我们在紧张的空气中讨论的结果是：根据法庭宪章第二条，法官们是由盟军最高统帅依照各国政府的推荐而任命的。既然如此，法官们自然没有任何权力决定我们任何人的任免或是回避。这件事决定以后，我们请老卫来出席，把结果通知他。
法庭重新开庭，法官代表把会议的结果通知了在场的人，于是卫勃回到庭长座位，继续主持审判。清濑一郎发起的攻击被暂时挫败。
法庭对被告继续作“认罪传讯”。
东京审判的是第一批28名甲级战犯，因为其中3人或病死或发疯，所以实际只对25名甲级战犯进行了审判。按照战犯名字的英文字母排列顺序，第一个站起来回答的是荒木贞夫。荒木贞夫，曾担任过关东军司令官和日本陆军大臣。1931年，他直接参与了阴谋侵略中国的“九一八事变”。
卫勃：“被告荒木贞夫，你认为有罪还是无罪？”
荒木贞夫迟疑了片刻说：“我已经聆听了起诉书，知道我处于一个不利的位置，有关涉及的第一个问题，对和平以及人性的犯罪，荒木我70年的生涯就会变得毫无意义……”
梅汝璈看到荒木贞夫拉开架式像要进行长篇大论的演说，就立即小声提醒卫勃说，赶快制止他！卫勃当即打断了荒木贞夫的话说，“现在不是演说的时候，你只需要回答有罪或者无罪。”
荒木贞夫：“我不承认任何指控。我是无罪的。”
东条英机是最后一个被叫起来的。他说：“对全部指控，我，认为，无罪。”
尽管站在法庭上的25名战犯都罪恶滔天，但他们并不甘心认罪。在法庭上，所有战犯都声明自己是无罪的。一个日本记者的报道说明了当时日本人的矛盾心情：“按日本人的想法，罪行那么明显，还要在认罪传讯时宣称无罪，很容易被人看成耻辱。”
然而，被告辩护团并没有善罢甘休，他们在认罪传讯结束后立刻对远东国际军事法庭再次发难。辩护团认为，在1946年以前，国际法根本没有破坏和平罪这一说法，并怀疑远东国际军事法庭是否有资格和权力对日本战犯所犯下的破坏和平罪等三大罪行进行审判。
对此，首席检察官季南进行了针锋相对地反击。他提醒人们：“同盟国是用武力结束这场侵略战争的，日本是无条件投降的；而且日本也是1919年凡尔赛条约缔约国，在那个国际条约中，明白无误地规定了侵略战争构成对人类的国际犯罪。所以，远东国际军事法庭当然有资格对日本战犯进行指控并进行审判。至于个人，在处罚所有战争犯罪行径中，包括审判战争的发动者，追究他们的个人责任是理所当然的。”
检察官还指出：这批战犯所指挥的军队，对世界各国的无数生灵造成了长期而深重的迫害，世界的和谐在这批战犯手中破灭。对如此天理不容的战犯，绝对不能够纵容。审判的目的是主持正义，而这个审判也不同于一般的审判，因为我们要从毁灭中挽救全世界。我们为了文明而开始战斗!检察官铿锵有力地结束了发言。
1946年5月17日，辩护方面的观点和异议被法庭全面否决，远东国际军事法庭庭审的第一阶段就此结束。