1946年1月，澳大利亚政府提出，裕仁作为战犯应当受审。美国佐治亚州参议员理查德·拉塞尔也有同样的提议。裕仁再次面临危机。然而，美国的既定目标是要恢复日本经济，防止日本崩溃。因此，麦克阿瑟认为，如果天皇作为战犯受审，日本就会分崩离析，他同裕仁之间发展起来的合作就会完结。于是，他电告华盛顿：“如果天皇受审，美国的占领计划就要作大幅度修改，这无疑会在日本人民中引起骚乱，废黜了他，日本国定将四分五裂。事实上，所有日本人都把天皇说为社会领袖，不管对不对，他们都把《波茨坦协定》理解为旨在保持日本天皇制。他们会把废黜天皇看作是盟国对日本历史的背叛，他们由此产生的仇恨情绪，无疑在短期内是无法熄灭的。……最终导致山区和边远地区的游击战，……一旦结束军事占领，也许奉行共产主义路线的某种严密组织就会从散沙般的群众中出现。”这份电报震动了美国当局，尤其日本将出现“游击战”和“共产主义组织”，使美国立即打消了审判裕仁的想法。
揣摩美国政府的心思，英国政府也对天皇裕仁做出评价，说天皇在日本投降时“发挥了作用”，起诉天皇，与七千万日本人为敌是“愚蠢的行动”。当时，苏联表示反对，美国则反讥苏联企图把日本纳入苏联的势力范围。在美英两国政府的影响下，1946年4月3日，盟国同意不起诉天皇。这样，美国再一次挽救了天皇和天皇制，并落实于1946年11月3日公布的日本宪法中。作为日本未来的国家框架，宪法允许保留天皇制，不逮捕、也不起诉天皇。但在新宪法中，天皇只能是一种象征性存在。日本天皇就此逃过了一直笼罩在头顶的厄运。
◆ 美国庇护留遗患
麦克阿瑟为了保险起见，还在东京审判的过程中采取了保护天皇的策略，即“从速审判东条英机和他的1941年的内阁成员，借此避免扩大调查范围，以免牵连天皇”。远东国际军事法庭首席检察官兼国际检察局局长美国人季南按照麦克阿瑟的意图，改变纽伦堡审判的原则，在法庭章程中有意删去了关于追究被告责任的条款中提到国家元首的部分，从国际检察局提交给麦克阿瑟的被告名单上去掉了裕仁的名字。在东京审判的整个过程中，法庭都小心翼翼地绕开天皇的责任问题，就像避开雷区一样。但无论是文件证据，还是证人证言、被告口供，都直接或间接地涉及到天皇的战争责任。
远东国际军事法庭庭长卫勃写道：“在审讯开始前，我认为天皇作为一个绝对集权的君主，因批准开战应足以构成起诉，……在审讯中提出的证据进一步证实了我先前的看法。证据表明，天皇确实批准了开战，因而对战争负有责任。”然而，裕仁还是被保护下来，他仍然留在神圣的天皇位置上。对这样一个让人大惑不解的问题，卫勃是这样理解的：“民主国家结成同盟，不惜牺牲大量的生命和物资，向一个专制政府开战，而最终却把这个政府的专制君主留在原来的领袖位置，看来这是令人感到奇怪的。但是，裕仁并不仅仅是作为一个人而存在，他也是一个象征。不管他多么罪大恶极，他仍是整个国家的精神化身。在1945年，多数日本人以一种宗教信仰的态度，深信日本与天皇是不可分的，必须生死与共。”
天皇逃脱了战争责任的追究。从此，裕仁不仅不必为自己的命运担忧，而且可以“心安理得”地公开拒绝承认自己的战争罪责。战后，裕仁“一次也不曾就战争责任问题向国民表示谢罪”；而国民所听到的是1975年10月31日有关战争责任问题的答记者问，他说：“关于这种语言的修辞，我对文学方面没有什么研究，不太懂，所以对这种问题不好答复。”
日本天皇甚至把战败说成“终战”，在其“终战诏书”里没有只言片语承认战败投降，并把日本的侵略解释为“当初开战是为了自存与东亚的安定”，没有丝毫对侵略战争的悔过之意，反而说什么“朕于兹得以维护国体，……子孙相传确信神州之不灭……誓必发扬国体之精华”。在这种环境下，一旦条件适宜，日本军国主义思想便死灰复燃也就不难理解了。
出于战后美国战略利益的需要，美国政府和麦克阿瑟在权衡各种利益关系后，使日本在战败后得以维护其“国体”，并将裕仁排除在被起诉战犯的名单之外，免予追究其战争责任，这对战后彻底肃清日本军国主义产生了极其严重的消极作用。作为一场反法西斯战争，其根本目的就在于彻底摧毁法西斯政权和彻底铲除法西斯的社会、经济及思想基础。日本“国体”和天皇得以保留，可想而知，对于日本法西斯军国主义分子来讲是怎样的一种安慰。这甚至成为了日本右翼势力否定侵略战争罪行的一块挡箭牌，他们以天皇之“无罪”来论证自己之无罪、日本之无罪。既然统治这一“万邦无比的神国”的天皇依然故我，实现“肇国精神、八宏一宇”的使命就是必胜的也是神圣的。这正是日本军国主义分子的精神支柱。正是由于美国的庇护，日本早在1953年就开始修法给战犯“平反”，给战犯家属发放抚恤金、补偿金。日本利用朝鲜战争、利用美苏冷战，妄图否定东京审判的步子始终没有停止。
没有追究天皇的战争责任，与日本战后60年来始终不能真正彻底地反省历史，正确认识侵略战争的罪行有着密切的关系，而且这也是日本国内右翼势力不断嚣张和军国主义阴魂不散的原因之一。对此世人必须有一个清醒的认识。特别是在日本国内，只有正确对待天皇的战争责任，不以感情代替历史，才能真正客观地对待历史、反省战争，才能防止军国主义复活，防止曾给世界人民也包括日本人民造成深重灾难的历史重演。
梅汝璈在1963年曾经说过这样一段话，直到今天，仍旧发人深省：“我不是复仇主义者，我无意于把日本军国主义欠下我们的血债写在日本人民的账上。但是，我相信，忘记过去的苦难可能招致未来的灾祸。”