十月，晋大司马桓温闻秦破燕，遂令参军王珣、桓伊引兵乘衅而入，攻寿春。寿春守将袁瑾闻燕已灭，恐孤不敌，乃守城求救于秦。秦兵未至，攻陷其城，执袁瑾而归。王珣、桓伊分兵戍守，勒兵还镇，来见桓温，称克寿春之捷。温因益喜王珣。时温恃其才略位望，阴蓄不臣之志。尝抚枕叹曰：“男子不能流芳百世，亦当遗臭万年！”时，土杜晁能知人贵贱，温召问之，晁曰：“明公勋格宇宙，位极人臣。”温不悦，而温意欲先立功河朔以收时望，还受九锡。及被枋头之败，威名顿挫，今克寿春，次日聚集诸将，因谓将军郗超曰：“今克寿春，足雪枋头之耻乎？”超曰：“未也。”久之，温不悦，命诸将各散，因留郗超于中军同宿，问曰：“吾意欲立霸王之基，君有何谋？可指教之！”郗超曰：“明公当天下之重任，今以六十之年，败于大举，不建不世之勋，不足以镇惬民望。”温曰：“然则奈何也？”超口：“明公不为伊、霍之举者，无以立大威权，镇压四海。明公何不效伊、霍故事，入朝奏太后，废弈帝立会稽王昱，举行周公居摄之事？则威权日长，大业成矣！”温曰：“其计大善！奈弈帝守道，恐招时议？”超曰：“不诬之过，焉能废立？宫门重闭，床第易诬，言帝为阉，废必成矣。”温善之，二人汁议已定。
次日，桓温领诸将佐带铁甲军一万，离广陵，入建康。于省中设宴，会集公卿，令郗超将甲土千余，侍卫左右。是日，太傅与百官皆到，酒及中巡，温按剑曰：“大者天地，次者君臣，所以为治。今皇帝先在藩，痿疾为阉，难以奉宗庙之主，吾依伊尹、霍光故事，废帝为东海王，立会稽王昱为君，汝大臣意下如何？”群臣惶怖，莫敢对。过了半时，方应曰：“太甲不明，放之于桐宫；昌邑有罪，霍光废之；今上富于春秋，未有不善，请再议也。”温曰：“竖子！天下事在我，我今为之，谁敢不从？将谓我剑之不利也？敢有阻大议者，皆按军法！”百官震栗。忽又一人出曰：“周公阿冲，匡扶皇家，今君依霍光故事耳！”温视之，乃抚事将军王彪之也。温悦之而谓曰：“卿言达理。”当彪之全无惧色，其余群臣咸惧，皆云：“一听尊命。”
至十一月朔，桓温令郗超带甲士五千人，人太极前殿，请太后出殿，奏曰：“弈帝先居在藩，夙有痿疾。今闻不堪皇统，难奉宗庙，臣与群臣商议，依伊、霍故事，请懿旨废弈帝为东海王，立会稽王昱承大位。”太后惊曰：“何得此言？既有痿疾，为何其美人田氏、孟氏生有三男子耶？”桓温曰：“臣窃闻朝野老少皆言三男是帝所幸嬖人相龙、计好、朱灵宝等所生，既无此情，如何相龙、计好、朱灵宝等参侍内寝，不出宫乎？”
太后亦惑之曰：“既有其事，任卿主意。”因此温请太后归宫，即使散骑常侍刘享，以甲兵五百人入宫，收帝玺绶。弈帝不敢推辞，即取付之与享。享捧出交温，温与群臣出迎会稽王昱人殿，请上御座。温与群臣拜舞，呼万岁。礼毕，称号太宗简文皇帝，以辛未为咸安元年。桓温又奏请弈帝为东海王，命别迁置，文帝从之。
却说弈帝被废，朝罢入内。着白绸单衣，领属步下西堂，乘犊车出宫，涕零如雨，群臣拜辞，莫不欷歔，送其就藩。
至十二月，桓温又奏文帝曰：“今废东海王，宜依汉昌邑王故事。”帝曰：“然！”乃改封东海王为海西郡公。时桓温又奏曰：“今弈帝已废，今武陵王欷现执大兵，倘有异志，难以制之。今幸来朝，请陛下诛之。”文帝曰：“武陵王无罪，何以杀之？”温曰：“不杀，恐有后变。”帝曰：“待其变而诛之。”温再三奏诛武陵王，文帝不听。次日下手诏曰：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏：如其大运去矣，请避贤路。”温览之，流汗变色，不敢复奏矣。
桓温自废立之后，威振内外，文帝虽处尊位，拱默而已。
及出朝，侍中谢安见而遥拜，桓温曰：“谢卿何事？”安曰：“方今天下别无英雄，惟明公耳！历古以来之将相，未有君拜于前，臣揖于后。若非明公之功德震于四海，岂有其敬耶？今明公盛德巍巍，虽伊尹、周公莫可及也。”温曰：“焉敢望此？”安曰：“人皆可以为尧舜也。”由然桓温遂悦谢安。次日入朝奏文帝，以谢安为大司马，帝从之，而安受职。安奏帝降诏，加封桓温为丞相，入朝辅政。
桓温奏曰：“臣本宜在朝以奉陛下，奈姑孰一郡，乃国之障屏。今秦之方强，常有窥觎之意，倘若有失，江南难定，臣请还镇。”文帝曰：“丞相乃朕股肱，去之何依？可留京师，同辅朝政。”温曰：“臣犹在外，以据秦寇，胜在朝廷。”言讫，拜辞文帝，即出朝门，领诸将佐还姑孰，百官皆送起程。
温归后，以郗超为中书侍郎，凡事表奏，温常使其入朝探听事因，往来朝廷，自此后，温名复振。
当时“荧惑”守“太微”端门，逾月而海西废，至是又逆行人“太微”，文帝甚恶之，谓中书侍郎郗超曰：“命之修短，本所不计，故事无复，近日事耶？”超曰：“大司马臣温，内固社稷，外恢经略，非常之事，臣以百口保之。”超以温故，朝中皆畏事之。谢安尝与左卫将军王坦之共诣超，日旰未得前，坦之欲去，安曰：“独不能为性命忍须臾耶？”
壬申二年，时当南郊祭祀天地，文帝欲大赦天下。王彪之奏曰：“中兴以来，郊祀往往有赦，愚意当谓非宜。何者？黎庶将谓郊祀必赦，至此凶愚之徒，复生侥幸之心矣！”帝从之。