然而，随着审判的进行，中国的法官和检察官们越来越发现国民政府方面对东京审判准备不足，出庭作证的国民党政府官员法律水平低下，只会讲些空洞的话。如原国民党政府军事部次长秦德纯，到了法庭上只会说日军在中国“杀人放火，无恶不作”，翻来覆去地讲，却拿不出实际证据，遭到了法庭上许多人的讥笑。
过不了多久，庭审就要进入被告战犯个人辩护阶段了，那时将由被告提出证据，检察方 面进行盘问和反驳。如果我方检察官提不出更有力的证据，而盘问和反驳又不得力，后果将不堪设想。但中国代表团的人手有限，所以急需增援。
在东京审判期间，美国投入的力量最大，兵强马壮；就连仅仅和日本打了两次小规模边境战争的苏联，最初都计划派出70人的庞大工作班子参加审判。但中国呢？当时参加法庭审判工作的自始至终没有超过10个人。
由于中国检察方面的力量势单力薄，国际检察局已经决定把对土肥原贤二和坂垣征四郎的指控与盘问的任务，分配给了菲律宾检察官罗贝茨负责。这让中方人员颜面尽失，无地自容。
检察官对所审理的战犯，不说有生杀予夺之大权，也有举足轻重之作用。因此，中方检察官为严惩血腥屠杀千百万同胞的侵华战犯松井石根、土肥原贤二、坂垣征四郎，向首席检察官季南提出请求，将对土肥原和坂垣的指控改由中国检察方面担任。但检察长以已经分了工，在工作过程中改变分工将会影响菲律宾检察官的情绪为借口，不同意将这两名日本战犯交与中方审理。中国检察官据理力争，并指出坂垣在战争中先后在中国和菲律宾担任过指挥官，他对菲律宾人民犯下了罪，但他对中国人民所犯的罪行更大、更多。经过几番争论，法庭最终改变原来的决定，将坂垣征四郎交与中国检察官审理。
1946年深秋，中国检察官向哲浚趁法庭进入太平洋战争阶段审理之际，回国述职。他一再向司法部呼吁，请求派精兵强将支援审判。
就在这时候，向哲浚的老朋友倪征燠回来了，这个消息让向哲浚喜出望外。倪征燠留学回国后一直从事司法工作，1945年曾出国考察欧美司法制度。他刚刚回国，向哲浚就来找他。听了向哲浚的介绍，倪征燠知道审判进行得不顺利，对于中方来说，远东国际军事法庭审判之难，就难在举证上。特别是像土肥原这样的战犯，他本来就是从事阴谋活动的，躲在幕后策划指挥，小心谨慎，知道不留证据和随时销毁证据，所以很难抓住他什么重要把柄。国民政府军政部、司法部都找不到他的任何材料。
向哲浚和倪征燠经过认真地商讨，决定组建一个“远东国际军事法庭中国检察官顾问组”，由倪征燠担任顾问组组长。他们约定，向哲浚先回东京关照法庭上的事情，倪征燠带人在国内继续搜集证据。
时间进入1947年1月，远东国际军事法庭的审理很快就要进入被告的个人答辩阶段了。此时，在东京的向哲浚和梅汝璈急切盼望倪征燠他们带来证据，支援审判。
倪征燠接到外交部的紧急通知，东京方面电催检察官顾问组能否立刻动身前往东京。当倪征燠看到这封十万火急的催促电报时，不敢有片刻耽搁，匆匆收拾行装上路了。
此刻，中国检察官当务之急就是：如何在被告进行个人答辩的时候进行有效的反驳并提出有力的新证据。在国内举证困难的情况下，中国检察官果断决定，通过中国政府驻日军事代表团直接向盟军最高统帅麦克阿瑟提出申请，要求盟军总部让中国检察官成员进入已被封闭的日本内阁和日本陆军省档案库，寻找日本对华侵略战争中有关战犯的罪证。
在得到盟军总部的同意后，中国代表裘劭恒和刘子键(向检察官的秘书)、以及高文彬、张培季、周锡卿、刘继盛(稍后来东京的翻译组人员)等人一起开始在那些被查封的日本陆军省档案库的资料中，搜寻证据。日本十几年的档案资料，包括文件、作战命令、来往电报等等，难以数计。要从字里行间发掘罪行证据，工作强度之大难以形容。这就像大海捞针，他们必须小心翼翼，不放过任何蛛丝马迹，尽可能从损毁的公文档案中拼凑被告犯罪的全景图。
代表们先是摘抄、翻译、整理出原始材料，然后根据这些材料进行讨论分析，拟出发言材料，为此他们夜以继日。有些罪行，日本档案资料没有记载，只能通过实地调查取得实证。
代表们经过一段时间的紧张工作，在日本找到了大量可以证明首要战犯罪行的有力证据，这是那些侵华战犯始料不及的。其中有日本外务省密档中的御前会议、内阁会议、五相(首相、陆相、海相、外相、藏相)会议的纪录，伪“满洲国”密电，以及日本政府元老西园寺的日记等重要材料。他们还查出了《东京日日新闻》报纸于1937年12月，分别以“百人斩大接战”、“一百人斩超纪录”为标题，报道日军向井敏明和野田毅两少尉在南京进行杀人竞赛的消息。在大量的事实和人证物证面前，日本战犯们的罪行昭然若揭。
除了高强度地搜集证据资料，中国代表团成员还在一起研究对付日本战犯和辩护律师的策略，模拟可能会在法庭上出现的辩论场面。
为了防范日本侍者的窃听，中国的这些法官和检察官们在互相交谈中，对受审的日本战犯分别编号，并多冠以“绰号”，如：以“土老二”来称土肥原；以“坂老四”来称坂垣征四郎。由此可见，为了在法庭上赢得主动，中国代表们花费了大量心血。