元帝闻王敦兵将至，使人征戴渊、刘隗领兵入卫建康，二将皆应命而至。帝使百官出迎于道，刘隗岸帻大言，意气自若，与百官刁协等入朝元帝，君臣礼毕，隗、协平身。帝曰：“王敦作逆，故召卿等还迎王敦。”是时刘隗、刁协大惊，急奏曰：“王敦作逆，其弟王导并家属数百人，今在建康城内，若敦兵至此，导必为内应，不如先诛王导等族众，然后以兵去迎。”
帝曰：“容朕三思后行。”隗、协见帝不许，心中愈惊。
司空王导闻兄王敦作乱，见刘隗、刁协奏请尽诛王氏，心中大恐，乃率其从弟中领军王遽、左卫将军王廙、侍中王侃、王彬，及宗族群从昆弟子侄二十余人，每旦诣阙待罪。值仆射周顗入朝，导呼仆射谓曰：“伯仁，吾以百口累卿，望速救耳！”顗直入不顾，而见帝奏曰：“司空王导闻兄王敦谋逆，今领兄弟宗族二十余人，阙下待罪。臣见王导平素忠诚，必无叛心；若与敦私有异志，安肯身留建康自陷也？望陛下看其草创之功，以赦如今无贰之愆！”帝曰：“朕亦思王导无叛之意，可原其心。”纳其言而赦之。周顗先是饮酒而入，及辞出还未醒。当周顗见纳其奏即出，王导犹在阙前待罪，见顗出，又呼而问之，顗不与言，顾左右曰：“今年杀诸贼奴，取金印如斗大，系肘后。”言讫即出，乃使人上表，明导无罪，言甚切至。
王导不之知，而心甚恨之。
元帝又见周顗上表，乃下诏赦王导等二十余人无罪，赐朝服，召入朝见之。导稽首奏帝曰：“贼臣逆子，何代无之？不意今日近出臣族。”帝下殿执导手曰：“茂弘，朕方寄卿以百里之命，安忍罪之？”于是君臣惠爱如初。
三月，帝以王导为前锋大都督，以戴若思为骠骑大将军。
诏曰：“王导以大义灭亲，可以之为安东时节假之将军。”又以周顗为尚书左仆射，王遽为右仆射。
次日，帝乃命刘隗、刁协、戴若思等领军去迎。将军周札，素爱俭好利，帝使刘隗领兵屯金城，使周札屯石头城，二人领诏去讫。
时，敦军至石头，欲先攻刘隗，杜弘谓敦曰：“刘隗死士多，未可易克；周札少谋，兵不为用，攻之必败，札若败，则隗走矣。”敦从之，使弘为前锋将军，以军二万先攻石头。周札果开城门纳弘，弘军一涌而人，于城屯祝于是王敦入据石头，叹曰：“吾不得复为盛德事矣！”谢鲲曰：“何为其然也？但使自今已往，日忘日去耳！”
元帝闻石头失守，诏命刘隗、刁协、戴渊、周顗、王导等分头接战，于是协、隗、渊等领兵来石头挑战。
王敦闻探事人回报，王导为都督骠骑大将军，总领诸军事；又令刁协、刘隗、戴若思领兵十万前来迎敌。自令军马将到石头。敦忙唤周抚、邓岳二人，整军马去战，于是二人以军出城排阵。是日两军相遇，刘隗出马，大骂：“王敦，朝廷何负你，故敢谋反？”周抚大怒，拍马出战，更不打话，挺枪便刺。
刘隗以刀来迎，二人交战，战到二十余合，隗敌周抚不住，走回本阵。戴若思忙持刀接住周抚交战，战三十余合，不分胜负。
邓岳见周抚赢不得若思，亦拍马抡斧冲出阵，帮护周抚。三人在垓心交战，战不过五合，若思敌不过二人，勒马便回本阵，被王敦麾兵一击，杀得晋兵大败，抛戈弃鼓，倒旗失金，乱溃奔走，各自逃生。王敦等连追数十余里，方始下令，收军还城。
当刘隗、刁协得戴若思保护走回建康，入太极殿，见元帝曰：“王敦势大，难以迎敌，因此大败而回。”
是时，刘魄、刁协二人，在帝前流涕，帝亦携二人手垂泪。
因谓隗、协二人曰：“今王敦谋逆，为汝二人，汝二人乘其未还，可引本属，朕给与兵符避祸，免遭其难。”刁协泣曰：“臣当死守，不敢有避。”元帝曰：“事逼矣，安可不行！”乃命有司给兵符人马与二人，二人流涕，拜辞元帝，出领家属，带人马出城而逃。
元帝见二人去了，心中忧闷，无人去退敦兵。当太子司马绍欲自率将士决战，温娇执鞚谏曰：“殿下国之储副，奈何以身轻天下？”抽剑斩鞚乃止。
敦虽知刘、刁走了，仍拥兵不朝，放士卒劫掠，宫省奔散，惟将军刘超按兵直卫，及侍中二人侍帝侧。元帝遣使谓敦曰：“刘、刁二人，皆奔外国去矣，公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚共安矣！如其不然，朕当归琅玡，以避贤路。”敦部下禁兵未肯退。
当司空王导奏曰：“陛下不须烦恼，臣请诏加王敦爵位，臣与百官去说其罢兵，彼自退矣。”元帝从之。