当上海、南京陷落后，汪精卫立即为自己的投降观点平反。他又活跃起来，公开在大会小会上宣扬他的“抵抗无用”论。武汉的陷落更使汪精卫趾高气扬，拥护他的人也逐渐多起来，他重新被选为国民党的副总裁，成了国民党内部仅次于蒋介石的二号人物。
面对着汪精卫日益猖狂的活动，面对着复杂的局势，在美英盟军的影响下，蒋介石从个人利益和国际利益考虑，最终正式宣布：中国不投降。
日本政府一见拉不动蒋介石，便宣布：不以蒋介石为谈判对手。
这样一来，反而增强了蒋介石的抗日意志。
汪精卫在国民党政府内也遭到了抨击。汪精卫见自己在国民党内再也抬不起头，索性撕掉脸皮，公开投靠日本。
土肥原贤二的特务组织在这期间极尽牵线搭桥之能事。看到国民党政府的二号人物投奔过来，土肥原贤二当然狂喜不已。为了使汪伪政府得到承认，土肥原贤二甚至建议日本政府促使汪精卫“成立新的政府要行动迅速”。
“新政府”就是指汪伪政府，这个政府很快成立了。1940年3月，汪精卫拼凑起来的“国民政府”在南京成立。土肥原贤二的目标终于达到。为此，他赢得上司的一片喝彩。不久，他升任成大将。
土肥原贤二本人也很得意，他套用《孙子兵法》的话向人吹嘘：“别人以为百战百胜就是最好，其实不对。像我一样，不战而胜才是最好。”与此同时，土肥原贤二还用毒品麻醉、毒害中国人民，并从鸦片贸易中榨取巨额钱财，充作侵华日军军费和日本内阁的特支费，“这项发明专利的特许证应属于土肥原贤二”。
◆ 末路
太平洋战争爆发后，日军的铁蹄踏遍东南亚。不甘寂寞的土肥原贤二此时觉得，再玩弄间谍技法已无用武之地，而且土肥原贤二一直都想成为日本的民族英雄，于是他担当起了战场指挥官的职务。他先是担任日本航空总监，后又出任东部方面军司令。1944年，他又调往新加坡，当了日本第7方面军司令。
第7方面军的战区管辖马来亚、苏门答腊、爪哇和北婆罗洲。土肥原贤二到任后，采用惯用的恐怖、掠夺和暴力手段，使饱受欺凌的东南亚各国人民受到更沉重的压迫和蹂躏。
就连日本人对其所作所为也著书评论道：“凡土肥原贤二足迹所到之处，必将引起灾难。”
土肥原贤二本是职业军人，但在他的身上，已经完全丧失了军人应有的起码的准则。对待平民，他滥杀无辜；对待战俘，他毫无人性。南洋各地几乎都留下了他血腥的足迹。具有讽刺意味的是，1945年4月他回国后，竟然出任了教育总监。
日本战败投降后，铃木内阁随即下台，东久逊亲王随之组成新的内阁。三长官会议最初商定由土肥原贤二任新内阁的陆军大臣。土肥原贤二闻讯后居然没有拒绝。
但是他没能当上陆军大臣，新首相东久逊坚持反对土肥原贤二这样臭名昭著的人入阁。
1945年8月24日，东部军司令官田中大将自杀身亡。经军方首脑研究决定，由土肥原贤二充任田中遗留的空位。这时候，日本军队一片混乱，高级将领纷纷自杀，或者弃职在家躲避。当首脑部征询土肥原贤二的意见，问他是否愿意“屈尊”接任田中大将的职位时，土肥原贤二竟无异议，说：“如果大家认为我胜任，地位之高低，个人之荣辱，不是当前应该考虑的。”
到了9月12日，日本第二军总司令杉山元帅又自杀身死，遗缺又是由当时资历最深的土肥原贤二替补，土肥原贤二竟然仍表示同意接受任命。
这真是一个死心塌地地替大日本帝国卖命的人。
但是这一次他来不及再担“重任”了。在中国、美国、英国提出的战犯名单上都不约而同地写上了他的名字。1945年9月13日，盟军最高司令部下达逮捕令，土肥原贤二和东条英机等人作为首批甲级战犯限时入狱。
在两年多的审判中，法庭上只有一次听到过土肥原贤二的声音。当庭长卫勃问他是否承认自己有罪时，他断然答到：“主张无罪。”此外，他再也没有在法庭上讲什么。他始终以沉默来对抗审判。
作为老牌间谍，土肥原贤二比别人更懂得，上绞刑架在所难免，承认不承认都将走向断头台，而且，如果答辩会讲出更多情况，暴露出更多的罪行。因此，与其认账，不如拒不承认。承认而后死，会被视为可怜的软骨虫；拒不认罪，“慷慨赴死”，会被人当作“民族英雄”来祭奠和敬仰。于是，土肥原贤二像条癞皮狗一样，干脆把头一低，索性放弃了申辩权。
为了给土肥原贤二应有的惩处，中国代表团早在东京审判开庭之前，就想方设法搜集土肥原贤二的犯罪证据。中方控诉土肥原贤二在中国、苏联和东南亚犯下的滔天罪行都是铁证如山的，在公诉人与辩护律师无数次你来我往地交锋中，人称“东方劳伦斯”的土肥原贤二最终只能长叹一声。
土肥原贤二被逮捕之时，美军宪兵曾到他家中搜查，除想获取机密文件外，还想看看他这些年掠取的大量珠宝和金银。孰料土肥原贤二的屋内空空如洗，机密文件自然全部销毁掉了，珠宝金银也无痕迹。据查他一生未曾购置财产，足见其替日本法西斯集团效力的专心程度。