乙卯十一年正月，刘裕收司马休之次子文宝、兄子文祖，赐其自死讫。裕自领荆州刺史，将兵击之。以将军刘道邻监留府事，刘穆之兼右仆射，命国事皆决于穆之。
时雍州刺史鲁宗之自疑不为裕之所容，与其子竟陵太守鲁轨起兵助休之。二月，休之知次子文宝等被害，发兵讨裕，又遣人上表罪状刘裕，裕乃勒兵拒之。裕又以密书令人招休之录事韩延之为内应，延之不允，令人回书曰：辱疏。知以谯王前事，亲率军马，远履西畿，良增叹息。
司马平西体国忠贞，款怀待物，以公有匡复之勋，国家蒙赖，推德委诚，每事询仰。谯王见劾，自表逊位，又奏废之，所不尽者命耳！而公以此遽兴甲兵，所谓‘欲加之罪，何患无辞’！刘裕足下，海内之人，谁不见足下此心，而欲欺诳国士！自谓“处怀期物，自有由来。”夫刘藩死于闾阖，方诸葛毙于左右，甘言诧方伯，袭之以轻兵。今又伐人之君，陷人以利，真可谓“处怀期物，自有由来”矣！吾诚鄙劣，尝闻道于君子。
以平西之至德，宁可无授命之臣乎！假令天长丧乱，九流浑浊，当与臧洪游于地下耳！
刘裕开视其书，以示将佐曰：“事人当如此矣！”诸将佐皆默然。
时韩延之以裕父名翘，字显宗，乃更其子曰翘，以为不臣之意。刘裕遂使参军檀道济、朱龄石将步骑五万出襄阳，江夏太守刘虔之聚粮以待。鲁轨被道济攻击杀之，取其粮以给三军。
裕又使婿徐逵之、蒯恩、沈渊等以军三万出江夏口，与轨战。
逵之未尝经战，一见敌兵强盛欲走，因此众溃，大败而死。裕闻之大怒。三月，裕率诸将济江，休之兵临峭岸，裕军士在岸下，无能登者。裕自披甲欲登岸，诸将谏之，不从。裕怒甚盛，主簿谢晦向前抱持裕曰：“主公不可登险！”裕抽剑指晦曰：“我斩卿！”晦曰：“天下可无晦，不可无公！”将军胡藩以刀头穿岸，裂容足指，使三军腾之而上，随者稍众，直前力战。
休之兵稍欲退，裕以兵乘之，休之兵遂大溃。裕以大众攻克江陵，休之、宗之皆败而走。鲁轨留守石头，见司马休之众溃大败，料事不济，不敢接战，来守石城。刘裕直遣兵攻破石城，休之与鲁宗之、轨等惧走奔秦。宗之素得民心，士民争为之卫送出境，追兵尽境而还。
休之至长安，拜降秦王。兴以为扬州刺史，使侵扰襄阳；复使宗之将兵克襄阳。未至，宗之已卒。
刘裕知休之奔降于秦，乃令众将还建康，奏帝以穆之为左仆射。