随着时间的流逝，历史已经证明，远东国际军事法庭的审判是严肃公正的，它向世界表达了这样的信念：正义必将战胜邪恶，阴谋侵略是最大的犯罪，这是必定要受到惩罚的。
但是，我们不能不看到，远东国际军事法庭也留下了无法弥补的遗憾与不足。
◆ 放虎归山
由于战后国际形势和美国远东政策的变化，东京审判只对28名甲级战犯进行了审理和判决，对已经逮捕的其他90名重要战争嫌疑犯陆续予以释放，致使这些在策划、发动侵略战争中担负主要或重要责任的战争嫌疑犯没有受到应有惩罚，继续在日本政治生活中占据重要位置、发挥重要影响。
对此，梅汝璈在后来的回忆录中写道：名列日本“甲级战犯”者共有约７０名，均经逮捕羁押，准备交远东国际法庭审判。当时盟军总部的国际检察处（远东国际法庭的起诉机关）以案情过分庞大复杂，而一案审讯的被告亦不宜太多（那时欧洲纽伦堡国际法庭审讯的纳粹德国首要战犯仅２２名），于是遂决定分为两批或三批向法庭起诉，由法庭作为两案或三案审理。第一案的２８名被告都是２０年来在日本政治、军事和外交上负首要责任的元凶巨魁。至于其余的那些金融实业界巨头、大财阀、大军火商（如岸信介、欠原房之助、鲇川义介等），以及在政治、军事、外交上地位虽稍低但恶名昭著的那些战犯（如西尾寿造、安藤纪三郎、儿玉誉大夫、青本一男、谷正之、天羽英二等），则拟留在将来第二案或第三案中起诉受审。但是，由于第一案的审理进程旷日持久，在对第一案25名战犯的判决执行后，再也没有提起第二案、第三案的问题了。同时，麦克阿瑟便以盟军最高统帅的身份指示国际检察处（一个完全由美国人操纵的机关）以“罪证不足、免予起诉”为借口而把这余下的约40名甲级战犯分两次擅自释放了。第一批是在1947年秋天释放的，共有23名（臭名远扬的上一届日本首相岸信介，以及曾经两度来华访问过的久原房子助，都是这一批释放的）。第二批是在1948年年底释放的，共19名（参加日本国会议员访华代表团访问过中国的须磨弥吉郎是这一批释放的）。日本所有的“甲级战犯”已经全部被麦克阿瑟释放得一干二净，远东国际法庭既已无事可做，只能无形中归于消散。那时各法官也都归心似箭，纷纷离日返国（在11位同仁中，我系惟一的例外；由于某些政治原因，我一直在日本逗留到１９４９年６月上旬）。奇怪的是：在远东委员会的决议或盟军总部的文告中，始终找不到任何明文规定法庭解散的日期或其结束的程序。
积贫积弱、饱受欺凌的中国和东南亚各国的善良老百姓不会忘记日本侵略者给他们带来的灾难，但是，美国出于一己之需，却在战后迅速改变了对日本的态度。对日本战犯的大赦无疑是放虎归山，这不仅是对中国和东南亚各国人民的极大伤害，而且也为日本右翼翻案否认侵略历史埋下了祸根。
这正应了梅汝璈说的那句话：宽大固是美德，但是姑息、畏惧，却是懦弱。
梅汝璈研习国际公法多年，对于国际政治、国际关系中的奥秘是十分了解的，他深知“利益原则”的作用与分量。中国前途未卜，苏俄咄咄逼人，美国的全球战略决定了它一定会保存天皇扶植日本，至于中国和东南亚各国人民的长远利益和民族情感，则很自然地被搁置起来了。作为“五强之一”，作为与东南亚各国很不一样的文明古国中国，不但其日后的发展不能受到关照，而且连她在刚刚结束的战争中所做出的惨痛牺牲和决定性贡献都面临着被遗忘的危险，这怎能不令人扼腕叹息！
◆ 近代天皇权力巨大
1948年11月30日的《申报》刊载了梅汝璈的谈话：“在第二轮的审判过程中，我们得到无数的证据，足以证明他（日本天皇）即使不是日本侵略战争阴谋的发起人之一，至少也是一个消极的阴谋参加者。这一点，即足够构成从犯的罪名。”
尽管远东国际军事法庭确立了若干正确原则，但在梅汝璈看来，仍然是“留有众多遗憾”，而其中最大的遗憾在于让日本天皇裕仁逃脱了战争责任的追究，从而造成日本一些政治势力和民众长期拒绝对战争进行深刻反省和忏悔，政治上长期右倾化。
事实上，天皇裕仁在日本近代天皇制中的地位和作用，决定了其具有不可推卸的战争责任。日本的近代天皇制，实际上就是专制主义天皇制，天皇理所当然地应对一切重大国事承担法律责任。
天皇制在日本经历了古代、近代及现代三个发展阶段。
日本的古代天皇制经历了一个较长的酝酿过程，从6世纪末圣德太子摄政时期开始经大化革新至8世纪初制定《大宝律令》和《养老律令》正式确立下来。随着天皇制的形成，天皇也开始被神化了。公元8世纪初期成书的《古事记》和《日本书记》关于天皇传世肇国的叙述，把天皇说成是天照大神的子孙，来统治日本这一“万邦无比的神国”。然而，在古代1 000多年的发展过程中，由于种种原因，天皇并非始终处于掌握最高权力的地位，大部分时期成为“虚君”，天皇只是作为神道等某种宗教信仰的象征而存在，成为日本封建制度的陪衬与装饰。