证据难找的原因，首先是由于日本在战争中就严令保守秘密，违者将会受到制裁；其次，日本投降后，盟军没有及时占领日本，给日本统治者毁灭罪证留下了时间。从1945年8月14日至30日这16天当中，日本有计划地销毁了大量侵略证据，东京政府大厦顶上一直浓烟滚滚。在日本各地，在中国和东南亚，凡有日本陆海空兵团和司令部的地方都在忙于销毁文件。他们干得是如此彻底，甚至连销毁文件的命令也被销毁了。而且，当时的中国国民政府在战争期间也未注意收集和保留证据。
所以，中国检察官从国内带来的除了要起诉的11名战犯名单外，没有更多的证据。而日本对中国的侵略犯罪，将是整个东京审判中的重头戏，缺少足够的证据，后果将不堪设想。为此，工作人员后来多次前往中国过去的敌占区和遭受过侵略迫害的难民中寻找人证与物证。
证据之所以在远东国际法庭中如此重要，是因为这里的审判程序采用英美法系而不是大陆法系。大陆法系和英美法系是两种不同的审判方式：大陆法系采取究问制，以法官为中心，犯人一旦被提起诉讼，就基本确定他有罪。英美法系则采取对质制，以证据为中心，犯人在定罪之前首先假定他无罪；控辩双方就证据进行辩论，法官如果认为证据不合法或不可信，可以当庭拒收。有没有证据、证据是不是有力、会不会被对方驳倒，对英美法系的诉讼非常重要。
由于东京审判为美国所操纵，审判的准备工作完全由美国单方面进行。澳大利亚和苏联对此表示不满。澳大利亚认为，东京审判不应由美国主导，而应由同盟国战争犯罪委员会和各同盟国政府共同负责。但在美国的反对和英国的劝说下，澳大利亚放弃了自己的主张。苏联认为，根据美国起草的《远东国际军事法庭宪章》，东京审判跟纽伦堡审判有重大差异：法庭没有像纽伦堡审判那样设置预审官，陪席检察官也不能像纽伦堡审判那样可以独立行动。因而苏联没有立即派出代表参加东京审判。后经美苏间多次交涉及美国方面的一再敦请，苏联检察官C.A.戈伦斯基才于1946年4月13日到达东京。另外，姗姗来迟的检察官还有：荷兰检察官鲍格尔霍夫·马尔泰，1946年3月19日抵达；法国R.L.欧涅特检察官和菲律宾P.罗佩斯检察官，均于4月2日抵达。而印度检察官G.帕尔赶到日本时，法庭已经开庭。
在苏联等国的检察官到来之前，远东国际军事法庭被告确定工作已接近尾声。苏联由于拖延，几乎未能参与“构成检察活动核心的被告确定工作”，不能不说是一个失策。
远东国际军事法庭起诉书的撰写工作，最终在1946年4月28日全部完成。起诉书以美、中、英、苏、澳大利亚、加拿大、法、荷兰、新西兰、印度、菲律宾等11国为原告，以“破坏和平罪、战争犯罪、违反人道罪”向28名被告提起控诉。起诉书详细陈述了自1928年1月1日至1945年9月2日期间，日本帝国主义如何在国内建立法西斯体制、与德意法西斯共谋瓜分世界、发动“九一八事变”攫取中国东北，继而侵略全中国、发动太平洋战争等罪行，以及实施违反人道和国际公法的各种屠杀和犯罪行为，一共55条罪状。
1946年4月29日，季南代表盟军总部国际检查局，并以远东国际军事法庭首席检察官的身份，正式向法庭递交起诉书。
远东国际军事法庭的全体法官出席了起诉书递交仪式。在接到检察方的起诉书后，卫勃问季南：“你打算把这件起诉书登记归档吗？”季南肯定地回答说：“是的。”
卫勃说：“我们命令你，现在就把起诉书和《宪章》副本传达每一被告，并且通知被告，四天后法庭正式开庭。”
一天以后，起诉书被送到巢鸭监狱28名被告手中。28名日本战犯面对远东国际军事法庭对他们的正式指控，白纸黑字，触目惊心，交织着阴谋与血腥的往事浮现在他们眼前……丧钟就要敲响。