东条紧张地歪了歪脑袋：“我和日军参谋总长杉山元和军令部总长永野修身最后决定去见天皇。我和两总长说，为了保证日本生存，简单地说，除了战争之外，没有别的活路。于是天皇接受了建议。”
但是，东条英机所说的杉山元已经自杀了，永野修身1947年1月病死在巢鸭监狱了。惟一知道真相的，只有东条英机。但他说的就是事情本来的真相吗？
这成为远东国际军事法庭中一个非常引人注目的话题。于是，世界各地的舆论纷纷做出猜测，认为盟军政策将要出现重大变化，日本天皇有可能受到审判。
在远东国际军事法庭审理过程中，日本天皇裕仁的确是一个法庭无法绕开的焦点人物。梅汝璈在日记中曾两次提到天皇的战争责任问题。1946年4月8日，他在日记中写道：“明思（向哲浚）告诉我，说某国检察官主张把日本天皇列入战犯起诉，在今天检察官会议中引起了激辩，结果是这问题暂时搁置，未付表决。我说，这是个政治问题，就纯法律观点来说，我实在看不出天皇对于日本侵略战争何以会没有责任。这个问题在法官们私人谈话间屡次讨论过，大多数人与我持同样的看法。”5月7日，他在日记中写道：“各国舆论对于我们远东国际法庭这几天受理起诉和开审情形之反响和批评，归纳言之，日本报纸是表示满意，因为他们要把战争的责任往这班元凶巨寇身上推。美国方面，赞否不一。有一部分人士认为被控的人数太少，许多罪魁都漏网了，有一家报纸（似乎是华盛顿太阳报）简直说日皇是天字第一号的战犯，不应让他逍遥法外。英国自治领的报纸也有这种说法。苏联对法庭开审之事论之甚少，但有一家报纸很激昂地主张应置天皇于法。我想：天皇这次因为政治原因虽幸而未被起诉，但这事难免不有‘旧话重提’的一天，至少他难免有被传唤出庭作证的可能。———这只是我个人的一种感受，一个猜想。”
但是，就在卫勃直接讯问东条英机的第二天，远东国际军事法庭一开庭，卫勃庭长就正式宣布，远东国际军事法庭不起诉日本裕仁天皇。至于上一晚发生了什么，迄今仍是个谜。
季南检察长曾解释说：“日本天皇之所以未列入起诉之战犯名单中，完全系由联合国各国政治之观点所决定，此项决定苏联斯大林委员长亦已同意，因为此项决定是政治的决定，故本首席检察官不考虑将日皇列入战犯之问题。另一理由即为占领执之便利。”实际上，将裕仁排除在起诉对象之外，主要是麦克阿瑟的主张。这一主张代表了美国政府的意图。鉴于国际形势的变化，根据全球战略的需要，美国对日本不但不会把事情做绝，而且还要大力扶持！裕仁本人也曾通过季南检察长向杜鲁门总统转呈亲笔信一封，对美国占领军的“宽大”表示感谢，并声称将以立宪君主之地位，竭尽所能，发展美国式民主。
有研究日本史的学者推测，季南和卫勃是故意在审判进行到最关键的时刻，把矛盾引向日本天皇，但他们也知道，如果继续下去，将得不到美国政府的任何支持，所以也就及时收场了。
从开始到结束，东条英机一直不惜一切代价掩护天皇。这也是战后日本政府和日本战犯以及战犯辩护团从一开始就确定的最高辩护方针。
在对东条英机的审判过程中，还出现了一个美国最不愿看到的小插曲，美国检察官J.W.费利在被告认罪传讯阶段就毒气战、细菌战的问题讯问了东条英机。
问：“在日中战争期间，(日军)是否对杀伤性气体和刺激性气体加以区别？”
答：“我想后者———促使咳嗽和流泪的气体在某种程度上使用过。”
问：“难道使用这种‘刺激性气体’不是国际法所禁止的吗?”
答：“催泪气体以及促使打喷嚏的气体，世界上所有警察都在使用，您的国家也在使用。”
问：“使用这种刺激性气体，在国际法上没有被禁止吗？”
答：“实际上全世界的警察都在使用，原子弹怎么样?”
东条英机拒不承认日军实施毒气战的罪行，不但如此，还借美国使用原子弹一事来反唇相讥，意思是说，原子弹比起毒气弹来如何，美国不是使用了吗?你怎么不去追究美国的责任?
事实上，正是由于美国的操纵，在东京审判中，日军进行毒气战、细菌战犯下的罪行责任被完全免予追究。检察官一提到这个问题，庭长卫勃就要打断他的话：“这件事对我们审判官来说可是闻所未闻的新鲜事，这个问题就说到这里好吗?”
虽然国际检察局在开庭前就这个问题做过调查，但在起诉书中却将这部分内容删除了。法庭在毒气战、细菌战问题上的态度，可以说充分反映了美国政府的立场，美国为何要免予追究日军实施毒气战、细菌战的责任呢?据云“除了独吞‘科学和武器’的情报外，也许还和投掷原子弹的责任有些关系”。具体说来，就是有两个原因，一是美国在二次大战中就已开始研究细菌战和毒气战，也得到了日本从事这方面研究的情报，战后它怀着特殊的兴趣想把日本的研究资料由它一家秘密接收过来，而不愿让其他国家染指，更不愿在法庭上加以揭露。二是美国在日本广岛、长崎投掷了两颗原子弹，它害怕倘若在法庭上追究日军毒气战、细菌战的责任，辩护方会以提出美国投掷原子弹的责任问题相回击。美国正是有这些顾虑和担忧，才小心翼翼地避开了毒气战、细菌战问题。
1948年1月7日，对东条英机的审讯结束了。无论东条英机怎样狡赖，远东国际军事法庭最终认定了他的罪行。仅在第一类“破坏和平罪”中，东条就犯有对华实行侵略战争、对美实行侵略战争、对英实行侵略战争、对荷兰实行侵略战争、对法实行侵略战争，以及18年间一贯为控制东亚及太平洋进行阴谋活动等六项罪行。在东京受审的甲级战犯中，东条英机是罪行最严重的。法庭对28名甲级战犯长达数十万字的《起诉书》中共提出了55项罪状，而东条英机一人就占了54项。