1948年11月12日下午3点55分，审判长卫勃开始对依次传唤的罪犯宣布量刑：
被告荒木贞夫，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告土肥原贤二，远东国际军事法庭判处你，绞刑。
被告桥本欣五郎，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告畑俊六，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告平沼骐一郎，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告广田弘毅，远东国际军事法庭判处你，绞刑。
被告星野直树，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告坂垣征四郎，远东国际军事法庭判处你，绞刑。
被告木户幸一，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告木村兵太郎，远东国际军事法庭判处你，绞刑。
被告小矶国昭，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告松井石根，远东国际军事法庭判处你，绞刑。
被告南次郎，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告武藤章，远东国际军事法庭判处你，绞刑。
被告冈敬纯，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告大岛浩，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告佐藤贤了，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告重光葵，远东国际军事法庭判处你，有期徒刑7年。
被告岛田繁太郎，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告铃木贞一，远东国际军事法庭判处你，终身监禁刑。
被告东乡茂德，远东国际军事法庭判处你，有期徒刑20年。
被告东条英机，远东国际军事法庭判处你，绞刑。
东条英机最后一个出场，他穿了一身军服，两手背在身后，歪着脖子，一直仰视天棚。另有3名被告因病未到，由3位辩护人在自己的席位上起立接受宣判。3名缺席被告，贺屋兴宣，处终身监禁刑；白鸟敏夫，处终身监禁刑；梅津美治郎，处终身监禁刑。
判决结束的当天，梅汝璈法官在报纸上发表了《告日本人民书》。他说：“经此次审判，日本军界首脑之暴虐行为和虚假宣传已昭然天下。今日国际法庭之最后宣判，清除了中日两国间善睦相处的这些绊脚石，对于今后中日间和平合作，相信必有贡献。”
第二天，世界各地的新闻媒体都对远东国际军事法庭的判决进行了报道。《朝日新闻》以《和平决心的世界性体现》为题发表社论说：“这一判决，不论是对日本和日本历史，还是对世界和世界历史，都具有值得大书特书的意义，是不可忽视的事实。”虽然“这场审判是以25名被告为直接对象进行的，但它在追究25名被告个人责任的同时，间接要求支持所谓‘国策’并追随被告的普通国民，进行彻底地反省和清算，还明确规定我们国民未来要建设的日本，是一个和平的国家。而且这种要求和规定，将永远制约日本国民的行动，使（日本）今后不再有受审的时候。”
据以后公开的档案和梅法官的回忆，法官投票的方式非常简单，每人在一张统一规格的纸片上划符号，同意判处日本战犯死刑的划上“√”，反对的则划上“×”，待整个法庭11名法官全部表决后，再由卫勃庭长专送盟军总部司令麦克阿瑟将军处。卫勃庭长亲自唱票，另有两名工作人员负责记录和监票。11张票从信封中逐一抽出，卫勃庭长念道：“同意死刑的5票；反对的5票。”“5：5！”梅汝璈的心一下提到了喉咙口。人们都在等待着最关键的一票，此刻卫勃庭长亲手从信封中掏出最后一张纸片，只见他习惯地用右手扶了一下眼镜，神情严肃地念道：“同意死刑的6票！”表决结果最终以6票对5票的微弱优势，把东条英机、土肥原贤二等七名首犯送上了绞刑架。
对于中国法官和检察官来说，这真可谓是一票险胜。在梅汝璈接受《申报》采访时，他告诉记者，最后表决前的一个星期里，他几乎睡不着觉，那是惊心动魄的关键时刻。他说，“要是对那些罪孽深重、残害中国和世界各国人民的战犯们连死刑都判不了，我还有什么脸面回去见江东父老！”
中国检察官倪征燠在回忆东京审判时也写道：“这场战斗，对我来说，是一场殊死战，因为我受命于危难之际，当时已把自身的生死荣辱，决定于这场战斗的成败。事后追忆，历历在目，既有辛酸苦楚，又稍感告慰，有不可言喻之感慨。我写到这里，已泪水盈眶，不能平静下来。”除了梅汝璈之外，其余5票是谁投的，由于所有法官宣过誓，而且没有文字记录，没有摄影与拍照，这就成了一个永久的秘密。但这些已经不重要了，重要的是，公理与正义得到了彰显！
◆ 风波再起
远东国际军事法庭对战犯虽然进行了宣判，但并未立即执行。因为日本战犯辩护团又向盟军总部提出申请，要求重新审查对被告的判决。盟军总部接受了这一申请，召集战胜国对日理事会在东京的代表商讨意见。1948年11月24日，盟军总部宣布，驳回一切重审要求，命令美国第8军司令按照远东国际军事法庭的判决结果执行。
但是，意外又发生了，1948年11月29日，由美国陆军部派出为广田弘毅和土肥原贤二辩护的两个律师向美国最高法院提出上诉，要求释放被告。