在远东国际军事法庭的审判进行中，最沉重、最震撼人们心灵的一幕发生在对“南京大屠杀”审理的时刻。人们需要弄明白：在中国南京被攻陷前后究竟都发生了什么？那场骇人听闻的大屠杀究竟发生过没有？为什么在南京大屠杀发生后日本当局要极力掩盖事实真相？他们害怕什么？
◆ 日军暴行骇人听闻
1946年9月，为了弄清“南京大屠杀”事件的真相，远东国际军事法庭专门设立了一个独立的单元进行法庭调查。
美国检察官萨顿首先主持讯问。他在开场词中说：“南京，在一场违反国际法和全部战争法的军事侵略中沦陷了，被洗劫、炸毁和烧光了。”
中国检察官向哲浚向法庭提供了包括中国和美国人在内的13人宣誓证词。
第一个在法庭作证的，是当时在南京大学医院工作的美籍医生罗勃特·威尔逊。威尔逊医生毕业于普林斯顿大学和哈佛大学，医术高超，心地善良。在许多中外同事逃离南京避难的时候，他留了下来。
他目击了日本人在南京的血腥屠杀。从12月13日开始，在六七个星期里，日本军队一直在屠杀中国人。就在他的医院里，不断有被日本兵刺伤、砍伤、烧伤和强奸或者死里逃生的人被送来，这个拥有180张床位的医院始终爆满。
紧接着，3个在“南京大屠杀”中死里逃生的中国证人出现在法庭上。他们是南京居民尚德义、伍长德和陈福宝。
难民尚德义，在1937年12月16日，和哥哥尚德仁、堂兄尚德全一起被日军抓获，在下关与其他1 000人被机关枪扫射，死里逃生。
商人伍长德作证，他1937年12月15日被侵华日军从南京难民区抓走，在日军大屠杀的血腥日子里，被日军押送到汉中门。当时有两千多人，大多是精壮男子，被分批带到城外，用4挺重机枪扫射。他在枪响之前倒地，但接着又被日军刺刀乱捅、煤油焚烧，伍长德疼得滚入护城河，侥幸逃脱。伍长德的证词，使在场的人听了毛骨悚然。
而难民陈福宝被抓后，日本兵让他和别的难民摔跤取乐，输了的就被刺刀捅死。
这些惊心动魄的供词，给所有在场的人留下了不可磨灭的印象。尚德义、伍长德和陈福宝真实确凿的血泪控诉，也引起了法官们的极度重视和高度评价。
曾经到南京等地实地调查的美军上校托马斯·莫罗检察官向法庭提供了8件证据确凿的宣誓证词，其中包括一份十分珍贵的影像资料。在法庭上，这段影像资料被检察方面作为物证当庭放映。
这是一部16毫米老式电影摄影机拍摄下来的历史胶片，也是迄今为止幸存的有关南京大屠杀的珍贵影像资料，画面记录的是日军进入南京的情景。拍摄这些画面的人，是美国牧师约翰·马基。在“南京大屠杀”期间，约翰·马基目睹了侵华日军烧杀淫掠的血腥场面，他冒着生命危险用摄影机拍摄了长达105分钟的真实史料。
1938年5月16日的美国《生活》杂志率先刊登了约翰·马基由电影胶片冲制的南京大屠杀照片，令世界为之震惊。
1946年10月，约翰·马基牧师出现在东京法庭的证人席上。
检察官：“1937年12月到1938年2月你在南京吗？”
约翰·马基：“是的。”
检察官：“日军1937年12月13日占领南京之后，证人看到日军是怎样对待中国老百姓的？”
约翰·马基轻轻地耸了一下肩道：“他们用各种各样的途径进行屠杀，刚开始是由个别日本士兵进行的，但很快就出现了大规模的屠杀，有数百人是被刺刀捅死的。有个妇女诉说，日本士兵将她的丈夫捆缚后，就在她的眼前被扔到水池里淹死了，而她什么也做不了，只能眼睁睁地看着自己的亲人死去……”
约翰·马基神父的作证和他所出示的影片资料让法庭上的所有人目瞪口呆、惊愕不已。东京的日方记者在他们的报道中一连用了“惨惨惨”三个字形容说：“那一刻，令人战栗不已。”
此外，还有一个特别的作证文件，就是纳粹德国驻南京大使馆发给德国外交部的一封秘密电报。这封电报是德国投降后，盟军搜查其外交部机密档案库时发现的。梅汝璈回忆说，远东国际军事法庭的所有法官都非常重视这份电报，并给了它很高的评价，因为它是来自法西斯阵营内部的，比盟国提供的材料更有说服力。
电报在概括地描述了日军在南京杀人如麻以及强奸、放火、抢劫的普遍情况后，说了这样的结语：“犯罪的不是这个日本人，或者那个日本人，而是整个的日本皇军。它是一副正在开动的野兽机器。”
这种屠杀在1937年12月13日日军攻占南京后，昼夜不停地持续了六个星期之久。中国法官梅汝璈在以后的回忆录中提到，远东国际军事法庭由于时间仓促，忽略了在南京规模最大的一次集体屠杀。那次大屠杀发生在日本军队攻占南京后的第5天，即1937年12月18日。
那天夜里，日军把被围困在幕府山的男女老幼总共57 400人全部驱赶到南京下关的草鞋峡，用机枪进行密集扫射杀死。事后，为了掩盖罪行，日军把汽油浇到尸骨上点燃，焚尸灭迹。
梅汝璈愤慨地指出：“‘南京大屠杀’无疑是第二次世界大战日军暴行中最突出的一桩，它的残酷程度在整个二战法西斯暴行中或许仅次于纳粹德军在奥斯威辛对犹太人的大屠杀。但是奥斯威辛的大屠杀和南京的大屠杀在性质上和方法上都是不尽相同的。奥斯威辛的屠杀是根据纳粹的种族仇视政策和希特勒政府的直接命令有计划、有系统的屠杀，并且屠杀是用一种方法（毒气）进行的；而南京大屠杀则系在长官的放任纵容下由其士兵不分青红皂白、随心所欲地胡干乱干的。其次，奥斯威辛那个遗臭万年的‘杀人工厂’，是把所有的屠杀对象分批地送入毒气室用烈性毒气在几分或几秒钟内杀死的；而南京大屠杀则除了集体屠杀之外，大都是由日军个别地或成群地随时实行的，在屠杀之前大都先加以侮辱、虐待、抢劫、殴打、玩弄或奸淫。德军的屠杀大都是单纯的屠杀；而日军的屠杀则是同强奸、抢劫、放火及其他暴行互相结合的，其屠杀的方法是五花八门、无奇不有的，狂虐残暴的程度是世界历史上所罕见的。”