关于裕仁天皇的战争责任，日本的有识之士史学家井上清指出：“天皇是大日本帝国的惟一最高的统治者，尤其他是大日本帝国军队的惟一最高的绝对统帅。……他作为大日本帝国的道德和精神的最高权威，要求作为臣民的日本国民，无条件地效忠、服从和尊崇他……所以，他从1931年9月8日日军发动侵略中国东北的战争开始，到1945年9月2日签署对盟国正式投降的文件为止，推动和指导了一连串的侵略战争，惨杀了数千万亚洲人。他是‘战争罪犯’，是‘法西斯分子’，是杀害五千万亚洲人的罪魁祸首。”
然而，裕仁天皇“并没有以诸如希特勒或墨索里尼的形式出现在大众面前，而是一直作为竹帘后面的神秘存在并保持着终极权限”。表面看来“行使权力的是军部，但军部本身的权限最终还是要靠天皇的最高权威来保证。即使东条，当他失去天皇信任时，也不能不辞职”。正如在澳大利亚提交的战犯名单上为起诉天皇所附的备忘录中所说：“按照帝国宪法的规定，宣战、讲和及缔结条约的权力在于天皇。因而，批准侵略战争便成为战犯的个人责任。……他如果真是和平主义者，就能够制止战争。……可是，仅仅由于他批准了战争，便要承担责任。”
其次，所谓“无答责制”，是指天皇在御前会议上对臣属的汇报只听不答，后果与责任由臣属承担。虽然在一般情况下，天皇援用“无答责制”不干预国政，但在历史的紧要关头和发生重大的政治事件以及重要的人事变动时，天皇都要参与，直至做出最后的“圣断”。就连天皇本人自己也是承认这一点的。1990年公之于世的1946年天皇的谈话记录《昭和天皇独白录》中清楚地表明了这一点。例如，在皇姑屯事件炸死张作霖后，“我厉声对田中说：……你提出辞呈吧!……田中因此提出辞呈，田中内阁也解散了。”1939年“阿部(信行)内阁成立之时，最大的问题是选定军部大臣。……我命令阿部把梅津(美治郎)和侍从武官长畑(俊六)安排在陆军的位子上。”卢沟桥事变后，“事件又扩大到上海。尽管近卫主张采取不扩大方针，但我感到战火既然已经漫延到了上海，就很难不扩大。……于是我督促大举增兵”。另外，他也承认德、日、意三个法西斯国家结成同盟是他同意的，对英美开战的决定是他同意并下诏宣战的。
可以说，自“九一八事变”到日本发动全面侵华战争和太平洋战争的10多年时间内，日本每次大的侵略性军事行动，都是在裕仁天皇的授权下，由御前会议决定进行的。每次大的军事行动结束后，日军指挥官都要回到东京向天皇直接面陈军情，并接受天皇的赏赐。据侵华日军华中派遣军司令官冈村宁次自述，他曾多次在作战结束后到天皇那里去报告战况及受奖：1932年6月，冈村宁次在指挥进攻上海战役结束后，第一次向天皇报告军情；1933年春，冈村宁次在参与对中国热河的军事行动后，于3月28日回到东京晋见天皇；这年8月8日，冈村再次向天皇面奏大连会议内情及侵华决策，天皇甚表满意。1940年3月26日，冈村在晋见天皇后，天皇为“表彰”他侵华战争中的“功绩”，“御赐”带有皇室纹章的银质大花瓶一个，现金300元；皇后赐给银杯一只，现金700元；过后又有皇太后“赐宴”，赠给银质烟盒一只及现金300元。类似这样的接见和赏赐屡见不鲜。对天皇的战争责任，东条英机曾一语道破，他说：“由我下令犯下的一切罪行都经过裕仁的御批。”
早在珍珠港事变爆发前11个月，裕仁就曾亲自命令对突袭珍珠港的可能性做出评估。在偷袭珍珠港之前数月，裕仁还详细询问了军事和经济计划。1941年7月2日，天皇在东京召集御前会议，计划在继续扩大侵华战争的同时，以海军为基本力量，集中陆军15个师团和空军发动太平洋战争。1941年10月间在决定是否发动太平洋战争的关键时刻，裕仁天皇明知缺乏坚定信心和勇气的近卫总理大臣正为处理此问题而不知所措，却又不做出避免战争的裁决，反而不顾日本国内外对东条英机的强烈谴贵，坚持任命东条组阁，导致太平洋战争的爆发。事件发生后的12月21日，天皇在东京召集御前会议，讨论制订了《为完成大东亚战争而决定处理中国问题的根本方针》，公开打起“大东亚共荣圈”的旗号，企图实现其霸占世界的野心。
◆ 为何不追究天皇的罪责
虽然日本天皇对战争负有不可推卸的责任，但是战后对如何处置天皇，作为盟国中头号强国的美国却经历了一个长期的思索过程。
早在战争还未结束之时，美国国内在研究如何处理日本天皇的问题上，就出现了很大的意见分歧。以罗斯福为代表的“进步派”认为，只有取消天皇制，才能彻底消灭日本军国主义；而“日本派”则认为，逼迫日本投降，并不意味非要铲除皇室不可，保留天皇制有利于统治日本，日本人“狂热”地拥戴天皇，如果外来势力废除天皇制，将“带来严重后果”，即盟国“为防止日本复活天皇制”，则需要“无限期地占领日本”。两种意见相持不下。
1945年4月，罗斯福病逝后，杜鲁门继任美国总统。随着共同的敌人行将覆灭，反法西斯同盟主要盟国开始更多地考虑本国在战后的国家利益和对外战略。杜鲁门逐渐认识到，苏联是其称霸的障碍而不是合作的对象，遂一改罗斯福生前与苏联协调和合作的做法，开始对苏采取冷淡和强硬的态度。奉行“温和”对日政策的“日本派”因而得势，经过反复权衡，美国政府最终接受了日本以保存天皇制作为实行“无条件投降”的条件。