，也有祖逖几个儿子，姓名皆不见史传。其嫡子（正妻所生）皆死，唯独一个庶子（妾生子）祖道重，当时仅十岁，被人救出，藏在寺庙中得活。二十多年后，石氏后赵连同羯族被冉闵整个族群消灭掉，祖道重竟能逃出生天，跑回东晋，祖逖大英雄终能保存了一支血脉。
救出祖道重的人名叫王安，是羯族人，本来一直在祖逖手下做奴仆，一直深受祖将军厚待。与石勒在河南相持时，有一天，生性仁厚的祖逖拿出一大笔盘缠，对王安说：“石勒和你同属一个种族，你还是去投靠他吧，我这里也不缺你一个人。”在民族相互残杀的年代，这一举动实际对王安是一种深思熟虑的保护。王安归后赵后，即是羯族“国人”，又能征战，很快就成为军队中的战将。至此，为报祖逖厚恩，王安才冒死救出祖道重，保全了祖大英雄的一滴骨血。
王敦、苏峻、祖约的三支军队，本来是东晋政权实力最强的军队。至此，这三支生力军皆在自己人杀自己人的内耗中烟消云散。值得庆幸的是，当时中原地区前赵和后赵正你打我杀争地盘，如其不然，东晋早就被胡人灭亡掉，所谓“夷狄之相攻，或为中国之利”（王夫之语），因此，风云飘摇之际，祸起萧墙数次，而终能安然渡过危机，实为东晋君臣的万幸。