法庭审理南京大屠杀事件的整整20天，是整个东京审判过程中最沉重的时刻。除了那些日本战犯，法庭内外的人们简直无法理解，为什么日本军队会像野兽一样发疯？
回顾历史，不难发现，自20世纪以来，日本军队在侵略中国的每场重大战役中几乎总是胜利者，所以日本军人养成了骄横暴戾的脾气。但上海的“淞沪战役”和南京保卫战却让日军吃了大亏。中国军民的顽强抵抗让日本军队感到吃惊又吃力，他们被迫不断修改作战计划 ，加大作战力量的投入，同时更是承受了伤亡惨重的代价，这在很大程度上重创了素来张狂蛮横的日本官兵。
1937年12月7日，松井石根召集参战军官制定《攻克南京作战纲要》。松井石根亲自向所属各作战部队下达了这样的命令：“发扬日本武威，慑服中国。”
攻陷南京前的这道命令,就是鼓励和纵容他的部下变成失去人性的野兽。
法庭调查揭露出的血腥罪行让日本国民深感震惊。由于日本政府与军部实施了极其严格的消息封锁和保密措施，因而日本国民怎么也想不到，在他们心目中一向军纪严明、士气高涨的“大日本皇军”竟会是一群屠夫、强盗！
◆ 百般抵赖也难逃血债
随着法庭调查的逐步深入，越来越多的犯罪事实浮上法庭。梅汝璈在他撰写的回忆录中，特别记载了这样一个故事：
在法庭上作证的约翰·马基牧师说，有一天夜里，一个日本兵竟光顾他的住宅达三次之多，目的是想强奸匿避在他家中的小女学生，其次便是想盗窃一点财物。每次都是在他高声地嚷斥中鼠窜而逃，但是每次都要偷点值钱的东西走。为了满足其贪财欲望，最后一次，这位老牧师索性故意让他扒去衣服口袋里仅有的60元钱。在得到了这份意外之财以后，这个日本兵便怀着满意和感激的心情，一溜烟似的从后门逃走了。
由此可见，号称纪律严明，天下无敌的“大日本皇军”，非但杀人、放火、奸淫、抢劫，无所不为，而且竟堕落到做小偷、扒手的地步！法庭在审讯南京大屠杀事件的过程中，空气一直是严肃、沉重的，惟有老牧师的这个故事让法官同仁和旁听席中的大量群众（每庭旁听的日本人都在1 000人以上）都不禁失笑，而被告席上的那些大战犯们，特别是松井石根表情极为难堪，窘态毕露。
1947年9月10日，远东军事法庭对松井石根的审理进入辩护阶段。干瘦矮小的松井石根站在了审判席上。
在法庭对松井石根的审讯中，他的辩护律师组织了一系列反证证人，试图为他所犯下的罪行进行开脱，试图证明被告是一个热爱和平的“好人”。
松井石根的辩护律师伊藤清和马特斯不仅睁着眼睛说瞎话，而且还抛出了《对检察官季南之意见书》，强词夺理说：“季南检察官所云对俘虏、一般人、妇女施以有组织且残忍之屠杀奸淫等，则纯系诬蔑……”
中国检察官向哲浚愤怒至极，他当庭展示了一叠资料，其中有《曼彻斯特威报》驻华记者田勃烈当时的报道，以及南京外国侨民在日记中对当时日军暴行的大量记述等。向哲浚说：“在中国军队停止了一切抵抗，南京市完全由被告松井石根指挥下的军队控制后，日军的暴行和犯罪，却一直无人控制地延续了40多天。”
接着，美国检察官莫罗出庭讯问，他指控以松井石根为首的日军使中国南京居民深陷极大的痛苦和暴力之中，妇女遭到野兽般的奸淫，一群群日军暴徒用枪弹、刺刀不停地制造举世罕见的死亡和恐怖。
忽然，松井石根的辩护律师打断了莫罗的指控，并要求把结论性的言词从庭审笔录中删去。季南起身大声驳斥：“这个事件就是被称之为现代战争史上独一无二、惨绝人寰的南京大屠杀！为什么要删去！”
终于，松井石根再也坐不住了，他开始亲自为自己辩护。
他恬不知耻地辩解说：“我始终坚信，日中之间的斗争是亚洲大家庭中兄弟间的争吵，这同哥哥经过长期忍耐赶走不听话的弟弟没有什么两样。”“至于南京有过大屠杀，我是在日本投降后才第一次听到。此时对此负有责任的人不是已去世就是在关押中，而且有关文件也在一次火灾中烧掉了。”
松井石根的话音刚落，他的美国辩护律师布鲁克斯立即接上话茬：“法庭需要的是证据。可是十分遗憾，竟死无对证了！”
莫罗质问松井石根道：“你作为进攻南京的最高指挥官，怎么能说后来才听说发生这种‘过失’呢？”
松井说：“攻打南京时，我正在距该城140公里的苏州卧床养病，并不知道他们违抗我的命令，竟干出这般暴行来。12月17日到达南京后，我从宪兵司令部那里第一次听到这种意外事件，我立刻下达了命令，敦促各部队调查此事件并严惩肇事者，因此，把全部罪责都加在日本军官头上是不公正的。”
日军成立“宪兵队”，是因为在当时南京国际安全区工作的西方人士将自己看到的日军暴行写成“备忘录”，通过外交途径向日军当局每天提出两次抗议的结果。
检察官问松井：“看到过这些备忘录吗？”
松井答道：“看到过。”
检察官问：“采取了什么行动？”