元帝因王敦作逆，忧愤成病，将笃，乃召司空王导入内，受遗诏辅政。王导入内，嘱曰：“朕自琅玡王得遇卿至此，不幸病笃，谅已难逃天命。朕闻神尧以一旅取天下，吾以天下不能讨五胡，而雪三帝之耻，朕所恨在此，愧见先帝于九泉之下耳。”言讫而昏，徐徐又醒，谓王导曰：“太子笃厚恭谨，可任大事，汝等宜辅佐之，各尽忠义之心，以图灭胡之计，勿少忘焉。”言讫而崩。帝年四十七岁，在位十六年而崩。
帝性简俭冲素，容纳直言。初镇江东，颇以酒废事，王导深以为言，帝命酌，引觞覆之，于是遂绝不饮。有司尝奏太极殿广室，宜施绛帐，帝曰：“汉文集上书皂囊为幔”遂令冬施青布，夏施青练帷帐。将拜贵人，有司请市雀钗，帝以烦费不许；所幸郑夫人，衣无文彩耳。始先秦时有望气者云：五百年后，金陵有王者气。故始皇东游以厌之，改其地曰秣陵，堑其山以绝其势。及孙权之称号，自谓当之。孙盛以为始皇逮于孙氏，四百三十七载，考其替数，犹为未及。元帝之渡江也，乃五百二十六年，真人正应在于此矣。天意人事，又符中兴之兆。太安之际，童谣：“五马浮渡江，一马化为龙”，识者以为吴越当兴王者，是岁元帝与四王司马氏共渡江，帝竟登大位焉。
初，《玄石图》有“牛继马后”之说，故宣帝深忌牛氏，遂以二榼共一口以贮酒。帝先食佳者，而以毒酒鸩其将牛金，而恭王妃夏侯氏，竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云矣。
元帝既崩，司空王导与百官举哀发丧，葬于建平。丧事毕，乃扶太子司马绍登基于太极殿，百官山呼万岁。礼毕，分列两班。改年号为太宁，百官上尊号肃宗明皇帝。群臣皆上贺，帝命光禄寺排宴。宴毕群臣，加封王导为郡公，进位太保，剑佩上殿，入朝不趋，赞拜不辞。导受职谢恩，尽忠王室，竭力辅政。太子即位，尊所生母荀氏为建安君。
史说明帝讳绍，字道几，乃元帝长子，在位三年，寿二十七岁。幼而聪哲，为元帝所异。年幼时，帝坐置膝上，适长安有使来，元帝因问之曰：“汝谓日与长安孰远？”对曰：“长安近，不闻人从日边来！居然可知也！”元帝异之。明日宴群臣，又问之，明帝对曰：“日近！”元帝失色曰：“何乃异前问之言？”明帝又对曰：“举目则见日，不见长安！”由是益奇之。元帝为晋王，立为王太子，及即帝位，立为皇太子。帝性至孝，有文武才。时王敦欲诬以不孝而废之，大会百官而问中庶子温峤曰：“皇太子以何德称？”声色俱厉，必欲使有言，峤对曰：“钩深致远，盖非浅局所量！以礼观之，可称为孝矣！”敦谋逆遂止。今元帝崩，乃即帝位。