虽然司马睿政权对江东大族一直采取笼络、安抚政策，还授给贺循等人太常、侍中这样的“大官”做，其实都是虚衔，没有什么实际的意义。司马睿真正依靠的，还是王导这样的北来世族，并使他们多居显位，执掌实权。
自北方逃来的世家大族们有了政治上的优势后，自然索求经济利益，良田、美宅是他们必不可少的追求目标。但江南传统富庶地区早就“名花有主”，当地土著大地主们数代经营，怎肯轻易把膏壤良田让给这些踉跄从北方跑来的高级难民？因此，南北士族之间的裂痕日益增大。
司马睿坐稳江东后，首先对义兴（今宜兴）周玘“疑惮之”。“三定江南”中立有大功的周玘郁郁不得志，他思忖自己对司马睿又无推戴之功，便想发动吴人叛乱，杀掉诸位当朝执政大臣，反客为主。由于谋划不周，事情泄露，周玘几个同谋纷纷被杀。如此谋逆大罪，假设发生在西晋初期或承平年代，周玘早就该九族玩完了。
司马睿刚继帝位，怕“影响”不好，压住此事不发，并改授周玘为建武将军、南郡司马，让他异地做官。
深知自己谋泄，又被排斥外任，周玘忧愤成疾，得病而死。临终，他对儿子周勰说：“杀我者，诸伧子。能为我复仇，乃吾子也！”（吴人谓北方人为“伧”）
周勰倒不乖父志，暗地联络族人及吴地世族，招兵买马，并准备响应已经起兵的吴兴人徐馥和吴国降主孙皓的族人孙弼。周勰的族兄周续先在义兴起兵，打着讨伐王导、刁协的名义，准备与司马氏政权一决高下。周勰的叔叔周札闻知此事，权衡利弊，认为成功完全没有可能，就向义兴太守孔侃告变。周勰闻信也没敢动手。不出所料，徐馥、孙弼、周续很快被杀，但司马睿最终也没有“穷治”此案。
周勰“失志归家，淫侈纵恣，每谓人曰：‘人生几时，但当快意耳！’”竟也能因酒色过度善终于家。
既然已经对当地豪强示以“颜色”，北来的世家大族也明白了自己这些侨客不能过分激怒当地这些“地头蛇”，便转而向浙东一带求田问舍，率宗族、部曲、乡里对那里进行开发，并把势力逐渐扩展到温州、台州广大地区。这样一来，北来大族和太湖流域的吴地豪强之间的矛盾逐渐缩小，东晋政权的内部争斗得以冷却下来。