德清，是明末四大师之一。俗姓蔡，安徽全椒人。年二十，投南京报恩寺出家，住持西林命法孙俊公教他读《法华经》，四月即能背诵。西林见他聪颖，为延师教读《四书》、《易经》及古文诗赋。因此他在童年即能写诗作文。
嘉靖四十三年(１５６４)，他谒云谷(法会)于摄山栖霞寺，获读《中峰广录》，大为感动，因决意学禅。同年冬又从无极(明信)听讲《华严玄谈》并受具足戒；因仰慕清凉，自号为‘澄印’。过了几年，报恩寺设立义学，教育僧徒，他被延为教师，其后又应聘至镇江金山寺教馆二年。
隆庆五年(１５７１)，他北游参学，先至北京听讲《法华》和唯识，并参遍融(真圆)、笑岩(德宝)二巨匠，请示禅要。继往游五台山，见北台憨山风景奇秀，即有取为自号之意。不久又回北京西山，获识当时名士王凤洲、汪次公、欧桢伯等，以诗文相唱酬。
万历二年(１５７４)他又离京行脚，游嵩山、洛阳，至山西蒲州会见妙峰，和他同上五台山，居北台之龙门，专事参禅。万历四年(１５７６)，袾宏游五台山，特访他叙谈五日而别。万历九年(１５８１)神宗慈圣太后派人至五台山设‘祈储道场’并修造舍利塔，他和妙峰共建无遮会为道场回向。越年在山讲《华严玄谈》，听众近万人。
万历十一年(１５８３)，他赴东海牢山(山东劳山)那罗延窟结庐安居，开始用憨山为别号。皇太后遣使送三千金为他建庵居住，时山东遭灾荒，他即建议将此费全数施与孤苦。万历十四年(１５８６)，神宗印刷大藏经十五部分送全国名山，慈圣太后特送一部与东海牢山，因无处安置，又施材修寺，称海印寺。这一年真可(达观)与弟子道开为刻藏事特来访他，住了两旬而去。万历二十年(１５９２)，他访达观于房山上方山，同游石经山，巡礼隋静琬所刻石经。时静琬塔院为僧所卖，达观出资赎回，德清为撰《复涿州石经山琬公塔院记》(现存)。
万历二十三年(１５９５)，神宗不满意皇太后为佛事耗费钜资，恰恰太后又派了个当时大臣所忌的使者送经到牢山，这样就迁罪于德清。他刚从北京回来，就被捕下狱，结果以私创寺院罪名充军去广东雷州。他于十月间携侍者福善南行，至韶关，入曹溪南华寺礼六祖肉身，越三年三月到达雷州。时雷州旱荒，饥民死亡载道，他发动群众掩埋并建济度道场。八月间，镇府令他还广州，当地官民仰慕他的学德，经常有人去访问他。他即以罪犯服装登座为众说法，创开岭南的佛教风气。
万历二十八年(１６００)秋，南韶长官祝公请他入曹溪，时南华寺衰落已久，他到寺后，开辟祖庭，选僧受戒，设立僧学，订立清规，一年之间，百废俱兴。万历三十一年(１６０３)，达观在京师因《妖书》事，被捕下狱，又累及德清，仍被遣还雷州。这中间他曾渡海游海南岛，访苏东坡故居，作《琼海探奇记》。
万历三十四年(１６０６)八月，明廷大赦，德清于是再回曹溪。他为复修南华寺大殿，自往端州采运大木。有僧挟嫌诬他私用净财，讼于按察院，他船居芙蓉江上二年待讯，大病几死。后来虽真相大白，他却坚决辞去曹溪的住持，至广州长春庵，为众讲经。
万历四十一年(１６１３)，他从广州至衡阳，居灵湖万圣寺。缁素又在寺傍为他建成昙华精舍。他在衡阳写成了《楞严通议》、《法华通议》、《起信论略疏》，并自开讲。
万历四十四年(１６１６)四月，他离湖南，至九江，登庐山。九江四众弟子为建静室于五乳峰下，他很爱其环境幽寂，有终老其地之意。后到径山，即为达观举行荼毗佛事并撰塔铭。
万历四十五年(１６１７)正月，他又去杭州云栖寺为袾宏作《莲池大师塔铭》。时各地僧徒领袖在西湖集会欢迎他，盛况一时。归途经苏州、华严学者巢松、一雨请入华山游览。又被弟子洞闻、汉月及居士钱谦益迎至常熟虞山，说法于三峰清凉寺。同年五月回庐山。
这时九江众弟子为他在五乳峰下扩建道场，他即命名为法云寺，于此为众开讲《法华》、《楞严》、《金刚》、《起信》、《唯识》诸经论，并效远公六时礼念，专心净业。又为继续华严一宗的遗绪，据《清凉疏钞》撰成《华严经纲要》八十卷。
天启二年(１６２２)十二月他受请回到曹溪，为众说戒讲经，次年(１６２３)十月十一日圆寂于南华寺，寿七十八岁。崇祯十三年(１６４０)，弟子等将其遗骸漆布升座，安放塔院，即今曹溪南华寺内供奉的憨山肉身像(刘起相《本师憨山大和尚灵龛还曹溪供奉始末》)。
曹溪原是中国禅宗的祖庭，但到了明末久已荒废，经德清锐意经营，始恢复旧观，因此，他被称为曹溪中兴祖师。
德清一生弘法，所度弟子很多。经常随侍他的，出家弟子有福善、通炯等。颛愚(观衡)入曹溪请益后，退居南岳，为一方宗师，也是他的弟子(观衡《华严经纲要序》)。当时士大夫如汪德玉、吴应宾、钱谦益、董其昌、屠赤水等，也都对他非常敬仰。
德清早年诗文和书法都很知名。他说古人都以禅比诗，不知诗乃真禅。他认为陶渊明、李太白的诗境玄妙，在不知禅而有禅味，若王维的诗多杂佛语，后人虽夸他善禅，不过是文字禅而已(《梦游集》卷三十九《杂说》)。他在《梦游集》的《杂说》中叙自己的书法说：‘余生平爱书晋唐诸帖，或雅事之。宋之四家(即苏、黄、米、蔡)犹未经思。及被放海外，每想东坡居像耳时桄榔庵中风味，不觉书法近之’。德清一生很有文名，他往来南北，多为人撰写碑记塔铭，所作序跋题赞亦不少。
他博通内外学，他的著作有：《观楞伽经记》八卷、《楞伽补遗》一卷、《华严经纲要》八十卷、《法华击节》一卷、《金刚经决疑》一卷、《圆觉经直解》二卷、《般若心经直说》一卷、《大乘起信论疏略》四卷、《大乘起信论直解》二卷、《性相通说》二卷(卷上为《百法明门论论义》，卷下为《八识规矩颂通说》)、《肇论略注》六卷、《道德经解》(一名《老子解》)二卷、《观老庄影响说》一卷、《庄子内篇注》四卷、《大学中庸直解指》一卷、《春秋左氏心法》一卷、《梦游诗集》三卷、《曹溪通志》四卷、《八十八祖道影传赞》一卷、《憨山老人自叙年谱实录》二卷等。德清寂后，由门人福善、通炯、刘起相编辑刊行的有《憨山老人梦游集》四十卷(现流通本五十五卷)。这些著作都被收入明方册本《续藏》。
他的思想学说，表现在许多方面，并不拘守一宗一派。吴应宾认为‘纵其乐说无碍之辩，曲示单传，而熔入一尘法界，似圭峰(宗密)；解说文字般若，而多得世间障难，似觉范(慧洪)；森罗万行以宗一心，而产无生往生之土，又似永明(延寿)’(吴应宾《憨山大师塔铭》见《梦游集》卷五十五)。
他最初在南京从无极听《华严玄谈》，继入摄山从云谷学禅。云谷是禅净兼修而又深达华严的大德，德清受他的影响最深(德清《云谷先大师传》)。所以他虽是禅门宗匠，而极力倡导禅净一致，尤致意于华严。他说：古人说参禅、提话头，都是不得已。公案虽多，唯独念佛审实的话头，尘劳中极易得力(《梦游集》卷二《答郑颂岩中丞》)。他谪居广州时，即集信徒结社，授以念佛三昧，教以专心净业，月会以期，立有规制。晚年在庐山法云寺，又效慧远修六时净业。他主张禅净双修，认为：‘参禅看话头一路，最为明心切要。……是故念佛参禅兼修之行，极为稳当法门’(《梦游集》卷五《示刘存赤》)。
德清对坐禅念佛也有他的特别见解，他说：‘所云坐禅，而禅亦不属坐。若以坐为禅，则行住四仪又是何事？殊不知禅乃心之异名，若了心体寂灭，本自不动，又何行住之可拘？苟不达自心，虽坐亦剩法耳。定亦非可入，若有可入，则非大定。所谓“那伽常在定，无有不定时”，又何出入之有？’(《梦游集》卷十五《答许鉴湖锦衣》)他教人念佛说：‘今所念之佛，即自性弥陀，所求净土，即唯心极乐。诸人苟能念念不忘，心心弥陀出现，步步极乐家乡，又何必远企于十万亿国之外，别有净土可归耶？’(《梦游集》卷二《示优婆塞结社念佛》)
德清在佛教内主张禅净双修，对外又宣传儒、道、释三教的调和。他在《道德经解》卷头《观老庄影响论》中，极力主张调和三教的思想。他说：‘为学有三要：所谓不知《春秋》，不能涉世；不精老庄，不能忘世；不参禅，不能出世’(《梦游集》卷三十九《学要》条)。(林子青)