孙恩引众北出海盐，欲报山阴之仇。刘裕闻知恩来，乃点兵筑城于海盐之北而拒之。恩日夜引贼众来攻其城，刘裕忧其兵少，乃选敢死之士二千人，至夜出击之，贼众不知裕兵多少，乃走。时裕虽连胜，而深虑寡不敌众之势，乃思一计，至夜偃旗示以羸弱，待观其懈，遂率部兵奋击，大破之，杀得恩兵十损其七，大败而逃。裕兵追下百余里方返，犒赏三军。
至八月，晋帝设朝，群臣奏知刘裕杀败孙恩之功，帝降诏以裕为下邳太守。裕得诏即行，回京口。
史说孔靖，字季恭，好昼卧，忽见一神人衣服非常，至前谓曰：“汝速起！新天子在门前矣！”言讫，忽不见。靖遂遽出门视之，并无一人，只见刘裕经过，忙下阶，延裕入宅内，执手谓裕曰：“君当大贵，愿以仆身为托。”裕曰：“寒微岂得登庸，倘有侥幸，必不舍君！”靖曰：“必有大用！”于是置酒相待，因与结交，礼接甚厚，自此二人深相善焉。后裕自往下邳之任。