康有为八月初五早上离开北京，傍晚到了塘沽，就搭上招商局的海晏轮。海晏轮延期，乃于初六早上改搭太古公司的重庆轮，于11时开航。这时西太后已夺取了光绪的大权，北京政变已爆发了。不过康有为在船上一切都不知道，重庆轮过烟台停泊时他还上岸去买水果和石子。
康有为在搭乘轮船逃亡时，曾经留下两份遗书。
一封是写给他的弟子徐勤，托以后事，书云：
“吾以救中国，故冒险遭变，竟至不测，命也。然神明何曾死哉。君勉（徐勤的号）为烈丈夫，吾有老母，谨以为托，照料吾家人，力任大道，无忧虑也。同门中谁能仗义护持吾家吾国者，央神明嘉之。孔子生二千四百七十五年即光绪廿五年八月九日为绝笔告君勉仁弟，并示同门有志诸子。”
廿年后康有为60岁生日时，又在这封绝笔书上加跋，历叙当时逃亡经过，跋云：
“此吾戊戌八月九日奉密诏到沪，付托门人徐勤勉之绝笔书也。先是难将作，门人林旭两衔德宗朱谕来，第一诏命与同志筹救，谓朕位几不保，不胜焦灼之至。乃与谭复生谋召袁世凯图之。第二诏知为将陷不测，仍假托办官报，命往上海，曰汝一片热肠，朕所深悉，它日更效驰驱，共建大业，朕有厚望焉。且又曰：汝其爱惜身体，善自调摄。盖以在外或安，在内则危，故特遣出外以救之，先帝之若心也。惟为虽奉上命即行，仍欲留京营救，谭复生以救上事自任，幼博赞之，促吾行，黄仲弙告，令吾易僧服走蒙古，幼博跪力请，任公同固请，吾以死生命也，少年在粤遭华德里落砖，如死久死矣。仍往天津经荣禄督署，乃先上招商局船，以无上舱，改乘英人重庆船于六日十时行。是日侵晓难作，先帝遭废，六时步军兵围南海会馆，幼博弟与门人程大璋、钱维骥捕逮矣。即闭九城断铁道，发缇骑三千，大索于京师，谭、林、杨、刘四军机及杨漪川待御、徐子靖、张樵野两侍郎咸被逮，党狱大兴。既不得吾，则又大搜天津陆海，驰电全国，附以吾影像托于各国领事，连日沪船搜捕严密，而吾以五日晓出京，晏然不知也。七日船泊之罘，吾登船游眺，拾海滨五色石数篮而后登船。是时烟台道己奉密捕之电，惟有他事出，在舆中接电不识。及检知即还之罘，而吾船已行矣。乃命飞鹰兵舰逐吾重庆，而飞鹰适载炭不足，遂中道不及。将至沪，吾门人忧甚，纷纷租小轮舟出吴淞外接之，而实无从着力，盖洞察防范已备也。
九日至吴淞外卅海里，英吏登舟持吾像遍视，及吾，延入卧室，出像问曰：汝诚弑耶？吾惊问，乃出伪懿旨相视，曰康有为进丸毒弑大行皇帝，着即行就地正法，钦此！吾即大哭，即投海，英吏抱我曰：外传事未实，姑少待之，遂扶吾过英舰，然以为上必无幸，终当投海耳。乃赋诗曰：忽洒龙漦翳太阴，紫微移座帝星沉，孤臣辜负传衣带，碧海波涛夜夜心。更念老母无以为养，众门人忠肝义胆不以死生易心，不以寒暑易节，可以寄托者，莫如三水徐勤君勉，乃写此书及与吾内子张妙华夫人一书，令其善事吾母，附以诗，令仆藏之，俟吾不测。今阅廿年，君勉经海珠之变而无恙，吾与张夫人幸存，今日门人为吾与张夫人双寿介觞，张夫人亦于戊戌被捕幸脱者。
君勉在高弟被捕，麦孟、华孺、博五、觉任、公裕数人之列者。事阅廿年，吾岁六十，当览揆之日，君勉子良出此书请题，旧梦前痕，我心恻恻。
吾一身经万死本不足计，然吾如被逮于朝，先帝既夕弑，吾永为叛逆，若范蔚宗而国事立可知矣。然吾经十死而不死，今竟能介寿，岂非天命哉？然而此廿年中大劫频仍，朝市变易，国务日落、民生多艰，补天无力，重负先帝重建大业之望，深惭衣带之诏，一死固不足塞责，惟有愧恧感愤而已。此纸写于由重庆船渡兵舰之小轮舟中，索得舟中恶纸劣笔，匆遽写之，故不成书，聊以传言。君勉保存至今，从吾患难廿年如一，益敬不懈，夫与吾游而党者，不啻千万，其始勤终怠，或中道而变者，不可量数，贤哉君勉，臧洪畴也，横览天下岂可得哉。丁巳二月五日康有为年六十览揆时跋此。”
第二封也是在重庆轮所写的绝笔书云：
“我专为救中国，哀四万万人之艰难而变法以救之，乃蒙此难。惟来人间世发愿专为救人起见，期皆至于大同太平之治，将来生生世世，历经无量劫，救此众生，虽频任患难，无有厌改。愿我弟子，我后学体吾此志，亦以救人为事，虽经患难无改也。地球诸天随处现身，本无死理，至于无量数劫，亦出世人而已。聚散生死，理之常，出入其间何足异哉！光绪廿四年八月九日康长素遗笔。到此无可念，一切付之，惟吾母、吾君之恩未能报为可念也。”
康有为也在这篇绝笔书后题跋云：
“此光绪戊戌八月吾将投海时遗墨也。是时京师调兵三千，闭城断铁路而大索。吾以四日奉上密旨便行，五日遂行至津乘招商局船，而无上舱，遂以六日晓乘英重庆船行至沪，则沪又大搜矣。英领事派人以后旨见示，伪旨云已革某官康有为进丸毒弑大行皇帝，着即行就地正法，钦此。吾见上已大行，只有投海，英人抱我曰：闻上实在，虽欲死请少缓，姑待消息如何？乃投海未遂也，乃写此与门弟子，并与徐君勉一书，令其善视吾母，预为再投海计也。不意廿余年归国无恙，重睹是书于庐山黄龙寺婆罗双树之下，亦可感矣。吾虽不死，而中国日危，然亦可知死生有命，非人所能为此。廿年中自庚子拳匪之变，辛亥之革，南北之争，大官富豪死者如麻，吾故旧士亦鲜有生存者，若贫贱之民，死于沟壑兵燹不可数，而老夫尚能曳杖看山，与五老周旋，既感慨亦自意也。戊午八月朔康有为题”。
康有为逃抵香港后，北京消息虽多，都是恶劣万分的，尤其是六君子死难后，连收殓尸体的人都没有。康虽得活，却无能为力，只好拜托英人李提摩太。李提摩太是一位传教士，对中国当时维新运动出力不少，尤其是在戊戌政变后，他在中间奔走不遗余力，非常难得。下面是康写给李提摩太的密函：
第一函——
“李提摩太先生阁下：四日一别，并言敝国宫庭之变，仆是日受皇上密诏，令设法求救，而贵公使不在仍无及矣。五日即有大变，致我圣明英武，力变新法之皇上被废，并闻旋即遇弑矣。呜呼痛哉！伪临朝慈禧淫昏贪毒，守旧愚蔽，乃敢篡位幽弑，自称训政。夫天无二日，民无二主，安有临政廿年天子，英明变法如此，而待训政者哉？我国经义，帝者以嫡母为母，不为庶母为母，伪慈禧在同治则生母，在今上则为先帝一遗妾耳，岂可以一淫昏之宫妾而废圣明之天子哉？淫后毒死我显后，鸩我毅后，忧怒而死我穆宗，今又废弑我皇上，真神人所共愤，天地所不容者也。向来阻抑新政，及铁路三千万，海军三千万，皆提为修颐和园，昭信股票则起天津行宫，致国弱民穷，皆由于此，将来以国托与强邻，则不惟敝国之忧，亦地球大局所关也。仆身经十死，荷蒙贵国保护，得全性命，俾传密诏，伏乞转求贵公使电达贵政府主持公义，保我皇上圣躬，全我皇上权力，施我大德，感且不朽。我皇上必将有格外图报以扶亚东大局，抑贵国实利赖焉。谨为我在贵公使前谢保护之德，谨代我大皇帝求救，惟垂哀察。名另具。舍弟无辜被戮，肝肠寸裂，其遗骸不知何在？恐无敢收者，先生仁心义闻，暴著天下，向来捧襟，幸托相知，舍弟亦托交末，伏乞先生代收遗骨，寄交渣甸怡和轮带交香港（用西字信）渣甸行买办何东转寄，便可得收，所有运费船纸，望代写办以便汇上。计先生以道德救人为事，必许之也。冒昧渎请恃仁人之能救人也。敬请道安。名另具。
另函致容纯甫者望代妥密交，各情并告知，此函亦并示之。再若运骨而归，寄港船票不用写明是何人收，但求将该票夹入西字信，一面直寄港，到港时何东自然与弟料理妥当也。又后。另有一函寄慰杨孝廉米裳，望托人妥确交出，此人是杨深秀御史之子，其父无辜被戮，殊可哀痛，故寄此信慰之，并托先生收骨也。又启。
同时被戮之杨侍御深秀，谭京卿嗣同，皆弟至交，并义士也，其林京卿旭是弟门生，杨京卿锐、刘京卿光第皆志义之士，并遭此难，未知有人敢收其骨否？先生若能推爱并施大仁，收其遗骸，加以殡殓，待其家人领去，不胜感祷。弟子启。”
康有为以为李提摩太尚在北京，所以拜托李收殓六君子的遗骸，可是李事实上已经去上海，所以这封信没有送到李的手中。从这封信上看到，康有为在香港是受到何东爵士的掩护，当时何东不过是渣甸洋行的买办，对中国变法颇多赞助。
康致李第二函——
“李提摩太先生足下：日前着门人汤觉顿到沪，承推爱录用，感甚。近闻贵国大集兵于威海，并议联约德、日、美各国伏义执言，将以救我敝国皇上复辟。仆亲奉密诏，奔走求救，前在香港，曾面晤提督白丽辉君曰：必以救我皇上为主，指颈矢誓，慷慨仗义。今诚得贵国一举而我皇上之位可复，正敝国之新政即可行矣。夫慈禧之篡废，并欲为帝也。但为群小所牵迫为之耳。其始则太监李莲英曾被皇上廷杖，故恐皇上杀之，乃日造谤言于慈禧前，谓皇上将废之，积毁销金，慈禧信之。荣禄素媚李莲英，又藐视皇上，其出督直隶省，有历陈地方办事情形折上慈禧，无折上皇上。皇上知之，严旨申饬，荣禄畏皇上英明，乃迫慈禧以废立之事。且皇上欲行新政，而荒谬之老臣皆当罢黜，故环求于慈禧以废立也。然则慈禧之废立，但为群小所牵率以保全性命耳。若有大国剀切解谕与之立约归政，请皇上待以不死，厚与数百万之供给，亦非不归政也。
仆将诣贵国求救，道过日本，其国民思救我国，情意踊跃，故暂勾留，拟十一月乃动身。足下若暇能来此同游贵国，俾识贵国通才，不胜企望，若度贵国月间即能定救敝国之事，亦恳速函通知，俾仆缓行，至要！
再者门生知县龙泽厚志行高洁，学问通博，闻京师有议捕之，奔走避地，流难无归，若报馆能多用人，请为录用，俾得枝栖，幸甚。敬谒兴居。名另具。十月初八日”
康此函亦有一跋云：“谨按此书为侠士梁铁君代书。梁君名尔煦，顺德人，讲王学。戊戌从亡后累年，丙午七年以行刺那拉后，为袁世凯所杀，烈哉。附书于此，癸亥正月康有为。”
梁启超致李函——
“李提摩太先生阁下：自初六日北京一叙以后，敝邦变故日甚一日，皇上幽囚，志士惨戮，痛不忍言。教师康先生得贵国之保护，幸脱虎口，闻系都中有人致电于上海贵领事，想出于足下之手，大邦仗义之盛心，与足下待友之忠悃，令人感谢无已。弟自别后，为日本政府所保护，安抵东京，近已与康先生相见矣。每念地球各国变法之始，无不流血满地，今弟等虽遭此变，而心愈奋锐也。惟东方之局日亟，若贵邦与美日两国不早为计，他日俄人羽翼既成，无复可望耳，望足下与贵邦诸君子急留意也。康先生在北京时曾承足下代属觅一翻译之人，今有教友汤君觉顿亦康先生之弟子，学问优良，才识博雅，今特令其来沪，以供驱策。谨以信为之先容，伏乞延见，即叩以所学，定知吾言之不谬也。专此奉布，不多及。此请大安。弟梁启超拜。十月一日。”
李提摩太不仅支持维新运动，而且对康党帮助甚力，且为患难知己，实属难得。从康有为寄到上海给李的函中，可见康党寄望于李提摩太打通英国政府，用兵力支持光绪复辟。这种作法实足以激起守旧派和中国士大夫阶级的反感，同时也促成守旧派倾向反动而造成义和民事件的爆发。
李提摩太是救援康有为的主力，这可以从李的助手程济的追忆文中看出。程文是跋康梁给李函之后，文云：
光绪丁戊之间，余佐英人李提摩太君办上海广学会。广学会者，广译泰西史及科学诸书以启牖吾国民智者也。戊戌四月下旬，清德宗景皇帝痛甲午之耻，发愤图强，锐行新政，是时所发诸谕旨，皆出自南海康先生手。康先生以工部主事一微官而得君如此其专，古人中不多睹也。时景帝欲特开懋勤殿，拜李君为顾问大臣。七月廿四日（注：即戊戌年）李君与余航海北行，月杪至京，寓英公使署，适英使避署外出，翌晨乃迳至米市施医院。八月三日午后康先生来言：新政施行甚难，吾顷奉谕旨办上海官报，明日将南下矣。吾欲乞友邦进忠告，而贵邦公使又不在京，至可惜也。李曰：竟不能调和西宫耶？康曰：上行新政，盈廷衰谬诸臣恐被黜，哭诉慈禧，慈禧信之，致横生阻力，夫复调和之可言。
六日午后梁启超偕徐君化镜来，两人抱颈而哭。李曰：哭胡为者？立速谋补救之策。余曰：究竟现在情形若何？梁曰：垂帘之诏已颁，有廷寄与沿江海督抚，务获康先生而甘心焉！谭复生等亦已不入内，无所谓新政矣。仓皇间拭泪而别。忽容纯甫闳来函言政府缇骑四出，梁氏甚危，能为之地否？李曰：梁固知趋避者，毋烦余为划策也。作答书竟负手倚门立，有顷，以淡巴菰一枝贻余，而自吸其一，与余对面坐于短榻上，谓余曰：西人之觇国者，皆言贵邦政治已入正轨，循序以进，不难富且强，不图有此挫折。余曰：全国风气不开，诸顽阉党群附慈禧，欲革新政治，岂易之者，虽然康先生恐不免矣。李曰：在海舶中当无恙，到上海则甚危险矣。余曰：上海贵邦总领事白理南君非吾广学会会长乎？李曰：然，但能否尽力不可知也耳。余曰：万国皆保护政治犯，先生盍发一电以救之。李不语，久又曰：电可发，恐无补耳。且不知所附何船。若在华法界登陆，则败矣。余曰：亦惟尽心焉而已。李颔首者再，凡数易稿，乃授余曰：知此事者惟吾两人，宜深秘之。余虽无惮于贵邦政府，惟在贵邦多交际，则亦不得不尔。余且诺且携稿出外，发电而回。
英领事白君得电请示于伦敦政府英首相沙士勃雷，候复电允许，乃派工部局员濮兰德乘兵舰至吴淞，得康先生于重庆轮船，乘风破浪直抵港，是为康先生出险之始。此外诸事则人多知之，毋俟余之赘述。兹所黏存手札十余纸，乃康在港时与李君书也。李在沪与余晨夕聚处，书札悉以付余，余故得而保存之。此外康先生致余者尚有一函，并赠余诗一首，家人以时禁方严，窃取而焚之，所存者仅此。……册末一札为梁启超手迹，启超久叛其师，无足论者，自戊戌以来，于清室则时或保皇，时或革命；于袁氏则时或诋毁，时或服从。今且公然谓吾国人才以战国时为最盛，此孟子所谓率兽食人，人将相食之时也。又谓自汉武帝尊孔后数千年来，学无进步，人才日衰，今宜无限制输入外国学说，则欲率国人尽弃其学而学外人矣。此系欢迎英人罗素之辞，见于南北报纸者，反觏此札，具言师弟之间沆瀣几若一气，并有虽遭此变而心愈奋锐之语。吾欲知其奋锐之所底止，故附此札于康书之后，以观其究竟焉。后戊戌廿六年，癸亥七月将检付装池，因志其缘起如此。阳湖程济。
康有为逃到香港后，住在港绅何东家中。九月初五他东渡日本。这时梁启超也由日本人掩护逃到日本。
维新变法和戊戌政变一幕就是这样过去了，在这事件中有一个人沾到了“便宜”，就是在小站练兵的袁世凯。